Novembro 2012 - R-br

Re: [R-br] Fw: extrair bordas de arquivos .shp
by Eder Comunello 05 Nov '12

05 Nov '12

Mauro e colegas, boa tarde! As operações com polígonos do {maptools} dependem do pacote {gpclib} que tem licença restrita. Ele é desativado por default, por isso usa-se o gpclibPermit(). Verifique a presença do pacote {gpclib}. Pra funcionar gpclibPermit() deve retornar TRUE. PS: peço enviar as dúvidas diretamente para a lista, assim outras pessoas poderão ajudar ou ter ideias melhores. Saudações, -- ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00 Em 5 de novembro de 2012 00:57, Mauro Sznelwar <sznelwar(a)uol.com.br<https://mail.google.com/mail/?view=cm&fs=1&tf=1&to=sznelwar@uol.com.br> > escreveu: > ** > Tentei rodar o seu script, mas a partir deste comando dá pau! > > > gpclibPermit() ## para permitir unionSpatialPolygons > [1] FALSE > > borda.spol <- (unionSpatialPolygons(ctba, ID=rep(1, length(ctba)), > avoidGEOS=T)) > Erro: isTRUE(gpclibPermitStatus()) is not TRUE > > borda <- data.frame(borda.spol@polygons[[1]]@Polygons[[1]]@coords<https://mail.google.com/mail/?view=cm&fs=1&tf=1&to=borda.spol@polygons[[1]]…> > ) > Erro em data.frame(borda.spol@polygons[[1]]@Polygons[[1]]@coords<https://mail.google.com/mail/?view=cm&fs=1&tf=1&to=borda.spol@polygons[[1]]…>) > : > objeto 'borda.spol' não encontrado > > >

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Re: [R-br] Eclipse Juno
by Leandro Marino 05 Nov '12

05 Nov '12

*Izidro,* * * *fiz exatamente o que você falou e é o mesmo procedimento que faço no linux. Mas ao fazer a busca no diretorio ele busca este xml que parece estar faltando. * Não sei o que pode estar acontecendo. O interessante é que algumas horas antes havia feito o mesmo procedimento no linux e tudo funcionou perfeitamente. Obrigado pela ajuda! Um abraço, Leandro 2012/11/3 <izidro3.1416(a)gmail.com> > Olá Leandro > > Verifique o endereço! > O endereço correto é http://download.walware.de/eclipse-3.8 > > e NÃO http://download.walware.de/eclipse-3.8/content.xml > > Veja no site da WalWare > http://www.walware.de/goto/statet > > []' > > Izidro >

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Re: [R-br] Material introdutório à geoestatística
by Eder Comunello 04 Nov '12

04 Nov '12

Olá, Ligia! Tem um material que encontrei hoje que está bem didático. É do Prof. Landim, também de Rio Claro. Você consegue o texto completo no link que consta na referência que segue. LANDIM, Paulo M. Barbosa. Sobre Geoestatística e mapas.* Terrae didat.*, Campinas, v. 2, n. 1, 2006 . Disponível em < http://ppegeo.igc.usp.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1980-4407200600…>. acessos em 04 nov. 2012. Boa leitura, -- ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00

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Re: [R-br] extrair bordas de arquivos .shp
by Eder Comunello 04 Nov '12

04 Nov '12

Olá, pessoal! Tentei dar um 'up' no CMR, seguindo a dica do Walmes... ############################### #install.packages(c("geoR", maptools", "sp"), dep=T) require(geoR); require(maptools); require(sp) ### download direto! ;D ### joga na pasta/dir de trabalho ativa download.file('http://dl.dropbox.com/u/117618178/ctba/bairros.shp', paste(getwd(),'bairros.shp',sep='/'), mode='wb') download.file('http://dl.dropbox.com/u/117618178/ctba/bairros.dbf', paste(getwd(),'bairros.dbf',sep='/'), mode='wb') download.file('http://dl.dropbox.com/u/117618178/ctba/bairros.shx', paste(getwd(),'bairros.shx',sep='/'), mode='wb') ctba <- readShapePoly("bairros.shp", IDvar="CODE") slotNames(ctba) npol <- as.integer(length(ctba@polygons)) ### numero de poligonos for (i in 1:npol){ nsubpol <- length(ctba@polygons[[i]]@Polygons) ### numero de poligonos internos for (ii in 1:nsubpol){ pol <- ctba@polygons[[i]]@Polygons[[ii]]@coords assign(paste("P",formatC(i, flag=0, width=3),ii,sep="-"),pol) } } ### unir todos os poligonos e então exporta uma borda unica gpclibPermit() ## para permitir unionSpatialPolygons borda.spol <- (unionSpatialPolygons(ctba, ID=rep(1, length(ctba)), avoidGEOS=T)) borda <- data.frame(borda.spol@polygons[[1]]@Polygons[[1]]@coords) ############################### Observações sobre o download.file() e Dropbox 1) arquivos locados em um subdiretório da pasta 'Public'; 2) funcionou tanto com http quanto https; 3) precisei definir mode='wb' (modo binário) para não corromper os arquivos na gravação. R version 2.15.2 (2012-10-26) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) -- ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00

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Re: [R-br] [Dúvida] Função Gama Incompleta.
by Pedro Rafael 04 Nov '12

04 Nov '12

Mesmo assim deu valores diferentes. hy Mathematica: Gamma[1.5, 0, 0.10] = 0.019861 OBS: O argumento zero é para dizer que estou calculando a gamma inferior, integral de 0 à x; R: pgamma(1.5, .10, lower=FALSE)*gamma(.10) = 0.1079214 Uma outra dúvida que tenho é sobre a função hipergeométrica 2F1. Estou utilizando o pacote hypergeo. A minha função que envolva a função hypergeo é: fda_bllg <- function(par,x){ a <- par[1] b <- par[2] alpha <- par[3] Beta <- par[4] (((x^(-Beta))^(-a))*((1/alpha)^(a*Beta))*Re(hypergeo(a, a+b, 1+a, -(x/alpha)^Beta, tol = 0, maxiter=20000)))/(a*beta(a,b)) } fda_bllg trata-se da função de distribuição acumulada da distribuição Beta Log-Logistica KLL, uma distribuição com 4 parâmetros utilizada em análise de sobrevivência e suporte x>=0. Quando substituo os estimadores de máxima verossimilhança ocorre erro. As EMV da distribuição KLL são: est = c(6.474587e+02,2.043228e+02, 5.867625e-03,1.210073e-01) Seja x = 10. Temos que: fda_bllg(est,10) A mensagem de erro é: [1] Inf Mensagens de aviso perdidas: 1: In i15.3.8(A, B, C) : valor fora de limites em 'gammafn' [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 1 de novembro de 2012 14:41, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho(a)gmail.com > escreveu: > Mesmo assim deu valores diferentes. > hy > > > Mathematica: > Gamma[1.5, 0, 0.10] = 0.019861 > > OBS: O argumento zero é para dizer que estou calculando a gamma inferior, > integral de 0 à x; > > R: > > pgamma(1.5, .10, lower=FALSE)*gamma(.10) = 0.1079214 > > > Uma outra dúvida que tenho é sobre a função hipergeométrica 2F1. Estou > utilizando o pacote hypergeo. A minha função que envolva a função hypergeo > é: > > fda_bllg <- function(par,x){ > a <- par[1] > b <- par[2] > alpha <- par[3] > Beta <- par[4] > (((x^(-Beta))^(-a))*((1/alpha)^(a*Beta))*Re(hypergeo(a, a+b, 1+a, > -(x/alpha)^Beta, tol = 0, maxiter=20000)))/(a*beta(a,b)) > } > > fda_bllg trata-se da função de distribuição acumulada da distribuição Beta > Log-Logistica KLL, uma distribuição com 4 parâmetros utilizada em análise > de sobrevivência e suporte x>=0. Quando substituo os estimadores de máxima > verossimilhança ocorre erro. > > As EMV da distribuição KLL são: > > est = c(6.474587e+02,2.043228e+02, 5.867625e-03,1.210073e-01) > > Seja x = 10. Temos que: > > fda_bllg(est,10) > > A mensagem de erro é: > [1] Inf > Mensagens de aviso perdidas: > 1: In i15.3.8(A, B, C) : valor fora de limites em 'gammafn' > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 1 de novembro de 2012 06:44, beniltoncarvalho [via R-br] < > ml-node+s2285057n4656804h1(a)n4.nabble.com> escreveu: > > o problema e' q vc vai precisar revisitar as definicoes da funcao gama >> incompleta... ler a documentacao detalhada de pgamma() e comparar com o que >> Gamma[] no Mathematica faz... >> >> o que vc quer e': >> >> pgamma(1.5, .10, lower=FALSE)*gamma(.10) >> >> >> 2012/11/1 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4656804&i=0> >> > >> >>> Pessoal qual o comando certo ou pacote que trabalha com a função gamma >>> incompleta? Estou obtendo valores muito diferentes da gamma incompleta no R >>> e no mathematica. >>> >>> >>> Por exemplo: >>> >>> No R: pgamma(.10,1.5) = 0.0224107 >>> No Mathematica: N[Gamma[.10, 1.5], 10] = 0.107921 >>> >>> Qual seria o problema que não estou enxergando? >>> >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4656804&i=1> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4656804&i=2> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Funcao-Gama-Incompleta-tp4656… >> To unsubscribe from R-br, click here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscrib…> >> . >> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >> > >

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Re: [R-br] extrair bordas de arquivos .shp
by Eder Comunello 04 Nov '12

04 Nov '12

Boa tarde, Samuel e colegas! Segue uma sugestão de código... Testei com a delimitação dos bairros de Curitiba, do material do Prof. Paulo Justiniano Para testar será necessário baixar os 3 arquivos disponibilizados a seguir: https://dl.dropbox.com/u/117618178/ctba/bairros.shp' https://dl.dropbox.com/u/117618178/ctba/bairros.dbf' https://dl.dropbox.com/u/117618178/ctba/bairros.shx' Ou então baixar e descompactar: https://dl.dropbox.com/u/117618178/ctba/bairros.zip' ######################## #install.packages(c("geoR", maptools", "sp"), dep=T) require(geoR); require(maptools); require(sp) ctba <- readShapePoly("bairros.shp", IDvar="CODE") slotNames(ctba) npol <- as.integer(length(ctba@polygons)) ### numero de poligonos for (i in 1:npol){ nsubpol <- length(ctba@polygons[[i]]@Polygons) ### numero de poligonos internos for (ii in 1:nsubpol){ pol <- ctba@polygons[[i]]@Polygons[[ii]]@coords #assign(paste("P",i,ii,sep="-"),pol) assign(paste("P",formatC(i, flag=0, width=3),ii,sep="-"),pol) } } ######################## Neste caso aí serão originados 75 objetos correspondentes ao 75 polígonos. O código prevê sub-polígonos, pois é bem normal que eles existam. Não sei o que você pretende com esta operação, mas te confesso que fico pensando que ela não a melhor solução para "bordas". Sendo assim, acrescento outro trecho de código para unir todos os polígonos e feito isso, exportar uma borda única. ### une todos os poligonos e então exporta uma borda unica gpclibPermit() ## para permitir unionSpatialPolygons borda.spol <- (unionSpatialPolygons(ctba, ID=rep(1, length(ctba)), avoidGEOS=T)) borda.df <- data.frame(borda.spol@polygons[[1]]@Polygons[[1]]@coords) ######################## Estou usando R version 2.15.2 (2012-10-26) - Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) Espero que ajude, -- ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00

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extrair bordas de arquivos .shp
by Samuel Carvalho 04 Nov '12

04 Nov '12

Bom dia pessoal, Alguem poderia ajudar com a seguinta dúvida? Estou usando o pacote sp pra visualização e manipulação de dados espaciais no R. Um dos arquivos que estou trabalhando é do tipo .shp Qual procedimento para extrair as bordas dos polígonos deste arquivo que não seja tão lusitânica quanto o seguinte código: dados <- readShapePoly('dados.shp') length(dados@polygons) #supondo que o resultado deste comando seja == 2 length(dados@polygons[[1]]@Polygons) #e supondo que o resultado aqui seja == 10 length(dados@polygons[[2]]@Polygons) #e supondo que o resultado aqui seja == 10 Entao meu codigo para extrair as coordenadas ditas como bordas ou limites seria dados@polygons[[1]]@Polygons[[1]])@coords dados@polygons[[1]]@Polygons[[2]])@coords . . . dados@polygons[[1]]@Polygons[[10]])@coords e estes mesmos comandos para o poligono 2 o que totaliza 20 linhas de comando Talvez existisse algo como dados@borders mas não existe pois é possível verificar o que se pode extrair do objeto dados que é um objeto da classe "SpatialPolygonsDataFrame" pelo comando getSlots('SpatialPolygonsDataFrame') Obrigado Samuel ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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Fwd: Eclipse Juno
by Leandro Marino 03 Nov '12

03 Nov '12

*Izidro, não estou conseguindo acessar de jeito nenhum.* * * *Tentei também no juno e o erro se repete. Será que o servidor está fora do ar?* 2012/11/3 <izidro3.1416(a)gmail.com> > Olá Leandro > > Eu uso o eclipse Juno com o repositório > http://download.walware.de/eclipse-3.8 > > Izidro >

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Eclipse Juno
by Leandro Marino 03 Nov '12

03 Nov '12

*Caros,* * * *formatei meu notebook e estou instalando alguns programas que considero adequados para o uso no dia a dia. Um deles é o StatET com o Eclipse.* * * *Baixei o eclipse e notei que é a versão 4.2 e ainda não há nada disponível no StatET. Baixei a versão indigo e tentei configurar e não ob**tive sucesso está fornecendo o seguinte erro.* * * * Unable to read repository at http://download.walware.de/eclipse-3.8/content.xml. Unable to read repository at http://download.walware.de/eclipse-3.8/content.xml. Cannot assign requested address: connect alguem sabe como posso resolver isto? *

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Especificação de Pesos em glm(family=poisson)
by Diego Pujoni 02 Nov '12

02 Nov '12

Olá Pessoal, possuo uma variável preditora que é o número de espécies exóticas de peixes encontrados no lago i. Entretanto, para cada lago, eu possuo um esforço amostral diferente, isto é, existem lagos que foram amostrados apenas uma vez e lagos que foram amostrados 10 vezes. De forma que eu possuo uma incerteza maior para o lago que só foi amostrado uma única vez. Gostaria de incluir estas incertezas no ajuste e tentei utilizar o argumento "weights". Entretanto a escala dos meus pesos influencia muito o desvio residual. Existe uma forma correta para especificar estes pesos? Obrigado Sp = c(2,2,3,2,2,4,0,0,3,3,0,1,5,2,3,2,0,2,3) Peso = c(8,8,10,8,8,10,8,8,10,10,1,1,2,1,1,1,2,1,1) Var1 = c(1.48,1.65,2.50,2.20,1.48,2.29,2.83,3.59,2.29,1.65,2.70,4.94, 3.96,15.30,1.01,1.01,0.51,1.79,1.79) Var2 = c(1.48,0.00,0.00,0.00,0.00,0.00,2.83,3.59,0.00,0.00,14.99,4.94, 0.00,15.30,0.00,0.00,0.51,0.00,0.00) GLM = glm(Sp~Var1+Var2-1,family=poisson) summary(GLM) GLM1 = glm(Sp~Var1+Var2-1,weights = Peso, family=poisson) summary(GLM1) Diego PJ

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