Outubro 2012 - R-br

Re: [R-br] Diferença Pacotes multicore e parallel
by Junior Beleti 06 Out '12

06 Out '12

Olá Benilton, entendi. É que eu sempre utilizei o pacote multicore, mas em experimentos recentes com o pacote parallel obtive melhores desempenhos. Daí surgiu a dúvida. Obrigado, Junior.

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Dúvida função Anova pacote car - Medidas repetidas
by Diego Pujoni 06 Out '12

06 Out '12

Olá pessoal, estou realizando uma ANOVA com medidas repetidas e estou utilizando a função "Anova" do pacote "car". Medi o biovolume de algas a cada dois dias durante 10 dias (no banco de dados abaixo só coloquei até o 4° dia). Tenho 2 tratamentos ("c","t") e o experimento foi realizado em tréplicas ("A","B","C"). > Pa2 Day Type Replicate logbiovolume 1 0 c A 19.34 2 0 c B 18.27 3 0 c C 18.56 4 0 t A 18.41 5 0 t B 18.68 6 0 t C 18.86 7 2 c A 18.81 8 2 c B 18.84 9 2 c C 18.52 10 2 t A 18.29 11 2 t B 17.91 12 2 t C 17.67 13 4 c A 19.16 14 4 c B 18.85 15 4 c C 19.36 16 4 t A 19.05 17 4 t B 19.09 18 4 t C 18.26 Pa2.teste = within(Pa2,{group = factor(Type) time = factor(Day) id = factor(Replicate)}) matrix = with(Pa2.teste,cbind(Pa2[,VAR][group=="c"],Pa2[,VAR][group=="t"])) matrix [,1] [,2] [1,] 19.34 18.41 [2,] 18.27 18.68 [3,] 18.56 18.86 [4,] 18.81 18.29 [5,] 18.84 17.91 [6,] 18.52 17.67 [7,] 19.16 19.05 [8,] 18.85 19.09 [9,] 19.36 18.26 [10,] 19.63 18.96 [11,] 19.94 18.06 [12,] 19.54 18.37 [13,] 19.98 17.96 [14,] 20.99 17.93 [15,] 20.45 17.74 [16,] 21.12 17.60 [17,] 21.66 17.33 [18,] 21.51 18.12 model <- lm(matrix ~ 1) design <- factor(c("c","t")) options(contrasts=c("contr.sum", "contr.poly")) aov <- Anova(model, idata=data.frame(design), idesign=~design, type="III") summary(aov, multivariate=F) Univariate Type III Repeated-Measures ANOVA Assuming Sphericity SS num Df Error SS den Df F Pr(>F) (Intercept) 12951.2 1 6.3312 17 34775.336 < 2.2e-16 *** design 19.1 1 17.3901 17 18.697 0.0004606 *** --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 O problema é que eu acho que esta função não está levando em consideração os dias, nem as réplicas. Como faço para introduzir isto na função. Vocês conhecem alguma função correspondente não paramétrica para este teste? Tipo um teste de Friedman com dois grupos (tratamento e réplica) e um bloco (tempo)? Pelo que entendi, a função friedman.test só faz com um grupo apenas. Muito Obrigado Diego PJ

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Diferença Pacotes multicore e parallel
by Junior Beleti 05 Out '12

05 Out '12

Boa tarde a todos, gostaria de saber qual seria ou se existe ligação entre os pacotes "multicore" e "parallel". Por exemplo, posso utilizar os dois com a função mclapply, apenas instanciando-os: require(multicore) OU require(parallel), que consigo executar a função mclapply normalmente. Na documentação do multicore, vi que o pacote parallel tem a descrição de "Avaliar uma expressão de forma assíncrona em processos separados", e já o multicore possui a descrição de "pacote para processamento paralelo de código R". Qual seria a diferença dos dois pacotes no uso da função mclapply, por exemplo? Att, Junior.

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Ordered probit binary
by Daniel Marcelino 05 Out '12

05 Out '12

Olá caros, li un texto esta semana em que se analizou dados binários como ordered probit e não simples probit. Para mim isto é novo, dei uma googlada mas não achei muita coisa interessante no R, agluem sabe alguma coisa sobre isso? Daniel -- -------------------------------------------------- View my research on these pages: http://www.crcee.umontreal.ca http://danielmarcelino.com http://ssrn.com/author=1640522 -------------------------------------------------- My contacts: Land Phone 1+514 343 6111 #3799 Skype: d.marcelino 3200 Jean Brillant, Office C5071 Montreal, QC; H3T 1N8 Canada ----------------------------------------------------- "Small steps toward a much better world"

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Eclipse e R
by Emerson Cotta Bodevan 05 Out '12

05 Out '12

Olá alguém da lista usa o Eclipse como "editor" do R? Se sim, quais as vantagens de usá-lo, por exemplo, em relação ao EMACS? Att., Emerson.

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Filtrar observações
by Carlos Mendonça 04 Out '12

04 Out '12

Prezados, tenho um arquivo tradutor com várias observações para um mesmo código. Preciso ficar só com a primeira observação de cada código desse arquivo tradutor. Como posso fazer isto? *Arquivo tradutor* codigo produto 1 valor3 > a 3 25 > a 5 10 > a 2 15 > b 15 85 > b 5 15 > c 2 5 > c 4 7 > c 2 5 > c 2 3 > *Resultado desejado * codigo produto 1 valor3 a 3 25 b 15 85 c 2 5 > > >

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ccf (cross correlation function) entre duas time series com 'internal NAs'
by carlos pombo sonderblohm 04 Out '12

04 Out '12

Prezados colegas, estou a trabalhar com varias series temporais >library(astsa) e library(TSA); -no meu R version 2.13.1 (2011-07-08) no SO Windows7 64bit- tenho a seguinte dúvida, quando aplico a função ccf entre duas series, que devo fazer com os Na´s nesta função: 1.- na.action = na.pass ou 2.- na.action = na.contiguous estive a revisar a informação de ajuda da função ccf e encontrei isto : 'By default, no missing values are allowed. If the na.action function passes through missing values (as na.pass does), the covariances are computed from the complete cases. This means that the estimate computed may well not be a valid autocorrelation sequence, and may contain missing values. Missing values are not allowed when computing the PACF of a multivariate time series.' se comprendí bem a explicação, não devo usar na.pass devido a que estaria a estimar uma sequencia de correlações NÂO CONTINUA? com possiveis 'missing values' ou na.pass daria jeito porque estaria so a estimar aquelas que apresentan valores? e os lags vão a corresponder a cada intervalo de tempo na que se encontra minhas series (depasso seja dito são valores mensais)? Bom, adjunto aqui un ficheiro com varias duas series, OCTOPUS e PLOBO (ficheiro -> 'duvida.csv' , como podem ver, PLOBO apresenta internals NAs, eu fiz a ccf com cada na.action para ver o correlograma, e apresenta diferenças enormes! alguma dica? #scripts para visualizar o problema (duvida) OCT<- ts(duvida$OCTOPUS, start = c(1990,1), freq=12) PLOBO <- ts(duvida$PLOBO, start = c(1990,1), freq=12) ccf(PLOBO, OCTOPUS) ccf(PLOBO, OCTOPUS, na.action = na.pass) ccf(PLOBO, OCTOPUS, na.action = na.contiguous) muito obrigado Carlos -- Carlos A. Pombo Sonderblohm PhD Student on Marine Science (Fisheries) Faculdade de Ciências e Tecnología Universidade do Algarve, Campus de Gambelas 8005-139 Faro Portugal Tef. 289 800 905 ext. 7605

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ggplot2 renomear strip elementos
by Alisson Lucrecio 04 Out '12

04 Out '12

Olá pessoal da r-br, Eu usava as funções ggplotGrob, grid.ls e getGrob para extrair os elementos do grid e renomear-los da forma que queria, mas o pacote ggplot2 teve uma alteração. Alguém sabe como fazer as alterações do strip.elementes com o ggplot2? Quero trocar os nomes LVAd, LVdf e PVAd para YRL, DRL e YRA, respectivamente. O link do arquivo segue abaixo: http://dl.dropbox.com/u/102629803/r%20br%20ajudar.rar Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Literatura sobre análises de sobrevivência
by Cassiano 04 Out '12

04 Out '12

Olá, Gostaria de saber se alguém conhece algum livro texto, que seja bom e completo, para análises de sobrevivência usando o R. Att, Cassiano -- ======================================= Cassiano S. Rosa FaEnge - UEMG Av. Brasilia, nº 1304 - Bairro Baú, João Monlevade/MG CEP 35930-314 Tel:. 31-38593200 www.faenge.uemg.br Laboratório de Orthoptera Universidade Federal de Viçosa -UFV Av. Ph Rolfs s/n, Viçosa-MG 36570-000 Tel: 31-38992548 Curriculo lattes: http://lattes.cnpq.br/3030825329622014 =======================================

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Fwd: correlação de Pearson [resolvido]
by marcelo claro de souza 03 Out '12

03 Out '12

Pessoal, deu certo. Muito obrigado a todos. Abraço. Marcelo ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: Emmanuel Arnhold <emmanuelarnhold(a)yahoo.com.br> Data: 2 de outubro de 2012 16:31 Assunto: Re: [R-br] correlação de Pearson Para: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> install.packages("ds") require(ds) var1=c(10,13,14,16,18,22,29,28,35) var2=c(0.5,1,1.5,2,2.5,3,3.5,4,4.5) var3=c(102,NA,106,91,109,108,120,101,NA) var4=c(500,456,423,378,312,263,200,120,50) var5=c(18,09,22,NA,26,59,10,NA,96) table=data.frame(var1,var2,var3,var4,var5) r1<-dscor(table) r1 r2<-dscor(table, option=2) r2 ?dscor ------------------------------ *De:* marcelo claro de souza <marcelo.claro.souza(a)gmail.com> *Para:* r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br *Enviadas:* Terça-feira, 2 de Outubro de 2012 13:54 *Assunto:* [R-br] correlação de Pearson Boa tarde pessoal Montei uma matriz de correlação utilizando cor(dados, method='pearson') Gostaria de saber se existe alguma função que teste automaticamente o coeficiente de correlação entre as variáveis sem precisar rodar manualmente cor.test(x,y,method='pearson'), afinal são quase 30 variáveis que estou correlacionando. Muito obrigado pela ajuda. Abraço _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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