<div dir="ltr"><div>Sua questão é interessante mas seu código não é reproduzível, o que difulcuta a ajuda. faça um dput() de parte de seu banco de dados copie e cole no e-mail para que possamos ter facil acesso e assim poder lhe ajudar.<br><br></div><div>Seja mais clara sobre o seu problema para obter ajuda mais rapidamente.<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">Em 7 de janeiro de 2015 15:13, Giselle Davi <span dir="ltr"><<a href="mailto:giselle_davi@yahoo.com.br" target="_blank">giselle_davi@yahoo.com.br</a>></span> escreveu:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif;font-size:12px"><div dir="ltr">Prezados,</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Alguém poderia me ajudar a selecionar um dataframe, para este caso o nome é  list que corresponde à Lista de SNP's selecionados,  a partir de de outro dataframe, que para este caso corresponde ao  gen1 ( sem  precisar indicar a posição das colunas )?</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Utilizei a rotina especificada abaixo, mas o comando não me disponibiliza a seleção de todas as 22894 colunas, ou seja, de todos os SNP's. Existem 7 deles que não conseguem ser selecionados por serem declarados como falsos. Alguém poderia me ajudar ? Desde já agradeço.</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Att,</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Giselle</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">ROTINA:</div><div dir="ltr">#1)Lendo arquivo genotipos</div><div dir="ltr">gen=read.table("matriz_genotipos.txt",h=T)#lendo arquivo genotipos</div><div dir="ltr">dim(gen)#90 x 24165. Tem que colocar o nome dos cruzamentos na primerira coluna</div><div dir="ltr">head(gen)</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">#2)Gerando o arquivo com o nome dos SNP's selecionados</div><div dir="ltr">nomes<- read.table("D_F_nomes.txt",h=F, sep=",",row.names=1,quote="")</div><div dir="ltr">dim(nomes)#90 x 0</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">#3)Arquivo de genótipos com os indivíduos nas linhas e com todos SNP's nas colunas</div><div dir="ltr">gen1<-cbind(nomes,gen)</div><div dir="ltr">head(gen1)#juntou !</div><div dir="ltr">dim(gen1)#90 x 24165</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">#4)Lendo o arquivo de frequência alélica</div><div dir="ltr">freq=read.table("chr1_alefreq.txt",h=T) #lendo arquivo freq alel</div><div dir="ltr">dim(freq)#22894 x 4</div><div dir="ltr">head(freq)</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">#5) Gerando o arquivo com os SNP's selecionados pela MAF</div><div dir="ltr">lista_SNP_sel<- freq$nun_snp_freq</div><div dir="ltr">head(lista_SNP_sel)#Está como fator</div><div dir="ltr">list<-as.character(lista_SNP_sel)</div><div dir="ltr">head(list)</div><div dir="ltr">length(list)</div><div dir="ltr">dim(gen1)</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">#6)Verificando se os SNP's selecionados são realmente os 22894 selecionados pela MAF</div><div dir="ltr">table(list%in%colnames(gen1))</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">#SURPRESA:Existem 7 SNP's lidos como falsos e por isso não completam os 22894 !</div><div dir="ltr">logico<-colnames(gen1)%in%list</div><div dir="ltr">head(logico)</div><div dir="ltr">head(gen1)</div><div dir="ltr">head(list)</div><div dir="ltr">gen2<- gen1[,logico]</div><div dir="ltr">head(gen2)</div><div dir="ltr">dim(gen2)#90 x 22887 ( Existem 7 snps que estão sendo declarados como falsos, por que ?)</div><div dir="ltr"><br></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
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