Junho 2012 - R-br - DINF UFPR

Re: [R-br] Tornar mensagens de erro "invisíveis" em função
by Ivan Bezerra Allaman 15 Jun '12

15 Jun '12

Tente isto, d<-data.frame(x=1:10, y=rep(c(FALSE,TRUE),c(4,6))) d glm(y~x, data=d, family=binomial) keepWarnings <- function(expr) { localWarnings <- list() value <- withCallingHandlers(expr, warning = function(w) { localWarnings[[length(localWarnings)+1]] <<- w invokeRestart("muffleWarning") }) list(value=value, warnings=localWarnings) } z <- keepWarnings(glm(y~x, data=d, family=binomial)) z z$value (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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R2 para modelos Poisson ou Binomial Negativo
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 14 Jun '12

14 Jun '12

Olá Alguém sabe como estimar o R2 para modelos de Poisson ou Binomial negativo? Encontrei esse documento falando da possíbilidade dessa estimação: http://www.google.com.br/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=1&ved=0CFcQ… Porém não achei de como calcular no R. Abraços -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942

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Estacionariedade Regressão Espacial
by Isabela Zardo 14 Jun '12

14 Jun '12

Boa tarde, Alguém sabe como eu faço pra verificar a estacionariedade no R para a regressão espacial? Já que é preciso verificar para que o resulatdo do índice de Moran seja válido. Preciso de ajuda com urgência!!! Agradeço!! Isabela Zardo

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Dúvida com quando o array tem NA
by Victor Eduardo 14 Jun '12

14 Jun '12

Galera, estava com um array de tamanho 150 onde tinham matrizes 1x1. Sendo que em alguns tinham NA. Dentro de minha função criei uma variável auxliar para identificar esses NA. Fiz do seguinte modo: aux<-NULL for(t in 1:n){ if(is.na(Y[,,t])==TRUE){ aux[t]<-0 }else{ aux[t]<-1 } } Ao identificar, o aux terá tamanho de 150, de 0 e 1. Feito essa verificação, estou pulando para a parte debaixo que é assim: for(t in 1:n){ if(aux[t]==1){ B<-matrix(Z[,,t],ncol=m) U[,,t]<-Y[,,t]-B%*%At[,,t]-D[,,t] F[,,t]<-B%*%Pt[,,t]%*%t(B)+H[,,t] K<-T[,,t]%*%Pt[,,t]%*%t(B)%*%ginv(F[,,t]) L[,,t]<-T[,,t]-K%*%B At[,,t+1]<-T[,,t]%*%At[,,t]+K%*%U[,,t]+C[,,t] Pt[,,t+1]<-T[,,t]%*%Pt[,,t]%*%t(L[,,t])+R[,,t]%*%Q[,,t]%*%t(R[,,t]) }else{ At[,,t+1]<-T[,,t]%*%At[,,t]+C[,,t] Pt[,,t+1]<-T[,,t]%*%Pt[,,t]%*%t(L[,,t])+R[,,t]%*%Q[,,t]%*%t(R[,,t]) } } return(list(At,Pt)) Só que o R está dando um erro que não estou conseguindo resolver, o erro é esse: Erro em svd(X) : infinite or missing values in 'x' Abraços!

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Erro em plot()
by Ricardo Dobrovolski 13 Jun '12

13 Jun '12

Oi Pessoal, Eu quero plotar 18 gráficos de dispersão. No entanto, eu tive a seguinte mensagem de erro: "Erro em plot.new() : margens da figura muito grande" Os comandos que utilizei são os seguintes: par(mfrow=c(6,3)) plot(agro.hdi[,"HDI_UN_2011"],agro.hdi[,"prop.agroprod.nn"]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.gdp[,"GDP_PerCapita_2010_WorldBank"],agro.gdp[,"prop.agroprod.nn"]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.gdp[,"Agro_GDP_2007_WorldBank"],agro.gdp[,"prop.agroprod.nn"]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.hdi[,"HDI_UN_2011"],agro.hdi[,"prop.agroprod.na "]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.gdp[,"GDP_PerCapita_2010_WorldBank"],agro.gdp[,"prop.agroprod.na "]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.gdp[,"Agro_GDP_2007_WorldBank"],agro.gdp[,"prop.agroprod.na "]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.hdi[,"HDI_UN_2011"],agro.hdi[,"prop.agroprod.rn"]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.gdp[,"GDP_PerCapita_2010_WorldBank"],agro.gdp[,"prop.agroprod.rn"]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.gdp[,"Agro_GDP_2007_WorldBank"],agro.gdp[,"prop.agroprod.rn"]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.hdi[,"HDI_UN_2011"],agro.hdi[,"prop.agroprod.ra"]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.gdp[,"GDP_PerCapita_2010_WorldBank"],agro.gdp[,"prop.agroprod.ra"]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.gdp[,"Agro_GDP_2007_WorldBank"],agro.gdp[,"prop.agroprod.ra"]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.hdi[,"HDI_UN_2011"],agro.hdi[,"prop.agroprod.gn "]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.gdp[,"GDP_PerCapita_2010_WorldBank"],agro.gdp[,"prop.agroprod.gn "]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.gdp[,"Agro_GDP_2007_WorldBank"],agro.gdp[,"prop.agroprod.gn "]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.hdi[,"HDI_UN_2011"],agro.hdi[,"prop.agroprod.ga "]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.gdp[,"GDP_PerCapita_2010_WorldBank"],agro.gdp[,"prop.agroprod.ga "]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.gdp[,"Agro_GDP_2007_WorldBank"],agro.gdp[,"prop.agroprod.ga "]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.hdi[,"HDI_UN_2011"],agro.hdi[,"prop.agroprod.nn"]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.gdp[,"GDP_PerCapita_2010_WorldBank"],agro.gdp[,"prop.agroprod.gn "]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) plot(agro.gdp[,"Agro_GDP_2007_WorldBank"],agro.gdp[,"prop.agroprod.ga "]*100,ylim=c(0,100),cex=1.4) onde agro.gdp e agro.hdi são duas tabelas de dados e os termos entre aspas representam nomes das minhas colunas. Atenciosamente, RD.

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Ordenar linhas em uma matriz
by Eric Ferreira 13 Jun '12

13 Jun '12

Prezados colegas, Estou com o seguinte problema: desejo ordenar uma matriz de acordo com os nomes de suas linhas. Seja o exemplo, M<-matrix(c(4,5,6,3,3),5,1) rownames(M)<-c('c','d','e','a','b') A matriz ordenada que eu desejo obter é: M1<-matrix(c(3,3,4,5,6),5,1) rownames(M1)<-c('a','b','c','d','e') Alguém conhece algum comando do tipo "sort by..."?? Obrigado e abraços, -- Dr Eric B Ferreira Exact Sciences Department Federal University of Alfenas Brazil

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Re: [R-br] R2 para modelos Poisson ou Binomial Negativo
by Ivan Bezerra Allaman 13 Jun '12

13 Jun '12

Sua resposta aqui, http://r.789695.n4.nabble.com/compute-coefficient-of-determination-R-square… (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Tornar mensagens de erro "invisíveis" em função
by Emmanuel Arnhold 12 Jun '12

12 Jun '12

É possível tornar "invisíveis" as mensagens de erros de uma função? Incluindo mensagens de avisos perdidas. Emmanuel

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Re: [R-br] Alteração em função de pacote (novo tópico)
by Junior Beleti 12 Jun '12

12 Jun '12

Okay Benilton, muito obrigado pela atenção. Sobre a questão do tempo ser linear, eu também acreditava nessa possibilidade, tanto é que em uma outra função do pacote geoComp, função "volta.quad" eu consegui tempo linear usando mclapply do multicore. A questão é a função "volta.cokri" mesmo, onde consegui tempos bons apenas para 2 núcleos. Aumentando a quantidade de núcleos não se tem um bom ganho. Eu acredito que seja devido a chamada que a "volta.cokri" faz dentro da "mvrnorm", onde faz o carregamento da "eigen.o" (eigen.f). Ou seja, ainda bato na tecla que o problema esta na chamada a função "eigen" fortran. -- Junior Beleti

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Re: [R-br] Alteração em função de pacote (novo tópico)
by Junior Beleti 12 Jun '12

12 Jun '12

O "script" ao que eu me refiro nada mais é do que uma sequencia de comandos, que pode ser visto a seguir: require(geoComp) require(MASS) require(statmod) require(geoR) data(pivo) dados <- pivo[,c(6,7,8,1,2)] dados <- as.geoComp(dados) bor <- cbind(c(0,seq(0,200,l=100),0),c(0,sqrt(200^2-seq(0,200,l=100)^2),0)) estima <- mec(dados) gr <- pred_grid(bor, by=4) md.cov.ck <- cokrigagem(estima[[1]]$Estimativas, loc=gr,dados.comp=dados) preditos.gh <- volta.quad(md.cov.ck,n.pontos=7,Variancia=FALSE) preditos.gh <- data.frame(preditos.gh) write.table(preditos.gh,"pred_by4k7ns1000MBM.txt") system.time(preditos.simu <- volta.cokri(md.cov.ck ,num.simu=100,int.conf=0.95)) Informações sobre o computador e sessionInfo: Release: Ubuntu 11.10 (oneiric) Kernel: 3.0.0-19-generic (#33-Ubuntu SMP Thu Apr 19 19:05:14 UTC 2012) OS Type: Linux GCC version: 4.6.1 (x86_64-linux-gnu) Vendor: GenuineIntel CPUs: 8 Model name: Intel(R) Core(TM) i7 CPU Q 720 @ 1.60GHz Frequency: 933.000 MHz L2 cache: 6144 KB R version 2.15.0 (2012-03-30) Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit) locale: [1] LC_CTYPE=pt_BR.UTF-8 LC_NUMERIC=C [3] LC_TIME=pt_BR.UTF-8 LC_COLLATE=pt_BR.UTF-8 [5] LC_MONETARY=pt_BR.UTF-8 LC_MESSAGES=pt_BR.UTF-8 [7] LC_PAPER=C LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=pt_BR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] geoR_1.7-2 sp_0.9-99 statmod_1.4.14 MASS_7.3-17 geoComp_1.0 loaded via a namespace (and not attached): [1] grid_2.15.0 lattice_0.20-6 RandomFields_2.0.54 [4] splancs_2.01-31 tools_2.15.0 Att, -- Junior Beleti

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