Abril 2011 - R-br - DINF UFPR

crash mgcv
by Marilia Sá Carvalho 20 Abr '11

20 Abr '11

C@ros, Estou rodando R version 2.13.0 (2011-04-13), Platform: i486-pc-linux-gnu (32-bit), UBUNTU LUCID. Ao ajustar um modelo gam, com um termo bivariado - s(long,lat) - o R simplesmente sai, sem pedir licença. puff! Alguem ja tentou rodar a mgcv com essa versao? O problema e' do R ou do Ubuntu? O spline univariado roda sem problema. Todas as libs estao aualizadas, inclusive as que o mgcv usa. (Fiz um update.packages geral). Alguma sugestao? Abracos, Marilia -- -- Marilia Sá Carvalho Programa de Computação Científica - FIOCRUZ Rio de Janeiro - Brasil Tel: +55 21 38361116/1100 Fax: +55 21 22705141

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Função nestednodf do pacote vegan
by Jéssica Caroline Falcão 20 Abr '11

20 Abr '11

Olá pessoal, alguém já usou a função "nestednodf" do pacote vegan? eu consigo rodá-la mas não consigo obter os valores de "p" Obrigada desde já! -- ------------------------------------------------------------------ Jéssica Falcão Mestranda em Ecologia e Conservação da Biodiversidade Universidade Federal de Mato Grosso IB- Departamento de Ecologia e Botânica Lab. Interação Inseto-Planta / Mirmecologia Cuiabá, Mato Grosso, BRASIL Email: jecafalcao(a)gmail.com

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Resumo de comparações múltiplas.
by Olympio Neto 20 Abr '11

20 Abr '11

Boa noite, pessoal. Gostaria de saber se alguém conhece algum pacote do R que faz aqueles resumos com letras em comparações múltipla (estudo usando Tukey (multcomp) com modelo estimado via lme). No pacote agricolae, existe e sempre o utilizo quando estou sob um modelo linear ordinário (aov), mas com lme estou tendo um trabalho danado! No pacote multcomp existe o cld, mas o resultado é super pobre. Alguém conhece algo neste sentido? Abs e muito obrigado. Olympio

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Re: [R-br] regressão multivariada
by Thiago De paula protásio 19 Abr '11

19 Abr '11

Concordo com o Allaman... Na análise da correlação linear entre grupos (ou a combinação linear) é mais apropriado utilizar a análise de correlação canônica e nesse caso o pacote CCA é bem interessante. A função cc() desse pacote permite extrair as cargas canônicas e as cargas canônicas cruzadas além da correlação canônica propriamente dita e de alguns gráficos. A disposição!!! Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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Re: [R-br] Análise de Correlação Canônica!!! Índices de Redundância!!!
by Thiago De paula protásio 19 Abr '11

19 Abr '11

Allaman; Rodei a função aqui e funcionou perfeitamente..... É isso mesmo que eu estava precisando..... Se precisar de alguma coisa estou a disposição! Novamente obrigado pela ajuda e esforço para responder ao tópico! Abraço! Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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construção de grafico complexo...
by Ayuni Sena 19 Abr '11

19 Abr '11

Pessoal, lá vai mais uma mega duvida.... Eu preciso gerar um gráfico muito parecido com a figura disponivel no link: http://www.datafilehost.com/download-f1ba4ceb.html Existe apenas uma pequena diferença: No meu caso, o eixo Y é repesentado pela variável N o eixo X pela variavel D Foram ajustados os seguintes modelos: 1 - N~SSasymp(D) #Regressao assintotica do livro do Pinheiro e Bates (2000) - Mixed effect models 2 - D ~ b0*N^b1*hdc^b2 3 - V ~ b3*D^b4*hdc^b5*N^b6 A partir destes modelos, quero plotar no gráfico as isolinhas que correspondem a: 1 - 100%, 55%, 40% e 15% da curva N~SSasymp(Dq) - isso vai gerar apenas um deslocamento da curva para baixo, mantendo o mesmo comportamento. 2 - a partir do modelo 2, obtemos a seguinte equação: N = (D/(b0*hdc^b2))^(1/b1) e assim, quero plotar no grafico as isolinhas correspondente a hdc=5, hdc=10, hdc=15, hdc=20, e assim por diante... (existirá o mesmo paralelismo entre as isolinhas relatado no passo acima) 3 = a partir do modelo 3, obtemos a seguinte equação: N = (V/(b3*D^b4*hdc^b5))^(1/b6) e assim, quero plotar as isolinhas correspondentes a V=50, V=100, V=150, e assim por diante.... (existirá o mesmo paralelismo entre as isolinhas relatado no passo acima) os passos nº 1 e nº 2 eu consegui fazer com auxilio dos comandos "seq" e "lines", da seguinte forma: #passo 1: N100<-779.36+(26947.92)*(exp(-exp(-1.29)*D)) N55<-428.648+(14821.356)*(exp(-exp(-1.29)*D)) N40<-311.744+(10779.168)*(exp(-exp(-1.29)*D)) N15<-116.904+(4042.188)*(exp(-exp(-1.29)*D)) plot(D, N, xlab=" Dq (cm)", ylab="Número de plantas por hectare (N/ha)", ylim=c(0,5000)) lines(dq,n100,type="l", lty=1, lwd=1) lines(dq,n55,type="l", lty=2, lwd=1) lines(dq,n40,type="l", lty=1, lwd=1) lines(dq,n15,type="l", lty=2, lwd=1) #passo 2: b0=25.360699 b1=-0.303046 b2=0.51502 b3=0.0000377 b4=2.2286023 b5=0.7798658 b6=0.9907735 D<-seq(from=5.5, to=21, lenght.out=1061) hdc<-seq(from=7, to=31,5, lenght.out=1061) N1<-(D/(b0*15^b2))^(1/b1) N2<-(D/(b0*20^b2))^(1/b1) #etc etc etc plot(DQ, NHA, ylab="Densidade de plantas por hectare (N/ha)", xlab="Dq (cm)") lines(D, N1,type="l", lty=1, lwd=1) lines(D, N2,type="l", lty=1, lwd=1) #etc etc etc Com auxílio desta rotina eu nao consegui fazer o passo 3.... Alguem teria uma sugestão melhor???????????????????????????? Agradeço a atenção de todos! Ayuni

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Re: [R-br] Análise de Correlação Canônica!!! Índices de Redundância!!!
by Thiago De paula protásio 19 Abr '11

19 Abr '11

Allaman; Obrigado pela ajuda!! Sua namorada irá entender o esforço... Quanto ao R² canônico se eu não estiver errado.....é o seguinte: A quantidade de variância explicada, ou seja, o percentual de variância na variável estatística canônica dependente que pode ser explicada pela variável estatística canônica independente, e vice-versa, pode ser determinada elevando-se ao quadrado a correlação canônica (R² canônico). Obrigado novamente por mandar o pacote e a função....... A disposição! Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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livro geoestatística
by Mauro Sznelwar 19 Abr '11

19 Abr '11

Alguém conhece o livro Aplied Statistical Data Analysis with R? Sabe se tem algo mais ou diferente, que o Model basead Geostatistics do prof. Paulo Justiniano? Mauro

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Re: [R-br] Análise de Correlação Canônica!!! Índices de Redundância!!!
by Ivan Bezerra Allaman 19 Abr '11

19 Abr '11

Quase apanhei da mulher tentando te responder este tópico! Bom, é o seguinte: Depois de umas duas horas na internet pesquisando sobre tal assunto, descobri o seguinte: Segundo o livro do Hair, o índice de redundância é calculado como a carga quadrada média vezes o R² canônico. No livro do gente fina do Hair e nem na net, eu não encontrei como se calcula o R² canônico. Se alguém souber me diga por favor. No entanto, encontrei um pacote que tem uma função o qual se extrai este índice de redundância. O pacote é o "yacca". Utilizando a base de dados do livro do Hair para conferir é claro se estava certo. Logo temos: setwd("/home/ivan/Área de Trabalho") daa <- read.table("da.txt", h=T) summary(daa) install.packages("yacca") library(yacca) X <- daa[,2:8] Y <- daa[,9:10] mod <- cca(X,Y) mod$xvrd#lhe retorna os índices de redundância mod$yvrd#lhe retorna os índices de redundância Olhe o pdf do pacote para maiores detalhes. Abraço. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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plotar dados longitudinais
by Ayuni Sena 19 Abr '11

19 Abr '11

Boa Noite Pessoal Tenho um conjunto de dados longitudinais desbalanceados, onde cada amostra foi medida duas ou tres vezes (dependendo da amostra) com intervalos de 1 a 2 anos entre as medições. Eu gostaria de plotar em um gráfico X1~X2, de modo que os pontos que correspondem a mesma unidade amostral, porem em tempos diferentes, possam ser ligados, unidos um ao outro, mostrando o que aconteceu com a unidade amostral de um ano pro outro (aumentou X1 em função do aumento de X2, por exemplo). Lembrando que nem X1 nem X2 correspondem a variavel tempo. Quero fazer algo semelhante a figura que esta disponivel no seguinte link: http://www.datafilehost.com/download-e7370438.html Alguem sabe como fazer isso no R? Abraços Ayuni

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