<html><head><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body dir="auto"><div>Olá,</div><div id="AppleMailSignature"><br></div><div id="AppleMailSignature">Embora eu ainda me considere um iniciante, inclino-me a fazer uma sugestão, baseada no que tenho aplicado nas minhas análises. </div><div id="AppleMailSignature"><br></div><div id="AppleMailSignature">Eu uso o pacote Epitools. Ele tem comandos para cálculo de "odds ratio" (razão de chances ou de prevalencia) e de "risk ratio" (razão de risco). Ele contempla os quatro métodos para cálculo que conheço. O comando é bem simples e gera, como resposta, o valor p do teste qui-quadrado, a razão pontual e seu intervalo de confiança. </div><div id="AppleMailSignature"><br></div><div id="AppleMailSignature">Há braços,<br><br>Marcos Coelho Bissoli</div><div><br>Em 24 de abr de 2016, às 22:56, Emerson Cotta Bodevan <<a href="mailto:bodevan.ec@gmail.com">bodevan.ec@gmail.com</a>> escreveu:<br><br></div><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr"><div><div>Prezados, boa noite.<br><br></div>Muito obrigado mais uma vez. Resolvido.<br><br></div>Att.,<br></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><b><br></b><div style="text-align:left"><i><b>Emerson</b></i><br></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">Em 22 de abril de 2016 19:29, sznelwar <span dir="ltr"><<a href="mailto:sznelwar@uol.com.br" target="_blank">sznelwar@uol.com.br</a>></span> escreveu:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><span style="font-size:medium;color:#0000ff">Tem o dataset deste exemplo?</span></div>
<div><div><div class="h5"><br> <tt>Emerson, segue um exemplo sem erro:<br> <br> </tt><tt>> a1=glm(ce~fx+pp+di+sx+tb+hf,family="poisson"(link="log"))</tt><tt><br> </tt><tt>> summary(a1,cor=F)</tt><tt><br> </tt><tt><br> </tt><tt>Call:</tt><tt><br> </tt><tt>glm(formula = ce ~ fx + pp + di + sx + tb + hf, family = poisson(link = "log"))</tt><tt><br> </tt><tt><br> </tt><tt>Deviance Residuals: </tt><tt><br> </tt><tt> Min 1Q Median 3Q Max </tt><tt><br> </tt><tt>-1,406 -0,864 -0,703 0,593 1,576 </tt><tt><br> </tt><tt><br> </tt><tt>Coefficients:</tt><tt><br> </tt><tt> Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) </tt><tt><br> </tt><tt>(Intercept) -1,399 0,196 -7,14 0,00000000000094 ***</tt><tt><br> </tt><tt>fx 0,455 0,211 2,16 0,031 * </tt><tt><br> </tt><tt>pp 0,518 0,263 1,97 0,049 * </tt><tt><br> </tt><tt>di 0,414 0,207 2,00 0,046 * </tt><tt><br> </tt><tt>sx 0,287 0,202 1,42 0,156 </tt><tt><br> </tt><tt>tb -1,177 1,009 -1,17 0,243 </tt><tt><br> </tt><tt>hf -0,338 0,421 -0,80 0,423 </tt><tt><br> </tt><tt>---</tt><tt><br> </tt><tt>Signif. codes: 0 ‘***’ 0,001 ‘**’ 0,01 ‘*’ 0,05 ‘.’ 0,1 ‘ ’ 1</tt><tt><br> </tt><tt><br> </tt><tt>(Dispersion parameter for poisson family taken to be 1)</tt><tt><br> </tt><tt><br> </tt><tt> Null deviance: 183,26 on 250 degrees of freedom</tt><tt><br> </tt><tt>Residual deviance: 160,98 on 244 degrees of freedom #### Aqui Residual deviance não é maior do que os graus de liberdade (sugere não haver overdispersion)</tt><tt><br> </tt><tt> (16 observations deleted due to missingness)</tt><tt><br> </tt><tt>AIC: 383</tt><tt><br> </tt><tt><br> </tt><tt>Number of Fisher Scoring iterations: 5</tt><tt><br> </tt><tt><br> #Razões de prevalências<br> <br> </tt><tt>> exp(a1$coefficients)</tt><tt><br> </tt><tt>(Intercept) fx pp di sx tb hf </tt><tt><br> </tt><tt> 0,24673 1,57594 1,67850 1,51360 1,33183 0,30818 0,71343 </tt><tt><br> </tt><tt>> exp(confint(a1)) # 95% CI for exponentiated coefficients</tt><tt><br> </tt><tt>Waiting for profiling to be done...</tt><tt><br> </tt><tt> 2,5 % 97,5 %</tt><tt><br> </tt><tt>(Intercept) 0,165063 0,35644</tt><tt><br> </tt><tt>fx 1,035317 2,36868</tt><tt><br> </tt><tt>pp 0,975754 2,74838</tt><tt><br> </tt><tt>di 1,015014 2,29550</tt><tt><br> </tt><tt>sx 0,890559 1,97234</tt><tt><br> </tt><tt>tb 0,017425 1,39886</tt><tt><br> </tt><tt>hf 0,278106 1,49427</tt><tt><br> </tt><tt><br> <br> # Verificando fator de inflação das variancia<br> <br> > vif(a1)</tt><tt><br> </tt><tt> fx pp di sx tb hf </tt><tt><br> </tt><tt>1,0911 1,0722 1,0131 1,0238 1,0084 1,0040 </tt><tt><br> </tt><tt>> sqrt(vif(a1))</tt><tt><br> </tt><tt> fx pp di sx tb hf </tt><tt><br> </tt><tt>1,0446 1,0355 1,0065 1,0118 1,0042 1,0020 </tt><tt><br> </tt><tt>> sqrt(vif(a1)) > 2</tt><tt><br> </tt><tt> fx pp di sx tb hf </tt><tt><br> </tt><tt>FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE <br> <br> # Análise de residuos studentizados<br> </tt><tt></tt><tt>> #residuos</tt><tt><br> </tt><tt>> library(MASS)</tt><tt><br> </tt></div></div><tt><tt>> sresid <tt><br> </tt><span class=""><tt>> mean(sresid)</tt><tt><br> </tt><tt>[1] 0,00022105</tt><tt><br> </tt><tt>> var(sresid)</tt><tt><br> </tt><tt>[1] 1,0093</tt><tt><br> </tt></span><tt><span class="">> <br> <br> #variável dependente<br> > tab(ce)<br> freq.abs freq.rel<br> 0 149 58,9<br> 1 104 41,1<br> Total: 253 <br> <br></span> Mauricio Cardeal<br> UFBA<br> <br> </tt></tt></tt></div><div><div class="h5">
<div>Em 19/04/2016 22:00, Emerson Cotta Bodevan escreveu:</div>
</div></div><blockquote><div><div class="h5">
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div>
<div>
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<div>
<div>
<div>Prezados...<br> </div>
Executei o comando sugerido pelo Mauricio<br> <br> <strong>mod1<-glm(PoliFar~ClassEco+Educ,family="poisson"(link="log"),data=dmha2)</strong><br> <br> e estou encontrando a seguinte mensagem de erro<br> <strong><br> Error in if (any(y < 0)) stop("negative values not allowed for the 'Poisson' family") : valor ausente onde TRUE/FALSE necessário<br> Além disso: Warning message:<br> In Ops.factor(y, 0) : ‘<’ not meaningful for factors</strong><br> </div>
</div>
Meus dados estão no seguinte formato: (<strong>data frame dmha2</strong>):<br> </div>
<strong>ClassEco Educ PoliFar<br> </strong></div>
<strong>A 0-2 S<br> </strong></div>
<strong>D-E 3-5 N<br> B 12+ S<br> </strong></div>
<div><strong>A 6-8 S<br> </strong></div>
<strong>C 9-11 N<br> </strong></div>
<strong>D-E 0-2 S<br> </strong>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div><strong>... ... ...</strong><br> <br> Vocês sabem o que está errado?<br> </div>
<div>Att.,</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div><div class="gmail_extra"><br>
<div>
<div>
<div dir="ltr"><strong><br> </strong>
<div style="text-align:left"><em><strong>Emerson</strong></em></div>
</div>
</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote"><div><div class="h5">Em 19 de abril de 2016 19:03, Emerson Cotta Bodevan <span dir="ltr"><<a href="http://../../../undefined//compose?to=bodevan.ec@gmail.com" target="_blank">bodevan.ec@gmail.com</a>></span> escreveu:<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr"><div><div class="h5">
<div>Obrigado Mauricio.<br> </div>
<div>Vou executar aqui.<br> </div>
<div>Att.,</div>
<div> </div>
</div></div><div class="gmail_extra"><br>
<div>
<div>
<div dir="ltr"><strong><br> </strong>
<div style="text-align:left"><em><strong>Emerson</strong></em></div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div><br>
<div class="gmail_quote"><div><div class="h5">Em 19 de abril de 2016 19:01, Mauricio Cardeal <span dir="ltr"><<a href="http://../../../undefined//compose?to=mcardeal2010@gmail.com" target="_blank">mcardeal2010@gmail.com</a>></span> escreveu:<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div><div><div class="h5">Emerson, você pode tentar assim:<span><br> <br> modelo=glm(variavel dependente ~ variaveis independentes,family="poisson"(link="log"))<br> exp(modelo$coefficients)<br> summary(modelo)<br> <br> </span> Para os intervalos de confiança use a função confint:<br> <br> exp(confint(modelo)) # 95% CI for exponentiated coefficients<span><span style="color:#888888"><br> <br> Mauricio Cardeal<br> UFBA</span></span>
</div></div><div>
<div><div><div class="h5"><br> <br>
<div>Em 19/04/2016 18:37, Emerson Cotta Bodevan escreveu:</div>
</div></div><blockquote><div><div class="h5">
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div>
<div>Olá Marco!<br> </div>
Obrigado pela dica. Depois de ler as referências e sugestões, vi que (apesar de minha resposta ser dicotômica) , como meu estudo é transversal, o melhor é usar a Regressão de Poisson com variância Robusta.<br> </div>
A dica do Maurício Cardeal. Agora... como construo o IC da Razão de Prevalência?</div>
</div>
Agradeço a todos.</div>
</div></div><div class="gmail_extra"><br>
<div>
<div>
<div dir="ltr"><strong><br> </strong>
<div style="text-align:left"><em><strong>Emerson</strong></em></div>
</div>
</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote"><div><div class="h5">Em 19 de abril de 2016 17:22, Marco Nunes <span dir="ltr"><<a href="http://../../../undefined//compose?to=nunes.ma@outlook.com" target="_blank">nunes.ma@outlook.com</a>></span> escreveu:<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div dir="ltr"><div><div class="h5">Olá Emerson<br> <br> O uso da razão de prevalência na regressão logística já foi reapondido.<br> Para o cálculo de razão de prevalência (assim como risco relatico e razão de odds também) utilizo o pacote "epiR".<br> Encaminho um tutorial abaixo.<br> <br> <br> # Exemplo de utilização do epi.2by2 para calculo da razão de prevalencia<br> <br> library(epiR)<br> <br></div></div> dat rownames(dat) colnames(dat) dat<span class=""><br> epi.2by2(dat = as.table(dat), method = "cross.sectional", conf.level = 0.95, units = 100, homogeneity = "breslow.day", outcome = "as.columns")<br> <br> <br> Prof. Dr. Marco Antonio Prado Nunes<br> Departamento de Medicina/UFS<br> <br>
</span><div><span class=""><hr>Date: Sat, 9 Apr 2016 15:49:02 -0300<br> From: <a href="http://../../../undefined//compose?to=bodevan.ec@gmail.com" target="_blank">bodevan.ec@gmail.com</a><br> To: <a href="http://../../../undefined//compose?to=r-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>Subject: Re: [R-br] Razão de prevalência
</span><div>
<div><span class=""><br> <br>
<div dir="ltr">
<div>
<div>Obrigado César.<br> </div>
Vou verificar.<br> </div>
Abraço,</div>
</span><div><br>
<div>
<div>
<div dir="ltr"><strong><br> </strong>
<div style="text-align:left"><em><strong>Emerson</strong></em></div>
</div>
</div>
</div>
<br>
<div><span class="">Em 8 de abril de 2016 14:30, Cesar Rabak <span dir="ltr"><<a href="http://../../../undefined//compose?to=cesar.rabak@gmail.com" target="_blank">cesar.rabak@gmail.com</a>></span> escreveu:<br>
</span><blockquote style="border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">
<div dir="ltr">Olá Emerson,
<div> </div>
<div>Embora a referência apresentada pelo Leonardo seja recente e interessante, pode acontecer que devido a exigências do veículo que você publicará, orientação ou chefia, o cálculo tenha que seguir com a RL regular para os IC da RP.</div>
<div> </div>
<div>Nesse caso, recomendo a leitura de um artigo mais "clássico" e que tem boas referências e código e R: <a href="http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf" target="_blank">http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf</a></div>
<div> </div>
<div>HTH</div>
<div>--</div>
<div>Cesar Rabak</div>
</div>
</span><div><br>
<div><span class="">
<div>
<div>2016-04-07 15:21 GMT-03:00 Emerson Cotta Bodevan <span dir="ltr"><<a href="http://../../../undefined//compose?to=bodevan.ec@gmail.com" target="_blank">bodevan.ec@gmail.com</a>></span>:</div>
</div>
</span><blockquote style="border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div><span class="">
<div>
<div>Prezados, boa tarde.<br> </div>
Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência).<br> </div></span>
Como calcular a <strong>razão de prevalência</strong> e seus intervalos de confiança? Estudo transversal.<br> </div>
Algum pacote adequado?<br> </div>
Agradeço qualquer ajuda.<span><span><span style="color:#888888"><br></span></span></span>
<div>
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<div>
<div dir="ltr"><strong><br> </strong>
<div style="text-align:left"><em><strong>Emerson</strong></em></div>
</div>
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<span>_______________________________________________<br> R-br mailing list<br> <a href="http://../../../undefined//compose?to=R-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br> <a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br> Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br> </span></span></blockquote>
</div>
</div><span class="">
<br> _______________________________________________<br> R-br mailing list<br> <a href="http://../../../undefined//compose?to=R-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br> <a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br> Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.</span></blockquote>
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_______________________________________________ R-br mailing list <a href="http://../../../undefined//compose?to=R-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a> <a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a> Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.</div>
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