<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:#073763">Cesar, </div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:#073763">Não sei se entendi direito a tua colocação. Tanto as funções survfit como a summary.survfit retornam o erro padrão dentro do objeto. Então, de qualquer objeto survfit, se pedirmos um plot com cumhaz = T e <a href="http://conf.int">conf.int</a> = T o grafico vem com a banda de confiança do hazard. </div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:#073763"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:#073763">lsurv2 <- survfit(Surv(time, status) ~ x, aml, type='fleming') <br>plot(lsurv2, lty=2:3, fun="cumhaz", xlab="Months", ylab="Cumulative Hazard", <a href="http://conf.int">conf.int</a> = T)<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:#073763"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:#073763">Funçando por achei o seguinte... </div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:#073763"><a href="https://www.rdocumentation.org/packages/survival/versions/3.2-13/topics/survfit.formula">https://www.rdocumentation.org/packages/survival/versions/3.2-13/topics/survfit.formula</a><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:#073763"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:#073763"><dt style="box-sizing:border-box;border:0px solid rgb(229,231,235);color:rgb(55,65,81);font-family:Studio-Feixen-Sans,Arial;font-size:14px;background-color:rgb(255,251,243)">conf.type</dt><dd style="box-sizing:border-box;border:0px solid rgb(229,231,235);margin:0px;color:rgb(55,65,81);font-family:Studio-Feixen-Sans,Arial;font-size:14px;background-color:rgb(255,251,243)"><p style="box-sizing:border-box;border:0px solid rgb(229,231,235);margin:1.25em 0px">One of <code style="box-sizing:border-box;border:0px solid rgb(229,231,235);font-family:ui-monospace,SFMono-Regular,Menlo,Monaco,Consolas,"Liberation Mono","Courier New",monospace;font-size:0.875em;color:rgb(17,24,39);font-weight:600">"none"</code>, <code style="box-sizing:border-box;border:0px solid rgb(229,231,235);font-family:ui-monospace,SFMono-Regular,Menlo,Monaco,Consolas,"Liberation Mono","Courier New",monospace;font-size:0.875em;color:rgb(17,24,39);font-weight:600">"plain"</code>, <code style="box-sizing:border-box;border:0px solid rgb(229,231,235);font-family:ui-monospace,SFMono-Regular,Menlo,Monaco,Consolas,"Liberation Mono","Courier New",monospace;font-size:0.875em;color:rgb(17,24,39);font-weight:600">"log"</code> (the default), <code style="box-sizing:border-box;border:0px solid rgb(229,231,235);font-family:ui-monospace,SFMono-Regular,Menlo,Monaco,Consolas,"Liberation Mono","Courier New",monospace;font-size:0.875em;color:rgb(17,24,39);font-weight:600">"log-log"</code>, <code style="box-sizing:border-box;border:0px solid rgb(229,231,235);font-family:ui-monospace,SFMono-Regular,Menlo,Monaco,Consolas,"Liberation Mono","Courier New",monospace;font-size:0.875em;color:rgb(17,24,39);font-weight:600">"logit"</code> or <code style="box-sizing:border-box;border:0px solid rgb(229,231,235);font-family:ui-monospace,SFMono-Regular,Menlo,Monaco,Consolas,"Liberation Mono","Courier New",monospace;font-size:0.875em;color:rgb(17,24,39);font-weight:600">"arcsin"</code>. Only enough of the string to uniquely identify it is necessary. The first option causes confidence intervals not to be generated. The second causes the standard intervals <code style="box-sizing:border-box;border:0px solid rgb(229,231,235);font-family:ui-monospace,SFMono-Regular,Menlo,Monaco,Consolas,"Liberation Mono","Courier New",monospace;font-size:0.875em;color:rgb(17,24,39);font-weight:600">curve +- k *se(curve)</code>, where k is determined from <code style="box-sizing:border-box;border:0px solid rgb(229,231,235);font-family:ui-monospace,SFMono-Regular,Menlo,Monaco,Consolas,"Liberation Mono","Courier New",monospace;font-size:0.875em;color:rgb(17,24,39);font-weight:600"><a href="http://conf.int">conf.int</a></code>. The log option calculates intervals based on the cumulative hazard or log(survival). The log-log option bases the intervals on the log hazard or log(-log(survival)), the logit option on log(survival/(1-survival)) and arcsin on arcsin(survival).</p></dd></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:#073763">O que significa que das varias formas de se estimar a banda, uma delas é a "plain". Ainda não tenho certeza se o que ele chama de curve já é a cumhaz ou se é S(t). Vou ter que fuçar melhor nas referencias. </div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:#073763"><br></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="'courier new', monospace" style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#000066" size="4">Pedro Brasil</font></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Em sex., 10 de dez. de 2021 às 20:38, Cesar Rabak <<a href="mailto:cesar.rabak@gmail.com">cesar.rabak@gmail.com</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Pedro,<div><br></div><div>A função plot.surfit não coloca os erros padrão da função cumulativa.</div><div><br></div><div>Ademais, pegue os resultados do <font face="monospace">summary</font> e veja se se o cálculo do intervalo do CI 95% "bate" com a conta 1,96 × d.p.</div><div><br></div><div>HTH</div><div><br></div><div>--</div><div>Cesar Rabak</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Dec 10, 2021 at 4:02 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil <<a href="mailto:emmanuel.brasil@gmail.com" target="_blank">emmanuel.brasil@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:rgb(7,55,99)">Na verdade eu estou fuçando ainda como plot.survfit faz pq não esta escrito em qualquer lugar que eu tenha achado como essa função faz e a summary.survfit retorna o erro padrão. Mas como a duvida era como extrair o cumhaz... achei que poderia postar. Se voce souber como a função plot faz posta aí que eu acerto. </div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:rgb(7,55,99)"><br></div><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="'courier new', monospace" style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#000066" size="4">Pedro Brasil</font></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Em sex., 10 de dez. de 2021 às 13:32, Cesar Rabak <<a href="mailto:cesar.rabak@gmail.com" target="_blank">cesar.rabak@gmail.com</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Esse cálculo dos limites superiores e inferiores do risco acumulado me parece estranho..<div><br></div><div>A formulação é baseada em alguma referência?</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Dec 10, 2021 at 1:23 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil por (R-br) <<a href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;color:rgb(7,55,99)">> fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml)<br>> y <- summary(fit, times = c(14,28,35))<br>> y<br>Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)<br><br> x=Maintained <br> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI<br> 14 8 2 0.818 0.116 0.619 1.000<br> 28 6 2 0.614 0.153 0.377 0.999<br> 35 3 2 0.368 0.163 0.155 0.875<br><br> x=Nonmaintained <br> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI<br> 14 7 5 0.583 0.142 0.3616 0.941<br> 28 4 2 0.389 0.147 0.1854 0.816<br> 35 2 2 0.194 0.122 0.0569 0.664<br><br>> cumhaz.summ <- function(y, digits = 3){<br>+ cond <- y$strata == levels(y$strata)[1]<br>+ y$cumhaz.upper <- pmax(y$cumhaz + 1.96 * y$std.chaz,0)<br>+ y$cumhaz.lower <- pmax(y$cumhaz - 1.96 * y$std.chaz,0)<br>+ output <- list()<br>+ for(i in seq_along(levels(y$strata))){<br>+ cond <- y$strata == levels(y$strata)[i]<br>+ output[[i]] <- round(data.frame(Time = y$time[cond],<br>+ 'N risk' = y$n.risk[cond],<br>+ 'N events' = y$n.event[cond],<br>+ 'Cum Hazard' = y$cumhaz[cond],<br>+ lower = y$cumhaz.lower[cond],<br>+ upper = y$cumhaz.upper[cond]),digits)<br>+ }<br>+ names(output) <- levels(y$strata)<br>+ output<br>+ }<br>> cumhaz.summ(y)<br>$`x=Maintained`<br> Time N.risk N.events Cum.Hazard lower upper<br>1 14 8 2 0.191 0.000 0.456<br>2 28 6 2 0.459 0.002 0.915<br>3 35 3 2 0.909 0.133 1.685<br><br>$`x=Nonmaintained`<br> Time N.risk N.events Cum.Hazard lower upper<br>1 14 7 5 0.492 0.056 0.928<br>2 28 4 2 0.858 0.187 1.530<br>3 35 2 2 1.442 0.385 2.499<br><br>> <br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Em qui., 9 de dez. de 2021 às 10:43, Cid Póvoas por (R-br) <<a href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">library(survival)<br>library(broom)<br>library(tidyverse)<br><br>fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml)<br>df<-tidy(fit)<br>df$cumhaz <- fit$cumhaz<br>df %>% filter(time%in%c(9,8,28,33,48))<br><br>fit1 <- summary(fit, times = c(14,28,35)) <br>fit1 <br><br>tab <- data.frame(time = fit1$time,<br> n.risk = fit1$n.risk,<br> n.event = fit1$n.event,<br> survival = fit1$surv,<br> std.err = fit1$std.err,<br> `lower 95% CI` = fit1$lower,<br> `upper 95% CI` = fit1$upper,<br> cumhaz = fit1$cumhaz,<br> strata = fit1$strata)<br><br>tab<br><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="text-align:left"><br></div><div style="text-align:center"><div style="text-align:left"><font color="#073763"><b><i>Cid Edson Mendonça Póvoas</i></b></font></div><div style="text-align:left"><font color="#073763"><b><i><br></i></b></font></div><div style="text-align:left"><b style="font-size:12.8px;color:rgb(7,55,99)"><i><a href="http://www.anovagro.com/" target="_blank">AnovAgro</a></i></b><br></div><div style="text-align:left"><b><i><font color="#073763">Engenheiro Agrônomo - </font></i></b><i style="color:rgb(7,55,99)"><b>Data Scientist</b></i><b><i><font color="#073763"> </font></i></b></div><div><div style="text-align:left"><i style="color:rgb(7,55,99)"><b>CREA :</b> 051984991-4</i><b><font color="#073763"><i><br></i></font></b></div><div style="text-align:left"><b><font color="#073763"><i>Técnico em Segurança do Trabalho </i></font></b><br></div><div style="text-align:left"><i style="color:rgb(7,55,99)"><b>Nº: </b></i><span style="text-align:center"><font color="#073763"><i>0012669/BA</i></font></span></div><div style="text-align:left"><i style="color:rgb(7,55,99)"><b>Tel: </b>+55 73 99151-9565</i></div><div style="text-align:left"><font color="#073763"><span style="font-size:12.8px"><b>Lattes : </b></span><span style="font-size:12.8px"><a href="http://lattes.cnpq.br/2303498368142537" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/2303498368142537</a></span><br></font></div></div><div><div><div style="text-align:left"><span style="font-size:12.8px"><font color="#073763"><b>LinkedIn :</b> <a href="http://br.linkedin.com/in/cidedson/" target="_blank">http://br.linkedin.com/in/cidedson/</a></font></span></div><div style="text-align:left"><font color="#073763"><b>Whatsapp :</b> <a href="https://wa.me/5573991519565" target="_blank">https://wa.me/5573991519565</a></font></div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Em qui., 9 de dez. de 2021 às 09:26, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil por (R-br) <<a href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="auto">Ei Cesar,<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Ei sei que o cumhaz esta la. Eu so queria uma saida parecida com a do survival. Parece que vou ter que montar uma um esquema aqui pegar esses valores e montar uma tabela de saida. </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Valeu. <br><br><div dir="auto">Pedro Emmanuel Brasil<br>(:)=</div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Em qua, 8 de dez de 2021 20:42, Cesar Rabak <<a href="mailto:cesar.rabak@gmail.com" target="_blank">cesar.rabak@gmail.com</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><font face="arial, sans-serif">Isto não é suficiente?</font></div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><font face="monospace">> fit$cumhaz<br> [1] 0.09090909 0.19090909 0.31590909 0.45876623 0.45876623 0.65876623<br> [7] 0.90876623 0.90876623 1.40876623 1.40876623 0.16666667 0.36666667<br>[13] 0.49166667 0.49166667 0.65833333 0.85833333 1.10833333 1.44166667<br>[19] 1.94166667 2.94166667<br>></font><br><div><font face="arial, sans-serif">HTH</font></div><div><font face="arial, sans-serif">--</font></div><div><font face="arial, sans-serif">Cesar Rabak</font></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Dec 8, 2021 at 5:12 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil por (R-br) <<a href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br" rel="noreferrer" target="_blank">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:rgb(7,55,99)">Saudações amigos do R, </div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:rgb(7,55,99)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:rgb(7,55,99)">Estou as voltas de estimar taxas de eventos e estou batendo cabeça. Antes de escrever uma função eu mesmo para fazer uma tabela com alguns valores gostaria de uma luz dos amigos de R.</div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:rgb(7,55,99)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:rgb(7,55,99)">O banco aml está no pacote survival então bastaria carregar o pacote pra reproduzir o exemplo. Eu gostaria de ver em formato de tabela alguns momentos específicos da tabela de sobrevivência. Só que o summary.survfit só retorna a sobrevivência e não a taxa cumulativa. </div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:rgb(7,55,99)"><br></div><span class="gmail_default" style="color:rgb(7,55,99)"><font face="monospace" size="1">library("survival")</font></span><div><span class="gmail_default" style="color:rgb(7,55,99)"><font face="monospace" size="1"></font></span> <font face="monospace" size="1">fit <span class="gmail_default" style="color:rgb(7,55,99)"></span><- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml) <br>> fit<br>Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)<br><br> n events median 0.95LCL 0.95UCL<br>x=Maintained 11 7 31 18 NA<br>x=Nonmaintained 12 11 23 8 NA<br><span class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:rgb(7,55,99)"># Summary com todos os momentos de eventos</span><br></font></div><div><font face="monospace" size="1">> summary(fit)<br>Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)<br><br> x=Maintained <br> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI<br> 9 11 1 0.909 0.0867 0.7541 1.000<br> 13 10 1 0.818 0.1163 0.6192 1.000<br> 18 8 1 0.716 0.1397 0.4884 1.000<br> 23 7 1 0.614 0.1526 0.3769 0.999<br> 31 5 1 0.491 0.1642 0.2549 0.946<br> 34 4 1 0.368 0.1627 0.1549 0.875<br> 48 2 1 0.184 0.1535 0.0359 0.944<br><br> x=Nonmaintained <br> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI<br> 5 12 2 0.8333 0.1076 0.6470 1.000<br> 8 10 2 0.6667 0.1361 0.4468 0.995<br> 12 8 1 0.5833 0.1423 0.3616 0.941<br> 23 6 1 0.4861 0.1481 0.2675 0.883<br> 27 5 1 0.3889 0.1470 0.1854 0.816<br> 30 4 1 0.2917 0.1387 0.1148 0.741<br> 33 3 1 0.1944 0.1219 0.0569 0.664<br> 43 2 1 0.0972 0.0919 0.0153 0.620<br> 45 1 1 0.0000 NaN NA NA<br><br><span class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:rgb(7,55,99)"># Summary com os momentos desejados</span><br>> <span class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:rgb(7,55,99)"></span>summary(fit, times = c(14,28,35))<br>Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)<br><br> x=Maintained <br> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI<br> 14 8 2 0.818 0.116 0.619 1.000<br> 28 6 2 0.614 0.153 0.377 0.999<br> 35 3 2 0.368 0.163 0.155 0.875<br><br> x=Nonmaintained <br> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI<br> 14 7 5 0.583 0.142 0.3616 0.941<br> 28 4 2 0.389 0.147 0.1854 0.816<br> 35 2 2 0.194 0.122 0.0569 0.664<br><br></font><span style="font-family:monospace;font-size:x-small">> plot(fit)</span><font face="monospace" size="1"><br></font></div><div><font face="monospace" size="1">> plot(fit, cumhaz = T) </font><br><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:rgb(7,55,99)"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(34,34,34)">></span> </div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:rgb(7,55,99)">Reparem que há uma opção para o gráfico cumhaz = T, o que significa que o cumhaz está depositado no objeto, inclusive dentro do summary também. Tipo summary(fit)$cumhaz. Só que não há uma opção summary(fit, cumhaz = T) que retorne o cumhaz ao invés da sobrevivência. Alguém tem algum bizu pra fazer isso organizado, extrair a mesma tabela só que com o cumhaz, como <span class="gmail_default"></span><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:monospace;font-size:x-small">summary(fit, times = c(14,28,35)) </span>sem muito trabalho? </div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:rgb(7,55,99)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:large;color:rgb(7,55,99)">Abraço forte,</div><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="'courier new', monospace" style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#000066" size="4">Pedro Brasil</font></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
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