<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:12px"><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr">Prezados,</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr">Alguém poderia me ajudar a selecionar um dataframe, para este caso o nome é list que corresponde à Lista de SNP's selecionados, a partir de de outro dataframe, que para este caso corresponde ao gen1 ( sem precisar indicar a posição das colunas )?</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr">Utilizei a rotina especificada abaixo, mas o comando não me disponibiliza a seleção de todas as 22894 colunas, ou seja, de todos os SNP's. Existem 7 deles que não conseguem ser selecionados por serem declarados como falsos. Alguém poderia me ajudar ? Desde já agradeço.</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr">Att,</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr">Giselle</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr">ROTINA:</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">#1)Lendo arquivo genotipos</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">gen=read.table("matriz_genotipos.txt",h=T)#lendo arquivo genotipos</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">dim(gen)#90 x 24165. Tem que colocar o nome dos cruzamentos na primerira coluna</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">head(gen)</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style=""><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">#2)Gerando o arquivo com o nome dos SNP's selecionados</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">nomes<- read.table("D_F_nomes.txt",h=F, sep=",",row.names=1,quote="")</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">dim(nomes)#90 x 0</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style=""><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">#3)Arquivo de genótipos com os indivíduos nas linhas e com todos SNP's nas colunas</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">gen1<-cbind(nomes,gen)</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">head(gen1)#juntou !</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">dim(gen1)#90 x 24165</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style=""><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">#4)Lendo o arquivo de frequência alélica</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">freq=read.table("chr1_alefreq.txt",h=T) #lendo arquivo freq alel</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">dim(freq)#22894 x 4</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">head(freq)</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style=""><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">#5) Gerando o arquivo com os SNP's selecionados pela MAF</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">lista_SNP_sel<- freq$nun_snp_freq</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">head(lista_SNP_sel)#Está como fator</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">list<-as.character(lista_SNP_sel)</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">head(list)</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">length(list)</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">dim(gen1)</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style=""><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">#6)Verificando se os SNP's selecionados são realmente os 22894 selecionados pela MAF</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">table(list%in%colnames(gen1))</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style=""><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">#SURPRESA:Existem 7 SNP's lidos como falsos e por isso não completam os 22894 !</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">logico<-colnames(gen1)%in%list</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">head(logico)</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">head(gen1)</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">head(list)</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">gen2<- gen1[,logico]</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">head(gen2)</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style="">dim(gen2)#90 x 22887 ( Existem 7 snps que estão sendo declarados como falsos, por que ?)</div><div id="yui_3_16_0_1_1420625705957_60947" dir="ltr" class="" style=""><br class="" style=""></div></div></body></html>