<div dir="ltr">Marcelo,<div><br></div><div>Quantos casos você tem para conseguir estudar todos os compostos?</div><div><br></div><div>Por que você acha que uma regressão linear seria um bom modelo para explicar a existência dos compostos?</div><div><br></div><div>Na formulação você busca a interação entre o Genótipo,  o Estado e o Tratamento.</div><div><br></div><div>Você viu na resposta da regressão quantas classes de fatores foram geradas?</div><div><br></div><div>Você precisa olhar na documentação como coloca no modelo o fato que tem repetições.</div><div><br></div><div>Por outro lado, se deseja-se estudar o 117 compostos com apenas um número pequeno de casos (p/m/entendimento oito com três repetições para cada) você terá que buscar outra abordagem, tipicamente usada em genômica.</div><div><br></div><div>HTH</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, May 20, 2021 at 3:19 PM Marcelo Laia por (R-br) <<a href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Colegas,<br>
<br>
Tenho um conjunto de dados conforme modelo abaixo:<br>
<br>
<br>
Genotipo        Tratamento      Repeticao       Composto1       Composto2       Composto3       Composto4<br>
C13     Resistente      SI      R1      0,04    8,77    0<br>
C13     Resistente      SI      R2      0       8,67    0<br>
C13     Resistente      SI      R3      0       7,99    0<br>
C13     Resistente      CI      R1      0,04    33,83   0<br>
C13     Resistente      CI      R2      0,02    6,68    0<br>
C13     Resistente      CI      R3      0       7,32    0<br>
C08     Resistente      SI      R1      0,01    30,48   0,04<br>
C08     Resistente      SI      R2      0       22,83   0<br>
C08     Resistente      SI      R3      0       30,66   0<br>
C08     Resistente      CI      R1      0       30,19   0<br>
C08     Resistente      CI      R2      0       26,69   0<br>
C08     Resistente      CI      R3      0       33,55   0<br>
C17     Suscetível      SI      R1      0,08    16,94   0<br>
C17     Suscetível      SI      R2      0,06    22,3    0<br>
C17     Suscetível      SI      R3      0,07    17,19   0<br>
C17     Suscetível      CI      R1      0,05    17,72   0<br>
C17     Suscetível      CI      R2      0,05    19,46   0<br>
C17     Suscetível      CI      R3      0,13    30,15   0<br>
C11     Suscetível      SI      R1      0,04    30,03   0<br>
C11     Suscetível      SI      R2      0       38,64   0<br>
C11     Suscetível      SI      R3      0,06    42,59   0<br>
C11     Suscetível      CI      R1      0,04    36,96   0<br>
C11     Suscetível      CI      R2      0       49,7    0<br>
C11     Suscetível      CI      R3      0       37,67   0,06<br>
<br>
<br>
<br>
Esse exemplo está disponível no endereço:<br>
<a href="https://www.dropbox.com/s/izccqoifwnjkdlu/Exemplo.csv" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/izccqoifwnjkdlu/Exemplo.csv</a><br>
<br>
Genotipo - diferentes genótipos, incluindo plantas resistentes e<br>
suscetíveis<br>
<br>
Tratamento - SI = sem inoculação; CI = com inoculação<br>
<br>
Repeticao - R1 = planta 1; R2 = planta 2; R3 = planta 3<br>
<br>
Composto1 a Composton = valor aferido (medido) nas folhas de cada<br>
planta para o respectivo composto<br>
<br>
Interesse:<br>
<br>
1. verificar quais compostos são produzidos em função da inoculação (CI<br>
vs SI)<br>
<br>
2. verificar quais compostos são produzidos em função do Estado<br>
(Resistente vs Suscetível)<br>
<br>
3. verificar se o Genotipo interfere na produção de determinado<br>
composto (composto específico a um dado Genotipo)<br>
<br>
4. verificar se os demais genótipos diferem do E. camaldulensis.<br>
<br>
O valor 0 (zero) para um determinado composto não significa zero, mas,<br>
significa que aquele composto não foi encontrado naquela planta<br>
(repetição). Logo, 0 significa NA.<br>
<br>
A minha ideia é analisar composto a composto separadamente. Tenho 117<br>
compostos.<br>
<br>
Modelo que tentei usar:<br>
<br>
dados02 <- read.table(url("<a href="https://www.dropbox.com/s/izccqoifwnjkdlu/Exemplo.csv?dl=1" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/izccqoifwnjkdlu/Exemplo.csv?dl=1</a>"), sep="\t", header=TRUE, dec=",")<br>
<br>
dados02<br>
<br>
fit02 <- lm(Composto1 ~ Genotipo * Estado * Tratamento, data=dados02)<br>
<br>
summary(fit02)<br>
<br>
Aparece o seguinte erro:<br>
<br>
Coefficients: (9 not defined because of singularities)<br>
<br>
Pelo que li, parece que a variável é colinear ou possui correlação. Não<br>
sei como resolver.<br>
<br>
Outras perguntas:<br>
<br>
A minha abordagem está apropriada? Terei que rodar as 117?<br>
<br>
Existe uma maneira mais adequada de responder às quatro perguntas<br>
acima? Principalmente a 1 e 2? Gráficos?<br>
<br>
Obrigado!<br>
<br>
-- <br>
Marcelo<br>
_______________________________________________<br>
R-br mailing list<br>
<a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
<a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" rel="noreferrer" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br>
</blockquote></div>