<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8"><meta name=Generator content="Microsoft Word 15 (filtered medium)"><style><!--
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Então minha ideia era que o código </span><span lang=PT-BR style='font-family:"Courier New"'>type13 <- subset(type12, <b>sdtypetrait [index.typet]</b> <= 50)</span><span lang=PT-BR><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR>se transformasse em : </span><span lang=PT-BR style='font-family:"Courier New"'>type13 <- subset(type12, <b>Stature</b> <= 50)</span><span lang=PT-BR><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=PT-BR>Então no meu exemplo Stature é uma das notas que eu estou avaliando e eu usei o subset para ficar somente com animais com nota menor ou igual a 50. Provavelmente o que está acontecendo é que meu código indica que Stature é um valor e não uma coluna, como eu gostaria.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=PT-BR>Como eu vou avaliar as características separadamente, eu preciso editar um banco individual para cada uma delas para não perder muitas informações sem necessidade.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=PT-BR><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=PT-BR>Aproveitando a resposta, será que isso seria possível, chamar as colunas a partir de um vetor? Minha ideia era otimizar a criação dos bancos ao invés de editar ele várias vezes.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=PT-BR><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=PT-BR>De qualquer forma, eu agradeço a ajuda! Pelo menos consegui enxergar onde está o problema =)<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=PT-BR><o:p> </o:p></span></p><div style='border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal><b><span lang=PT-BR>From:</span></b><span lang=PT-BR> R-br <r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br> <b>On Behalf Of </b>Cesar Rabak por (R-br)<br><b>Sent:</b> quinta-feira, 2 de junho de 2022 18:54<br><b>To:</b> a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br@listas.c3sl.ufpr.br><br><b>Cc:</b> Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com><br><b>Subject:</b> Re: [R-br] Loop para criar diferentes bancos de dados usando o mesmo script<o:p></o:p></span></p></div><p class=MsoNormal><span lang=PT-BR><o:p> </o:p></span></p><div><p class=MsoNormal>Olá Bárbara,<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Via de regra, no R raramente se necessita usar <i>loops</i> pela natureza da linguagem voltada a vetores.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Por outro lado, sua descrição, no texto, é contrária ao que vc parece desejar.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Me explico: a descrição do texto dá a impressão que já se dispõe de um banco com todas as informações (dezenove características e cinco idades). Não se menciona o formato ou onde reside o banco, mas em geral essas operações são feitas usando-se uma <i>query</i> (que no seu caso pode ser feita pelo comando <i>subset</i> [como se vê no s/script).<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Olhando seu código a dúvida é a seguinte:<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-family:"Courier New"'>type13 <- subset(type12, <b>sdtypetrait [index.typet]</b> <= 50)</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>pela definição de <span style='font-family:"Courier New"'>sdtypetrait,</span> mais acima, essa var é um vetor de cadeias de caracteres, o que vc espera ao fazer uma comparação com 50 ?<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>HTH<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>--<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Cesar<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><div><div><p class=MsoNormal>On Thu, Jun 2, 2022 at 2:00 PM Bárbara Mazetti Nascimento por (R-br) <<a href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>> wrote:<o:p></o:p></p></div><blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm'><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR>Boa tarde a todos!</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR>Estou com dificuldade em gerar um loop e espero que alguém possa me ajudar aqui.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR>Estou trabalhando com dados de sobrevivência de animais até 5 idades determinadas e o efeito individual de 19 características dentro de um servidor. A partir de um banco inicial, eu preciso rodar o mesmo script para combinar todas as idades com todas as características, gerando 95 bancos de dados diferentes.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR>Até agora, eu consegui fazer 5 bancos relativos a cada idade através do commandArg:</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>#Loop ----------------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>## Level 1: DATE OF BIRTH ==> z<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>sdrumthreshold = c("2019-01-01", "2018-01-01", "2017-01-01", "2016-01-01", "2015-01-01")<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>### Level 2: SURVIVAL AGE ==> t<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>sdactthreshold = c(36, 48, 60, 72, 84)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>## Connection with the code in Linux.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>args = commandArgs(trailingOnly = TRUE)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>index.sdrum = as.numeric(args[1])<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>index.sdact = as.numeric(args[2])<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR>Quando eu chamo as variáveis dentro do loop no Linux, o script roda certinho. Segue como ilustração a forma como eu chamei o loop no Linux.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>#!/bin/bash<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>sdrumth_leader=(1 2 3 4 5)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>sdactth_leader=(1 2 3 4 5)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>for z in "${sdrumth_leader[@]}"<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>do<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> for t in "${sdactth_leader[@]}"<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> do<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> if [[ "$z" != "$t" ]]<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> then<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> continue<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> else<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> sbatch Survival.Rcode.bash $z $t #calling indexes.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> sleep 1<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> fi<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> done<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>done<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR>Porém, tentei fazer a mesma coisa, criando um vetor com o nome das colunas e não tive sucesso:</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>### Level 3: TYPE TRAITS ==> q<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>sdtypetrait = c("Stature", "Strength", "FinalScore", "DairyForm", "RumpAngle", "RumpWidth", "RearLegs", "ForeUdder", "RearUdderHeight", "RearUdderWidth", "FootAngle", "UdderDepth", "UdderCleft", "TeatPlacement", "TeatLength", "RearTeatPlacementRv", "RearTeatPlacementSv", “Pasterns", "RearTeatLength")<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>## Connection with the code in Linux.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>args = commandArgs(trailingOnly = TRUE)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>index.sdrum = as.numeric(args[1])<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>index.sdact = as.numeric(args[2])<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>index.typet = as.numeric(args[3])<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR>Quando eu chamo a variável dentro do script, ela vem com as aspas e dá erro. As entradas da variável do vetor são:</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>type13 <- subset(type12, <b>sdtypetrait [index.typet]</b> <= 50)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>count(type13<b>, sdtypetrait [index.typet]</b>)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>model <- lm(formula = <b>sdtypetrait [index.typet]</b> ~ CalvingAge + I(CalvingAge^2) + appraisalDIM + I(appraisalDIM^2), data = type15)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>dados_completo$<b>sdtypetrait [index.typet]</b>_adj <- dados_completo$residuals<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>dados_completo$<b>sdtypetrait [index.typet]</b>_adj2 <- (dados_completo$<b>sdtypetrait [index.typet]</b>_adj)*2<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>dados_usar <- select(dados_completo, RegId, SireRegId, DamRegId, CG, Cross, AFC, AFC2, Inbreeding, Inbreed2, <b>sdtypetrait [index.typet]</b>_adj, <b>sdtypetrait [index.typet]</b>_adj2, Survival)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>write.table(dados_usar,<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> file = paste0("/teste/",<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> sdactthreshold[index.sdact],"/", <b>sdtypetrait [index.typet]</b>,"/Survival.dat"),<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> sep = " ",<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> row.names = F,<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> quote = F,<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <span lang=PT-BR>col.names = F)</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR>Será que alguém tem alguma ideia de como eu posso chamar a variável sem entrar as aspas, ou se a forma como estou rodando tem algum erro? </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=PT-BR>Obrigada!</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;background:white'><b><span lang=PT-BR style='font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black;border:none windowtext 1.0pt;padding:0cm'>____________________________________</span></b><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;background:white'><b><span lang=PT-BR style='font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black;border:none windowtext 1.0pt;padding:0cm'>Barbara Mazetti Nascimento</span></b><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;background:white'><span lang=PT-BR style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black;border:none windowtext 1.0pt;padding:0cm'>Postdoctoral Researcher</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;background:white'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black;border:none windowtext 1.0pt;padding:0cm'>Department of Animal and Dairy Sciences</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black;border:none windowtext 1.0pt;padding:0cm'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;background:white'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black;border:none windowtext 1.0pt;padding:0cm'>University of Wisconsin-Madison </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal>_______________________________________________<br>R-br mailing list<br><a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br><a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<o:p></o:p></p></blockquote></div></div></body></html>