Novembro 2011 - R-br

Problemas com split+lapply
by Rubem Kaipper Ceratti 01 Nov '11

01 Nov '11

Caros listeiros, estou com uma base de dados para a qual preciso calcular médias móveis para dois atributos com relação a certos níveis de fatores. Para isso, pensei em utilizar uma combinação de split+lapply, mas mesmo com apenas pouco mais de 126.000 observações o split do banco de dados leva uma eternidade (um dos fatores possui 1242 níveis). Posteriormente tentei utilizar a função ddply (pacote plyr), mas retorna um erro. Alguma sugestão? Segue um exemplo abaixo (base com menos observações que a original): P<-2000:2010 Rep<-letters[1:5] TF<-1:2 CC<-paste("H-",101:299,sep="") a<-expand.grid(P=P,R=Rep,TF=TF,CC=CC) a$y<-rnorm(nrow(a)) a$z<-runif(nrow(a)) library(zoo) ma.fun<-function(x,k){ mm.y<-rollmean(x$y,k) mm.z<-rollmean(x$z,k) cbind(x[-c(1:2),-c(5:6)],ma.y=c(mm.y),ma.z=c(mm.z)) } # Abordagem 1: Nem chega a completar o split a.1<-split(a,list(a$R,a$TF,a$CC),drop=T) a.2<-lapply(a.1,ma.fun,k=3) # Abodagem 2: Mensagem de erro: # Erro em do.ply(i) : # task 1 failed - "adicionando classe "factor" a um objeto inválido" # Além disso: Mensagens de aviso perdidas: # 1: <anonymous>: ... may be used in an incorrect context: ‘.fun(piece, ...)’ # # 2: <anonymous>: ... may be used in an incorrect context: ‘.fun(piece, ...)’ library(plyr) library(doSNOW) library(foreach) ncpu<-4 cl<-makeSOCKcluster(rep("localhost",ncpu)) registerDoSNOW(cl) clusterEvalQ(cl,c(library(plyr),library(zoo))) a.2<-ddply(a,c('R','CC','TF'),ma.fun,k=3,.parallel=T) Grato, Rubem

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Linguagens para simulações Estatísticas e Matemáticas
by Pedro Rafael 01 Nov '11

01 Nov '11

Pessoal qual seria algumas linguagens interessantes fora o R boa para simulações estatística e matemáticas para se estudar? Qual dessas é melhor para trabalhar com banco de dados. Estou estudando o R mas queria estudar outra linguagem em paralelo. A linguagem Ox, O-Matrix, Scilab ou Octave cumpre bem esse papel? -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB.

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Tabela de contingẽncia com freq. relativa: dúvida sobre validade teste qui-quadrado
by Jose Claudio Faria 01 Nov '11

01 Nov '11

Pessoal, Recorro aos mais especializados sobre a validade do teste qui-quadrado aplicados a uma tabela de contingência (dados e script abaixo). Os dados são de freq. relativa (cada linha fecha em 100%) de 5 estágios vegetativos (Seedling, Infant, Juvenile, Imature e Adult) do palmito juçara em 4 ambientes (MAR, ECO, MEF e MAZ). dad <- structure(list(Seedling = c(2.1664766249, 0.4830917874, 2.1466905188, 11.8236472946), Infant = c(53.2497149373, 55.0724637681, 65.831842576, 51.9038076152), Juvenile = c(33.7514253136, 33.8164251208, 26.4758497317, 28.0561122244), Imature = c(8.3238312429, 8.2125603865, 3.7567084079, 5.8116232465), Adult = c(2.5085518814, 2.4154589372, 1.7889087657, 2.4048096192)), .Names = c("Seedling", "Infant", "Juvenile", "Imature", "Adult"), class = "data.frame", row.names = c("MAR", "ECO", "MEF", "MAZ")) chisq.test(dad, correct=F)$observed chisq.test(dad, correct=F)$expected chisq.test(dad, correct=F) O objetivo da pesquisadora é saber se os ambientes podem ser considerados homogêneos (similares) ou não em relação as freq. dos estágios vegetativos. Havia aplicado o teste (foi significativo) e a pesquisadora comentou que ela havia lido que o teste do qui-quadrado não poderia ser aplicado em tabelas de contingência desse tipo. Sugestões e indicação de testes alternativos são bem vindas. Ab, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica - Prof. Pleno UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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