Setembro 2011 - R-br

Re: [R-br] ajuda soft R
by Walmes Zeviani 10 Set '11

10 Set '11

Fernando, Ao declarar a fórmula do modelo na função glm(), a matriz de delineamento (X) é construída de acordo com uma restrição paramétrica (por padrão zerar o efeito associado ao primeiro nível do fator) que torna não singular a matriz X'X. Você não precisa se preocupar com isso. É só declarar a fórmula do modelo na glm(), conhecer a restrição paramétrica usada que fica fácil interpretar a solução pedindo um summary(). Veja esse exemplo mediocre mas que ilustra o que falei, tr <- gl(3,4) y <- rbinom(length(x), size=50, prob=0.5) m0 <- glm(cbind(y, 50-y)~tr, family=binomial) summary(m0) # solução model.matrix(m0) # matriz de delinamento X contrasts(tr) # tipo de restrição Aconselho que envie suas mensagens para a nossa lista de discussão sobre R. Mais pessoas podem contribuir com você, com respostas objetivas e rápidas. Informações de cadastro, envio e etiqueta disponíveis em http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== 2011/9/10 Fernando Antonio de souza <nandodesouza(a)gmail.com> > Caro Prof. Walmer, > > Eu preciso fazer uma análise de regressão linear com efeitos fixos > (Y~X+Z+X:Z), porém a matriz X é singular e eu necessito fazer a inversa > generalizada para que eu possa encontrar uma solução. Estou utilizando a > função glm do software R. A pouco tempo descobri que no pacote (MASS) há uma > função chamada GINV o qual gera a inversa generalizada porém não sei como > colocá-la dentro do modelo para obter a solução. Você pode me orientar, como > fazer isto? > > Grato pela atenção > > Fernando > Zootecnista, Mestre em Nutrição de Ruminantes >

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metamodelagem
by Edmar Alino 10 Set '11

10 Set '11

Srs, boa noite, Estou tentando usar o R para metamodelagem. Quero usar redes neurais RBF, MLP e tambem gostaria de usar GASP. Sou iniciante no R e qualquer ajuda seria muito bemvindo! Grato desde ja pela atencao, Edmar Alino

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Erro ao carregar lme4
by Walmes Zeviani 10 Set '11

10 Set '11

Saudações pessoal, Estou diante de um erro ao carregar a lme4. Eu fiz a requisição e apreceu essa mensagem de erro > require(lme4) Carregando pacotes exigidos: lme4 Carregando pacotes exigidos: Matrix Carregando pacotes exigidos: lattice Anexando pacote: 'Matrix' The following object(s) are masked from 'package:base': det Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : pacote 'cholmod_l_start' não oferece a função 'Matrix' Ingenuamente pensei eu instalar novamente e procedimento de instalação correu sem problemas > install.packages("lme4" , "/usr/lib/R/site-library", dep=TRUE) --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- Carregando a interface Tcl/Tk ... pronto tentando a URL 'http://cran.fhcrc.org/src/contrib/lme4_0.999375-41.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 1040482 bytes (1016 Kb) URL aberta ================================================== downloaded 1016 Kb * installing *source* package ‘lme4’ ... ** libs gcc -I/usr/share/R/include -I"/usr/lib/R/library/Matrix/include" -I"/usr/lib/R/library/stats/include" -fpic -std=gnu99 -O3 -pipe -g -c init.c -o init.o gcc -I/usr/share/R/include -I"/usr/lib/R/library/Matrix/include" -I"/usr/lib/R/library/stats/include" -fpic -std=gnu99 -O3 -pipe -g -c lmer.c -o lmer.o gcc -I/usr/share/R/include -I"/usr/lib/R/library/Matrix/include" -I"/usr/lib/R/library/stats/include" -fpic -std=gnu99 -O3 -pipe -g -c local_stubs.c -o local_stubs.o gcc -shared -o lme4.so init.o lmer.o local_stubs.o -llapack -lblas -lgfortran -lm -L/usr/lib/R/lib -lR installing to /usr/lib/R/site-library/lme4/libs ** R ** data ** moving datasets to lazyload DB ** inst ** preparing package for lazy loading Loading required package: lattice Attaching package: 'Matrix' The following object(s) are masked from 'package:base': det Creating a generic for ‘VarCorr’ in package ‘lme4’ (the supplied definition differs from and overrides the implicit generic in package ‘nlme’: Formal arguments differ: (x, ...), (x, sigma, rdig)) Creating a new generic function for "coef" in "lme4" Creating a new generic function for "confint" in "lme4" Creating a new generic function for "plot" in "lme4" Creating a new generic function for "formula" in "lme4" Creating a new generic function for "fixef" in "lme4" Creating a new generic function for "ranef" in "lme4" Creating a new generic function for "anova" in "lme4" Creating a new generic function for "deviance" in "lme4" Creating a new generic function for "fitted" in "lme4" Creating a new generic function for "predict" in "lme4" Creating a new generic function for "residuals" in "lme4" Creating a new generic function for "resid" in "lme4" Creating a new generic function for "simulate" in "lme4" Creating a new generic function for "model.frame" in "lme4" Creating a new generic function for "model.matrix" in "lme4" Creating a new generic function for "terms" in "lme4" Creating a new generic function for "vcov" in "lme4" Creating a new generic function for "with" in "lme4" Creating a new generic function for "as.data.frame" in "lme4" Creating a new generic function for "xyplot" in "lme4" Creating a new generic function for "densityplot" in "lme4" Creating a new generic function for "qqmath" in "lme4" ** help *** installing help indices ** building package indices ... ** testing if installed package can be loaded * DONE (lme4) The downloaded packages are in ‘/tmp/RtmpYPs5qU/downloaded_packages’ > Quando fiz a nova requisição outra mensagem de erro apareceu > require(lme4) Carregando pacotes exigidos: lme4 Error in get(Info[i, 1], envir = env) : não foi possível alocar um bloco de memória de tamanho 2.3 Gb Os dados da minha sessão R são > sessionInfo() R version 2.13.1 (2011-07-08) Platform: i486-pc-linux-gnu (32-bit) locale: [1] LC_CTYPE=pt_BR.utf8 LC_NUMERIC=C [3] LC_TIME=pt_BR.utf8 LC_COLLATE=pt_BR.utf8 [5] LC_MONETARY=C LC_MESSAGES=pt_BR.utf8 [7] LC_PAPER=pt_BR.utf8 LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=pt_BR.utf8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] Matrix_0.9996875-3 lattice_0.19-33 loaded via a namespace (and not attached): [1] grid_2.13.1 nlme_3.1-102 stats4_2.13.1 > Toda ajuda é bem vinda. Grato. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================

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Contar dias uteis entre duas datas
by Edson Lira 10 Set '11

10 Set '11

Pessoal, como faço para contar somente os dias úteis das seguintes datas: DATA FINAL: 09/09/2011 DATA INICIAL: 09/06/2011 []'S. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Re: [R-br] Duvida no summary da ancova, usando GLM
by Walmes Zeviani 09 Set '11

09 Set '11

Caro amigo sem nome, O fato de ser glm não complica as coisas. O nível de referência segue ordem alfanumérica e não de entrada na planilha. A densidade está declarada como contínua e presente apenas com efeito de primeira ordem? Você vai ter que comparar as estimativas das médias para um valor fixo de densidade. Se usar o pacote contraste, isso é bem simples. Veja abaixo um exemplo simulado bem mediocre mas que é útil para entender o procedimento tr <- gl(3,4) # níveis de tratamento ds <- runif(length(tr), 1, 1.2) # densidade do solo y <- rbinom(length(tr), prob=0.5, size=50) # germinação # tr é categórica, ds é númerica m0 <- glm(cbind(y, 50-y)~tr*ds, family=binomial) anova(m0, test="Chisq") summary(m0) # compara os níveis de tratamento entre sí com ds=1.1 require(contrast) # tr 1 contra tr 2 sendo a densidade do solo igual a 1.1 contrast(m0, list(tr="1", ds=1.1), list(tr="2", ds=1.1)) # diferença em termos de preditor linear predict(m0, data.frame(tr="1", ds=1.1))- predict(m0, data.frame(tr="2", ds=1.1)) # diferença em termos de resposta predict(m0, data.frame(tr="1", ds=1.1), type="response")- predict(m0, data.frame(tr="2", ds=1.1), type="response") # fazer as demais comparações. usar método Bonferroni para # manutenção do erro tipo 1. Recomendo que você participe da nossa lista de discussão sobre R. Suas dúvidas serão bem recebidas e as respostas bem rápidas. Neste link estão informações para cadastro, envio e etiqueta na lista http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== 2011/9/9 <frdor85(a)hotmail.com> > Olá Walmes, > > É a primeira vez que pergunto algo aqui e gostaria muito de resolver um > dúvida nas minhas análises. Faço mestrado trabalhando com emergência de > plântulas herbáceas em diferentes tratamentos de serrapilheira(Adição, > controle e exclusão de serrapilheira). O meu modelo inclui o teor de argila > no solo e a interaçãoentre argila e os 3 tratamentos. No summary do teste > não aparece os resultados referentes ao tratamento de adição de > serrapilheira. Me falaram que o R compara o primeiro nível do tratamento com > os outros (na minha planilha original a adição de serrapilheira é o primeiro > nível dos tratamentos). Eu inverti a ordem de entrada dos tratamentos e a > comparação foi a mesma!!! Como não é possível usar HDS Tukey, como posso > obter todos os resultados da comparação entre os tratamentos de uma ancova, > usando GLM??? > >

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Obtenção do Chi calculado em anova()
by ASANTOS 09 Set '11

09 Set '11

Boa tarde pessoal, Gostaria de saber como obter o valor de Chi calculado em uma anova() entre dois modelos usando GLM, exemplicando: y1<-rpois(50, lambda = 4) trat<-rep(1:10,5) mod.y1<-glm(y1~1, family="poisson") mod.y2<-glm(y1~trat, family="poisson") names(anova(mod.y1,mod.y2,test="Chi")) [1] "Resid. Df" "Resid. Dev" "Df" "Deviance" "P(>|Chi|)" O problema é que a anova() me dá o valor do P(>|Chi|), mas não o valor de Chi calculado, onde eu gostaria de saber se é possível obter esse valor? Obrigado, Alexandre

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Estabelecer CORTE CLASSIFICATÓRIO em uma base de dados
by Daniel Dantas 09 Set '11

09 Set '11

Bom dia a cada um de vocês amigos de lista, Preciso de uma ajuda relacionado à cortes classificatórios em uma base de dados. Tenho informações de uma amostra n funcionários que solicitam atestado médico em dias, ou seja, tal funcionário no ano ausentou-se do trabalho, por exemplo, 5, 10, 40,... ou 100 dias. O problema é: Preciso estabelecer um corte para classificar o quanto posso considerar como MUITO/ALTO os dias folgas do funcionário. Como não conheço a distribuição dos dados o pensei foi: classificar como alto a média + 1 ou 2 desvios padrão. Nessa perspectiva, eu poderia cometer algum equívoco? Na opinião de vocês, qual seria o melhor método para classificar como ALTO os dias de folga? O meu muito obrigado para quem puder me ajudar, Daniel

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Contar somente dias úteis
by Edson Lira 09 Set '11

09 Set '11

Pessoal, como faço para contar somente os dias úteis das seguintes datas: DATA FINAL: 09/09/2011 DATA INICIAL: 09/06/2011 []'S. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Erro ao carregar lme4
by Walmes Zeviani 09 Set '11

09 Set '11

Saudações pessoal, Estou diante de erro ao carregar o pacote lme4 ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================

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Re: [R-br] [Dúvida] Invocar funções C++ no R
by Pedro Rafael 09 Set '11

09 Set '11

Quando eu falo conectado quero dizer que ele não está sendo reconhecido no DOS. Tava lendo um tutorial que ele manda testar se as variáveis ambientes adicionadas foram colocadas de forma correta. Para ver se o gcc está sendo reconhecido pelo DOS o tutorial manda digitar gcc --help. Para ver se o R está podendo ser chamado pelo DOS sem referenciar o caminho visto que o patch foi add corretamente ele manda fazer R.exe. Já para ver se a variável ambiente do Rtools está adicionada de forma correta ele manda digitar o comando grep. Contudo consegui corrigir o problema a poucos minutos atrás. Muito obrigado Benilton pelas dicas. Qualquer dúvida a mais que tiver eu irei aperriar (risos). Em 26 de agosto de 2011 08:55, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho(a)gmail.com>escreveu: > Quando eu falo conectado quero dizer que ele não está sendo reconhecido no > DOS. Tava lendo um tutorial q > > Em 26 de agosto de 2011 08:41, beniltoncarvalho [via R-br] < > ml-node+3770614-1267126705-223914(a)n4.nabble.com> escreveu: > > O que exatamente vc quer dizer com 'RTools nao esta conectado'? RTools >> e' apenas um conjunto de ferramentas (MinGW, Perl, etc) e essas voce >> acessa pelo terminal do DOS. Note que, com o RTools, vc nao precisa do >> gcc. >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=3770614&i=0> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the discussion >> below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Invocar-funcoes-C-no-R-tp3768… >> To unsubscribe from R-br, click here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscrib…>. >> >> > > > > -- > Saudações, > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho.

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