Maio 2011 - R-br - DINF UFPR

Modelo Animal - Pedigreemm
by Marcelo Cardoso mello 20 Mai '11

20 Mai '11

Não estou conseguindo reproduzir o pequeno exemplo abaixo, usando o modelo animal. Aparece o erro abaixo. Alguém poderia me dar uma luz?? É possível predizer valores ao nível de indivíduos (Animal) neste exemplo, usando o R (pedigreemm)?? O que esta errado?? Herd<-as.factor(c(1,2,1,2,1)) Animal<-as.factor(c(1,2,3,4,5,6)) Sire<-c(0,0,0,1,4) Dam<-c(0,0,0,2,3) Phenotyp<-c(100,130,120,110,140) require(pedigreemm) p<- pedigree(sire = Sire, dam = Dam, label= 1:5) model<-pedigreemm(Phenotyp~ (1|Animal)+ Herd, pedigree=list(Animal=p)) Erro em function (fr, FL, start, REML, verbose) : Number of levels of a grouping factor for the random effects must be less than the number of observations Herd Animal Sire Dam Phenotyp 1 1 0 0 100 2 2 0 0 130 1 3 0 0 120 2 4 1 2 110 1 5 4 3 140

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equação hiperbole não rectangular
by Gilson Sanchez 19 Mai '11

19 Mai '11

Pessoal, especialmente se alguem trabalha com fisiologia vegetal, então coleite dados de fotossíntese, e agora estou querendo saber se da para estimar pelo R o ajuste de curva luz estimada pela equação da hiperbole não rectangular. Tenho intensidades de luz de 0, 25, 50, 75, 100, 500, 1000, 1500 e 2000 PPDF, então eu quero utilizar esta equação pra fazer o ajuste da curva de luz. O fato é que me falaram que só o software Statistca sabe estimar este ajuste de curva. Se alguem souver alguma coisa que me possa ajudar agradeceria muito. -- MSc. Gilson Sánchez Chia Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Fone: (92) 3303-7841 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.

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Conflito de resultados + plotagem
by Rodrigo Plei 19 Mai '11

19 Mai '11

Prezados, Utilizei a função "nls" do R para estimar as constantes de uma função potencial ajustada aos meus dados de comprimento e peso de lulas utilizando o método dos mínimos quadrados: m <- nls(y~a*x^b, data = ds, start = c(a=.1, b=2)) Obtive as seguintes constantes: a = 0.0003967 , b = 2.3933797 e o R2 = 0.9681 Ocorre que o mesmo ajuste no Excel 2007 resulta em a = 0.0002 , b = 2.6097 e R2 = 0.9819 O mesmo ajuste no Statistica resulta em constantes e R2 idênticas aos encontrados no R. Não deveria ter dado o mesmo resultado nos três programas? Não sei em qual resultado confiar. Também gostaria de saber como faço para plotar a curva dessa função potencial sobreposta a minha dispersão de dados (peso vs. comprimeto). Agradeço desde logo. Rodrigo -- =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> Rodrigo Silvestre Martins, PhD Bolsista FAPESP Pós-Doutorado Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) Butantã - São Paulo/SP, Brasil 05508-900 Tel: +55 11 3091 6549 Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777

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R studio - linux
by Marcelo Claro de Souza 19 Mai '11

19 Mai '11

Eu costumo abrir um terminal dentro da pasta onde estão meus arquivos e utilizo o comando write.csv2('nome do arquivo.csv') para salvar minhas planilhas dentro da própria pasta (não sei salvar os arquivos fora da pasta onde abro o terminal). Entretanto, ao atualizar o ubuntu para a versão 11.04 esse comando não está funcionando, o R roda o comando mas não salva o arquivo. Gostaria de saber como possa fazer isso pelo R studio como uma alternativa, ou alguma outra solução p o R clássico. Muito obrigado.

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fatorial fracionado em R
by jonas bodini alonso 19 Mai '11

19 Mai '11

Bom dia aos membros da lista Alguem sabe uma função do R que trabalhe com experimentos fatoriais fracionados? Se sim como faço para fazer para escolher a fração de interesse? Cordialmente Jonas

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Desdobramento da Interação! Função split()
by Thiago De paula protásio 19 Mai '11

19 Mai '11

Pessoal; Recorro novamente a vcs para pedir um auxílio. Estou querendo utilizar a função split para desdobrar o efeito da interação entre fatores.Contudo, não estou obtendo sucesso. Meu experimento é um fatorial completo 3 x 2 instalado em esquema fatorial, ou seja, tenho 3 clones plantados em 2 locais distintos. Alguém já trabalhou com essa função ou me aconselha a utilizar outra?Posso enviar alguns dados para elucidar o problema. Muito obrigado!! Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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Erro ao executar arquivo Rpatch.sh!
by Ivan Bezerra Allaman 18 Mai '11

18 Mai '11

Bom dia senhores!! Estou tentando atualizar a versão do R por meio do arquivo Rpatch.sh que o professor PJ disponibilizou em um tópico anterior. Está ocorrendo o seguinte erro: ivan-Aspire-5920 Área de Trabalho # chmod 777 Rpatch.sh ivan-Aspire-5920 Área de Trabalho # ./Rpatch.sh ./Rpatch.sh: linha 1: -------------------------------------------------------: comando não encontrado ============================================= ============================================= ARQUIVOS FONTE R - VERSAO 2-13 ============================================= ============================================= ============================================= ============================================= ARQUIVOS FONTES R - VERSAO 2-13 ============================================= ============================================= Nao instalando dependencias, o R ou alguns pacotes podem nao compilar dependendo do que voce tem instalado no seu sistema. Para instalar dependencias automaticamente utilize opcao --deps Veja opcoes com --help ============================================= ============================================= ARQUIVOS FONTE R-VERSAO 2-13 ============================================= ============================================= ./Rpatch.sh: linha 70: svn: comando não encontrado R version 2.11.1 (2010-05-31) Copyright (C) 2010 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 R é um software livre e vem sem GARANTIA ALGUMA. Você pode redistribuí-lo sob certas circunstâncias. Digite 'license()' ou 'licence()' para detalhes de distribuição. R é um projeto colaborativo com muitos contribuidores. Digite 'contributors()' para obter mais informações e 'citation()' para saber como citar o R ou pacotes do R em publicações. Digite 'demo()' para demonstrações, 'help()' para o sistema on-line de ajuda, ou 'help.start()' para abrir o sistema de ajuda em HTML no seu navegador. Digite 'q()' para sair do R. Vejam que não atualizou! Eu copiei exatamente o que estava no tópico. Se alguém puder me ajudar eu ficarei grato. Abraços. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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Leitura de arquivos
by Emerson Cotta Bodevan 18 Mai '11

18 Mai '11

Prezados. Tenho um arquivo texto com 100 linhas, sendo que as 50 primeiras possuem três colunas e as 50 últimas, quatro colunas. Como faço para ler esse arquivo, separando-o em dois data-frames (Um com 3 colunas e o outro com 4 colunas)? Agradeço a ajuda, -- Emerson

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combinar tipos diferentes de gráficos
by Rodrigo Plei 18 Mai '11

18 Mai '11

Prezados, Como combinar um gráfico de barras com um gráfico de dispersão? Ambas plotagens possuem os mesmos dados para o eixo x. Gostaria que as barras ficassem atreladas ao eixo y principal (esquerdo) e os pontos da dispersão atrelados ao eixo y secundário (direito). Agradeço desde logo. Rodrigo -- =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> Rodrigo Silvestre Martins, PhD Bolsista FAPESP Pós-Doutorado Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) Butantã - São Paulo/SP, Brasil 05508-900 Tel: +55 11 3091 6549 Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777

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Re: [R-br] Erro ao executar arquivo Rpatch.sh!
by Ivan Bezerra Allaman 18 Mai '11

18 Mai '11

Resolvi do jeito tradicional. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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