<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Olá, <div class=""><br class=""></div><div class="">Muito obrigado pelas mensagens. </div><div class=""><br class=""></div><div class="">Vou dar continuidade a discussão com alguns esclarecimentos e um pouco de código:</div><div class=""><br class=""></div><div class="">1- Elias pergunta como calculo os resíduos nesse modelo: </div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><font face="Courier" class="">>residuals_model<-(data$response_variable-<font color="#0433ff" class="">predict</font>(model))</font></div><div class=""><font face="Courier" class=""><br class=""></font></div><div style="widows: 1;" class=""><font face="Courier" class="">2- Wagner, sua pergunta é, de alguma maneira, minha grande dúvida: "</font><span style="widows: 1; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><font face="Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif" size="2" class="">Se vc já sabe que sua variável resposta é gamma pq não ajusta um modelo gamma? Ou mesmo qq outro modelo para resposta contínua como a Gaussian Inverse?”. Contudo, qual tipo de análise que não MCMCglmm me permitiria controlar meus dados quanto à filogenia?</font></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="widows: 1; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><font face="Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif" size="2" class=""><br class=""></font></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">3. E finalmente sobre os motivos de se usar MCMCglmm: recaem novamente na não independência dos dados e na possibilidade de se controlar filogeneticamente. </span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><br class=""></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">Mas, a mesma pergunta que foi feita, é parte da minha questão:</span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class="">"Por que assumindo distribuição de probabilidade aos </span><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class="">parâmetros, a interpretação dos resultados é baseada no fato de que </span><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class="">também se obtem distribuições de probabilidade à posteriori para </span><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class="">interpretar?” Em outras palavras, por que os resíduos devem seguir uma distribuição normal mesmo se os dados não são normais? Ou essa última frase está equivocada?</span></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class=""><br class=""></span></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class="">O modelo segue:</span></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class=""><br class=""></span></span></div><div style="widows: 1;" class=""><font face="Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif" size="2" class=""><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">#Phylo é minha árvore filogenética. </span></font></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class=""><br class=""></span></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="line-height: normal;" class=""><font size="2" face="Courier" class=""><div class="">>MCMC1<-MCMCglmm(Response_var~var1*var2*+var3,</div><div class="">+ random = ~Phylo, family=“?”,</div><div class="">+ ginverse=list(Phylo=inv.phylo$Ainv), prior = prior,</div><div class="">+ nitt = 10000, </div><div class="">+ burnin = 1000, thin = 500, data = mob,</div><div class="">+ verbose = F )</div><div class=""><br class=""></div></font></span></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class=""><font face="Courier" class=""># Os resíduos estão acima. E para checar a normalidade dos resíduos usei:</font></span></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class=""><font face="Courier" class=""><br class=""></font></span></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class=""><font face="Courier" class="">> qqnorm(residuals_model)</font></span></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class=""><font face="Courier" class="">> shapiro.test(residuals_model)</font></span></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class=""><font face="Courier" class=""><br class=""></font></span></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class=""><font face="Courier" class="">Enfim, após as mensagens que me fizeram estudar novos artigos =) refaço as perguntas:</font></span></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class=""><font face="Courier" class=""><br class=""></font></span></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class=""><font face="Courier" class="">A) Meus resíduos precisam ser normais quando uso um modelo MCMCglmm?</font></span></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class=""><font face="Courier" class=""><br class=""></font></span></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="line-height: normal;" class=""><font face="Courier" class=""><font size="2" class="">B) Que outro pacote me permite controlar a filogenia em um modelo?</font></font></span></span></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="line-height: normal;" class=""><font face="Courier" class=""><font size="2" class=""><br class=""></font></font></span></span></div><div style="widows: 1;" class="">Abraços,</div><div style="widows: 1;" class=""><br class=""></div><div style="widows: 1;" class=""><span style="font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.44px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-size: 13.44px; line-height: normal;" class=""><br class=""></span></span></div><div class=""><br class=""><div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><font size="2" style="font-family: 'Sans Serif', Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-family: garamond, serif;" class="">Filipe Cristovão R. da Cunha<br class=""><font color="#666666" class="">Anthropological Institute & Museum<br class="">University of Zurich - Campus Irchel<br class="">Winterthurerstrasse 190, CH-8057 Zürich<br class="">Switzerland<br class=""><a href="http://www.aim.uzh.ch/Research/birdfamilies/filipe.html" target="_blank" style="color: rgb(0, 0, 255);" class="">www.aim.uzh.ch/Research/birdfamilies/filipe.html</a><br class=""></font></span></font><span style="font-family: 'Sans Serif', Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><font size="2" face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" class=""><font size="2" class=""><span style="font-family: garamond, serif;" class=""><font color="#666666" class=""><font face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" class=""><font size="1" class=""><u class=""><font face="Georgia,Default Serif,serif" class=""><font color="#0000ff" class=""><a target="_blank" href="http://www.flickr.com/photos/filipe_cristovao" title="http://www.flickr.com/photos/filipe_cristovao" style="color: rgb(0, 0, 255);" class=""></a></font></font></u></font></font></font></span></font></font></span><font size="1" face="Georgia,Default Serif,serif" style="background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><a target="blank" href="http://www.flickr.com/photos/filipe_cristovao" style="color: rgb(0, 0, 255);" class="">www.flickr.com/photos/filipe_cristovao</a></font></div></div></div>
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<br class=""></div></body></html>