<div dir="ltr"><div><div><div>Olá Elias obrigado pela ajuda!<br><br></div>Estou considerando só o efeito espacial (aleatório)? Pensei que estivesse incluso o fixo (covaráveis) também. Como acrescento os dois na predição? Talvez isso resolva meu problema.<br><br></div><div>Quanto ao stk.val eu criei ele para comparar os dados observados com os preditos, como explicado em <b><a href="http://www.math.sciences.univ-nantes.fr/~lavancie/slides_GT/INLA_report2012.pdf">http://www.math.sciences.univ-nantes.fr/~lavancie/slides_GT/INLA_report2012.pdf</a> </b>na página 25.<br></div><div><br></div>Outra questão é a seguinte. Os dados são do tipo proporção, nesse caso é adequado usar a beta no inla(family=...)?<br><br></div>Abraço<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-05-10 13:33 GMT-03:00 Elias T. Krainski via R-br <span dir="ltr"><<a href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
<p>Olá Wagner, <br>
</p>
<p>No seu cenário de predição você está considerando apenas o efeito
espacial. Isso só fará sentido num cenário sem covariáveis ou
quando nenhuma for importante.<br>
</p>
<p>Bwt, não entendi porque você repete exatamente o mesmo cenário em
'stk.est' e 'stk.val'... para mim é redundante. <br>
</p>
<p>Att.<br>
</p>
<p>Elias.<br>
</p><div><div class="h5">
<br>
<div class="m_-312923648872411721moz-cite-prefix">On 09/05/2017 17:18, Wagner Wolff via
R-br wrote:<br>
</div>
</div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
<div dir="ltr">
<div>Olá pessoal estou fazendo uma modelagem geoestatística pelo
INLA, mas estou com dúvidas quanto às estimativas para os
intervalos de credibilidade maiores, p.ex. 95%, para esta
situação os valores estimados fogem do campo amostral que é de
0,3 a 0,7. Alguém sabe onde posso configurar para que as
estimativas fiquem nesse intervalo. Segue o código: <br>
<br>
## Criando domain<br>
IEBdomain <- inla.nonconvex.hull(as.matrix(<wbr>dados[,1:2]),
-0.03, -0.05, resolution=c(100,100))<br>
<br>
## Crando mesh<br>
IEBmesh <- inla.mesh.2d(boundary=IEBdomai<wbr>n,
max.edge=c(35,35), cutoff=35, offset=c(-0.5, -0.5))<br>
plot(IEBmesh, asp=1, main='')<br>
<br>
## spde matern 0.5 = exponetial<br>
IEBspde <- inla.spde2.matern(mesh=IEBmesh<wbr>,alpha=2)<br>
<br>
mesh.index <- inla.spde.make.index(name = "i",<br>
<wbr> n.spde =
IEBspde$n.spde)<br>
<br>
## Matriz projetora estimativa<br>
A.est <- inla.spde.make.A(IEBmesh,
loc=as.matrix(dados[,1:2]))<br>
<br>
## Matriz de covariaveis selecionadas pelo AIC, estatistica
frequentista<br>
covars <- dados[,c(1:4,6:23)]<br>
<br>
stk.est <- inla.stack(data=list(y=dados$I<wbr>EB_ANO),
A=list(A.est,1), tag="est",<br>
effects=list(c(mesh.index,list<wbr>(Intercept=1)),<br>
<wbr> list(covars)))<br>
<br>
stk.val <- inla.stack(data=list(y=NA), A=list(A.est,1),
tag="est",<br>
effects=list(c(mesh.index,list<wbr>(Intercept=1)),<br>
<wbr> list(covars)))<br>
## Matriz projetora predicao<br>
A.pred = inla.spde.make.A(IEBmesh)<br>
stk.pred = inla.stack(data = list(y = NA),<br>
A = list(A.pred),tag = "pred",<br>
effects=list(c(mesh.index,list<wbr>(Intercept=1))))<br>
<br>
str(stk.pred)<br>
stk.all <- inla.stack(stk.est, stk.val,stk.pred)<br>
<br>
## Testar qual variável tem menor DIC<br>
names(covars)<br>
f.IEB <- y ~ -1 + Intercept + Dens.dren + f(i,
model=IEBspde)<br>
names(inla.models()$likelihood<wbr>)<br>
r.IEB <-inla(f.IEB,family="beta",
control.compute=list(dic=TRUE)<wbr>,quantiles=c(0.025,0.1,0.5,
0.975),<br>
data=inla.stack.data(stk.all,s<wbr>pde=IEBspde),
control.predictor=list(A=inla.<wbr>stack.A(stk.all),compute=TRUE)<wbr>)<br>
<br>
names(r.IEB)<br>
r.IEB$dic$dic<br>
r.IEB$summary.fixed<br>
r.IEB$summary.hyper[1,]<br>
r.IEB$summary.hyper[-1,]<br>
<br>
result <- inla.spde2.result(r.IEB, "i", IEBspde)<br>
names(result)<br>
str(r.IEB$marginals.hyperpar)<br>
<br>
## Posterior mean<br>
inla.emarginal(function(x) x, result$marginals.variance.nomi<wbr>nal[[1]])<br>
inla.emarginal(function(x) x, result$marginals.range.nominal<wbr>[[1]])<br>
<br>
## Quantis<br>
inla.qmarginal(c(0.025,0.5,0.9<wbr>75),
result$marginals.variance.nomi<wbr>nal[[1]])<br>
inla.qmarginal(c(0.025,0.5,0.9<wbr>75),
result$marginals.range.nominal<wbr>[[1]])<br>
<br>
par(mfrow=c(2,3), mar=c(3,3.5,0,0), mgp=c(1.5, .5, 0), las=0)<br>
<br>
plot(r.IEB$marginals.fix[[1]], type='l',
xlab=expression(beta[0]), ylab='Density')<br>
plot(r.IEB$marginals.fix[[2]], type='l',
xlab=expression(beta[1]),ylab=<wbr>'Density')<br>
plot(r.IEB$marginals.hy[[1]], type='l',
xlab=expression(phi),ylab='Den<wbr>sity')<br>
<br>
plot.default(inla.tmarginal(fu<wbr>nction(x) 1/exp(x),
r.IEB$marginals.hy[[3]]), type='l',<br>
xlab=expression(kappa), ylab='Density')<br>
plot.default(result$marginals.<wbr>variance.nominal[[1]],
type='l', xlab=expression(sigma[x]^2), ylab='Density')<br>
plot.default(result$marginals.<wbr>range.nominal[[1]],
type='l', xlab='Practical range',<br>
ylab='Density')<br>
<br>
index.pred <- inla.stack.index(stk.all, "pred")$data<br>
<br>
names(r.IEB$summary.linear.pre<wbr>dictor)<br>
<br>
linpred.mean <- r.IEB$summary.linear.predictor<wbr>[index.pred,"mean"]<br>
linpred.2.5 <- r.IEB$summary.linear.predictor<wbr>[index.pred,"0.025quant"]<br>
linpred.10 <- r.IEB$summary.linear.predictor<wbr>[index.pred,"0.1quant"]<br>
linpred.50 <- r.IEB$summary.linear.predictor<wbr>[index.pred,"0.5quant"]<br>
linpred.97.5 <- r.IEB$summary.linear.predictor<wbr>[index.pred,"0.975quant"]<br>
<br>
(nxy <- round(c(diff(c(200,800)), diff(c(6700,7200)))))<br>
proj <- inla.mesh.projector(IEBmesh, xlim=c(200,800),
ylim=c(6700,7200), dims=nxy)<br>
<br>
lp.mean.grid <- inla.mesh.project(proj, linpred.mean)<br>
lp.2.5.grid <- inla.mesh.project(proj, linpred.2.5)<br>
lp.10.grid <- inla.mesh.project(proj, linpred.10)<br>
lp.50.grid <- inla.mesh.project(proj, linpred.50)<br>
lp.97.5.grid <- inla.mesh.project(proj, linpred.97.5)<br>
<br>
par(mfrow=c(2,3), mar=c(3,3.5,0,0), mgp=c(1.5, .5, 0), las=0)<br>
<br>
image(lp.2.5.grid)<br>
image(lp.10.grid)<br>
image(lp.mean.grid)<br>
image(lp.97.5.grid)<br>
<br>
<br>
</div>
Abraço <br clear="all">
<br>
-- <br>
<div class="m_-312923648872411721gmail_signature">
<div dir="ltr"><span style="font-size:medium"><b><i>Wagner
Wolff, </i></b></span><i><b>PhD</b></i><br>
"<b>Luiz de Queiroz</b><b><span>"</span> College of
Agriculture,</b><br>
University of São Paulo<br>
Pádua Dias avenue11 | 13418-900| Piracicaba-SP| Brazil<br>
Phone: <a href="tel:+55%2019%2098238-5582" value="+5519982385582" target="_blank">+55 19 982385582</a> <br>
<span><span><a href="http://orcid.org/0000-0003-3426-308X" target="_blank">http://orcid.org/0000-0003-<wbr>3426-308X</a><br>
<a href="https://github.com/wwolff7" target="_blank">https://github.com/wwolff7</a><br>
<a href="http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4463141A1" target="_blank">http://buscatextual.cnpq.br/<wbr>buscatextual/visualizacv.do?<wbr>id=K4463141A1</a></span></span></div>
</div>
</div>
<br>
<fieldset class="m_-312923648872411721mimeAttachmentHeader"></fieldset>
<br>
</div></div><pre>______________________________<wbr>_________________
R-br mailing list
<a class="m_-312923648872411721moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>
<a class="m_-312923648872411721moz-txt-link-freetext" href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/<wbr>cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a>
Leia o guia de postagem (<a class="m_-312923648872411721moz-txt-link-freetext" href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-<wbr>guia</a>) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.</pre>
</blockquote>
<br>
</div>
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R-br mailing list<br>
<a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
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Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-<wbr>guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><span style="font-size:medium"><b><i>Wagner Wolff, </i></b></span><i><b>PhD</b></i><br>"<b>Luiz de Queiroz</b><b><span>"</span> College of Agriculture,</b><br>University of São Paulo<br>Pádua Dias avenue11 | 13418-900| Piracicaba-SP| Brazil<br>Phone: <a href="tel:+55%2019%2098238-5582" value="+5519982385582" target="_blank">+55 19 982385582</a> <br><span><span><a href="http://orcid.org/0000-0003-3426-308X" target="_blank">http://orcid.org/0000-0003-3426-308X</a><br><a href="https://github.com/wwolff7" target="_blank">https://github.com/wwolff7</a><br><a href="http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4463141A1" target="_blank">http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4463141A1</a></span></span></div></div>
</div>