<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:12pt"><div class="" style="">Prezados Colaboradores,</div><div class="" style=""><br class="" style=""></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-style: normal; background-color: transparent;" class=""><br class="" style=""></div><div style="background-color: transparent;" class="">Tenho um arquivo com uma matriz formada por letras ( SNP: bases<span style="font-size: 12pt; background-color: transparent;" class=""> nitrogenadas: A, C, T, G) e preciso codificá-la para números, onde </span><span style="font-size: 12pt; background-color: transparent;" class="">as letras A e T recebam 1 e as letras C e G recebam 0, formando assim uma matriz de genótipos </span><span
style="font-size: 12pt; background-color: transparent;" class="">Gn x m = {0;1;2} onde n é o número de indivíduos e m o número de SNPs. Anexado a este e-mail encontra-se parte dessa matriz com dimensão 6 x 30 ( Facilitando, portanto, o envio) que necessita dessa codificação.</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 12pt; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-style: normal; background-color: transparent;" class=""><span style="font-size: 12pt; background-color: transparent;" class=""><br class="" style=""></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-style: normal; background-color: transparent;" class=""><span style="font-size: 12pt; background-color: transparent;" class="">Matematicamente, a sequência de SNP é atribuída ( A qual eu não precisei
construir, pois a sequência foi originada por genotipagem ) como:</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 12pt; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-style: normal; background-color: transparent;" class=""><span style="font-size: 12pt; background-color: transparent;" class=""><br></span></div><div style="background-color: transparent;" class="">Dado um valor para PA (probabilidade <span style="font-size: 12pt; background-color: transparent;" class="">de ocorrer a base A) e para PC (probabilidade de C), de modo que PA= PT, PC = PG </span><span style="font-size: 12pt; background-color: transparent;" class="">e PA+PC = 0; 5, então as bases são geradas do seguinte modo:</span></div><div style="background-color: transparent;" class=""> Se y existe (E virado para direita) [0;PA), a base é A;</div><div style="background-color: transparent;" class=""> Se
y existe [PA;0:5), a base é C;</div><div style="background-color: transparent;" class=""> Se y existe [0:5; (0:5+PC)), a base é G;</div><div style="background-color: transparent;" class=""><span style="background-color: transparent;" class=""></span></div><div style="background-color: transparent;" class=""> Se y existe [(0:5+PC);1], a base é T.</div><div style="background-color: transparent;" class=""><br class="" style=""></div><div style="background-color: transparent;" class="">Cada indivíduo possui um par de cromossomos homólogos, que se mantêm juntos por</div><div style="background-color: transparent;" class="">ligações entre as bases A e T e ligações entre as bases C e G. A codificação das sequências ( SNPs)</div><div style="background-color: transparent;" class="">deve ser feita, portanto, do seguinte modo: Contando o alelo de interesse (no caso, A) e seu correspondente</div><div style="background-color: transparent;" class="">no
pareamento (T) em cada fita numa posição do genótipo, e atribuir 1 quando um <span style="font-size: 12pt; background-color: transparent;" class="">dos dois (A ou T) ocorre e 0 se não ocorrem. Esta codificação resulta em:</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 12pt; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-style: normal; background-color: transparent;" class=""><span style="font-size: 12pt; background-color: transparent;" class=""><br class="" style=""></span></div><div style="background-color: transparent;" class=""> 0 - CC, CG, GC, GG)P(0) = 4*PC elevado a 2</div><div style="background-color: transparent;" class=""> 1 - AC, AG, TC, TG, CA, GA, CT, GT)P(1) = 8*PA*PC</div><div style="background-color: transparent;" class=""><span style="background-color: transparent;" class=""></span></div><div style="background-color: transparent;" class=""> 2 - AA, AT, TA, TT
)P(2) = 4*PA elevado a 2</div><div style="background-color: transparent;" class=""><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-style: normal; background-color: transparent;" class="">Sendo assim, preciso utilizar estas informações matemáticas no R de modo a proceder a codificação. Alguém poderia me ajudar ? Desde já agradeço.</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-style: normal; background-color: transparent;" class=""><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-style: normal; background-color: transparent;" class=""><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue,
'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-style: normal; background-color: transparent;" class="">Att,</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-style: normal; background-color: transparent;" class=""><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-style: normal; background-color: transparent;" class="">Giselle</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-style: normal; background-color: transparent;" class=""><br class="" style=""></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-style: normal;
background-color: transparent;" class=""><br class="" style=""></div></div></body></html>