<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title></title>
</head>
<body><div>Obrigado pelo aviso.<br></div>
<div> </div>
<div>Eu sabia que isso é convenção em algumas listas, mas eu não sabia especificamente nesta.<br></div>
<div> </div>
<div id="sig4487139"><div class="signature" id="signature"><a href="http://lattes.cnpq.br/9234772336296638" title="Currículo Lattes">Leonardo Ferreira Fontenelle</a><br></div>
</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Em Qua 3 set. 2014, às 12:21, Edson Lira escreveu:<br></div>
<blockquote type="cite"><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:verdana, helvetica, sans-serif;font-size:8pt"><div style="" class=""><span style="" class="">Gisele, na lista foi adotado a rotina de não anexar arquivos aos emails e sim postar os arquivos, por exemplo, no site </span><br></div>
<div class="" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10.6667px; font-family: verdana,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span style="" class="">http://www.datafilehost.com/</span><br></div>
<div class="" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10.6667px; font-family: verdana,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"> </div>
<div class="" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10.6667px; font-family: verdana,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span style="" class="">Busque no Google
"Avaliar dados de genética no software R"</span><br></div>
<div class="" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10.6667px; font-family: verdana,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span style="" class="">Olha o que eu achei: http://geneticapopulacional.blogspot.com.br/</span><br></div>
<div class="" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10.6667px; font-family: verdana,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"> </div>
<h3 style="" class=""><a style="" class="" href="http://geneticapopulacional.blogspot.com.br/2014/08/faststructure.html">fastStructure</a><br></h3><div style="" class=""> </div>
<div>fastStructure é um algoritmo para inferir a estrutura da população a
partir de grandes volumes de dados genótipo SNP. Baseia-se em um quadro
Bayesian variacional para posterior inferência e é escrito em python2.x.
Aqui, resumimos como configurar este pacote de software, compilar os
scripts de C e Cython e executar o algoritmo em um teste simulado
dataset genótipo.<br></div>
<div class="" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10.6667px; font-family: verdana,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"> </div>
<div class="" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10.6667px; font-family: verdana,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"> </div>
<div class="" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10.6667px; font-family: verdana,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span style="" class="">Boa sorte!</span><br></div>
<div style="" class=""> </div>
<div style="" class="">Edson Lira<br></div>
<div style="" class="">Estatístico<br></div>
<div style="" class="">Manaus-Amazonas<br></div>
<div> </div>
<div> </div>
<div style="display: block;"><div class="" style="font-family: verdana,
 helvetica, sans-serif; font-size: 8pt;"><div class="" style="font-family: HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 12pt;"><div style="" class="" dir="ltr"><span style="font-family:Arial" class="font"><span style="font-size:small" class="size"> Em Quarta-feira, 3 de Setembro de 2014 10:45, Giselle Davi <giselle_davi@yahoo.com.br> escreveu:</span></span><br></div>
<div> </div>
<div> </div>
<div style="" class=""><div style="" class=""><div style="" class=""><div class="" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:12pt;"><div class="" style="">Prezados Colaboradores,<br></div>
<div class="" style=""> </div>
<div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande',
 sans-serif;font-style:normal;background-color:transparent;" class=""> </div>
<div style="background-color:transparent;" class="">Tenho um arquivo com uma matriz formada por letras ( SNP: bases<span style="background-color: transparent" class="highlight"><span style="font-size:12pt" class="size"> nitrogenadas: A, C, T, G) e preciso codificá-la para números, onde </span></span><span style="background-color: transparent" class="highlight"><span style="font-size:12pt" class="size">as letras A e T recebam 1 e as letras C e G recebam 0, formando assim uma matriz de genótipos </span></span><span style="background-color: transparent" class="highlight"><span style="font-size:12pt" class="size">Gn x m = {0;1;2} onde n é o número de indivíduos e m o número de SNPs. Anexado a este e-mail encontra-se parte dessa matriz com dimensão 6 x 30 ( Facilitando, portanto, o envio) que necessita dessa codificação.</span></span><br></div>
<div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:12pt;font-family:HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial,
 'Lucida Grande', sans-serif;font-style:normal;background-color:transparent;" class=""> </div>
<div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif;font-style:normal;background-color:transparent;" class=""><span style="background-color: transparent" class="highlight"><span style="font-size:12pt" class="size">Matematicamente, a sequência de SNP é atribuída ( A qual eu não precisei
construir, pois a sequência foi originada por genotipagem ) como:</span></span><br></div>
<div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:12pt;font-family:HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif;font-style:normal;background-color:transparent;" class=""> </div>
<div style="background-color:transparent;" class="">Dado um valor para PA (probabilidade <span style="background-color: transparent" class="highlight"><span style="font-size:12pt" class="size">de ocorrer a base A) e para PC (probabilidade de C), de modo que PA= PT, PC = PG </span></span><span style="background-color: transparent" class="highlight"><span style="font-size:12pt" class="size">e PA+PC = 0; 5, então as bases são geradas do seguinte modo:</span></span><br></div>
<div style="background-color:transparent;" class="">Se y existe (E virado para direita) [0;PA), a base é A;<br></div>
<div style="background-color:transparent;" class="">Se
y existe [PA;0:5), a base é C;<br></div>
<div style="background-color:transparent;" class="">Se y existe [0:5; (0:5+PC)), a base é G;<br></div>
<div style="background-color:transparent;" class=""> </div>
<div style="background-color:transparent;" class="">Se y existe [(0:5+PC);1], a base é T.<br></div>
<div style="background-color:transparent;" class=""> </div>
<div style="background-color:transparent;" class="">Cada indivíduo possui um par de cromossomos homólogos, que se mantêm juntos por<br></div>
<div style="background-color:transparent;" class="">ligações entre as bases A e T e ligações entre as bases C e G. A codificação das sequências ( SNPs)<br></div>
<div style="background-color:transparent;" class="">deve ser feita, portanto, do seguinte modo: Contando o alelo de interesse (no caso, A) e seu correspondente<br></div>
<div style="background-color:transparent;" class="">no
pareamento (T) em cada fita numa posição do genótipo, e atribuir 1 quando um <span style="background-color: transparent" class="highlight"><span style="font-size:12pt" class="size">dos dois (A ou T) ocorre e 0 se não ocorrem. Esta codificação resulta em:</span></span><br></div>
<div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:12pt;font-family:HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif;font-style:normal;background-color:transparent;" class=""> </div>
<div style="background-color:transparent;" class="">0 - CC, CG, GC, GG)P(0) = 4*PC elevado a 2<br></div>
<div style="background-color:transparent;" class="">1 - AC, AG, TC, TG, CA, GA, CT, GT)P(1) = 8*PA*PC<br></div>
<div style="background-color:transparent;" class=""> </div>
<div style="background-color:transparent;" class="">2 - AA, AT, TA, TT
)P(2) = 4*PA elevado a 2<br></div>
<div style="background-color:transparent;" class=""> </div>
<div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif;font-style:normal;background-color:transparent;" class="">Sendo assim, preciso utilizar estas informações matemáticas no R de modo a proceder a codificação. Alguém poderia me ajudar ? Desde já agradeço.<br></div>
<div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif;font-style:normal;background-color:transparent;" class=""> </div>
<div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif;font-style:normal;background-color:transparent;" class=""> </div>
<div style="color:rgb(0, 0,
 0);font-size:16px;font-family:HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif;font-style:normal;background-color:transparent;" class="">Att,<br></div>
<div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif;font-style:normal;background-color:transparent;" class=""> </div>
<div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif;font-style:normal;background-color:transparent;" class="">Giselle<br></div>
<div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif;font-style:normal;background-color:transparent;" class=""> </div>
<div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande',
 sans-serif;font-style:normal;background-color:transparent;" class=""> </div>
</div>
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<div>_______________________________________________<br></div>
<div>R-br mailing list<br></div>
<div><a style="" class="" href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br></div>
<div><a style="" class="" href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br></div>
<div>Leia o guia de postagem (<a style="" class="" href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br></div>
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<div>Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br></div>
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