<div dir="ltr">Acredito que o JAGS também seja tão eficiente quanto o stan, até porque ele é atual também. Ele rodou super rápido. Agora a luta aqui é a convergência dos parâmetros. rs</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">Em 8 de novembro de 2014 16:32, Alisson Lucrécio <span dir="ltr"><<a href="mailto:alisson.lucrecio@ifgoiano.edu.br" target="_blank">alisson.lucrecio@ifgoiano.edu.br</a>></span> escreveu:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Lie a respeito deles há alguns meses, WinBugs, JAGS e Stan, não me lembro muito bem mais todos funcionam com MCMC. Tinha lido que o Rtan era mais eficiente que o WinBurgs pos tinha tido uma evolunção no amostradores de Gibbs. Entretanto, não sei se o Jags também teve essa evolução, mas todos fazem a mesma coisa, vc só tera uns 30 a 40 segundos a menos quando rodar o código.</span><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-11-08 16:31 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <span dir="ltr"><<a href="mailto:alisson.lucrecio@ifgoiano.edu.br" target="_blank">alisson.lucrecio@ifgoiano.edu.br</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Lie a respeito deles há alguns meses, WinBugs, JAGS e Stan, não me lembro muito bem mais todos funcionam com MCMC. Tinha lido que o Rtan era mais eficiente que o WinBurgs pos tinha tido uma evolunção no amostradores de Gibbs. Entretanto, não sei se o Jags também teve essa evolução, mas todos fazem a mesma coisa, vc só tera uns 30 a 40 segundos a menos quando rodar o código.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-11-08 16:12 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <span dir="ltr"><<a href="mailto:ml-node+s2285057n4663488h64@n4.nabble.com" target="_blank">ml-node+s2285057n4663488h64@n4.nabble.com</a>></span>:<div><div><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">
<div dir="ltr">Oi Alisson, fui experimentar o JAGS, conhece? Com os mesmos códigos de antes rodou normalmente o programa. Não sabia que o rbug era problemático, fiquei horas quebrando a cabeça para solucionar e nada.<div><br></div><div>Aparentemente está tudo ok!<br></div><div><br></div><div><br></div><div>O rstan não rodou de jeito nenhum aqui. Chegou a carregar o pacote pelo comando que me passou, mas na hora de rodar aquele exemplo começou a apresentar erro de funções não encontradas. Não sei se o problema foi no meu pc.</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Valeu pela ajuda</div></div></span><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">Em 8 de novembro de 2014 15:54, Alisson Lucrécio <span dir="ltr"><<a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=0" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a>></span> escreveu:<br><blockquote style="border-left:2px solid #cccccc;padding:0 1em" class="gmail_quote"><span class=""><div dir="ltr"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Victor,</span><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é muito problemático e ineficente, mande um CMR. Vc conseguiu rodar o rstar?</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Att.</div></div></span><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-11-08 15:52 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <span dir="ltr"><<a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=1" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a>></span>:<br><blockquote style="border-left:2px solid #cccccc;padding:0 1em" class="gmail_quote"><span class=""><div dir="ltr">Victor,<div><br></div><div>Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é muito problemático e ineficente, mande um CRM. Vc conseguiu rodar o rstar?</div><div>Att.</div></div></span><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-11-08 15:38 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <span dir="ltr"><<a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=2" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a>></span>:<div><div class="h5"><div><div><br><blockquote style="border-left:2px solid #cccccc;padding:0 1em" class="gmail_quote"><span>
<div dir="ltr">Não rodou aqui. =/<div><br></div><div>O erro que tinha incialmente eu consegui arrumar, só que agora surgiu outro</div><div><br></div><div><span style="color:rgb(20,24,35);font-family:Helvetica,Arial,'lucida grande',tahoma,verdana,arial,sans-serif;font-size:13px;line-height:17.9400005340576px;white-space:pre-wrap">Error in handleRes(res) : NA</span><br></div><div><span style="color:rgb(20,24,35);font-family:Helvetica,Arial,'lucida grande',tahoma,verdana,arial,sans-serif;font-size:13px;line-height:17.9400005340576px;white-space:pre-wrap"><br></span></div><div><span style="color:rgb(20,24,35);font-family:Helvetica,Arial,'lucida grande',tahoma,verdana,arial,sans-serif;font-size:13px;line-height:17.9400005340576px;white-space:pre-wrap"><br></span></div><div><span style="color:rgb(20,24,35);font-family:Helvetica,Arial,'lucida grande',tahoma,verdana,arial,sans-serif;font-size:13px;line-height:17.9400005340576px;white-space:pre-wrap">Só que não tem NA na minha base de dados</span></div></div></span><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-11-08 14:10 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <span dir="ltr"><<a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=0" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a>></span>:<br><blockquote style="border-left:2px solid #cccccc;padding:0 1em" class="gmail_quote"><div><div><div dir="ltr">Caro Victor,<div><br></div><div>Se der certo teste esse exemplo.</div><div><br></div><div><div>library(rstan)</div><div><br></div><div>treatment_level <- c("0", "5", "10", "15")</div><div>repetition_number <- 20</div><div>response_mean <- c(100, 94, 88, 82)</div><div><br></div><div>treatment <- gl(n = length(treatment_level), k = repetition_number, labels = treatment_level)</div><div>str_error <- 2</div><div><br></div><div>response_temp <- sapply(response_mean, function(x){</div><div> response <- rnorm(n = repetition_number, mean = x, sd = str_error)</div><div>})</div><div><br></div><div>response <- c(response_temp)</div><div><br></div><div>plot(response ~ treatment)</div><div><br></div><div>summary(lm(response ~ treatment -1))</div><div><br></div><div>mean(response)</div><div>sd(response)</div><div><br></div><div>stan_data <- list(N = length(response), I = length(treatment_level), Treatment=as.numeric(treatment), Response = response)</div><div><br></div><div># Bayesian method for estimate mean and standard error by treatment</div><div><br></div><div>stan_modelcode <- "</div><div>data { // data setup</div><div> int<lower=0> N; // sample size</div><div> int<lower=1> I; // number of treatments</div><div> real Response[N]; // Response</div><div> int<lower=1, upper=I> Treatment[N]; // Treatment</div><div>}</div><div><br></div><div>parameters {</div><div> real mu[I];</div><div> real<lower=0, upper=100> sigma[I];</div><div>}</div><div><br></div><div>model {</div><div> //Priors</div><div> mu ~ normal(0, 100);</div><div> sigma ~ uniform(0, 100);</div><div> //Likelihood</div><div> for(i in 1:N) {</div><div> Response[i] ~ normal(mu[Treatment[i]], sigma[Treatment[i]]);</div><div> }</div><div>}</div><div>"</div><div><br></div><div>fit <- stan(model_code = stan_modelcode, data = stan_data, iter = 1000, chains = 3,</div><div> verbose = TRUE)</div><div><br></div><div>plot(fit)</div></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-11-08 14:09 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <span dir="ltr"><<a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=1" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a>></span>:<div><div><br><blockquote style="border-left:2px solid #cccccc;padding:0 1em" class="gmail_quote"><span><div dir="ltr">Use esse código.<div><br></div><div><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,'Segoe UI',Arial,freesans,sans-serif;font-size:14px;line-height:22.3999996185303px">Sys.setenv(MAKEFLAGS = "-j4")</span><br style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,'Segoe UI',Arial,freesans,sans-serif;font-size:14px;line-height:22.3999996185303px"><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,'Segoe UI',Arial,freesans,sans-serif;font-size:14px;line-height:22.3999996185303px">source('</span><a href="http://mc-stan.org/rstan/install.R" style="color:rgb(65,131,196);text-decoration:none;font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,'Segoe UI',Arial,freesans,sans-serif;font-size:14px;line-height:22.3999996185303px;background-image:initial;background-repeat:initial" rel="nofollow" link="external" target="_blank">http://mc-stan.org/rstan/install.R</a><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,'Segoe UI',Arial,freesans,sans-serif;font-size:14px;line-height:22.3999996185303px">', echo = TRUE, max.deparse.length = 2000)</span><br style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,'Segoe UI',Arial,freesans,sans-serif;font-size:14px;line-height:22.3999996185303px"><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,'Segoe UI',Arial,freesans,sans-serif;font-size:14px;line-height:22.3999996185303px">install_rstan()</span><br></div></div></span><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-11-08 13:41 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <span dir="ltr"><<a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=2" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a>></span>:<div><div><br><blockquote style="border-left:2px solid #cccccc;padding:0 1em" class="gmail_quote"><span><span>
<div dir="ltr"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Oi Alisson, o pacote deu erro para instalar. Tanto pelo arquivo quando pelo código install.packages</span><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Esse erro que está acontecendo comigo é no modelo? Porque aparentemente está tudo ok com ele.</div></div></span></span><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">Em 8 de novembro de 2014 13:01, Alisson Lucrécio <span dir="ltr"><<a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=0" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a>></span> escreveu:<br><blockquote style="border-left:2px solid #cccccc;padding:0 1em" class="gmail_quote"><span><span><div dir="ltr">Victor,<div><br></div><div>Boa tarde.</div><div><br></div><div>Use o pacote rstan.</div><div><br></div><div>Att.</div><div><br></div></div></span></span><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-11-08 12:53 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <span dir="ltr"><<a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=1" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a>></span>:<div><div><div><div><br><blockquote style="border-left:2px solid #cccccc;padding:0 1em" class="gmail_quote"><div><div>
<div dir="ltr">Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na hora de rodar ele da o seguinte erro durante o processo<div><br></div><div><br></div><div><div>Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : </div><div> model must be initialized before monitors used</div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é configuração e código do meu modelo e nada até agora</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Atenciosamente,</div><div><br></div><div><br></div><div>Victor Eduardo</div></div>
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</font></span></div></blockquote></div></div></div></div></div><div><div><div><div><span><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr"><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;display:inline!important;float:none;background-color:rgb(255,255,255)">Alisson Lucrecio da Costa</span></div></div>
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