Maio 2011 - R-br - DINF UFPR

erro em "lme"
by Samuel Carvalho 05 Mai '11

05 Mai '11

Novamente gostaria de saber se alguem ja viu este tipo de erro em na função augPred #Script plot(augPred(mod.lme, level=c(0,1))) "Erro em `[[<-.data.frame`(`*tmp*`, nm, value = c(28L, 28L, 28L, 28L, : replacement has 9558 rows, data has 29" ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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erro em "lmList"
by Samuel Carvalho 05 Mai '11

05 Mai '11

Caros Alguem ja conviveu com este tipo de erro na função lmList? 'Erro em na.fail.default(data) : missing values in object' Pensei que pudesse ser algo relacionado com celulas vazias (NA) mas não é. Valeu ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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Extrair um vetor de diversos ajustes
by Gustavo Marcatti 05 Mai '11

05 Mai '11

Bom dia a todos! Quando desejo extrair os coeficientes de diversos ajustes, por exemplo, procedo da seguinte maneira: x<-1:60 y<-rep(sort(abs(rnorm(20))),3) caso <- rep(1:3,each = 20) dados <- data.frame(caso,x,y) exp1 <- lapply(split(dados,dados["caso"]),FUN=function(data){ coefs <- coef(lm(y ~ x, data=data)) unlist(coefs) }) do.call("rbind",exp1) Minha dúvida é como faço para extrair um vetor de varios casos, assim como no exemplo abaixo: exp2 <- lapply(split(dados,dados["caso"]),FUN=function(data){ preditos <- fitted(lm(y ~ x, data=data)) list(preditos) }) do.call("rbind",exp2) O resultado esperado seria um único vetor de tamanho 60 x 1 contendo todos os valores preditos para cada ajuste. Obs1: Esse exemplo é apenas para ilustrar, não é o que realmente estou precisando. Obs2: Os casos tem tamanhos variados, não exatamente 20 observações. Gustavo Marcatti Eng. Florestal UFV

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Re: [R-br] Modelo de efeito misto com correlacao AR1
by Ivan Bezerra Allaman 05 Mai '11

05 Mai '11

Tura, Em síntese é o seguinte: Quando trata um efeito como aleatório, ou se ele tem esse perfil, quer dizer que o grupo que foi tratado como aleatório tem uma distribuição de probabilidade além do erro é claro. Isso é perfeito, pois agora podemos extrapolar nossa inferência para uma população, ao contrário de quando tratamos um grupo como efeito fixo, em que podemos somente fazer inferências para aquele grupo de observações por meio de comparações de médias. Suponhamos um exemplo bem esdrúxulo, que você avaliou o índice de infecção hospitalar por um novo vírus mortal chamado SAS em dez hospitais públicos. Se hospitais for tratado como efeito fixo, a sua inferência será restrita apenas ao grupo de hospitais em estudo. Se for tratado como aleatório, a inferência pode ser extrapolada para todos os hospitais daquela região, estado ou país. Os componentes da variância nada mais é do que a Esperança do Quadrado Médio daquela fonte de variação. Por exemplo, o componente da variância do erro é: E(QMerro) = sigma² erro, pois ele é aleatório. A componente da variância de hospital caso ele seja fixo, e supondo um delineamento simples é: E(QMhospital) = repetição Somatório (hospital)² + sigma² erro. Se ele for aleatório, o grupo passa a ter uma variância inerente a ela. E(QMhospital) = repetição sigma² hospital + sigma²erro. É claro que tudo isso irá depender do seu objetivo. Pode ser que o seu interesse não esteja no efeito aleatório. Para maiores detalhes veja: "Applied Mixed Models in Medicine". Helen Brown e Robin Prescott. Caso não tenha o livro me avise que eu lhe envio. Abraço. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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Desdobramento da média
by rosanabarbosa＠inpa.gov.br 05 Mai '11

05 Mai '11

Boa noite colegas, Estou utilizando anova para analisar dois fatores. Quando anova mostra a interação destes dois fatores não consigo fazer o seu desdobramento. Eis minha dúvida que compartilho com vcs. No R, como fazer o desdobramento da média, se possível mostrando as letras qua a diferencia dentro de cada fator. Grata, Rosana

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Re: [R-br] Coeficientes dos modelos polinomiais ajustados
by Wenceslau 05 Mai '11

05 Mai '11

Caro Walnes, Caro Gustavo, as dicas de remover o intercepto do modelo ( -1); e comando coefs resolveram a questão de conseguir os coeficientes. Muito obrigado. Saudações estatisticas Wenceslau Em 4/5/2011 12:00, r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br escreveu: > 5. Re: Coeficientes dos modelos polinomiais ajustados

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Modelo de efeito misto com correlacao AR1
by Ivan Bezerra Allaman 04 Mai '11

04 Mai '11

Tura, Não seria mais informativo você utilizar os componentes da variância, uma vez que se trata de efeitos aleatórios e não fixos? Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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Atualização do R no Ubuntu 11.04
by Junior Beleti 04 Mai '11

04 Mai '11

Olá, estou utilizando o Ubunto 11.04 e gostaria de atualizar a versão do R, pois quero instalar o pacote "threads" e ele é dependente da versão 2.13.0. Através do arquivo INSTALL da versão 2.13.0 tentei o que está lá: ./configure make mas recebi a seguinte mensagem: make: *** Nenhum alvo indicado e nenhum arquivo make encontrado. Pare. Também tentei através dos comandos: sudo apt-get update sudo apt-get upgrade e não obtive sucesso. Já procurei nas discussões anteriores e não encontrei tópico com exatamente esse problema. Nos tópicos encontrei que pode-se ter problemas na atualização quanto a pacotes. Gostaria de saber como proceder para não ter problemas. Peço desculpas se for algo óbvio, pois estou iniciando minhas pesquisas com R. Obrigado. -- Carlos Roberto Beleti Junior Mestrado em Ciência da Computação Departamento de Informática Universidade Estadual de Maringá

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pacote em zip no Linux
by Carlos Andrade 04 Mai '11

04 Mai '11

Prezados Membros da Lista Já o uso o R em algumas tarefas. Estou iniciando a trabalhar com os microdados da Pnad. No site do IBGE, junto com os microdaddos vem um pacote do R chamado IBGEPesq, salvo no formato zip. Como eu faço para usar no R no sistema operacional Linux? Instalei o Debian 6.0 e baixei o R 2.13. -- Atenciosamente, Prof. Carlos A. S. de Andrade LAPEA - Laboratório de Pesquisa em Economia Aplicada e Engenharia de Produção Centro de Humanidades - Univesidade Federal de Campina Grande. UFCG/CH/UAECON

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Coeficientes dos modelos polinomiais ajustados
by Wenceslau 04 Mai '11

04 Mai '11

Caros colegas, estou tentando fazer uma analise comparando modelos lineares da evolução do pH vs tempo, num experimento com diferentes doses de carbonato de cálcio (7 doses). Tenho este Tenho este script que faz a analise e também os gráficos. Mas não consegui obter os coeficientes de cada modelo individualmente (dose 0 vs tempo; dose 4 vs tempo, etc). Agradeço se puderem me ajudar ## Experimento pH vs tempo dados <- read.table("dosagem.txt", h=T) names(dados) attach(dados) B <- factor(Rep) D <- factor(Dose) T <- factor(Tempo) modelo <- lm(Leitura ~ D*T+B:D) anova(modelo) # Pode-se considerar o modelo fatorial diretamente fatorial <- lm(Leitura ~ D*(I(Tempo)+I(Tempo^2))) anova(fatorial) summary(fatorial) #plot(fatorial) #SELECIONANDO O MODELO QUADRATICO E GERANDO INTERVALOS DE CONFIANÇA DE 0.95 preditos <- predict(fatorial,interval="confidence") media <- preditos[,1] LI <- preditos[,2] LS <- preditos[,3] interaction.plot(Tempo,D,media,ylab="pH",xlab="Dias", ylim=c(4,8), pch=0:7, legend=T) #Plotando os pontos e as curvas ajustadas - Grafico 1 par(new=TRUE) interaction.plot(Tempo,D,Leitura,ylab="pH",xlab="Dias", type="p",pch=0:7,col=3:9, ylim=c(4,7.5),legend=T) par(new=TRUE) interaction.plot(Tempo,D,media,ylab="pH",xlab="Dias", ylim=c(4,7.5), pch=0:7, legend=F) #Plotando a curva ajustada e os IC par(new=TRUE) interaction.plot(Tempo,D,ylab="pH", media,ylim=c(4,7.5),legend=F) par(new=TRUE) interaction.plot(Tempo,D,ylab="pH",xlab="Dias",LI,col=2,ylim=c(4,7.5),legend=F) par(new=TRUE) interaction.plot(Tempo,D,ylab="pH",xlab="Dias", LS,col=3,ylim=c(4,7.5),legend=F) legend("topleft", c("IC - Superior", "IC - Inferior"), col=c("green", "red"), title="Legenda", lty=1, lwd=2)

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