<div dir="ltr">Jackson,<div><br></div><div>Você quer classificar por uma variável quantitativa? Se for isso, segue um script abaixo.</div><div><div><br></div><div><div>mat5 <- matrix(rnorm(2000), ,4) # minha matriz</div><div>mat5</div><div>ages<-seq(1, 50000, by = 100) #idades</div><div>ages</div><div><br></div><div>library(plotrix)</div><div><br></div><div>agecol <- color.scale(ages, extremes=c("purple","red")) # encaixando a escala de cor nas idades</div><div><br></div><div>library("vegan")</div><div><br></div><div>pca<-princomp(mat5) # calculando componentes principais</div><div><br></div><div>biplot(pca, cex=1, col = agecol) # plotando componentes princiapais.</div><div><br></div><div>plot(pca$scores[, 1L:2L], col = agecol)</div><div><br></div><div>pca_data <- data.frame(PC1 = pca$scores[, 1],</div><div> PC2 = pca$scores[, 2],</div><div> ages = ages)</div><div><br></div><div>library(ggplot2)</div><div><br></div><div>ggplot(pca_data) +</div><div> aes(x = PC1,</div><div> y = PC2,</div><div> colour = ages) +</div><div> geom_point() +</div><div> theme(legend.position="none")</div></div><div><span style="color:rgb(84,84,84);line-height:18.2px"><br></span></div><div><span style="color:rgb(84,84,84);line-height:18.2px">Att.,</span></div><div><span style="color:rgb(84,84,84);line-height:18.2px"><br></span></div><div><span style="color:rgb(84,84,84);line-height:18.2px">Alisson</span></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-05-24 18:21 GMT-03:00 Cesar Rabak [via R-br] <span dir="ltr"><<a href="mailto:ml-node+s2285057n4666229h35@n4.nabble.com" target="_blank">ml-node+s2285057n4666229h35@n4.nabble.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Jackson,<div><br></div><div>Eu tenho bastante experiência com ACP no R, tanto usando as funções do pacote base, como o do FactoMiner e ADE, mas não do vegan, e portanto minha observação pode ser incorreta:</div><div><br></div><div>Você parece estar misturando duas soluções de produção de gráficos do R, o vegan usa o lattice e você quer que ele use um objeto que define cores do plotrix.</div><div><br></div><div>Examinando seu CMR eu consegui fazer algo que <i>creio</i> seja o que você deseja desta forma:</div><div><br></div><div>> plot(test.pca,display="sites", cex=1, type="none",scaling=-3)<br></div><div>> points(test.pca,display="sites", cex=1, scaling=-3, col=agecol)<br></div><div><br></div><div>Não consigo interpretar o resultado para ver se as cores fazem sentido 🤔. . .</div><div><br></div><div>HTH</div><div>--</div><div>Cesar Rabak</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><span class="">2016-05-24 11:42 GMT-03:00 Jackson Rodrigues <span dir="ltr"><<a href="http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4666229&i=0" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a>></span>:<br></span><blockquote style="border-left:2px solid #cccccc;padding:0 1em" class="gmail_quote"><span class=""><p dir="ltr">Oi pessoal,</p>
<p dir="ltr">Eu preciso fazer um PCA que varie as cores em função dos anos. O mais antigo em vermelho e a medida que chega as datas mais recentes vai ficando roxo (uma escala de cor).</p>
<p dir="ltr">eu tenho esse exemplo hipotético.</p>
<p dir="ltr">mat5 <- matrix(rnorm(2000), ,4) # minha matriz<br>
mat5<br>
ages<-seq(1, 50000, by = 100) #idades<br>
ages</p>
<p dir="ltr">library(plotrix)<br>
agecol<-color.scale(ages,extremes=c("purple","red")) # encaixando a escala de cor nas idades</p>
<p dir="ltr">rownames(mat5) <- c(seq ) # fazendo as idades os nomes da linhas da matriz</p>
<p dir="ltr">library("vegan")<br>
test.pca<-rda(mat5) # calculando componentes principais <br>
plot(test.pca,display="sites", cex=1, type="p",scaling=-3) # plotando componentes princiapais.</p>
<p dir="ltr">O problema é: Como fazer os pontos do gráfico ficarem coloridos como estabelecido em " agecol<-color.scale(ages,extremes=c("purple","red")) "</p>
<p dir="ltr">Agradeço desde já a ajuda</p>
<p dir="ltr">Abraços<span><font color="#888888"><br>
Jackson</font></span></p>
<br>_______________________________________________<br>
R-br mailing list<br>
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Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" rel="nofollow" link="external" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br></blockquote></div><br></div><span class="">
<br>_______________________________________________
<br>R-br mailing list
<br><a href="http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4666229&i=2" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a>
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<br>
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</span><a href="http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-como-fazer-plot-de-componentes-principais-em-cores-tp4666226p4666229.html" target="_blank">http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-como-fazer-plot-de-componentes-principais-em-cores-tp4666226p4666229.html</a>
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