Outubro 2012 - R-br

Dúvida em Modelo linear
by Luciano F. Sgarbi 27 Out '12

27 Out '12

Boa noite, R's Estou com uma dúvida, Como eu faço para saber o tamanho da diferença entre dois tratamentos (no caso "Alto" e "Baixo") em um modelo linear. No exemplo abaixo, não existe efeito do "x" sobre o "y", entretanto existe efeito de "t" (diferença entre os tratamentos "Alto" e "Baixo"). E é nisso que eu estou interessado. Qual seria a forma mais adequada para encontrar essa diferença? Eu usei "lm(y~x+factor(t))" mas não consegui chegar a nada. Alguém poderia me ajudar, por favor? O script é o mesmo que eu estou usando para gerar diferentes padrões e tentar entender os resultados. Abraços Luciano #-------------------------------------------------------------------------------- SD=0.1 n=50 #----- aA=0.8#intercepto Alto bA=-0#inclinação Alta aB=0.3#intercepto Baixo bB=-0#inclinação Baixo xA<-runif(n) yA<-(aA+(bA*xA)) yA<-yA+rnorm(n,0,sd=SD) xA<-xA*100 xB<-runif(n) yB<-(aB+(bB*xB)) yB<-yB+rnorm(n,0,sd=SD) xB<-xB*100 x<-c(xB,xA) y<-c(yB,yA) v<-rep(c("BAIXO","ALTO"),c(length(xB),length(xA))) plot(y~x,pch="",xlab="Eixo X",ylab="Eixo Y") points(xA,yA,col="pink",pch=16) points(xB,yB,col="grey",,pch=16) abline(lm(yB~xB),lwd=4,col="black") abline(lm(yA~xA),lwd=4,col="red") legend("topright", c("ALTO","BAIXO"), col = c("red","black"),pch=16,merge = TRUE, bg = 'gray90',lty=1) model<-lm(y~x+factor(v)) summary(model) #-------------------------------------------------------------------------------- -- Luciano F. Sgarbi Mestrando em Ecologia e Evolução - UFG Laboratório de Ecologia de Insetos Cel. (62)8174-2262 Lab. (62)3521-1732

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Separa primeiro e último nome
by Fátima Lima Paula 27 Out '12

27 Out '12

Prezados, tenho uma coluna com nomes completos. Existe uma forma de separar o nome em 3 colunas: uma com primeiro nome, uma com nome do meio e uma com último nome? Obrigada Fátima

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[Dúvida] Pacote para trabalhar com função de verossimilhança.
by Pedro Rafael 27 Out '12

27 Out '12

Pessoal qual o pacote que vocês me indicam para trabalhar com maximização de função log-varossimilhança. Em geral eu escrevo a função e uso a função optim a depender da função utilizo uma método específico para maximizar. Gostaria de saber qual é um bom pacote confiável que apresenta objetos e métodos para esse propósito. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.

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integral de dados discretos
by Luigi Cavalcanti 26 Out '12

26 Out '12

Desculpem-me pela mancada, segue email anterior, saída do dput() e CMR... Prezados colegas, tenho alguns dados de produção de metano ao longo do tempo em intervalos de 12 minutos. Gostaria da opinião de vocês sobre a melhor forma de integrar a área sob a curva formada. Já pesquisei algumas coisas e acredito que usar a função integrate() sobre o vetor gerado com as funções approxfun() ou splinefun() podem resolver o problema ao ligarem os pontos, embora redundem em resultados diferentes e não contemplem exatamente todos os pontos. Segue o banco de dados e as funções usadas por mim... ### Banco de dados data<-structure(list(Sample = 1:100, CH4A = c(0.02492, 0.0272, 0.03284, 0.04048, 0.04256, 0.0474, 0.05128, 0.05348, 0.05292, 0.05156, 0.05532, 0.05608, 0.05152, 0.05234, 0.05222, 0.05266, 0.056, 0.05008, 0.05038, 0.05148, 0.0485, 0.04748, 0.04272, 0.04294, 0.04132, 0.03824, 0.03672, 0.04056, 0.03592, 0.03492, 0.03818, 0.03628, 0.03492, 0.03588, 0.03196, 0.0338, 0.03456, 0.03284, 0.03684, 0.03282, 0.03116, 0.03082, 0.03072, 0.03488, 0.0349, 0.035, 0.03516, 0.03256, 0.02988, 0.03408, 0.02854, 0.03392, 0.02844, 0.0327, 0.031, 0.03074, 0.0308, 0.02808, 0.02796, 0.02822, 0.04016, 0.03704, 0.04814, 0.04636, 0.04824, 0.0514, 0.0506, 0.05602, 0.0623, 0.06436, 0.06132, 0.06396, 0.0612, 0.05466, 0.05832, 0.06704, 0.06776, 0.06076, 0.05698, 0.06096, 0.06566, 0.06282, 0.05626, 0.05456, 0.05716, 0.05634, 0.05258, 0.05564, 0.05608, 0.05284, 0.05228, 0.05008, 0.05322, 0.05018, 0.04752, 0.04478, 0.04732, 0.04524, 0.03788, 0.04192)), .Names = c("Sample", "CH4A"), row.names = c(NA, 100L), class = "data.frame") #### Plotagem ----- plot(CH4A~Sample,data,type='l') #### integrando com approxfun() f2 <- approxfun(data$Sample, data$CH4A) integrate(f2, min(data$Sample), max(data$Sample),subdivisions=1000) #### integrando com splinefun() f3 <- splinefun(data$Sample, data$CH4A) integrate(f3, min(data$Sample), max(data$Sample),subdivisions=1000) #### plotagem final -------- plot(data$CH4A~data$Sample, type = "n") curve(f2(x), add = TRUE, col=1) curve(f3(x), add = TRUE, col=3) f4 <- splinefun(data$Sample, data$CH4A, method ="natural") curve(f4(x), add = TRUE, col=4) ### Percebam que algumas variações bruscas não são contempladas pelas curvas ajustadas, o que provavelmente afeta a área.

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integral de dados discretos
by Luigi Cavalcanti 26 Out '12

26 Out '12

Prezados colegas, tenho alguns dados de produção de metano ao longo do tempo em intervalos de 12 minutos. Gostaria da opinião de vocês sobre a melhor forma de integrar a área sob a curva formada. Já pesquisei algumas coisas e acredito que usar a função integrate() sobre o vetor gerado com as funções approxfun() ou splinefun() podem resolver o problema ao ligarem os pontos, embora redundem em resultados diferentes e não contemplem exatamente todos os pontos. Segue o banco de dados e as funções usadas por mim... Banco de dados: data Sample CH4A 1 1 0.02492 2 2 0.02720 3 3 0.03284 4 4 0.04048 5 5 0.04256 6 6 0.04740 7 7 0.05128 8 8 0.05348 9 9 0.05292 10 10 0.05156 11 11 0.05532 12 12 0.05608 13 13 0.05152 14 14 0.05234 15 15 0.05222 16 16 0.05266 17 17 0.05600 18 18 0.05008 19 19 0.05038 20 20 0.05148 21 21 0.04850 22 22 0.04748 23 23 0.04272 24 24 0.04294 25 25 0.04132 26 26 0.03824 27 27 0.03672 28 28 0.04056 29 29 0.03592 30 30 0.03492 31 31 0.03818 32 32 0.03628 33 33 0.03492 34 34 0.03588 35 35 0.03196 36 36 0.03380 37 37 0.03456 38 38 0.03284 39 39 0.03684 40 40 0.03282 41 41 0.03116 42 42 0.03082 43 43 0.03072 44 44 0.03488 45 45 0.03490 46 46 0.03500 47 47 0.03516 48 48 0.03256 49 49 0.02988 50 50 0.03408 51 51 0.02854 52 52 0.03392 53 53 0.02844 54 54 0.03270 55 55 0.03100 56 56 0.03074 57 57 0.03080 58 58 0.02808 59 59 0.02796 60 60 0.02822 61 61 0.04016 62 62 0.03704 63 63 0.04814 64 64 0.04636 65 65 0.04824 66 66 0.05140 67 67 0.05060 68 68 0.05602 69 69 0.06230 70 70 0.06436 71 71 0.06132 72 72 0.06396 73 73 0.06120 74 74 0.05466 75 75 0.05832 76 76 0.06704 77 77 0.06776 78 78 0.06076 79 79 0.05698 80 80 0.06096 81 81 0.06566 82 82 0.06282 83 83 0.05626 84 84 0.05456 85 85 0.05716 86 86 0.05634 87 87 0.05258 88 88 0.05564 89 89 0.05608 90 90 0.05284 91 91 0.05228 92 92 0.05008 93 93 0.05322 94 94 0.05018 95 95 0.04752 96 96 0.04478 97 97 0.04732 98 98 0.04524 99 99 0.03788 100 100 0.04192 #### Plotagem ----- plot(CH4A~Sample,data,type='l') #### integrando com approxfun() f2 <- approxfun(data$Sample, data$CH4A) integrate(f2, min(data$Sample), max(data$Sample),subdivisions=1000) #### integrando com splinefun() f3 <- splinefun(data$Sample, data$CH4A) integrate(f3, min(data$Sample), max(data$Sample),subdivisions=1000) #### plotagem final -------- plot(data$CH4A~data$Sample, type = "n") curve(f2(x), add = TRUE, col=1) curve(f3(x), add = TRUE, col=3) f4 <- splinefun(data$Sample, data$CH4A, method ="natural") curve(f4(x), add = TRUE, col=4) ### Percebam que algumas variações bruscas não são contempladas pelas curvas ajustadas, o que provavelmente afeta a área. Grato pela atenção, Luigi Cavalcanti Doutorando em Zootecnia UFMG/Texas A&M University

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Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe
by fabrizzioconde＠gmail.com 26 Out '12

26 Out '12

Caro Augusto, Na realidade, cada característica na tabela abaixo é um marcador genético e estou analisando a variação desse marcador dentro da amostra de indivíduos. Os números na terceira coluna da tabela abaixo são os alelos ( 0 = AA, 1 = BB e 2 = AB). Os dados que tenham ESTão no formato abaixo: Característica AIndivíduo 10 Característica BIndivíduo 11 Característica CIndivíduo 12 Característica AIndivíduo 22 Característica BIndivíduo 20 Característica CIndivíduo 21 Eu preciso mudar o posicionamento da tabela acima para o formato da tabela abaixo: (para aplicar o modelo de regressão) Característica ACaracterística BCaracterística C Indivíduo 1012 Indivíduo 2201 Desta forma, a segunda tabela é de certa forma uma "transposição" da primeira, mas não uma contagem do número de vezes que aparece o 0, 1 ou 2. Preciso colocar as características nas colunas do dataframe, pois irei aplicar uma regressão linear logística, sendo as características A, B e C as variáveis explanatórias. Tenho os dados da variável dicotomica y em outro arquivo como um vetor coluna. Muito obrigado. Abraços, Fabrízzio -------Original Message------- From: r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Date: 10/26/12 14:43:29 To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Digest R-br, volume 20, assunto 38 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: Coeficiente de Correlação Cofenética (T Branquinho) 2. Re: Transformação de dados no dataframe (fabrizzioconde(a)gmail.com) 3. Re: Transformação de dados no dataframe (Augusto Ribas) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Fri, 26 Oct 2012 13:36:07 -0200 From: T Branquinho <tbranquinho1(a)hotmail.com> To: R <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Coeficiente de Correlação Cofenética Message-ID: <BAY167-W1202591253BD2194857FEC6917E0(a)phx.gbl> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Esse material pode lhe ajudarestá no pacote stat que já vem no R ao instalá-lo. http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/cophenetic.html Date: Fri, 26 Oct 2012 10:34:25 -0200 From: caetano.vidigal(a)gmail.com To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Coeficiente de Correlação Cofenética Bom dia, alguém sabe se existe algum pacote no R que calcula o coeficiente de correlação cofenética ao se fazer um agrupamento?Obrigado -- Bruno C. Vidigal _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne?a c?digo m?nimo reproduz?vel. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr br/pipermail/r-br/attachments/20121026/ecdb53b6/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 2 Date: Fri, 26 Oct 2012 13:38:39 -0200 (Horário brasileiro de verão) From: "fabrizzioconde(a)gmail.com" <fabrizzioconde(a)gmail.com> To: <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe Message-ID: <508AAE7F.000009.01192@FABRIZZIO-PC> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Caro Augusto, O comando table do R faz uma contagem em fatores, assim, esse comando não solucionou o meu problema, pois o que preciso fazer é reposicionar os dados na tabela abaixo: Característica AIndivíduo 10 Característica BIndivíduo 11 Característica CIndivíduo 12 Característica AIndivíduo 22 Característica BIndivíduo 20 Característica CIndivíduo 21 Tentei usar o comando reshape com o seguinte código: Wide <- reshape(dados, v.names = "col3", idvar = "col2", timevar = "col 1") Mas esse comando está travando o R. A tabela final que preciso é: Característica ACaracterística BCaracterística C Indivíduo 1012 Indivíduo 2201 Li o help do comando table, mas não consegui adaptá-lo para resolver esse problema. Será que terei que implementar uma função para realizar essa tarefa? Abraços e muito obrigado pela ajuda e pela paciencia. Fabrízzio Condé de Oliveira -------Original Message------- From: r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Date: 10/24/12 12:00:14 To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Digest R-br, volume 20, assunto 30 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: Transformação de dados no dataframe (Augusto Ribas) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Wed, 24 Oct 2012 09:50:12 -0300 From: Augusto Ribas <ribas.aca(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe Message-ID: <CACMkfRyM6o+=mvtJ7GuQXn2xMiNYgGdo1Za0m0erZ6aw6Xc09g(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="windows-1252" Vamos supor um exemplo de dados: #dados de exemplo dados<-data.frame(col1=round(runif(20,1,4)),col2=sample(c("A","B"),20 replace=T),col3=sample(c("A","B"),20,replace=T)) dados #primeiro com o comando paste, vamos juntar a coluna 2 com a 3, criando os AA AB e BB dados$col4<-factor(paste(dados$col2,dados$col3,sep="")) #Depois como os walmes nos ensinou aqui na lista, a gente usa o match() #para recodificar nos valores que queremos, no caso como vc falou levels(dados$col4) recod<-c(0,1,1,2) dados$col5<-recod[match(dados$col4,levels(dados$col4))] dados #agora que vc te todos os ingredientes, é so usar o comando table() para fazer essa tabela #eu fiz um exemplo de tabela com a coluna 5 e a coluna 5, mas pelo que vi vc quer a coluna #5 e os nomes das linhas, rownames(sua planilha), entao use os nomes da linha na tabela table(dados$col5,dados$col4) Espero que ajude. Abraços Em 24 de outubro de 2012 09:16, fabrizzioconde(a)gmail.com < fabrizzioconde(a)gmail.com> escreveu: > Bom dia, > > Existe algum script que faça o seguinte: > > 1) Cria uma quinta coluna na matriz abaixo baseada na terceira e na quarta > coluna DA seguinte forma: AA = 0, BB = 1 e AB = 2. > > AA1 1 A B AA2 1 A A AA3 1 B B AA4 1 B B AA1 2 A A AA2 2 A B AA3 2 A B > AA4 2 A A AA1 3 B B AA2 3 B B AA3 3 A A AA4 3 A A AA1 4 B B AA2 4 A B AA3 > 4 A A AA4 4 A B > > Assim, a matriz se transformaria em: > > AA1 1 A B 2 AA2 1 A A 0 AA3 1 B B 1 AA4 1 B B 1 AA1 2 A A 0 AA2 2 A B 2 > AA3 2 A B 2 AA4 2 A A 0 AA1 3 B B 1 AA2 3 B B 1 AA3 3 A A 0 AA4 3 A A 0 > AA1 4 B B 1 AA2 4 A B 2 AA3 4 A A 1 AA4 4 A B 2 > > 2) Após esse passo, tenho que eliminar as colunas 3 e 4 DA matriz acima > (talvez em um novo dataframe) e redimensioná-la para o seguinte formato: > > AA1 AA2 AA3 AA4 1 2 0 1 1 2 0 2 2 0 3 1 1 0 0 4 1 2 1 2 > > Ao final, preciso que cada coluna DA matriz acima seja encarada pelo R > como uma variável (AA1, AA2, AA3, AA4), pois irei aplicar o pacote de > regressão logística penalizada stepPlr e considerar essas variáveis > preditoras. > > Muito obrigado. > Fabrízzio > [image: FREE Christmas Animations for your email ? by IncrediMail! > Click Here!]<http://www.incredimail.com/?id=620188&did=10500&ppd=2747 201111071523,9,[TypeID],[IM_UPN2]&rui=139771782&sd=20121024> > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056 -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr br/pipermail/r-br/attachments/20121024/96f8c562/attachment-0001.html> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: xmas_girl_en.gif Tipo: image/gif Tamanho: 61041 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr br/pipermail/r-br/attachments/20121024/96f8c562/attachment-0001.gif> ------------------------------ _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Fim da Digest R-br, volume 20, assunto 30 ***************************************** -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr br/pipermail/r-br/attachments/20121026/e3a78863/attachment-0001.html> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: xmas_girl_en.gif Tipo: image/gif Tamanho: 61041 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr br/pipermail/r-br/attachments/20121026/e3a78863/attachment-0001.gif> ------------------------------ Message: 3 Date: Fri, 26 Oct 2012 13:43:13 -0300 From: Augusto Ribas <ribas.aca(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe Message-ID: <CACMkfRxYhrSakx+OjZeB-_Drp44H=MpuYsnKRa-OaF8C5ZaDyA(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="windows-1252" Eu não entendi perfeitamente o que é o que, desculpe. Vc não consegue fazer um exemplo de dados semelhante ao que eu fiz, e colocar o nome das colunas o que é Caracteristica e o que é Individuo? Em 26 de outubro de 2012 12:38, fabrizzioconde(a)gmail.com < fabrizzioconde(a)gmail.com> escreveu: > > Caro Augusto, > > O comando *table* do R faz uma contagem em fatores, assim, esse comando > não solucionou o meu problema, pois o que preciso fazer é reposicionar os > dados na tabela abaixo: > > > Característica A****** > > Indivíduo 1**** > > 0**** > > Característica B**** > > Indivíduo 1**** > > 1**** > > Característica C**** > > Indivíduo 1**** > > 2**** > > Característica A**** > > Indivíduo 2**** > > 2**** > > Característica B**** > > Indivíduo 2**** > > 0**** > > Característica C**** > > Indivíduo 2**** > > 1**** > > Tentei usar o comando *reshape* com o seguinte código: > > Wide <- reshape(dados, v.names = "col3", idvar = "col2", timevar = "col 1 ) > > Mas esse comando está travando o R. > > A tabela final que preciso é: > > > ** ** > > Característica A**** > > Característica B**** > > Característica C**** > > Indivíduo 1**** > > 0**** > > 1**** > > 2**** > > Indivíduo 2**** > > 2**** > > 0**** > > 1**** > > Li o help do comando table, mas não consegui adaptá-lo para resolver esse > problema. > > Será que terei que implementar uma função para realizar essa tarefa? > > Abraços e muito obrigado pela ajuda e pela paciencia. > > Fabrízzio Condé de Oliveira > > *-------Original Message-------* > > *From:* r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > *Date:* 10/24/12 12:00:14 > *To:* r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > *Subject:* Digest R-br, volume 20, assunto 30 > > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Re: Transformação de dados no dataframe (Augusto Ribas) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Wed, 24 Oct 2012 09:50:12 -0300 > From: Augusto Ribas <ribas.aca(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe > Message-ID: > <CACMkfRyM6o+=mvtJ7GuQXn2xMiNYgGdo1Za0m0erZ6aw6Xc09g(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="windows-1252" > > Vamos supor um exemplo de dados: > > #dados de exemplo > > dados<-data.frame(col1=round(runif(20,1,4)),col2=sample(c("A","B"),20 replace=T),col3=sample(c("A","B"),20,replace=T)) > dados > > > #primeiro com o comando paste, vamos juntar a coluna 2 com a 3, criando os > AA AB e BB > dados$col4<-factor(paste(dados$col2,dados$col3,sep="")) > > #Depois como os walmes nos ensinou aqui na lista, a gente usa o match() > #para recodificar nos valores que queremos, no caso como vc falou > > levels(dados$col4) > recod<-c(0,1,1,2) > dados$col5<-recod[match(dados$col4,levels(dados$col4))] > dados > > > #agora que vc te todos os ingredientes, é so usar o comando table() para > fazer essa tabela > #eu fiz um exemplo de tabela com a coluna 5 e a coluna 5, mas pelo que vi > vc quer a coluna > #5 e os nomes das linhas, rownames(sua planilha), entao use os nomes da > linha na tabela > table(dados$col5,dados$col4) > > Espero que ajude. > Abraços > > Em 24 de outubro de 2012 09:16, fabrizzioconde(a)gmail.com < > fabrizzioconde(a)gmail.com> escreveu: > > > Bom dia, > > > > Existe algum script que faça o seguinte: > > > > 1) Cria uma quinta coluna na matriz abaixo baseada na terceira e na > quarta > > coluna DA seguinte forma: AA = 0, BB = 1 e AB = 2. > > > > AA1 1 A B AA2 1 A A AA3 1 B B AA4 1 B B AA1 2 A A AA2 2 A B AA3 2 A B > > AA4 2 A A AA1 3 B B AA2 3 B B AA3 3 A A AA4 3 A A AA1 4 B B AA2 4 A B AA3 > > 4 A A AA4 4 A B > > > > Assim, a matriz se transformaria em: > > > > AA1 1 A B 2 AA2 1 A A 0 AA3 1 B B 1 AA4 1 B B 1 AA1 2 A A 0 AA2 2 A B > 2 > > AA3 2 A B 2 AA4 2 A A 0 AA1 3 B B 1 AA2 3 B B 1 AA3 3 A A 0 AA4 3 A A 0 > > AA1 4 B B 1 AA2 4 A B 2 AA3 4 A A 1 AA4 4 A B 2 > > > > 2) Após esse passo, tenho que eliminar as colunas 3 e 4 DA matriz acima > > (talvez em um novo dataframe) e redimensioná-la para o seguinte formato: > > > > AA1 AA2 AA3 AA4 1 2 0 1 1 2 0 2 2 0 3 1 1 0 0 4 1 2 1 2 > > > > Ao final, preciso que cada coluna DA matriz acima seja encarada pelo R > > como uma variável (AA1, AA2, AA3, AA4), pois irei aplicar o pacote de > > regressão logística penalizada stepPlr e considerar essas variáveis > > preditoras. > > > > Muito obrigado. > > Fabrízzio > > [image: FREE Christmas Animations for your email ? by IncrediMail! > > Click Here!]< > http://www.incredimail.com/?id=620188&did=10500&ppd=2747,201111071523,9 > ,[TypeID],[IM_UPN2]&rui=139771782&sd=20121024> > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > -- > Grato > Augusto C. A. Ribas > > Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org > Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056 > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr br/pipermail/r-br/attachments/20121024/96f8c562/attachment-0001.html > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo não-texto foi limpo... > Nome: xmas_girl_en.gif > Tipo: image/gif > Tamanho: 61041 bytes > Descrição: não disponível > URL: < > http://listas.inf.ufpr br/pipermail/r-br/attachments/20121024/96f8c562/attachment-0001.gif > > > > ------------------------------ > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > Fim da Digest R-br, volume 20, assunto 30 > ***************************************** > [image: FREE Christmas Animations for your email ? by IncrediMail! > Click Here!]<http://www.incredimail.com/?id=620188&did=10500&ppd=2747 201111071523,9,[TypeID],[IM_UPN2]&rui=139771782&sd=20121026> > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://recologia.blogspot.com.br/<http://augustoribas heliohost.org> Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056 -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr br/pipermail/r-br/attachments/20121026/7ff2d7cb/attachment.html> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: xmas_girl_en.gif Tipo: image/gif Tamanho: 61041 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr br/pipermail/r-br/attachments/20121026/7ff2d7cb/attachment.gif> ------------------------------ _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Fim da Digest R-br, volume 20, assunto 38 *****************************************

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Coeficiente de Correlação Cofenética
by bruno vidigal 26 Out '12

26 Out '12

Bom dia, alguém sabe se existe algum pacote no R que calcula o coeficiente de correlação cofenética ao se fazer um agrupamento? Obrigado -- Bruno C. Vidigal

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Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe
by fabrizzioconde＠gmail.com 26 Out '12

26 Out '12

Caro Augusto, O comando table do R faz uma contagem em fatores, assim, esse comando não solucionou o meu problema, pois o que preciso fazer é reposicionar os dados na tabela abaixo: Característica AIndivíduo 10 Característica BIndivíduo 11 Característica CIndivíduo 12 Característica AIndivíduo 22 Característica BIndivíduo 20 Característica CIndivíduo 21 Tentei usar o comando reshape com o seguinte código: Wide <- reshape(dados, v.names = "col3", idvar = "col2", timevar = "col 1") Mas esse comando está travando o R. A tabela final que preciso é: Característica ACaracterística BCaracterística C Indivíduo 1012 Indivíduo 2201 Li o help do comando table, mas não consegui adaptá-lo para resolver esse problema. Será que terei que implementar uma função para realizar essa tarefa? Abraços e muito obrigado pela ajuda e pela paciencia. Fabrízzio Condé de Oliveira -------Original Message------- From: r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Date: 10/24/12 12:00:14 To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Digest R-br, volume 20, assunto 30 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: Transformação de dados no dataframe (Augusto Ribas) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Wed, 24 Oct 2012 09:50:12 -0300 From: Augusto Ribas <ribas.aca(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe Message-ID: <CACMkfRyM6o+=mvtJ7GuQXn2xMiNYgGdo1Za0m0erZ6aw6Xc09g(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="windows-1252" Vamos supor um exemplo de dados: #dados de exemplo dados<-data.frame(col1=round(runif(20,1,4)),col2=sample(c("A","B"),20 replace=T),col3=sample(c("A","B"),20,replace=T)) dados #primeiro com o comando paste, vamos juntar a coluna 2 com a 3, criando os AA AB e BB dados$col4<-factor(paste(dados$col2,dados$col3,sep="")) #Depois como os walmes nos ensinou aqui na lista, a gente usa o match() #para recodificar nos valores que queremos, no caso como vc falou levels(dados$col4) recod<-c(0,1,1,2) dados$col5<-recod[match(dados$col4,levels(dados$col4))] dados #agora que vc te todos os ingredientes, é so usar o comando table() para fazer essa tabela #eu fiz um exemplo de tabela com a coluna 5 e a coluna 5, mas pelo que vi vc quer a coluna #5 e os nomes das linhas, rownames(sua planilha), entao use os nomes da linha na tabela table(dados$col5,dados$col4) Espero que ajude. Abraços Em 24 de outubro de 2012 09:16, fabrizzioconde(a)gmail.com < fabrizzioconde(a)gmail.com> escreveu: > Bom dia, > > Existe algum script que faça o seguinte: > > 1) Cria uma quinta coluna na matriz abaixo baseada na terceira e na quarta > coluna DA seguinte forma: AA = 0, BB = 1 e AB = 2. > > AA1 1 A B AA2 1 A A AA3 1 B B AA4 1 B B AA1 2 A A AA2 2 A B AA3 2 A B > AA4 2 A A AA1 3 B B AA2 3 B B AA3 3 A A AA4 3 A A AA1 4 B B AA2 4 A B AA3 > 4 A A AA4 4 A B > > Assim, a matriz se transformaria em: > > AA1 1 A B 2 AA2 1 A A 0 AA3 1 B B 1 AA4 1 B B 1 AA1 2 A A 0 AA2 2 A B 2 > AA3 2 A B 2 AA4 2 A A 0 AA1 3 B B 1 AA2 3 B B 1 AA3 3 A A 0 AA4 3 A A 0 > AA1 4 B B 1 AA2 4 A B 2 AA3 4 A A 1 AA4 4 A B 2 > > 2) Após esse passo, tenho que eliminar as colunas 3 e 4 DA matriz acima > (talvez em um novo dataframe) e redimensioná-la para o seguinte formato: > > AA1 AA2 AA3 AA4 1 2 0 1 1 2 0 2 2 0 3 1 1 0 0 4 1 2 1 2 > > Ao final, preciso que cada coluna DA matriz acima seja encarada pelo R > como uma variável (AA1, AA2, AA3, AA4), pois irei aplicar o pacote de > regressão logística penalizada stepPlr e considerar essas variáveis > preditoras. > > Muito obrigado. > Fabrízzio > [image: FREE Christmas Animations for your email ? by IncrediMail! > Click Here!]<http://www.incredimail.com/?id=620188&did=10500&ppd=2747 201111071523,9,[TypeID],[IM_UPN2]&rui=139771782&sd=20121024> > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056 -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr br/pipermail/r-br/attachments/20121024/96f8c562/attachment-0001.html> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: xmas_girl_en.gif Tipo: image/gif Tamanho: 61041 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr br/pipermail/r-br/attachments/20121024/96f8c562/attachment-0001.gif> ------------------------------ _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Fim da Digest R-br, volume 20, assunto 30 *****************************************

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Re: [R-br] Ajuda para criar um grafico
by Ivan Bezerra Allaman 26 Out '12

26 Out '12

Utilize as funções plot, segments e par para obter êxito! O link abaixo será útil também. http://gallery.r-enthusiasts.com/ (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Erro ao carregar Rcmdr
by Andre Oliveira 25 Out '12

25 Out '12

Pessoas, estou aqui com ubuntu 12.04. Instalei o Rcmdr e os pacotes dependentes, mas o rgl não instala de jeito nenhum e ele é requerido pela Rcmdr. ======================================================================================================== install.packages("rgl", dep=T) Installing package(s) into ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15’ (as ‘lib’ is unspecified) --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- Carregando a interface Tcl/Tk ... pronto tentando a URL 'http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/src/contrib/rgl_0.92.894.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 1713982 bytes (1.6 Mb) URL aberta ================================================== downloaded 1.6 Mb * installing *source* package ‘rgl’ ... ** package ‘rgl’ successfully unpacked and MD5 sums checked checking for gcc... gcc -std=gnu99 checking whether the C compiler works... yes checking for C compiler default output file name... a.out checking for suffix of executables... checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E checking for gcc... (cached) gcc -std=gnu99 checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... (cached) yes checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... (cached) none needed checking for libpng-config... yes configure: using libpng-config configure: using libpng dynamic linkage checking for X... no configure: error: X11 not found but required, configure aborted. ERROR: configuration failed for package ‘rgl’ * removing ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rgl’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpfivhTH/downloaded_packages’ Mensagens de aviso perdidas: In install.packages("rgl", dep = T) : installation of package ‘rgl’ had non-zero exit status ========================================================= Obrigado André Oliveira Souza

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