Abril 2011 - R-br - DINF UFPR

como trabalhar os dados desbalanceados no R
by Gilson Sanchez 03 Mai '11

03 Mai '11

Pessoal, mais uma vez consultando vc's tenho um amigo que esta avaliando 4 substratos, 5 cultivares e 4 repetições e muitas variáves de estudo. então dentro das avaliações ele perdeu alguns dados, no SAS esses dados perdidos são inseridos como ponto (.) no R são inseridos como NA, mas quando eu tento fazer uma anova eu não consigo, sai erro, então como eu posso trabalhar com esses tipos de dados dados<-read.table("dados.estatistica.txt", header=TRUE) dados attach(dados) anova <- lm(PTF~SUBST+CULT+REPET+SUBST:CULT, data=dados) > anova <- lm(PTF~SUBST+CULT+REPET+SUBST:CULT, data=dados.y) Erro em storage.mode(y) <- "double" : inválido mudar o modo de armazenamento de um fator Além disso: Mensagens de aviso perdidas: In model.response(mf, "numeric") : usando type="numeric" com um fator resposta será ignorada outro, eu utlizaria o erro tipo III na anova? -- MSc. Gilson Sánchez Chia Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Fone: (92) 3303-7841 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.

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experimentos em blocos
by rosanabarbosa＠inpa.gov.br 02 Mai '11

02 Mai '11

Boa noite a todos, Gostaria de saber do grupo como processar dados no R utilizando blocos perdidos. A instalação do experimento tem as seguintes características: uma área recebeu adubação e outra não. Em cada uma dessas áreas, possuem 3 blocos, ao acaso, para cada espécie plantada,cada bloco com 30 indivíduos, porém, existe bloco onde todas os indivíduos morreram(bloco perdido). Grata, Rosana.

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procurar valores de uma variavel que inicia com...
by Samuel Carvalho 30 Abr '11

30 Abr '11

Caros Alguem saberia me dizer como faço para o R me retornar os valores de uma variável que começa com uma letra especificamente? Por exemplo: dados$especie <- c('A', 'B', 'C', 'AB', 'AC'); e quero criar uma variavel dados$especie2 (com dados$especie) que iniciem com a letra 'A' me retornando portanto ('A', 'AB', 'AC') e evitar de se fazer dados$especie2 <- dados[dados$especie == c('A', 'AB', 'AC'),] valeu Samuel ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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Welch–Satterthwaite
by Fernando Henrique Toledo 30 Abr '11

30 Abr '11

Prezados colegas de lista, Realizei uma análise em DBC (4 repetições, 10 tratamentos, mais de uma colheita), conforme o modelo de parcelas subdividas no tempo, ou seja: y_{ijk} = \mu + t_i + r_j + (tr)_{ij} + s_k + (rc)_{jk} + (ts)_{ik} + e_{ijk}, assim nas os testes F (e o p-valor), para a fonte de variação colheita (s_k) deve ser feitas de acordo com as esperanças e para tal faz-se necessário a combinação de alguns quadrados médios, portanto tem que se realizar a aproximação por Welch-Satterthwaite, como posso realizar isso no R? Aberto a qualquer sugestão... Grato desde já! att, FH

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Como diferenciar planos em um grafico 3D.
by Claudio Carneiro 30 Abr '11

30 Abr '11

Walmes, A idéia é mais ou menos assim. Eu tenho uma função custo que depende de T1 e M1, eu queria plotar cada plano ( por exemplo para M1=1, etc) de cores diferente ou de símbolos diferentes para destacar qual o plano que contém o custo mínimo. Embaixo segue os dados, os valores de T1 estão abaixo de T1, e abaixo de M1=1 está os valores do custo para M1=1 e os T1's dados. T1 M1=1 M1=2 251.3 0.12627 0.094528 252.6 0.126112 0.094158 253.9 0.125953 0.093791 255.2 0.125794 0.093426 256.5 0.125634 0.093063 257.8 0.125473 0.092703 259.1 0.125312 0.092346 260.4 0.12515 0.091991 261.7 0.124988 0.091638 263 0.124825 0.091288 264.3 0.124661 0.090941 265.6 0.124497 0.090596 266.9 0.124333 0.090254 268.2 0.124167 0.089914 269.5 0.124001 0.089578 270.8 0.123835 0.089244 272.1 0.123668 0.088912 273.4 0.1235 0.088584 274.7 0.123332 0.088258 276 0.123163 0.087935 277.3 0.122994 0.087614 278.6 0.122825 0.087297 279.9 0.122654 0.086982 281.2 0.122483 0.08667 282.5 0.122312 0.086361 Desde já agradecido,Claudio Carneiro

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Dúvida contrastes glm binomial
by Alexandre dos Santos 30 Abr '11

30 Abr '11

Boa tarde pessoal, Tenho uma váriavel resposta binomial chamada Infestação (1 presença e 0 ausência de insetos) e dois fatores qualitativos que são vegetação (pastagem e floresta) e altitude (alta e baixa), além de parcelle que são as repetições no campo. Gostaria de fazer contrastes utilizando glm (family=binomial), então primeiro eu fiz: > m.full<-glm(Infestacao~Altitude*Vegetation*Parcelle, data=H.termes, family="binomial")# Modelo completo Mensagens de aviso perdidas: In model.matrix.default(mt, mf, contrasts) : variable 'Altitude' converted to a factor Já fiquei preocupado com essa mensagem, mais de qualquer maneira Altitude é um fator mesmo, então fiz: > summary(m.full) Call: glm(formula = Infestacao ~ Altitude * Vegetation * Parcelle, family = "binomial", data = H.termes) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -1.0793 -0.4643 -0.4542 -0.2530 2.6296 Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -3.2454 0.6030 -5.382 7.36e-08 *** Altitudebaixa 3.0243 0.6322 4.784 1.72e-06 *** Vegetationpature 0.9997 0.9678 1.033 0.30161 Parcelle 0.5115 0.2564 1.995 0.04602 * Altitudebaixa:Vegetationpature -3.0214 1.0505 -2.876 0.00403 ** Altitudebaixa:Parcelle -0.5256 0.2669 -1.969 0.04893 * Vegetationpature:Parcelle -0.9048 0.4561 -1.984 0.04729 * Altitudebaixa:Vegetationpature:Parcelle 0.9421 0.5024 1.875 0.06073 . --- Signif. codes: 0 *** 0.001 ** 0.01 * 0.05 . 0.1 1 (Dispersion parameter for binomial family taken to be 1) Null deviance: 1578.6 on 1532 degrees of freedom Residual deviance: 1317.2 on 1525 degrees of freedom AIC: 1333.2 Number of Fisher Scoring iterations: 5 Não tem superdispersão então fiz uma anova: > anova(m.full,test="Chi") Analysis of Deviance Table Model: binomial, link: logit Response: Infestacao Terms added sequentially (first to last) Df Deviance Resid. Df Resid. Dev P(>|Chi|) NULL 1532 1578.6 Altitude 1 94.613 1531 1484.0 < 2e-16 *** Vegetation 1 154.761 1530 1329.2 < 2e-16 *** Parcelle 1 0.248 1529 1329.0 0.61866 Altitude:Vegetation 1 6.511 1528 1322.5 0.01072 * Altitude:Parcelle 1 1.195 1527 1321.3 0.27440 Vegetation:Parcelle 1 0.491 1526 1320.8 0.48328 Altitude:Vegetation:Parcelle 1 3.577 1525 1317.2 0.05857 . --- Signif. codes: 0 *** 0.001 ** 0.01 * 0.05 . 0.1 1 Mensagens de aviso perdidas: In model.matrix.default(object, data = list(Infestacao = c(0, 0, : variable 'Altitude' converted to a factor Então fui reduzindo o modelo ate restarem as variáveis significativas, sendo: > anova(m3,test="Chi") Analysis of Deviance Table Model: binomial, link: logit Response: Infestacao Terms added sequentially (first to last) Df Deviance Resid. Df Resid. Dev P(>|Chi|) NULL 1532 1578.6 Altitude 1 94.613 1531 1484.0 < 2e-16 *** Vegetation 1 154.761 1530 1329.2 < 2e-16 *** Parcelle 1 0.248 1529 1329.0 0.61866 Altitude:Vegetation 1 6.511 1528 1322.5 0.01072 * --- Signif. codes: 0 *** 0.001 ** 0.01 * 0.05 . 0.1 1 Mensagens de aviso perdidas: In model.matrix.default(object, data = list(Infestacao = c(0, 0, : variable 'Altitude' converted to a factor > summary(m3) Call: glm(formula = Infestacao ~ Altitude + Vegetation + Parcelle + Altitude:Vegetation, family = "binomial", data = H.termes) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -1.0824 -0.4636 -0.4554 -0.3072 2.4807 Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -2.20627 0.23768 -9.283 < 2e-16 *** Altitudebaixa 1.91926 0.21846 8.785 < 2e-16 *** Vegetationpature -0.83836 0.36768 -2.280 0.02260 * Parcelle 0.01484 0.06585 0.225 0.82173 Altitudebaixa:Vegetationpature -1.10337 0.41007 -2.691 0.00713 ** --- Signif. codes: 0 *** 0.001 ** 0.01 * 0.05 . 0.1 1 (Dispersion parameter for binomial family taken to be 1) Null deviance: 1578.6 on 1532 degrees of freedom Residual deviance: 1322.5 on 1528 degrees of freedom AIC: 1332.5 Number of Fisher Scoring iterations: 5 Então posso deduzir, se é que agora fiz tudo certo, que a variável resposta é diferente entre altitude alta e baixa e entre vegetação de pastagem e floresta, agora gostaria de comparar altitude alta com as diferentes vegetações, só que não entendi porque a análise separou Vegetationbaixa e Vegetationpaturage e também não sei que fator a análise fixou no intercepto, Alguém saberia me explicar o que posso estar fazendo de errado, Obrigado, Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29

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alocacao de memoria no R
by Samuel Carvalho 29 Abr '11

29 Abr '11

Caros(as) Muitas vezes me deparo com problemas de alocação de memoria no R. Me retornando msg como 'nao foi possivel alocar vetor de comprimento x...' Alguem poderia me auxiliar em como aproveitar todo desempenho do micro nas analises? Dei uma olhada em memory.size() and memory.limit() e como estou usando o R em 32bit creio que ele so consiga enxergar 4gb de ram. Em resumo tenho interesse de usar em certas analises mais de 2 processadores e mais de 4gb de ram. []`s ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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R e análise criminal
by David orais 29 Abr '11

29 Abr '11

Prezados colegas Alguém da lista usa o R para análise de dados criminais. Desde já agradeço. Atenciosamente David Morais Universidade Candido Mendes Rio de Janeiro - RJ

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Efeitos fixo e aleatório em Experimentos.
by Edson Lira 29 Abr '11

29 Abr '11

Boa tarde a todos. Estou dando uma estudada em Análise de Experimentos. Supondo que estou trabalhando com um fatorial 2X2 com repetições diferentes e efeitos fixos. No R como identifico o tipo de efeito fixo para a análise de variância? O efeito aleatório é o default, imagino. E as repetições perdidas, ou seja, os missings? Posso eliminá-las ? No caso de estimar as repetições perdidas comop proceder no R? p.s. algumas respostas já encontrei no Help, mas gostaria de ouvir os amigos da lista, para confirmar minha interpretação. []'s Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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plotar gráfico de dispersão com três variáveis
by Rodrigo Plei 29 Abr '11

29 Abr '11

Prezados, Como fazer para plotar um gráfico de dispersão mostrando três variáveis no mesmo gráfico? Tenho dados de profundidade, temperatura e salinidade. Gostaria que: 1) no eixo X inferior, ficasse plotado a relação profundidade~temperatura 2) no eixo X superior, icasse plotado a relação profundidade~salinidade O eixo Y seria o da profundidade. Alguma idéia? Agradeço desde logo, Rodrigo Em 28 de abril de 2011 18:36, Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com>escreveu: > Pessoal, > > Vejam o cartão de referência do R (no google: R reference card). Ele tem > todas essas opções de operadores lógicos, de datas, de horas, de importação, > parâmetros gráficos, distribuição de probabilidades, etc. Vale a pena ter > ele salvo no navegador ou impresso na gaveta mais próxima. > > À disposição. > Walmes. > > ========================================================================== > Walmes Marques Zeviani > LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) > Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná > fone: (+55) 41 3361 3573 > VoIP: (3361 3600) 1053 1173 > e-mail: walmes(a)ufpr.br > twitter: @walmeszeviani > homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes > linux user number: 531218 > ========================================================================== > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > -- =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> Rodrigo Silvestre Martins, PhD Bolsista FAPESP Pós-Doutorado Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) Butantã - São Paulo/SP, Brasil 05508-900 Tel: +55 11 3091 6549 Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777

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