Outubro 2012 - R-br

Enc: Problemas com rgl!
by Ivan Bezerra Allaman 22 Nov '12

22 Nov '12

Boa tarde Daniel! Tenho a seguinte mensagem como camando: Lendo listas de pacotes... Pronto Construindo árvore de dependências Lendo informação de estado... Pronto E: Você deve colocar algumas URIs 'source' em seu sources.list O que isso quer dizer eu não sei, só sei que tenho a seguinte conteúdo no meu sources.list: deb http://mint-packages.c3sl.ufpr.br/ maya main upstream import deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ precise main restricted universe multiverse deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ precise-updates main restricted universe multiverse deb http://security.ubuntu.com/ubuntu/ precise-security main restricted universe multiverse deb http://archive.canonical.com/ubuntu/ precise partner deb http://packages.medibuntu.org/ precise free non-free # deb http://archive.getdeb.net/ubuntu precise-getdeb apps # deb http://archive.getdeb.net/ubuntu precise-getdeb games #Repositório do R deb http://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu precise/ deb http://cran-r.c3sl.ufpr.br/ precise-backports main restricted universe Inté, \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature} ________________________________ De: Daniel C Bezerra <danielcbezerra(a)gmail.com> Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br; Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman(a)yahoo.com.br> Enviadas: Sábado, 8 de Setembro de 2012 15:57 Assunto: Re: [R-br] Problemas com rgl! Tente rodar no terminal: sudo apt-get build-dep r-cran-rgl On Sat, Sep 8, 2012 at 3:30 PM, Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman(a)yahoo.com.br> wrote: Boa tarde senhores! > > >Ao rodar um gráfico em 3D com a rgl percebi que estava muito lento, travando. Então descobri que não estava instalado o driver de vídeo da minha máquina. Ao instalar e tentar usar a rgl obtive erros. Então removi o pacote que estava dentro do usr blablab e tentei reinstalar o pacote sem sucesso com o seguinte erro: > > >* installing *source* package ‘rgl’ ... >** package ‘rgl’ successfully unpacked and MD5 sums checked >checking for gcc... gcc -std=gnu99 >checking whether the C compiler works... yes >checking for C compiler default output file name... a.out >checking for suffix of executables... >checking whether we are cross compiling... no >checking for suffix of object files... o >checking whether we are using the GNU C compiler... yes >checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes >checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed >checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E >checking for gcc... (cached) gcc -std=gnu99 >checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes >checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... (cached) yes >checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... (cached) none needed >checking for libpng-config... yes >configure: using libpng-config >configure: using libpng dynamic linkage >checking for X... libraries , headers >checking GL/gl.h usability... yes >checking GL/gl.h presence... yes >checking for GL/gl.h... yes >checking GL/glu.h usability... yes >checking GL/glu.h presence... yes >checking for GL/glu.h... yes >checking for glEnd in -lGL... yes >checking for gluProject in -lGLU... yes >checking for freetype-config... yes >configure: using Freetype and FTGL >configure: creating ./config.status >config.status: creating src/Makevars > >. >. >. > >Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rgl', details: > call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) > error: impossível carregar objeto compartilhado '/usr/local/lib/R/site-library/rgl/libs/rgl.so': > libGL.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory >Erro: loading failed >Execução interrompida >ERROR: loading failed >* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/rgl’ > >The downloaded source packages are in > ‘/tmp/RtmpS6wZHV/downloaded_packages’ >Mensagens de aviso perdidas: >In install.packages("rgl") : > installation of package ‘rgl’ had non-zero exit status > > >Já pesquisei em vários lugares, instalar várias coisas e o erro persiste. Grato se alguém puder ajudar. Utilizo o mint 13 maya ubuntu. > > >Abraços! > > > >\begin{signatu ><<>>= >Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman >Universidade Estadual de Santa Cruz >Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas >Ilhéus/BA - Brasil >Fone: +55 73 3680-5596 >E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com >@ >\end{signature} >_______________________________________________ >R-br mailing list >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >

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Duvida, como exibir help-pages do R no navegador usando Ubunto-linux e emacs?
by Augusto Ribas 05 Nov '12

05 Nov '12

Ola colegas, recentemente começei a usar o ubunto e estou tendo algumas dificuldades básicas. Estou tentando usar o emacs como editor para o R e minha duvida é de como fazer para as paginas de documentação, quando se usa o comando ?função aparecam no navegador. Eu não entendi se isso tem que ser configurado no arquivo .emacs ou no arquivo .Rprofile Alias o arquivo .Rprofile não é criado automaticamente quando instalamos o R, ele tem que ser criado manualmente no diretorio home? no arquivo .emacs eu coloquei a seguinte linha: (setq ess-help-own-frame t) Mas somente qd digito por exemplo ?rnorm no buffer que esta o R que abre um novo buffer com o help. Se digito ?rnorm no buffer que estou fazendo um script o help sai na pagina do R. Eu gostaria que de ambas as formas a documentação aparecesse no navegador com hyperlinks. Aproveitando, eu gostaria de saber também como o emacs pode colorir todos os comando do R. Atualmente se eu digito algumas coisas como require no buffer de script e o emacs pinta de azul, mas comando por exemplo rnorm( ele somente mostra os argumentos la em baixo, mas não pinta com uma cor diferente. Vou colar o que ja fiz de modificação no arquivo.emacs: ########################################################################################################################### (require 'ess-eldoc) ;; numeração das linhas na margem esquerda (global-linum-mode 1) ;; inicia Emacs com ctrl-{zxcv} abilitado para desf/recor/cop/colar (cua-mode t) ;; realçador de pareamento de parenteses, chaves, colchetes, aspas... (show-paren-mode 1) ;; tamanho da fonte (120~12pt) ;; comandos C-x C-+ e C-x C-- para aumentar e diminiur a fonte (set-face-attribute 'default nil :height 120) ;;-------------------------------------------------------------------- ;; aux. na identação do código, colunas coloridas após certa distância (require 'whitespace) (setq whitespace-line-column 77) (setq whitespace-style '(face tabs lines-tail trailing)) (global-whitespace-mode t) ;;-------------------------------------------------------------------- ;;;;; create a new frame for each help instance (setq ess-help-own-frame t) ############################################################################################################################ O arquivo .Rprofile eu não achei ainda, ou não criei se eu tenho que criar ele. -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://recologia.blogspot.com.br/<http://augustoribas.heliohost.org> Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Problema ao ler arquivo UTF-16 com nulos
by Roberto de Pinho 01 Nov '12

01 Nov '12

Caros, Estou tentando ler o arquivo de servidores disponível no portal da transparência. ( http://arquivos.portaldatransparencia.gov.br/PortalTransparenciaEscolheTipo… - mais de 200MB) É um CSV codificado em UTF-16. No entanto, ele reconhece prematuramente fins de linhas em algumas linhas quando encontra campos com nulo [00 00]. Há valores não nulos não sendo lidos após campos nulos que provocam o reconhecimento de fim de linha. Alguém saberia como poderia fazer com que o R possa ler este arquivo? Estou lendo o arquivo com: servidores = read.table("teste.csv", header = T, sep="\t",quote="",stringsAsFactors=T,fileEncoding="UTF-16", fill=T) o fill=T estou sando para evitar que dê erro de diferente numero de campos. Envio, em anexo, um extrato das primeiras linhas do arquivo. Obrigado pela atenção. ==== Sequencia de bytes que provocam o reconhecimento de nova linha: 09 00 00 00 09 00 00 00 09 00 00 00 09 00 00 00 09 00 00 00 09 00 00 00 09 00 00 00 09 00 00 00 09 00 00 00 09 00 00 00 09 00 00 00 09 00 00 00 09 00 -- Roberto de Pinho robertodepinho(a)gmail.com http://www.ascoisas.com http://lattes.cnpq.br/4816166073408660

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LER CSV N0 MAC OS
by Edson Lira 31 Out '12

31 Out '12

Caros amigos da lista, meu pc é MacBookPro, OS X vefrsão 10.6.8, processador I7, com 2,7 HZ, ram de 4gb. Ao ler arquivos no formato csv, tenho tido dificuldades, no último que estou tentando ler, inclusive já postei em um email anterior uma amostra do arquivo. Quais os cuidados mínimos que devo tomar para não ter problemas? Com a rotina abaixo, h<-read.csv("/Users/edsonlira/Edinho/Edinho/Consulta/Ciesa/BSC_2307.csv",row.names = 1) Está me dando o erro abaixo: Erro em read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : more columns than column names Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Re: [R-br] em plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : objeto 'membros' não encontrado
by Eder Comunello 31 Out '12

31 Out '12

Kin, boa tarde! O erro listado é por atribuir ao parâmetro pch o objeto 'membros' que não existe ou não está acessível (veja seu arquivo de dados e declarações). Acredito que a ideia seria diferenciar os pontos (tipos) de acordo com o valor em membros... Acredito que o exemplo que segue faça algo parecido com o que você deseja, embora usando somente a biblioteca sp(). Inclui os pontos que você forneceu. ########### require(sp) br.df <- read.table("http://dl.dropbox.com/u/117618178/brlite.dat", sep=";", head=T) class(br.df); head(br.df); str(br.df) br.lin <- Lines(list(Line(br.df)), ID = "Brasil") br.sl <- SpatialLines(list(br.lin)) proj4string(br.sl) <- CRS('+proj=longlat +datum=WGS84') summary(br.sl); class(br.sl) est.x <- c(-53.35,-55.60,-51.80,-51.05,-50.13,-52.41,-52.10,-52.51) est.y <- c(-33.51,-30.83,-29.45,-29.68,-29.05,-31.78,-32.03,-30.53) est.id <- c(1:8) est.df <- data.frame(est.x,est.y,est.id) est.sp <- est.df coordinates(est.sp) <- c('est.x','est.y') proj4string(br.sl) <- CRS('+proj=longlat +datum=WGS84') est.sp #png(filename="c:/temp/mapa.png",width=600,height=800) plot(br.sl, axes=T) plot(est.sp, pch=21, bg=3, add=T) #dev.off() ########### -- ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00 > Date: Tue, 30 Oct 2012 21:09:26 -0200 > From: kin Huts <kim-met(a)hotmail.com<https://mail.google.com/mail/?view=cm&fs=1&tf=1&to=kim-met@hotmail.com> > > > To: <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br<https://mail.google.com/mail/?view=cm&fs=1&tf=1&to=r-br@listas.c3sl.ufpr.br> > > > Subject: [R-br] em plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : > objeto 'membros' não encontrado > Message-ID: <SNT141-W57AFF1FD679C8C33FDDE18F1620(a)phx.gbl> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > > > Olá, > Gostaria de uma ajuda para entender o erro encontrado e como corrigir esse > script,Estou tentando gerar um mapa para o RS com a localização das > estações que estou utilizando. > > > require(MASS)require(maps) > > # GERAÇÃO DO MAPA COM AS ESTAÇÕES > # carregando divisão política brasileiramapaBrasil <- > read.table("BASE_BR.txt",sep="") > # carregando informações de localização das estações > meteorológicaslatlonRS <- read.csv2("coordenadas.txt",h=F,sep="") > # gerando mapa em PNGpng(filename="mapa_grupos.png",width=600,height=800) > # criando grafico em branco p/ o estado do > RSmap(xlim=c(-80,-35),ylim=c(-45,10), type="n")map.axes() > # plotando mapalines(mapaBrasil[,2], mapaBrasil[,1]) > # plotando estaçõespoints( latlonRS[,2], latlonRS[,1], pch=membros) > # fechando PNGdev.off() > > dados que estou usando são: V1 V21 -33.51 -53.352 -30.83 > -55.63 -29.45 -51.84 -29.68 -51.055 -29.05 -50.136 -31.78 -52.417 -32.03 > -52.18 -30.53 -52.51 > e o erro que aparece é: > > Carregando pacotes exigidos: MASSCarregando pacotes exigidos: mapsErro em > plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : objeto 'membros' não > encontrado > >

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Re: [R-br] coordenadas geograficas
by Eder Comunello 31 Out '12

31 Out '12

Natalia e colegas, bom dia! Ainda não estou muito familiarizado com o R, mas acho que este exemplo que rodei irá ajudar... Não utilizei o project(), mas sim o spTransform()... ############################################################# #install.packages("rgdal", dep=T) #install.packages("sp", dep=T) require(sp); require(rgdal) ### long coord.x = c(-54.607845, -54.599831, -54.430241, -54.258459, -54.344408, -54.333258, -53.607359, -53.589245, -53.546762, -53.105123, -52.972362, -52.107579, -52.089572, -51.940453, -51.718151, -51.263728, -50.741531, -50.734130, -50.667779, -50.662230, -49.986102, -49.970018, -49.901474, -49.911543, -49.678260, -49.654858, -49.610676, -49.599658, -49.511570, -49.200709, -49.222508, -49.317621, -49.311839, -49.275882, -48.581791, -48.578971, -48.582604, -48.568999, -48.528527, -48.411012, -48.251622, -48.027824, -48.029886, -48.023501, -48.590796, -48.594522, -48.643601, -49.175230, -49.555033, -49.567207, -49.689784, -49.941462, -49.942167, -50.571750, -50.591636, -50.553035, -50.718453, -51.208345, -51.216170, -51.292329, -51.239319, -51.258597, -51.283372, -51.411480, -53.551638, -53.552753, -53.643791, -53.835953, -53.842011, -53.858677, -53.955544, -54.099576, -54.108952, -54.429627, -54.438295, -54.593660, -54.593683, -54.619090, -54.617907, -54.607845) ### lat coord.y = c(-25.446263, -25.434436, -25.159459, -24.357597, -24.140630, -24.116248, -22.951327, -22.936230, -22.890090, -22.621923, -22.570479, -22.516685, -22.521237, -22.567335, -22.669007, -22.669047, -22.961387, -22.962502, -22.897375, -22.895686, -22.897501, -22.910601, -22.999147, -23.051110, -23.165054, -23.210043, -23.851684, -23.857080, -23.925858, -24.344464, -24.362727, -24.566630, -24.663615, -24.693608, -24.671609, -24.685526, -25.051554, -25.051240, -25.100784, -24.980119, -24.978739, -25.221284, -25.226189, -25.230964, -25.976982, -25.977087, -25.955943, -26.001844, -26.237326, -26.233284, -26.188456, -26.008879, -26.008876, -26.003790, -26.022134, -26.055436, -26.244779, -26.297107, -26.313987, -26.404261, -26.628383, -26.625825, -26.653990, -26.717283, -26.292744, -26.292051, -26.253072, -25.971930, -25.687925, -25.680270, -25.646984, -25.495677, -25.495742, -25.695430, -25.691293, -25.592352, -25.544262, -25.457555, -25.452072, -25.446263) pr.df <- data.frame(coord.x,coord.y); head(pr.df) ### criar um objeto "SpatialPoints" pr.spgeo <- pr.df; head (pr.spgeo) coordinates(pr.spgeo) <- c('coord.x','coord.y') ### definir projeção e datum de entrada proj4string(pr.spgeo) <- CRS('+proj=longlat +datum=WGS84') class(pr.spgeo) head(pr.spgeo) plot(pr.spgeo) ### lista parâmetros disponíveis projInfo("proj") projInfo("datum") projInfo("ellps") ### transforma para utm ### atenção para o uso do parâmetro '+south' ### ter claro que o Paraná utiliza mais de uma Zona UTM e maior parte do estado em 22S pr.sputm <- spTransform(pr.spgeo, CRS('+proj=utm +zone=22 +south')); head(pr.sputm) plot(pr.sputm) ############################################################# Esse exemplo assumiu o WGS84 como datum padrão de entrada e saída. Para datums (data) diferentes tem que dar uma estudada mais a fundo, porque tem poucas opções pré-configuradas no pacote que usei (como pode ser visto usando <projInfo("datum")>). -- ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00 > ---------------------------------------------------------------------- > > > 2012/10/29 Natalia Martins <nsmbarreto(a)gmail.com<https://mail.google.com/mail/?view=cm&fs=1&tf=1&to=nsmbarreto@gmail.com> > > > > > Walmes, bom dia. > > Estou tentando transformar minhas coordenadas geograficas (das estações > > metereologicas do PR) > > em utm, procurando no help do R encontrei: > > > > data(state) > > s <- project(state.center, "+proj=merc") > > > > mas eu não estou conseguindo entender qual proj eu devo usar, no link > > > > http://www.remotesensing.org/geotiff/proj_list/transverse_mercator.html > > > > até encontri mas quando tento fazer aparece o seguinte erro > > > > s <- project(state.center, "+proj=utm") > > Erro em project(state.center, "+proj=utm") : elliptical usage required > > > > > > se vc puder me ajudar... > > > > Muito obrigada!! > > > > Em 28 de outubro de 2012 11:11, Walmes Zeviani <walmes(a)ufpr.br<https://mail.google.com/mail/?view=cm&fs=1&tf=1&to=walmes@ufpr.br>> > escreveu: > > > > Sim, para calculo de distâncias você tem que ter coordenadas decimais e > >> não exagesimais (º ' ''). > >> > >> > ========================================================================== > >> Walmes Marques Zeviani > >> LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 > W) > >> Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná > >> fone: (+55) 41 3361 3573 > >> VoIP: (3361 3600) 1053 1173 > >> e-mail: walmes(a)ufpr.br<https://mail.google.com/mail/?view=cm&fs=1&tf=1&to=walmes@ufpr.br> > >> skype: walmeszeviani > >> twitter: @walmeszeviani > >> homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes > >> linux user number: 531218 > >> > ========================================================================== > >> > > > > > > > > -- > > > > Natália da Silva Martins > > Bacharel em Estatística - Universidade Estadual de Maringá/ UEM > > Mestranda em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP > > Contato: (19) 8306-4743 > > > > > > Mensagem Verificada Pelo AntiSpam UFPR > > > > >

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Carregar dados pelo Rcmdr_ ubuntu 12.04
by Andre Oliveira 31 Out '12

31 Out '12

Boa noite, eu sempre uso R via terminal mesmo. Mas pensando em dar uma aula para o ADM pensei no Rcmdr. Porém estou com um problema não consigo carregar arquivos .txt, .xls e .csv. Vou em carregar arquivo seleciono o arquivo e tem o aviso. 1] NOTA: Versão do R Commander 1.8-4: Fri Oct 26 20:09:58 2012 [2] ERRO: número mágico do arquivo de restauração inválido (arquivo pode estar corrompido) -- nenhum dado carregado Alguma dica? André Oliveira Souza

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Modelos econométricos no R
by Gilbert Queiroz 31 Out '12

31 Out '12

Olá, amigos e amigas, Alguém poderia me indicar alguma leitura sobre Modelos Econométricos no R??? Saudações. Gilbert.

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Ajuda para plotar dados (usando o ggplot2)
by Thiago Veloso 30 Out '12

30 Out '12

Pessoal, Alguém domina bem a produção de gráficos usando o pacote ggplot2? Meus dados contém a frequência de dados em 13 classes diferentes ao longo de vários anos (simulação climática). Segue o link para baixar o arquivo contendo os dados: https://www.dropbox.com/s/50loxmtd2z2eqco/rcp26.csv (a primeira coluna pode ser ignorada). Gostaria de fazer algo parecido com esse gráfico: https://www.dropbox.com/s/8p3g42c54w3dnof/Untitled.png. Meus dados contém todas as informações para montar o gráfico: as classes (eixo x) e suas frequências (ao invés de hectares - eixo y) e os anos (três barras). Por enquanto, o código mínimo reprodutível que eu consigo enviar é apenas a abertura dos arquivos: a <- read.csv ('~/Dropbox/web/rcp26.csv') b <- read.csv ('~/Dropbox/web/rcp85.csv') Preciso de ajuda para reproduzir a imagem acima usando meus dados, com os anos 1700, 2005 e 2100 no lugar de 1985, 1993 e 2005. Agradeço desde já, Thiago.

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em plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : objeto 'membros' não encontrado
by kin Huts 30 Out '12

30 Out '12

Olá, Gostaria de uma ajuda para entender o erro encontrado e como corrigir esse script,Estou tentando gerar um mapa para o RS com a localização das estações que estou utilizando. require(MASS)require(maps) # GERAÇÃO DO MAPA COM AS ESTAÇÕES # carregando divisão política brasileiramapaBrasil <- read.table("BASE_BR.txt",sep="") # carregando informações de localização das estações meteorológicaslatlonRS <- read.csv2("coordenadas.txt",h=F,sep="") # gerando mapa em PNGpng(filename="mapa_grupos.png",width=600,height=800) # criando grafico em branco p/ o estado do RSmap(xlim=c(-80,-35),ylim=c(-45,10), type="n")map.axes() # plotando mapalines(mapaBrasil[,2], mapaBrasil[,1]) # plotando estaçõespoints( latlonRS[,2], latlonRS[,1], pch=membros) # fechando PNGdev.off() dados que estou usando são: V1 V21 -33.51 -53.352 -30.83 -55.63 -29.45 -51.84 -29.68 -51.055 -29.05 -50.136 -31.78 -52.417 -32.03 -52.18 -30.53 -52.51 e o erro que aparece é: Carregando pacotes exigidos: MASSCarregando pacotes exigidos: mapsErro em plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : objeto 'membros' não encontrado

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