<div dir="ltr"><br><div>Oi Manoel.</div><div><br></div><div>Boa questão!! Gostei da dica do pqr. Não conhecia. Vou dar uma olhada nele. Como eu trabalho com dados geoespaciais (rasters e vetores) não uso read.table ou data.frame.Mas por vezes me vejo forçado a criar data.frames. Por exemplo: No script que estou trabalhando no momento, eu gero um modelo logístico (glm family=binomial) para cada pixel uma imagem de dimensões 200x214x9, tendo como saída os coeficientes, as probabilidades e o valor p. No meio do caminho eu crio um data.frame que armazena o x e o y de cada pixel para dar de entrada no modelo. (snippet do script abaixo). Terias outra opção?</div><div><br></div><div>Caso queiras me mandar um CMR eu posso fazer uns testes e te mando o system.time.</div><div>Obrigado pelas observações e pela dica do pqr.</div><div><br></div><div>Abraços</div><div><br></div><div><br></div><div>##############</div><div><br></div><div><br></div><div><div>library(raster)</div><div>library(reshape)</div><div>library(mailR)</div><div>library(spatial.tools)</div><div><br></div><div># Input Raster</div><div><br></div><div>floodmaps <- brick("raster.tif") # my raster dim= 200 214 9</div><div>names(floodmaps) <- c(27.00,30.02,31.07,32.72,33.73,35.12,35.65,36.06,38.32) # flood heigth at each image band</div><div>logit.x <- melt(c(27.00,30.02,31.07,32.72,33.73,35.12,35.65,36.06,38.32)) # vector with flood heigths </div><div><br></div><div>##################################</div><div># </div><div># Jackknife</div><div>#</div><div>##################################</div><div><br></div><div><br></div><div># creating variables</div><div><br></div><div>inter.vec <- rep(NA,length(values(floodmaps[[1]]))) # intercept</div><div>x.vec <- rep(NA,length(values(floodmaps[[1]]))) # x</div><div>p.vec <- rep(NA, length(values(floodmaps[[1]]))) # p-value</div><div>err.vec <- rep(NA,ncell(floodmaps[[1]])) # error</div><div>err.df <- data.frame(pred = rep(1,nbands(floodmaps)),obs = rep(NA,nbands(floodmaps))) # error data.frame</div><div><br></div><div>#Let's fry baby!!</div><div><br></div><div>temp <- system.time(</div><div> for (i in 1:ncell(floodmaps)){</div><div> for (b in 1:nbands(floodmaps)){</div><div> pixel.df <- data.frame("y" = factor(extract(floodmaps,i)[1,-b]), "x" = unlist(logit.x)[-b])</div><div> m <- glm(y ~ x, data=pixel.df, family=binomial)</div><div> inter.vec[i] <- m$coefficients[1]</div><div> x.vec[i] <- m$coefficients[2]</div><div> p.vec[i] <- 1-pchisq(m$null.deviance-m$deviance, m$df.null-m$df.residual) </div><div> prob <- (exp(inter.vec[i]+x.vec[i]*unlist(logit.x)[b]))/(1 + exp(inter.vec[i]+x.vec[i]*unlist(logit.x)[b]))</div><div> if (prob < 0.8) err.df$pred[b] = 0 </div><div> err.df$obs[b] <- floodmaps[[b]][i]</div><div> }</div><div> err.vec[i] <- length(which(err.df$pred == err.df$obs))/length(err.df$obs)</div><div> }</div><div> )</div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Abraços</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">Em 21 de outubro de 2014 20:49, Manoel Galdino <span dir="ltr"><<a href="mailto:mcz.fea@gmail.com" target="_blank">mcz.fea@gmail.com</a>></span> escreveu:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Só um comentário, sobre a eficiência do Revolution R (que nunca usei). Você pode dar detalhes de onde ele é mais rápido? Você usa o data.table? E que tal o <a href="http://www.pqr-project.org/" target="_blank">pqr</a>? Gostaria de ver esses testes com os melhores comandos do R tradicional, e não com comandos lentos como data.frame ou read.table.<div><br></div><div>abçs</div><div>M</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-10-21 21:43 GMT-02:00 Jefferson Ferreira-Ferreira <span dir="ltr"><<a href="mailto:jecogeo@gmail.com" target="_blank">jecogeo@gmail.com</a>></span>:<div><div class="h5"><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><br><div>Pessoal,</div><div><br></div><div>Muito obrigado pelas respostas. Como sugerido por um dos colegas, vou entrar em contato com o suporte para ver qual o melhor método para paralelizar meu processamento. O fato de eu ter pensado que a paralelização era default é porque quando coloco o script para rodar, aparacem as seguintes mensagens no console:</div><div><div><br></div><div>Carregando pacotes exigidos: parallel</div><div>Carregando pacotes exigidos: iterators</div><div>Carregando pacotes exigidos: foreach</div></div><div><br></div><div>No entanto eu não carrego esses pacotes no meu script. Eu vou entrar em contato e ver como fazer de modo mais eficiente.</div><div><br></div><div>Para aqueles que ainda não sabem, o Revolution R Enterprise é gratuíto para usuários acadêmicos (professores, alunos, pesquisadores, instituições e organizações públicas). Basta possuir um e-mail institucional.</div><div>Eu fiz um cadastro e dentro de 2 horas tive ele aprovado com acesso ao software. Estou bastante satisfeito com o desenpenho - que é muito superior ao do R "stand alone". Fiz diversos testes e ele é sempre 2x mais rápido. Além disso sua IDE tem bem mais funcionalidades e é bem mais párática que o RStudio.</div><div><br></div><div>Obrigado pelas mensagens. A esse ponto já entendi que a paralelização não é default, embora o desempenho seja bem melhor.</div><div>Vou buscar suporte.</div><div><br></div><div>Abraços</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">Em 21 de outubro de 2014 20:28, Diogo Ferrari <span dir="ltr"><<a href="mailto:diogoferrari@gmail.com" target="_blank">diogoferrari@gmail.com</a>></span> escreveu:<div><div><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Jefferson,<div><br></div><div>Usei o RevR ha um tempo atras quando precisava manipular uma base de dados muito grande e na época não valia a pena migrar. Não sei na ultima versão, mas ele não paraleliza por default. Vc tem que mandar seu script fazer isso, mas e bem simples. Eu creio que a grande vantagem desse pacote (que e o R, mas com algumas coisas implementadas em Java) e usar em grandes bases para estatística descritiva e regressões simples, embora de para fazer algumas coisas um pouco mais elaboradas. Sugiro que vc procure documentação no próprio site do RevR.</div><div><br></div><div>Abs<span><font color="#888888"><br><div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial;font-size:small;background-color:rgb(255,255,255)">-- </span><br style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial;font-size:small"><div dir="ltr" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial;font-size:small">Diogo Ferrari<div>PhD Student<div>University of Michigan, Ann Arbor<br><div>Department of Political Science<br></div><div>E-mail: <a href="mailto:dferrari@umich.edu" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">dferrari@umich.edu</a></div><div><br></div><div>Open Source! Use R! Use Linux!</div><div><br></div><div>"A vida é a arte de tirar conclusões suficientes de dados insuficientes"</div></div></div></div></div><div><br></div></div><br><br>
</div></font></span><div><div>
<br><div><blockquote type="cite"><div>On Oct 21, 2014, at 7:11 PM, Vinicius Brito Rocha <<a href="mailto:viniciusbritor@gmail.com" target="_blank">viniciusbritor@gmail.com</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr">Não é default. Eles tem um conjunto de bibliotecas similares a algumas conhecidas no R.<div><br></div><div>Existe um formato para manipulação de dados especial, que parece muito com o data step do SAS, onde é possível manipular dados relativamente grandes. Acredito eu que esse formato seja distribuído.</div><div><br></div><div>Alguns dos pacotes podem ser baixados e utilizados no próprio R.</div><div><br></div><div>Abs</div><div><br></div><div>Vinicius</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">Em 21 de outubro de 2014 18:53, Benilton Carvalho <span dir="ltr"><<a href="mailto:beniltoncarvalho@gmail.com" target="_blank">beniltoncarvalho@gmail.com</a>></span> escreveu:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">como e' um produto comercial, o melhor e' procurar o suporte deles proprios.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">Em 21 de outubro de 2014 13:02, Jefferson Ferreira-Ferreira <span dir="ltr"><<a href="mailto:jecogeo@gmail.com" target="_blank">jecogeo@gmail.com</a>></span> escreveu:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr"><div><br></div><div>Listeiros;</div><div><br></div><div>Alguém aí utiliza o Revolution R Enterprise?</div><div><br></div><div>Recém o baixei. Li alguns materiais pela internet mas não estou entendendo muito bem se ele paraleliza por "default" ou se preciso usar algo como ParallelR ou doSNOW.</div><div>Alguém saberia me dizer ou indicar um bom site onde posso me informar melhor sobre isso?</div><div><br></div><div>Obrigado.</div><div>Abraços</div><div><br></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div style="text-align:left"><div style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal"><br></div><div style="margin:0px;font-family:Tahoma,Helvetica,sans-serif;font-size:13px;text-align:-webkit-auto"><b><i><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Jefferson Ferreira-Ferreira</span></i></b></div><div style="margin:0px;font-family:Tahoma,Helvetica,sans-serif;font-size:13px;text-align:-webkit-auto"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:gray">Geógrafo – GEOPROCESSAMENTO IDSM | Coordenadoria de TI</span></div><div style="margin:0px;font-family:Tahoma,Helvetica,sans-serif;font-size:13px;text-align:-webkit-auto"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:gray"><img src="http://img29.imageshack.us/img29/9313/emailass.png"><br></span></div><p style="margin:0px;font-family:Tahoma,Helvetica,sans-serif;font-size:13px;text-align:-webkit-auto"></p><div style="margin:0px;font-family:Tahoma,Helvetica,sans-serif;font-size:13px;text-align:-webkit-auto"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:11pt"><a href="mailto:Jefferson.ferreira@mamiraua.org.br" target="_blank">Jefferson.ferreira@mamiraua.org.br</a></span></div><div style="margin:0px;font-family:Tahoma,Helvetica,sans-serif;font-size:13px;text-align:-webkit-auto"><b><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(3,69,20)">Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá</span></b></div><p style="margin:0px;font-family:Tahoma,Helvetica,sans-serif;font-size:13px;text-align:-webkit-auto"></p><div style="margin:0px"><font>Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação</font></div><div style="margin:0px"><font>Telefone: <a href="tel:%2B55%2097%203343-9710" value="+559733439710" target="_blank">+55 97 3343-9710</a></font></div><p style="margin:0px"></p><div style="margin:0px;color:rgb(34,34,34);font-family:tahoma,helvetica,sans-serif;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:9pt"></span><b style="font-family:arial,sans-serif"><span style="font-size:9pt;font-family:Arial,sans-serif"><img src="http://img543.imageshack.us/img543/7638/emailgoogle.png">Google Maps</span></b><span style="font-size:9pt;font-family:Arial,sans-serif"> - Mapas deste e-mail</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:9pt">:</span></div><p style="margin:0px;color:rgb(34,34,34);font-family:tahoma,helvetica,sans-serif;background-color:rgb(255,255,255)"></p><div style="margin:0px;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255);font-family:arial,sans-serif"><a href="https://maps.google.com.br/maps?q=-3.355557,-64.731151&ll=-3.355471,-64.731145&spn=0.004632,0.006968&num=1&t=h&z=18" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank"><span style="font-size:9pt;font-family:'Times New Roman',serif"><span style="color:blue"><img src="http://img853.imageshack.us/img853/5025/emailtag.png">Exibir <span style="background-color:rgb(255,255,204);color:rgb(34,34,34)">mapa</span> ampliado</span></span></a></div><div><br></div><div><br></div><i><br>Contatos particulares:</i></div><div style="text-align:left"><i><a href="tel:%2855%29%209615-0100" value="+555596150100" target="_blank">(55) 9615-0100</a></i><br></div></div>
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Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div style="text-align:left"><p style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal"></p><p style="margin:0px;font-family:Tahoma,Helvetica,sans-serif;font-size:13px;text-align:-webkit-auto"><b><i><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Jefferson Ferreira-Ferreira</span></i></b></p><p style="margin:0px;font-family:Tahoma,Helvetica,sans-serif;font-size:13px;text-align:-webkit-auto"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:gray">Geógrafo – GEOPROCESSAMENTO IDSM | Coordenadoria de TI</span></p><p style="margin:0px;font-family:Tahoma,Helvetica,sans-serif;font-size:13px;text-align:-webkit-auto"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:gray"><img src="http://img29.imageshack.us/img29/9313/emailass.png"><br></span></p><p style="margin:0px;font-family:Tahoma,Helvetica,sans-serif;font-size:13px;text-align:-webkit-auto"></p><p style="margin:0px;font-family:Tahoma,Helvetica,sans-serif;font-size:13px;text-align:-webkit-auto"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:11pt"><a href="mailto:Jefferson.ferreira@mamiraua.org.br" target="_blank">Jefferson.ferreira@mamiraua.org.br</a></span></p><p style="margin:0px;font-family:Tahoma,Helvetica,sans-serif;font-size:13px;text-align:-webkit-auto"><b><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(3,69,20)">Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá</span></b></p><p style="margin:0px;font-family:Tahoma,Helvetica,sans-serif;font-size:13px;text-align:-webkit-auto"></p><p style="margin:0px"><font><font>Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação</font></font></p><p style="margin:0px"><font>Telefone: +55 97 3343-9710</font></p><p style="margin:0px"></p><p style="margin:0px;color:rgb(34,34,34);font-family:tahoma,helvetica,sans-serif;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:9pt"></span><b style="font-family:arial,sans-serif"><span style="font-size:9pt;font-family:Arial,sans-serif"><img src="http://img543.imageshack.us/img543/7638/emailgoogle.png">Google Maps</span></b><span style="font-size:9pt;font-family:Arial,sans-serif"> - Mapas deste e-mail</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:9pt">:</span></p><p style="margin:0px;color:rgb(34,34,34);font-family:tahoma,helvetica,sans-serif;background-color:rgb(255,255,255)"></p><p style="margin:0px;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255);font-family:arial,sans-serif"><a href="https://maps.google.com.br/maps?q=-3.355557,-64.731151&ll=-3.355471,-64.731145&spn=0.004632,0.006968&num=1&t=h&z=18" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank"><span style="font-size:9pt;font-family:'Times New Roman',serif"><span style="color:blue"><img src="http://img853.imageshack.us/img853/5025/emailtag.png">Exibir <span style="background-color:rgb(255,255,204);color:rgb(34,34,34)">mapa</span> ampliado</span></span></a></p><p></p><p></p><i><br>Contatos particulares:</i></div><div style="text-align:left"><i>(55) 9615-0100</i><br></div></div>
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