<div dir="ltr">Olá todos,<div><br></div><div>Gostaria de uma ajuda para plotar Principal Components Analysis (PCA) e clusters juntos.</div><div>Possuo dados ambientais de 25 locais espalhados em 5 diferentes ecossistemas que quando agrupados em 5 clusters, locais de ecossitemas diferentes se juntam no mesmo grupo. Logo, uma bagunça.<br>
Assim, quero plotar os 2 juntos (PCA e Clusters) de maneira que, locais pertencentes ao mesmo ecossistema possuam as mesmas CORES, e locais agrupados no mesmo cluster, possuam mesma FORMA. Por exemplo: <br>1 local da Floresta de Araucária e 1 local da Floresta Decidual (logo com cores diferentes azul e verde respectivamente) estão no mesmo cluster (logo, representados pela mesma figura, triângulo).</div>
<div><br></div><div>Como fazer essa combinação?</div><div>Abaixo segue os comandos que estou usando para fazer minhas combinação, no entanto. Nesse código, consigo juntar PCA e Cluster. no entanto sem diferenciar as cores de cada local de acordo com eu ecossistema.<br>
<br>#PCA<br>mydata.pca<-rda(mydata)<br clear="all"><div><div><div>#Cluster</div><div>mydata.w <- hclust(dist(Sqchord.mydata), "ward")</div><div>plot(mydata.w, hang=-1)</div><div>rect.hclust(mydata.w, 5)</div>
<br># Cut the dendrogram to yield 5 groups</div><div>gr <- cutree(mydata.w, k=5)</div><div>grl <- levels(factor(gr))<br><br><div># Get the site scores, scaling 1</div><div>sit.sc1 <- scores(mydata.pca, display="w", scaling=3)</div>
<br></div></div><div><div># Plot the sites with cluster symbols and colours (scaling 3)</div><div>p <- plot(mydata.pca,  display="wa", scaling=3, type="n", <br></div><div>          main="Mydata PCA and clusters")</div>
<div>abline(v=0, lty="dotted")</div><div>abline(h=0, lty="dotted")</div><div>for (i in 1:length(grl))</div><div>{  points(sit.sc1[gr==i,], pch=(14+i), cex=2.5, col=i+1)}</div><div>text(sit.sc1, row.names(Pre_euro_veg.1.all), cex=0.7, pos=3)</div>
</div><div><br></div><div><div># Add legend interactively</div><div>legend(locator(1), paste("Cluster", c(1:length(grl))), pch=14+c(1:length(grl)), </div><div>       col=1+c(1:length(grl)), pt.cex=2)<br><br></div>
</div><div>Desde já, agradeço por qualquer ajuda.<br><br>Jackson M. Rodrigues</div><div><br></div><div dir="ltr"><pre cols="72"><font face="'courier new', monospace">
</font><br></pre></div>
</div></div>