<div dir="ltr"><div><div><div><div>1 - Se sua resposta for Gaussiana o residuo deve ser Gaussiano. Eu nao tenho nenhuma experiencia com o pacote MCMCglmm, mas eu acho que
vc esta assumindo Gaussianidade pq vc nao especificou nenhuma
distribuicao no argumento family. <br>O envelope simulado que o Elias falou vai ajudar a interpretar o QQ-plot que deve sim indicar que os residuos sao Gaussianos i.e. pontos dentro do envelope. <br>Eu nao vi o qq-plot dos seus residuos talvez vc possa colocar aqui pra gente ver.<br> As vezes nas pontas fica meio estranho mesmo. <br><br></div><div>2 - Esses testes de normalidade esquece isso. <br></div><div><br></div><div>3 - Apesar da normalidade dos residuos ser importantes, muitas vezes isso nao tem nenhum grande efeito na estimacao dos parametros que em geral e bastante robusta. Eu estaria mais preocupado em verificar se existe um relacionamento entre media e variancia, vc pode usar por exemplo um grafico residuos versus preditos ou observados. Se vc identificar algum padrao e sinal de problema no modelo. <br>Vc precisa de alguma forma padronizar esses residuos para vc ter uma ideia do tamanho que eles sao. E identificar possiveis outliers ou pontos influentes aberrantes...<br><br></div><div>4 - MCMCglmm e so um pacote que ajusta Generalized Linear Mixed Models (GLMM) using MCMC methods. Vc pode ajustar GLMM usando diferentes distribuicoes para a sua variavel resposta, como Gaussiana, Gamma, Normal Inverse, T e outras. <br></div><br></div>5 - O pacote INLA e capaz de ajustar esse modelo filogenetico que vc quer. Vc pode ajustar usando a Normal e tbm tem opcao skew Normal and Gamma. Vc deve usar o modelo generic0 e passar a inversa da sua matriz filogenetica parecido com o que vc passou pro MCMCglmm.<br></div><div>Ver <a href="http://www.math.ntnu.no/inla/r-inla.org/doc/latent/generic0.pdf">http://www.math.ntnu.no/inla/r-inla.org/doc/latent/generic0.pdf</a>. Exemplo de aplicacao de INLA em animal models que e praticamente a mesma coisa que o modelo filogetico neste paper.<br><a href="http://www.g3journal.org/content/3/8/1241.full">http://www.g3journal.org/content/3/8/1241.full</a><br></div><div><br></div>6 - Meu pacote mcglm tbm e capaz de ajustar esse modelo, usando estimating function uma abordagem diferente. No caso Gaussiano os modelos sao iguais a menos do efeito da priori.<br></div><div>Vc pode baixar o meu paper aqui e ver se atende suas necessidades <br><a href="https://www.researchgate.net/profile/Wagner_Bonat2">https://www.researchgate.net/profile/Wagner_Bonat2</a><br></div><div><br></div>7 - Se vc tiver interesse em uma abordagem nao Bayesiana. Manda um e-mail e conversamos.<br><div><br></div><div><br></div><div><br><div><div><div><font face="Courier"></font><br></div></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">Em 23 de novembro de 2015 15:34, Filipe Cristovão <span dir="ltr"><<a href="mailto:filipe.cunha@uzh.ch" target="_blank">filipe.cunha@uzh.ch</a>></span> escreveu:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Olá, <div><br></div><div>Muito obrigado pelas mensagens. </div><div><br></div><div>Vou dar continuidade a discussão com alguns esclarecimentos e um pouco de código:</div><div><br></div><div>1- Elias pergunta como calculo os resíduos nesse modelo: </div><div><br></div><div><br></div><div><font face="Courier">>residuals_model<-(data$response_variable-<font color="#0433ff">predict</font>(model))</font></div><div><font face="Courier"><br></font></div><div><font face="Courier">2- Wagner, sua pergunta é, de alguma maneira, minha grande dúvida: "</font><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font face="Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif" size="2">Se vc já sabe que sua variável resposta é gamma pq não ajusta um modelo gamma? Ou mesmo qq outro modelo para resposta contínua como a Gaussian Inverse?”. Contudo, qual tipo de análise que não MCMCglmm me permitiria controlar meus dados quanto à filogenia?</font></span></div><div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font face="Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif" size="2"><br></font></span></div><div><span style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)">3. E finalmente sobre os motivos de se usar MCMCglmm: recaem novamente na não independência dos dados e na possibilidade de se controlar filogeneticamente. </span></div><div><span style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><br></span></div><div><span style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)">Mas, a mesma pergunta que foi feita, é parte da minha questão:</span></div><div><span style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:13.44px;line-height:normal">"Por que assumindo distribuição de probabilidade aos </span><span style="font-size:13.44px;line-height:normal">parâmetros, a interpretação dos resultados é baseada no fato de que </span><span style="font-size:13.44px;line-height:normal">também se obtem distribuições de probabilidade à posteriori para </span><span style="font-size:13.44px;line-height:normal">interpretar?” Em outras palavras, por que os resíduos devem seguir uma distribuição normal mesmo se os dados não são normais? Ou essa última frase está equivocada?</span></span></div><div><span style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:13.44px;line-height:normal"><br></span></span></div><div><span style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:13.44px;line-height:normal">O modelo segue:</span></span></div><div><span style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:13.44px;line-height:normal"><br></span></span></div><div><font face="Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif" size="2"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">#Phylo é minha árvore filogenética. </span></font></div><div><span style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:13.44px;line-height:normal"><br></span></span></div><div><span style="line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="line-height:normal"><font face="Courier" size="2"><div>>MCMC1<-MCMCglmm(Response_var~var1*var2*+var3,</div><div>+ random = ~Phylo, family=“?”,</div><div>+ ginverse=list(Phylo=inv.phylo$Ainv), prior = prior,</div><div>+ nitt = 10000, </div><div>+ burnin = 1000, thin = 500, data = mob,</div><div>+ verbose = F )</div><div><br></div></font></span></span></div><div><span style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font face="Courier"># Os resíduos estão acima. E para checar a normalidade dos resíduos usei:</font></span></span></div><div><span style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font face="Courier"><br></font></span></span></div><div><span style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font face="Courier">> qqnorm(residuals_model)</font></span></span></div><div><span style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font face="Courier">> shapiro.test(residuals_model)</font></span></span></div><div><span style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font face="Courier"><br></font></span></span></div><div><span style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font face="Courier">Enfim, após as mensagens que me fizeram estudar novos artigos =) refaço as perguntas:</font></span></span></div><div><span style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font face="Courier"><br></font></span></span></div><div><span style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font face="Courier">A) Meus resíduos precisam ser normais quando uso um modelo MCMCglmm?</font></span></span></div><div><span style="font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:13.44px;line-height:normal"><font face="Courier"><br></font></span></span></div><div><span style="line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="line-height:normal"><font face="Courier"><font size="2">B) Que outro pacote me permite controlar a filogenia em um modelo?</font></font></span></span></div><div><span style="line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="line-height:normal"><font face="Courier"><font size="2"><br></font></font></span></span></div><div>Abraços,</div><span class=""><div><br></div><div><span style="font-family:Verdana,Geneva,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.44px;line-height:normal;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:13.44px;line-height:normal"><br></span></span></div><div><br><div>
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div><font style="font-family:'Sans Serif',Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small;background-color:rgb(255,255,255)" size="2"><span style="font-family:garamond,serif">Filipe Cristovão R. da Cunha<br><font color="#666666">Anthropological Institute & Museum<br>University of Zurich - Campus Irchel<br>Winterthurerstrasse 190, CH-8057 Zürich<br>Switzerland<br><a href="http://www.aim.uzh.ch/Research/birdfamilies/filipe.html" style="color:rgb(0,0,255)" target="_blank">www.aim.uzh.ch/Research/birdfamilies/filipe.html</a><br></font></span></font><span style="font-family:'Sans Serif',Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small;background-color:rgb(255,255,255)"><font face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2"><font size="2"><span style="font-family:garamond,serif"><font color="#666666"><font face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif"><font size="1"><u><font face="Georgia,Default Serif,serif"><font color="#0000ff"><a href="http://www.flickr.com/photos/filipe_cristovao" title="http://www.flickr.com/photos/filipe_cristovao" style="color:rgb(0,0,255)" target="_blank"></a></font></font></u></font></font></font></span></font></font></span><font style="background-color:rgb(255,255,255)" face="Georgia,Default Serif,serif" size="1"><a href="http://www.flickr.com/photos/filipe_cristovao" style="color:rgb(0,0,255)" target="_blank">www.flickr.com/photos/filipe_cristovao</a></font></div></div></div>
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