Maio 2012 - R-br - DINF UFPR

Python para R
by Daniel Marcelino 03 Jun '12

03 Jun '12

Caros, alguem da lista conhece programação python? Estou há dias tentando desenvolver uma rotina em R para explorar dados eleitorais, mas não tenho conseguido ir muito longe. Eu tenho um modelo do que mais ou menos eu preciso, mas a rotina está em python. Alguem encara me ajudar nisso? Daniel ----------------------------------------------------- My contacts: Phone 1+514 343 6111 Ext 3799 Skype: d.marcelino 3200 Jean Brillant, Office C5075 Montreal, QC; H3T 1N8 Canada -----------------------------------------------------

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Combinar vetores com tamanhos diferentes...
by andrebvs 03 Jun '12

03 Jun '12

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Gráfico
by Paulo Ricardo Silva Moreira 01 Jun '12

01 Jun '12

Boa tarde prezados, Estou precisando fazer um gráfico, plotando duas variáveis com suas respectivas escalas, uma de cada lado do gráfico. Alguém sabe me dizer qual comando eu poderia usar!? Desde já agradeço, Paulo Ricardo.

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Alteração em função de pacote (novo tópico)
by Junior Beleti 01 Jun '12

01 Jun '12

Olá Benilton, tentando explicar melhor meu problema: Faço uso de um pacote chamada geoComp. Tal pacote é utilizado de forma geral para modelar o padrão espacial de dados composicionais. Foi um trabalho da professora Ana Beatriz. O problema está quanto ao tempo de processamento para realizar o trabalho necessário. Analisando mais a fundo, verifiquei que o maior problema quanto a desempenho está na função "volta.cokri" desse pacote. Nessa função existe uma chamada à função "mvrnorm" e é justamente nessa chamada que ocorre o maior problema de desempenho. Verifiquei também que na função "mvrnorm" existe uma chamada para a tal função "eigen", que se trata de um código-objeto fortran. Inicialmente utilizei a função "mclapply" para tentar melhorar tal desempenho, mas não obtive muito sucesso. O que estava pensando quando insisti na ideia de criar a nova função no pacote base, foi o de que se chamando funções "diferentes", ou seja, criando funções idênticas cada uma com o espaço de endereçamento e nomes diferentes, poderia aumentar o desempenho. A seguir, está um script utilizado: require(geoComp) require(MASS) require(statmod) require(geoR) data(pivo) dados <- pivo[,c(6,7,8,1,2)] dados <- as.geoComp(dados) bor <- cbind(c(0,seq(0,200,l=100),0),c(0,sqrt(200^2-seq(0,200,l=100)^2),0)) ## bor é uma matriz 2x102 estima <- mec(dados) gr <- pred_grid(bor, by=4) md.cov.ck <- cokrigagem(estima[[1]]$Estimativas, loc=gr,dados.comp=dados) preditos.gh <- volta.quad(md.cov.ck,n.pontos=7,Variancia=FALSE) preditos.gh <- data.frame(preditos.gh) write.table(preditos.gh,"pred_by4k7ns1000MBM.txt") preditos.simu <- volta.cokri(md.cov.ck,num.simu=1000,int.conf=0.95) preditos.simu <- data.frame(preditos.simu[[1]]) preditos.simu.ic <- data.frame(preditos.simu[[2]]) write.table(preditos.simu,"predsimu_by4k7ns1000MBM.txt") write.table(preditos.simu.ic,"predsimuic_by4k7ns1000MBM.txt") O pacote geoComp pode ser adquirido no endereço: ( http://www.din.uem.br/~pg45178/geocomp/geoComp.tar.gz) Um resumo do trabalho pode ser encontrado em: ( http://www.leg.ufpr.br/lib/exe/fetch.php/pessoais:abtmartins:rbb09_2.pdf) Obrigado pela atenção. Carlos.

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Re: [R-br] Alteração em função de pacote
by Junior Beleti 01 Jun '12

01 Jun '12

Bom dia Fernando Mayer, segui suas orientações, mas obtive o seguinte erro ao tentar instalar o pacote (R CMD INSTALL base_2.15.0.tar.gz). * installing to library ‘/usr/local/lib/R/library’ * installing *source* package ‘base’ ... ** R ** demo ** inst ** preparing package for lazy loading Erro em asNamespace(ns, base.OK = FALSE) : operation not allowed on base namespace * removing ‘/usr/local/lib/R/library/base’ * restoring previous ‘/usr/local/lib/R/library/base’ Obrigado pela atenção e se tiver alguma outra sugestão. Att, -- Carlos

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Re: [R-br] Alteração em função de pacote
by Junior Beleti 31 Mai '12

31 Mai '12

Olá Leonard. Estou criando uma função no pacote base, função esta semelhante à função eigen.f já existente. A nova função teria o nome eigem.f Entendi Benilton. Vou tentar colocar um código reproduzivel aqui. Obrigado, Carlos.

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Criar um loop
by Humberto Hazin 31 Mai '12

31 Mai '12

Caros, Venho mais uma vez solicitar ajuda a vocês tenho um banco de dados com cerca de 80 mil linhas conforme o exemplo abaixo. gostaria de atribuir um id para cada barco, exemplo toda a coluna que tivesse o Barco Vieirasa a coluna ID = 1 e assim por diante. Alguem pode me ajudar? Humberto boat Id VIEIRASA COSTA.DE.SAO.MIGUEL VIEIRASA GUARISTE.PRIMEIRO COSMOS COSMOS COSMOS COSMOS COSMOS COSMOS COSMOS COSMOS COSMOS COSMOS COSMOS COSMOS COSMOS COSMOS GAVILAN.DEL.MAR VIEIRASA GUARISTE GUARISTE RAYMI MAR.DE.LOS.SARGAZOS RAYMI GUARISTE RAYMI COSMOS COSMOS COSMOS

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função image( ) - plotar valores selecionados
by Vitor Aguiar 31 Mai '12

31 Mai '12

Boa tarde, alguém poderia me ajudar com a função image( )? Me desculpe por abusar do tempo de vocês, o texto abaixo é grande porém simples. Tenho uma matrix de valores com que estou fazendo um heatmap usando a função image( ). Gostaria de plotar não apenas os valores observados na matrix, mas também valores que seriam possíveis mas não são observados. Isso significa o seguinte: Tenho uma matrix 16x16. Valores possíveis, mas não observados, correspondem a "0" (zeros) onde a soma (índice da linha + índice da coluna) são iguais ou menores que 15. Exemplo: Se eu tenho um valor "0" na posição [14, 3], eu NÃO quero plotar, pois 14 + 3 = 17. Se eu tenho um valor "0" na posição [11, 3], eu quero plotar, pois 11 + 3 = 14. Eu queria que esses valores fossem plotados em cor diferente do meu heatmap, por exemplo, em azul. Matrix: x = c(3045, 893, 692, 830, 617, 155, 246, 657, 105, 60, 18, 7, 7, 4, 2, 11234, 2985, 2242, 2471, 1575, 366, 503, 1283, 170, 79, 32, 6, 4, 1, 3, 19475, 4756, 3233, 3251, 1810, 409, 575, 1210, 139, 41, 11, 4, 2, 0, 0, 20830, 4739, 2990, 2531, 1346, 298, 325, 612, 60, 17, 1, 0, 1, 0, 0, 15304, 3196, 1885, 1440, 610, 117, 115, 185, 14, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 8026, 1535, 806, 539, 223, 33, 37, 39, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3300, 562, 286, 141, 45, 14, 5, 12, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1067, 160, 65, 40, 14, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 277, 47, 6, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 72, 6, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 11, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0) xmat = matrix(x, ncol = 12) row15 = rep(0,16) col12 = rep(0,15) col13 = rep(0,15) col14 = rep(0,15) col15 = rep(0,15) xmat = cbind(xmat, col12, col13, col14, col15) xmat = rbind(xmat, row15) dimnames(xmat) = list(0:15, 0:15) xmat # minha matrix original é a primeira xmat (15x12), mas estou criando essa outra com linhas e colunas de zeros pois, por exemplo, 0 + 15 = 15, e preciso plotar esse valor também. Mas se alguém tiver solução mais simples... Desde já agradeço, Vitor Vitor Rezende da Costa Aguiar --------------------------------------------------- PhD candidate in biotechnology Rede Nordeste de Biotecnologia UFES, Brazil --------------------------------------------------- Current Adress: Department of Integrative Biology University of California, Berkeley 2033 Valley Life Sciences Building #4134 Berkeley, CA 94720 Phone: 1 (510) 473-2070

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Re: [R-br] Alteração em função de pacote
by Junior Beleti 31 Mai '12

31 Mai '12

Entendido Benilton. Mudando o foco, você pode me sugerir alguma biblioteca paralela para trabalhar com a função eigen? Fiz experimentos com a multicore, mas não obtive grandes resultados. Att, Carlos

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rcorr do Hmisc
by Edson Lira 31 Mai '12

31 Mai '12

Gente, quero fazer uma correlacção entre n variáveis, no Hmisc tem a função rcorr,vejam o exemplo abaixo: require(HmisC) x <- c(-2, -1, 0, 1, 2) y <- c(4, 1, 0, 1, 4) z <- c(1, 2, 3, 4, NA) v <- c(1, 2, 3, 4, 5) rcorr(cbind(x,y,z,v)) No meu banco são 90 variáveis como fzer o teste acima sem ter que declarar uma por uma? Algo do tipo rcorr(cbind(x:v)) Bom dia! Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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