<div dir="ltr">Obrigada Augusto Ribas!<div>Irei testar! </div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">Em 10 de agosto de 2014 21:50, <span dir="ltr"><<a href="mailto:r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br</a>></span> escreveu:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Enviar submissões para a lista de discussão R-br para<br>
<a href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
<br>
Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço<br>
<a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou<br>
corpo da mensagem para<br>
<a href="mailto:r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br">r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
<br>
Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo<br>
endereço<br>
<a href="mailto:r-br-owner@listas.c3sl.ufpr.br">r-br-owner@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
<br>
Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será<br>
mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."<br>
<br>
<br>
Tópicos de Hoje:<br>
<br>
1. Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - ajuda<br>
(Bianca Schindler)<br>
2. Re: Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - ajuda<br>
(Augusto Ribas)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Sun, 10 Aug 2014 20:42:47 -0300<br>
From: Bianca Schindler <<a href="mailto:bia.schindler@gmail.com">bia.schindler@gmail.com</a>><br>
To: <a href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
Subject: [R-br] Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - ajuda<br>
Message-ID:<br>
<<a href="mailto:CALu7XvYEsVkHt%2Bs2Er4LbB2w_y31MdBsfb733Mv-gooyAZBhMQ@mail.gmail.com">CALu7XvYEsVkHt+s2Er4LbB2w_y31MdBsfb733Mv-gooyAZBhMQ@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Olá pessoal!<br>
<br>
Meu nome é Bianca Schindler, sou mestranda em Engenharia Florestal pela<br>
UFSM.<br>
Estou tentando realizar uma PCA ou ACP (análise de componentes principais)<br>
com alguns dados da minha dissertação, porém no gráfico da ordenação os<br>
vetores que seriam os descritores estão muito aglomerados de forma que não<br>
é possível observá-los. Gostaria de expandir estes eixos para poder<br>
observar quais são os respectivos "descritores" dos "objetos". Neste caso,<br>
os dados que trabalho os descritores seriam constituintes químicos do óleo<br>
essencial e os objetos os órgãos vegetais de onde foram extraídos.<br>
<br>
O pacote utilizado é o "*stats*"<br>
O scrip utilizado segue abaixo:<br>
<br>
#Principal Components Analysis<br>
getwd()<br>
dir()<br>
dados=read.csv("dados.csv", h=T, row.names=1, sep=";")<br>
dados<br>
require(stats)<br>
prcomp(dados, scale = FALSE)<br>
plot(prcomp(dados))<br>
summary(prcomp(dados, scale = FALSE))<br>
biplot(prcomp(dados), col = c("black", "blue"), main="ACP - Análise de<br>
Componente Principais", xlab = "Componente 1(colocar a proporção da<br>
variância%)", ylab = "Componente 2 (colocar a proporção da variância%)")<br>
<br>
Em anexo segue a imagem da ordenação. Onde em azul são os vetores<br>
aglomerados (descritores), os quais quero expandir. As demais siglas são os<br>
objetos.<br>
<br>
Obs: Caso alguém precise dos dados, segue o link:<br>
<a href="http://www.datafilehost.com/d/29e3f3bc" target="_blank">http://www.datafilehost.com/d/29e3f3bc</a>.<br>
<br>
Agradeço a atenção e qualquer ajuda.<br>
<br>
Atenciosamente,<br>
<br>
Bianca Schindler.<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Bianca Schindler.<br>
Mestranda em Engenharia Florestal - UFSM.<br>
Laboratório de Extrativos Vegetais (LABEVE)<br>
Tel: <a href="tel:%2855%29%209661-7429" value="+15596617429">(55) 9661-7429</a>.<br>
-------------- Próxima Parte ----------<br>
Um anexo em HTML foi limpo...<br>
URL: <<a href="http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140810/4e9646a6/attachment-0001.html" target="_blank">http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140810/4e9646a6/attachment-0001.html</a>><br>
-------------- Próxima Parte ----------<br>
Um anexo não-texto foi limpo...<br>
Nome: Rplot.jpeg<br>
Tipo: image/jpeg<br>
Tamanho: 104234 bytes<br>
Descrição: não disponível<br>
URL: <<a href="http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140810/4e9646a6/attachment-0001.jpeg" target="_blank">http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140810/4e9646a6/attachment-0001.jpeg</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Sun, 10 Aug 2014 20:50:28 -0400<br>
From: Augusto Ribas <<a href="mailto:ribas.aca@gmail.com">ribas.aca@gmail.com</a>><br>
To: <a href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
Subject: Re: [R-br] Fwd: Análise de componentes principais (PCA) -<br>
ajuda<br>
Message-ID:<br>
<<a href="mailto:CACMkfRwc8wrxvvyGg_sub-zt0wbuzJ2f9Ab2OCt0mW-hE7GgQQ@mail.gmail.com">CACMkfRwc8wrxvvyGg_sub-zt0wbuzJ2f9Ab2OCt0mW-hE7GgQQ@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Ola Bianca, uma possibilidade seria usar algum tipo de transformação para<br>
os dados.<br>
Por exemplo, o pacote vegan do R tem uma função chamada decostand que tem<br>
um número de possibilidades comuns para essas transformações, usadas em<br>
comumente em ordenações. Segue dois exemplos que "desembolam" um pouco o<br>
seu gráfico.<br>
<br>
dados<-read.csv2("./Downloads/15C.csv",h=T, row.names=1,stringsAsFactors =F)<br>
dados<-apply(dados,2,as.numeric)<br>
str(dados)<br>
pca1<-princomp(dados)<br>
biplot(pca1)<br>
<br>
##############################<br>
library(vegan)<br>
pca2<-princomp(decostand(dados,"normalize",2))<br>
biplot(pca2)<br>
<br>
##################################<br>
pca3<-princomp(decostand(dados,"max",2))<br>
biplot(pca3)<br>
<br>
<br>
Mas seria importante dar uma boa olhada na literatura sobre transformações<br>
para ordenações, ja que elas tem muitas vezes um impacto sobre o que<br>
estamos vendo, o que muitas vezes é o nosso interesse, ja que os pontos<br>
ficarem aglomerados pode ser devido a escalas em que as medidas são feitas,<br>
por exemplo. Bem talvez alguém ainda tenha sugestões melhores, mas essas<br>
transformações podem ser uma boa possibilidade.<br>
<br>
<br>
Em 10 de agosto de 2014 19:42, Bianca Schindler <<a href="mailto:bia.schindler@gmail.com">bia.schindler@gmail.com</a>><br>
escreveu:<br>
<br>
> Olá pessoal!<br>
><br>
> Meu nome é Bianca Schindler, sou mestranda em Engenharia Florestal pela<br>
> UFSM.<br>
> Estou tentando realizar uma PCA ou ACP (análise de componentes principais)<br>
> com alguns dados da minha dissertação, porém no gráfico da ordenação os<br>
> vetores que seriam os descritores estão muito aglomerados de forma que não<br>
> é possível observá-los. Gostaria de expandir estes eixos para poder<br>
> observar quais são os respectivos "descritores" dos "objetos". Neste caso,<br>
> os dados que trabalho os descritores seriam constituintes químicos do óleo<br>
> essencial e os objetos os órgãos vegetais de onde foram extraídos.<br>
><br>
> O pacote utilizado é o "*stats*"<br>
> O scrip utilizado segue abaixo:<br>
><br>
> #Principal Components Analysis<br>
> getwd()<br>
> dir()<br>
> dados=read.csv("dados.csv", h=T, row.names=1, sep=";")<br>
> dados<br>
> require(stats)<br>
> prcomp(dados, scale = FALSE)<br>
> plot(prcomp(dados))<br>
> summary(prcomp(dados, scale = FALSE))<br>
> biplot(prcomp(dados), col = c("black", "blue"), main="ACP - Análise de<br>
> Componente Principais", xlab = "Componente 1(colocar a proporção da<br>
> variância%)", ylab = "Componente 2 (colocar a proporção da variância%)")<br>
><br>
> Em anexo segue a imagem da ordenação. Onde em azul são os vetores<br>
> aglomerados (descritores), os quais quero expandir. As demais siglas são os<br>
> objetos.<br>
><br>
> Obs: Caso alguém precise dos dados, segue o link:<br>
> <a href="http://www.datafilehost.com/d/29e3f3bc" target="_blank">http://www.datafilehost.com/d/29e3f3bc</a>.<br>
><br>
> Agradeço a atenção e qualquer ajuda.<br>
><br>
> Atenciosamente,<br>
><br>
> Bianca Schindler.<br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Bianca Schindler.<br>
> Mestranda em Engenharia Florestal - UFSM.<br>
> Laboratório de Extrativos Vegetais (LABEVE)<br>
> Tel: <a href="tel:%2855%29%209661-7429" value="+15596617429">(55) 9661-7429</a>.<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> R-br mailing list<br>
> <a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
> <a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
> Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça<br>
> código mínimo reproduzível.<br>
><br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Grato<br>
Augusto C. A. Ribas<br>
<br>
Site Pessoal: <a href="http://recologia.com.br/" target="_blank">http://recologia.com.br/</a> <<a href="http://augustoribas.heliohost.org" target="_blank">http://augustoribas.heliohost.org</a>><br>
Github: <a href="https://github.com/Squiercg" target="_blank">https://github.com/Squiercg</a><br>
Lattes: <a href="http://lattes.cnpq.br/7355685961127056" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/7355685961127056</a><br>
-------------- Próxima Parte ----------<br>
Um anexo em HTML foi limpo...<br>
URL: <<a href="http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140810/3e7b8fa3/attachment.html" target="_blank">http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140810/3e7b8fa3/attachment.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Subject: Legenda do Digest<br>
<br>
_______________________________________________<br>
R-br mailing list<br>
<a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
<a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Fim da Digest R-br, volume 44, assunto 11<br>
*****************************************<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><font>Bianca Schindler.<br>Mestranda em Engenharia Florestal - UFSM.<br>Laboratório de Extrativos Vegetais (LABEVE)<br>Tel: (55) 9661-7429.</font><br><div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%">
</div>
</div>