<html>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
Para salientar o que o Wagner falou sobre esquecer teste de
normalidade de resíduos. Historicamente tivemos evolução dos modelos
lineares aos modelos GLM e desejou-se fazer análises parecidas (em
GLM) para checar a suposição de distribuição do modelo. Uma destas,
o "envelope de resíduos" (alguém mais clever que eu deu esse nome
então o estou usando) é a que faz mais sentido para mim. Ou seja,
como o Wagner falou: esqueça teste de normalidade!<br>
<br>
Eu tinha esquecido de mencionar que ao fazer análise Bayesiana
podemos usar a Probability Integral Transform (PIT) para verificar
a suposição de distribuição. No INLA isso pode ser obtido
considerando <br>
control.compute=list(cpo=TRUE)<br>
e você pode visualizar isso no plot() do output.<br>
<br>
Elias<br>
<br>
<div class="moz-cite-prefix">On 23/11/15 16:18, Wagner Bonat wrote:<br>
</div>
<blockquote
cite="mid:CANt=4MhrgCi4-FsaztMcnoBrBhrJES7-gu3Cji+Eb2OXG1+fFg@mail.gmail.com"
type="cite">
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div>
<div>1 - Se sua resposta for Gaussiana o residuo deve ser
Gaussiano. Eu nao tenho nenhuma experiencia com o pacote
MCMCglmm, mas eu acho que vc esta assumindo
Gaussianidade pq vc nao especificou nenhuma distribuicao
no argumento family. <br>
O envelope simulado que o Elias falou vai ajudar a
interpretar o QQ-plot que deve sim indicar que os
residuos sao Gaussianos i.e. pontos dentro do envelope.
<br>
Eu nao vi o qq-plot dos seus residuos talvez vc possa
colocar aqui pra gente ver.<br>
As vezes nas pontas fica meio estranho mesmo. <br>
<br>
</div>
<div>2 - Esses testes de normalidade esquece isso. <br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>3 - Apesar da normalidade dos residuos ser
importantes, muitas vezes isso nao tem nenhum grande
efeito na estimacao dos parametros que em geral e
bastante robusta. Eu estaria mais preocupado em
verificar se existe um relacionamento entre media e
variancia, vc pode usar por exemplo um grafico residuos
versus preditos ou observados. Se vc identificar algum
padrao e sinal de problema no modelo. <br>
Vc precisa de alguma forma padronizar esses residuos
para vc ter uma ideia do tamanho que eles sao. E
identificar possiveis outliers ou pontos influentes
aberrantes...<br>
<br>
</div>
<div>4 - MCMCglmm e so um pacote que ajusta Generalized
Linear Mixed Models (GLMM) using MCMC methods. Vc pode
ajustar GLMM usando diferentes distribuicoes para a sua
variavel resposta, como Gaussiana, Gamma, Normal
Inverse, T e outras. <br>
</div>
<br>
</div>
5 - O pacote INLA e capaz de ajustar esse modelo
filogenetico que vc quer. Vc pode ajustar usando a Normal e
tbm tem opcao skew Normal and Gamma. Vc deve usar o modelo
generic0 e passar a inversa da sua matriz filogenetica
parecido com o que vc passou pro MCMCglmm.<br>
</div>
<div>Ver <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.math.ntnu.no/inla/r-inla.org/doc/latent/generic0.pdf">http://www.math.ntnu.no/inla/r-inla.org/doc/latent/generic0.pdf</a>.
Exemplo de aplicacao de INLA em animal models que e
praticamente a mesma coisa que o modelo filogetico neste
paper.<br>
<a moz-do-not-send="true"
href="http://www.g3journal.org/content/3/8/1241.full">http://www.g3journal.org/content/3/8/1241.full</a><br>
</div>
<div><br>
</div>
6 - Meu pacote mcglm tbm e capaz de ajustar esse modelo,
usando estimating function uma abordagem diferente. No caso
Gaussiano os modelos sao iguais a menos do efeito da priori.<br>
</div>
<div>Vc pode baixar o meu paper aqui e ver se atende suas
necessidades <br>
<a moz-do-not-send="true"
href="https://www.researchgate.net/profile/Wagner_Bonat2">https://www.researchgate.net/profile/Wagner_Bonat2</a><br>
</div>
<div><br>
</div>
7 - Se vc tiver interesse em uma abordagem nao Bayesiana. Manda
um e-mail e conversamos.<br>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div>
<div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">Em 23 de novembro de 2015 15:34, Filipe
Cristovão <span dir="ltr"><<a moz-do-not-send="true"
href="mailto:filipe.cunha@uzh.ch" target="_blank">filipe.cunha@uzh.ch</a>></span>
escreveu:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word">Olá,
<div><br>
</div>
<div>Muito obrigado pelas mensagens. </div>
<div><br>
</div>
<div>Vou dar continuidade a discussão com alguns
esclarecimentos e um pouco de código:</div>
<div><br>
</div>
<div>1- Elias pergunta como calculo os resíduos nesse
modelo: </div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><font face="Courier">>residuals_model<-(data$response_variable-<font
color="#0433ff">predict</font>(model))</font></div>
<div><font face="Courier"><br>
</font></div>
<div><font face="Courier">2- Wagner, sua pergunta é, de
alguma maneira, minha grande dúvida: "</font><span
style="background-color:rgb(255,255,255)"><font
face="Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif"
size="2">Se vc já sabe que sua variável resposta é
gamma pq não ajusta um modelo gamma? Ou mesmo qq
outro modelo para resposta contínua como a Gaussian
Inverse?”. Contudo, qual tipo de análise que não
MCMCglmm me permitiria controlar meus dados quanto à
filogenia?</font></span></div>
<div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font
face="Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif"
size="2"><br>
</font></span></div>
<div><span
style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)">3.
E finalmente sobre os motivos de se usar MCMCglmm:
recaem novamente na não independência dos dados e na
possibilidade de se controlar filogeneticamente. </span></div>
<div><span
style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><br>
</span></div>
<div><span
style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)">Mas,
a mesma pergunta que foi feita, é parte da minha
questão:</span></div>
<div><span
style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal">"Por
que assumindo distribuição de probabilidade aos </span><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal">parâmetros,
a interpretação dos resultados é baseada no fato de
que </span><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal">também
se obtem distribuições de probabilidade à posteriori
para </span><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal">interpretar?”
Em outras palavras, por que os resíduos devem seguir
uma distribuição normal mesmo se os dados não são
normais? Ou essa última frase está equivocada?</span></span></div>
<div><span
style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal"><br>
</span></span></div>
<div><span
style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal">O
modelo segue:</span></span></div>
<div><span
style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal"><br>
</span></span></div>
<div><font face="Verdana, Geneva, Helvetica, Arial,
sans-serif" size="2"><span
style="background-color:rgb(255,255,255)">#Phylo é
minha árvore filogenética. </span></font></div>
<div><span
style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal"><br>
</span></span></div>
<div><span
style="line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="line-height:normal"><font face="Courier"
size="2">
<div>>MCMC1<-MCMCglmm(Response_var~var1*var2*+var3,</div>
<div>+ random = ~Phylo, family=“?”,</div>
<div>+
ginverse=list(Phylo=inv.phylo$Ainv), prior =
prior,</div>
<div>+ nitt = 10000, </div>
<div>+ burnin = 1000, thin = 500, data
= mob,</div>
<div>+ verbose = F )</div>
<div><br>
</div>
</font></span></span></div>
<div><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font
face="Courier"># Os resíduos estão acima. E para
checar a normalidade dos resíduos usei:</font></span></span></div>
<div><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font
face="Courier"><br>
</font></span></span></div>
<div><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font
face="Courier">> qqnorm(residuals_model)</font></span></span></div>
<div><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font
face="Courier">> shapiro.test(residuals_model)</font></span></span></div>
<div><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font
face="Courier"><br>
</font></span></span></div>
<div><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font
face="Courier">Enfim, após as mensagens que me
fizeram estudar novos artigos =) refaço as
perguntas:</font></span></span></div>
<div><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font
face="Courier"><br>
</font></span></span></div>
<div><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font
face="Courier">A) Meus resíduos precisam ser
normais quando uso um modelo MCMCglmm?</font></span></span></div>
<div><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font
face="Courier"><br>
</font></span></span></div>
<div><span
style="line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="line-height:normal"><font face="Courier"><font
size="2">B) Que outro pacote me permite
controlar a filogenia em um modelo?</font></font></span></span></div>
<div><span
style="line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="line-height:normal"><font face="Courier"><font
size="2"><br>
</font></font></span></span></div>
<div>Abraços,</div>
<span class="">
<div><br>
</div>
<div><span
style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span
style="font-size:13.44px;line-height:normal"><br>
</span></span></div>
<div><br>
<div>
<div
style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div
style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div><font style="font-family:'Sans
Serif',Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small;background-color:rgb(255,255,255)"
size="2"><span
style="font-family:garamond,serif">Filipe
Cristovão R. da Cunha<br>
<font color="#666666">Anthropological
Institute & Museum<br>
University of Zurich - Campus Irchel<br>
Winterthurerstrasse 190, CH-8057 Zürich<br>
Switzerland<br>
<a moz-do-not-send="true"
href="http://www.aim.uzh.ch/Research/birdfamilies/filipe.html"
style="color:rgb(0,0,255)"
target="_blank">www.aim.uzh.ch/Research/birdfamilies/filipe.html</a><br>
</font></span></font><span
style="font-family:'Sans
Serif',Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small;background-color:rgb(255,255,255)"><font
face="Default Sans
Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif"
size="2"><font size="2"><span
style="font-family:garamond,serif"></span></font></font></span><font
style="background-color:rgb(255,255,255)"
face="Georgia,Default Serif,serif" size="1"><a
moz-do-not-send="true"
href="http://www.flickr.com/photos/filipe_cristovao"
style="color:rgb(0,0,255)" target="_blank"><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.flickr.com/photos/filipe_cristovao">www.flickr.com/photos/filipe_cristovao</a></a></font></div>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>
</span></div>
<br>
_______________________________________________<br>
R-br mailing list<br>
<a moz-do-not-send="true"
href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
<a moz-do-not-send="true"
href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br"
rel="noreferrer" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
Leia o guia de postagem (<a moz-do-not-send="true"
href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" rel="noreferrer"
target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e
forneça código mínimo reproduzível.<br>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<br>
-- <br>
<div class="gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>Wagner Hugo Bonat<br>
----------------------------------------------------------------------------------------------<br>
Department of Mathematics and Computer Science (IMADA)<br>
University of Southern Denmark (SDU) and<br>
Laboratório de Estatística e Geoinformação (LEG)<br>
Universidade Federal do Paraná (UFPR)<br>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
<br>
<pre wrap="">_______________________________________________
R-br mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a>
Leia o guia de postagem (<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.</pre>
</blockquote>
<br>
</body>
</html>