Junho 2011 - R-br - DINF UFPR

OF TOPIC
by Edson Lira 06 Jun '11

06 Jun '11

Caros amigos da lista, comprei um Mac, alguém tem algum material que oriente o uso do R no MAC? Edson Lira Estatístico Ma-Am

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Oportunidade para estatistico no Rio de Janeiro
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 06 Jun '11

06 Jun '11

Amigos de R, Desculpem o tópico fora escopo da lista, mas... Recebi um email sobre edital de inovação tecnológica da FIOCRUZ, que permite agregar recursos humanos através de bolsas de pesquisa a projetos cadastrados. http://www.castelo.fiocruz.br/vpplr/inovatec.php Assim, estava pensando em submeter um projeto para desenvolvimento e aperfeiçoamento de funções R. Como todas as bolsas e etc vindas das agencias de fomento no Brasil, ha algumas restrições por parte dos candidatos. O único quesito de minha parte é dominar R e conseguir desenvolver funções (que é quase redundante). Os que estiverem interessados ou que quiserem maiores informações favor entrar em contato com o meu email: emmanuel.brasil(a)gmail.com . Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365 Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.openoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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Teste de Tukey! Experimento Desbalanceado! Erro.
by Thiago De paula protásio 05 Jun '11

05 Jun '11

Walmes; Desculpe incomodar novamente, mas não estou conseguindo obter as médias ajustadas. Veja o que está ocorrendo. Talvez, vc possa me ajudar! lapply(levels(da$Tratamento),+ function(i){+ contrast(m0, type="average", list(Tratamento=i, Bloco=levels(da$Bloco)))+ }+ )list() > summary(glht(m0, linfct=mcp(Tratamento="Tukey")))Erro em mcp2matrix(model, linfct = linfct) : Variable(s) ‘Tratamento’ of class ‘integer’ is/are not contained as a factor in ‘model’. Muito obrigado pela ajuda! Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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Matrix Modelo
by Eder David Borges da Silva 04 Jun '11

04 Jun '11

Pessoal, gostaria da ajuda de vocês para criar uma matrix do modelo, como exemplo abaixo: LOCAL <- rep(c('local1','local2'),each=4) Rep <- 1:8 CLONE <- rep(1:2,4) BLOCO <- rep(1:4,each=2) dados <- data.frame(LOCAL,BLOCO,CLONE,Rep) dados$Int <- paste(dados$LOCAL,dados$CLONE,sep='') dados$Obs <- 1 dados$TCH <- sort(rnorm(nrow(dados),10,1)) dados$IND <- as.factor(dados$IND) dados$CLONE <- as.factor(dados$CLONE) dados$BLOCO <- as.factor(dados$BLOCO) summary(dados) op <- options(contrasts=c("contr.treatment", "contr.poly")) MM <- model.matrix(~BLOCO+CLONE+LOCAL:CLONE,dados) MM (Intercept) BLOCO2 BLOCO3 BLOCO4 CLONE2 CLONE1:LOCALlocal2 CLONE2:LOCALlocal2 1 1 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 1 0 0 3 1 1 0 0 0 0 0 4 1 1 0 0 1 0 0 5 1 0 1 0 0 1 0 6 1 0 1 0 1 0 1 7 1 0 0 1 0 1 0 8 1 0 0 1 1 0 1 esta foi a matrix criado pelo model.matrix, porem gostaria de uma matrix diferente, pois nesta criada pela model.matrix o bloco1 não aparece pois é estimado por direfença, assim como o clone1, eu quero que todos os niveis aparecem tendo como nome das colunas: (Intercept) BLOCO1 BLOCO2 BLOCO3 BLOCO4 CLONE1 CLONE2 CLONE1:LOCAL1 CLONE1:LOCAL2 CLONE2:LOCAL1 CLONE2:LOCAL2 Alguem tem uma dica? Att

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Teste de Tukey! Experimento Desbalanceado!
by Thiago De paula protásio 04 Jun '11

04 Jun '11

Muito obrigado Walmes..... Esse exemplo do Rídiculas será de grande valia.Abraço! Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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Teste de Tukey! Experimento Desbalanceado!
by Thiago De paula protásio 04 Jun '11

04 Jun '11

Pessoal; Venho novamente pedir a ajuda de vcs!Tenho que analisar um experimento em blocos, mas os tratamentos possuem diferentes números de repetições. Estou utilizando a soma de quadrados do tipo III. library(car) anava1=aov(QEA~Tratamento+Bloco)Anova(anava1,type="III") Contudo, não estou conseguindo efetuar o teste de Tukey. Alguém pode me ajudar?Muito obrigado! Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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grafico de barras
by Gilson Sanchez 04 Jun '11

04 Jun '11

Pessoal, mais uma vez na procura de vc's, é a primeira vez que quero fazer um grafico de barras e eu não sei se eu estou fazendo certo ou errado. Então eu quero fazer um grafico com as seguintes atribuições: 1. quero colocar três barras (chla, chlb, caro) em cada espécie. 2. quero colocar os nomes das espécies no eixo x. 3. no titulo do eixo y = Concentração~de~pigmentos~cloroplastídicos~/~(mu~mol~.~g^{-1}))), quero fazer quebra em "/" 4. colocar a legenda. esp chla chlb caro espécie1 0.25 0.08 0.09 espécie2 0.18 0.06 0.06 espécie3 0.21 0.06 0.07 barplot(dados$chla, density=c(20), col="black", angle=c(45), xlab="Espécies", font.lab=2, axes=TRUE, ylab=expression(bold(Concentração~de~pigmentos~cloroplastídicos~(mu~mol~.~g^{-1}))), ylim=c(0,0.5)) axis(1, at=1:3, labels=dados$esp) par(new=TRUE) barplot(dados$chlb, density=c(21), col="black", angle=c(100)) axes=TRUE, frame=T, ann=F) par(new=TRUE) barplot(dados$caro, density=c(22), col="black", angle=c(200)) Acho que esta facil mas eu não estou conseguindo. Obrigado mais uma vez pela ajuda. -- MSc. Gilson Sánchez Chia Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Fone: (92) 3303-7841 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.

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Re: [R-br] Instalação do pacote rparallel
by Junior Beleti 03 Jun '11

03 Jun '11

Boa noite Ivan.. Eu ja vi um com o mesmo título, mas do autor Justin R. Smith. O livro que voce citou não conheço, mas procurei e consegui baixar. Ele cita modelos de computação e análise de algoritmos, e depois descreve algoritmos sendo implementados com computacao paralela. Bem interessante. Obrigado pela dica. -- Carlos Roberto Beleti Junior Mestrado em Ciência da Computação Departamento de Informática Universidade Estadual de Maringá

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[Dúvida] Gerar filmes com imagem no R
by Pedro Rafael 03 Jun '11

03 Jun '11

Pessoal tenho vários mapas de um mesmo geoespaço de uma mesma variável e gostaria de gerar um filme com esses mapas no R -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho - Estatístico SES-PB Currículo Lattes: http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.jsp?id=K4250792T6

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ANOVA por medidas repetidas
by Evandro Malanski 03 Jun '11

03 Jun '11

Pessoal, tenho algumas dúvidas quanto a ANOVA. Se puderem me ajudar, ficarei muito grato. Montei o seguinte experimento com medição de organismos: 3 analisadores diferentes 3 magnificações no microscópio possíveis 2 técnicas de medição diferentes 90 organismos Dos 90 organismos, 30 foram medidos pela magnificação 1, outros 30 na magnificação 2, e os últimos 30 na magnificação 3, por cada um dos 3 analisadores, e usando as 2 técnicas. Ou seja, para cada organismo, tenho 6 medidas. Eu montei a planilha da seguinte forma, mostrando somente as 10 primeiras medições: > compara Larva Técnica Analisador Magnificação Medida 1 1 1 1 20x 3.8303 2 2 1 1 20x 4.2159 3 3 1 1 20x 4.4470 4 4 1 1 20x 4.9549 5 5 1 1 20x 4.0265 6 6 1 1 20x 3.9235 7 7 1 1 20x 3.7697 8 8 1 1 20x 3.9166 9 9 1 1 20x 3.5777 10 10 1 1 20x 3.7515 ... Como eu tenho medidas repetidas, usei a seguinte análise do R: compara.aov<- aov(Medida~Analisador+Magnificação+Técnica+ Analisador:Magnificação+Analisador:Técnica+Magnificação:Técnica+ Analisador:Magnificação:Técnica) Ou seja, até mesmo a interação entre os fatores analiso. Contudo, agora que enviei para correção o meu trabalho, questionaram que a análise está incorreta. Segue o sumário da análise que fiz, e destaco o grau de liberdade do resíduo, que foi a partir daí que me questionaram: > summary(compara.aov) Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) Analisador 2 0.43 0.21 0.2253 0.7984 Magnificação 2 1278.94 639.47 672.4928 <2e-16 *** Técnica 1 0.03 0.03 0.0288 0.8654 Analisador:Magnificação 4 0.13 0.03 0.0330 0.9979 Analisador:Técnica 2 0.44 0.22 0.2336 0.7918 Magnificação:Técnica 2 0.86 0.43 0.4521 0.6366 Analisador:Magnificação:Técnica 4 0.10 0.03 0.0269 0.9986 Residuals 522 496.37 0.95 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Esta análise eu fiz para observar se haveriam diferenças significativas entre técnicas. Falaram que minha comparação não está baseada nas 90 larvas medidas, mas sim em todas as 540 medidas que eu tenho, como verificado nos graus de liberdade dos resíduos. Alguém saberia me explicar melhor isso? E, como eu poderia solucionar esse erro? Modificando a organização da planilha dos dados? Modificando a análise? Agradeço a ajuda. ____________________ Evandro Malanski, Oc. Curso de Mestrado em Oceanografia Biológica Laboratório de Ecologia do Ictioplâncton - LEI Instituto de Oceanografia - IO Universidade Federal de Rio Grande - FURG +55(53)3233-6529 / +55(53)8439-6755 Master Course in Biological Oceanography Ichthyoplankton Ecology Laboratory - LEI Oceanography Institute - IO Federal University of Rio Grande - FURG +55(53)3233-6529 / +55(53)8439-6755

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