<div dir="ltr"><div>Giselle,</div><div><br></div><div>Faltou usar a primeira coluna como row.names....</div><div><br></div><div>Já atualizei o código que segue abaixo:</div><div><br></div><div><div><font face="courier new, monospace">### <BEGIN></font></div>
<div><font face="courier new, monospace">###</font></div><div><font face="courier new, monospace">browseURL('<a href="http://cran.r-project.org/web/packages/rrBLUP/vignettes/GS_tutorial.pdf">http://cran.r-project.org/web/packages/rrBLUP/vignettes/GS_tutorial.pdf</a>')</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">###</font></div><div><font face="courier new, monospace">setwd("C:/LAB/Tmp"); getwd()</font></div><div><font face="courier new, monospace">dURL   <- "<a href="https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s2.gz">https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s2.gz</a>"</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">gzFile <- strsplit(dURL, "/")[[1]][8]; gzFile</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font face="courier new, monospace">### fazendo o download</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">download.file(dURL, gzFile, mode='wb') </font></div><div><font face="courier new, monospace">### downloaded 4.3 Mb</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br>
</font></div><div><font face="courier new, monospace">### uma vez baixados, os arquivos comprimidos com bzip2, xvz, ou gzip podem </font></div><div><font face="courier new, monospace">### ser lidos diretamente com read.table()</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">GBS <- read.table(gzFile, sep=',', header=T, stringsAsFactors=F, row.names=1)</font></div><div><font face="courier new, monospace">dim(GBS)</font></div><div><font face="courier new, monospace">### [1] 41371   257</font></div>
<div><font face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font face="courier new, monospace">parse.GBS <- function(x) {</font></div><div><font face="courier new, monospace">   unique.x <- unique(x)</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">   alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))</font></div><div><font face="courier new, monospace">   y <- rep(0,length(x))</font></div><div><font face="courier new, monospace">   y[which(x==alleles[1])] <- -1</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">   y[which(x==alleles[2])] <- 1</font></div><div><font face="courier new, monospace">   y[which(x=="N")] <- NA</font></div><div><font face="courier new, monospace">   return(y)</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">}</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font face="courier new, monospace">X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)</font></div><div><font face="courier new, monospace">dim(X)</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">### [1]   254 41371</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font face="courier new, monospace">frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(<a href="http://is.na">is.na</a>(z)))/length(z)})</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">length(which(frac.missing<0.5))</font></div><div><font face="courier new, monospace">### [1] 16030</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font face="courier new, monospace">hist(frac.missing)</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">### OK!!!</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font face="courier new, monospace">### <END></font></div></div><br><div class="gmail_extra">
<br clear="all"><div><div dir="ltr">Éder Comunello <<a href="mailto:comunello.eder@gmail.com" target="_blank">c</a><a href="mailto:omunello.eder@gmail.com" target="_blank">omunello.eder@gmail.com</a>> <br>Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]<br>
</div></div>
<br><br><div class="gmail_quote"><br></div></div></div>