<p dir="ltr">O melhor, Giselle, é vc tornar uma amostra do seu arquivo disponível (mesmo que seja com valores trocados, etc). Eu usei como exemplo o arquivo que vc passou como referência no sei primeiro email. </p>
<div class="gmail_quote">On Nov 20, 2013 1:44 PM, "Giselle Davi" <<a href="mailto:giselle_davi@yahoo.com.br">giselle_davi@yahoo.com.br</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div><div style="font-size:12pt;font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif"><div><span>Isso foi a primeira coisa que conferi !!!! Olha só a saída:</span></div><div style="font-style:normal;font-size:16px;background-color:transparent;font-family:HelveticaNeue,'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,'Lucida Grande',sans-serif">
<span><br></span></div><div style="background-color:transparent"> Sys.setenv(HTTP_PROXY="http://giselle:selecaogenomic@2013@<a href="http://proxy.cnpms.embrapa.br:3128" target="_blank">proxy.cnpms.embrapa.br:3128</a>")</div>
<div style="background-color:transparent">> getwd()</div><div style="background-color:transparent">[1] "C:/GS_tutorial"</div><div style="background-color:transparent">> dir(getwd())</div><div style="background-color:transparent">
[1] "DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv"</div><div style="background-color:transparent">[2]
"DatasetS2_29SAWSN_gbs.txt"</div><div style="background-color:transparent">[3] "Geno_RRBLUP_All.txt" </div><div style="background-color:transparent">[4] "RData" </div>
<div style="background-color:transparent">> GBS = read.csv('DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)</div><div style="background-color:transparent">> parse.GBS <- function(x) {</div>
<div style="background-color:transparent">+ unique.x <- unique(x)</div><div style="background-color:transparent">+ alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))</div><div style="background-color:transparent">
+ y <- rep(0,length(x))</div><div style="background-color:transparent">+ y[which(x==alleles[1])] <- -1</div><div style="background-color:transparent">+ y[which(x==alleles[2])] <- 1</div><div style="background-color:transparent">
+ y[which(x=="N")] <- NA</div><div style="background-color:transparent">+ return(y)</div><div style="background-color:transparent">+ }</div><div style="background-color:transparent">> X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)</div>
<div style="background-color:transparent">> dim(X)</div><div style="background-color:transparent"><span></span></div><div style="background-color:transparent">NULL</div><div><br></div><div>E agora ???</div><div><br></div>
<div style="display:block"> <br> <br> <div style="font-family:HelveticaNeue,'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,'Lucida Grande',sans-serif;font-size:12pt"> <div style="font-family:HelveticaNeue,'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,'Lucida Grande',sans-serif;font-size:12pt">
<div dir="ltr"> <font face="Arial"> Em Quarta-feira, 20 de Novembro de 2013 13:31, Leandro Marino
<<a href="mailto:leandromarino@leandromarino.com.br" target="_blank">leandromarino@leandromarino.com.br</a>> escreveu:<br> </font> </div> <div><div><div><div dir="ltr"><div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(51,51,51)">
O problema está aqui: </div><div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(51,51,51)">
<br clear="none"></div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(51,51,51)"><span style="font-family:HelveticaNeue,'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,'Lucida Grande',sans-serif;font-size:16px;color:rgb(34,34,34)">cannot open file 'tpg12-06-0006-dataset-s2': No such file or directory</span></div>
</div>
<div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(51,51,51)"></div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(51,51,51)">
o arquivo não existe no local que está. </div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(51,51,51)"><br clear="none"></div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;font-size:small;color:rgb(51,51,51)">
veja o diretorio que vc está com getwd() e liste os arquivos do diretorio com dir(getwd()), você verá que não há nenhum arquivo com esse nome.</div><br clear="none"><br clear="all"><div><div dir="ltr"><div></div><table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" width="643" style="width:482pt;border-collapse:collapse">
<tbody><tr><td colspan="1" rowspan="1" width="154" style="width:115.55pt;padding:0cm 5.4pt">
<a rel="nofollow" shape="rect" href="http://www.showmetech.com.br/" target="_blank"><img src="http://dl.dropbox.com/u/15760623/image001.png"></a><br clear="none">
</td><td colspan="1" rowspan="1" valign="top" width="300" style="width:224.7pt;padding:0cm 5.4pt">
<div style="margin-bottom:0.0001pt"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10pt;font-family:'Trebuchet MS',sans-serif;color:rgb(228,108,10)">LEANDRO MARINO</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10pt;font-family:'Trebuchet MS',sans-serif;color:rgb(228,108,10)"> </span><span lang="EN-US" style="font-size:10pt;font-family:'Trebuchet MS',sans-serif;color:rgb(102,102,102)">| Showmetech<br clear="none">
</span><span lang="EN-US" style="font-size:10pt;font-family:'Trebuchet MS',sans-serif;color:rgb(127,127,127)">Estatístico | Fotógrafo<br clear="none">
Mobile: <a rel="nofollow" shape="rect"><span style="color:rgb(127,127,127)">55 21 9845-7707</span></a><br clear="none">
Email: <a rel="nofollow" shape="rect" href="mailto:contato@leandromarino.com.br" target="_blank"><span style="color:rgb(127,127,127)">contato@leandromarino.com.br</span></a><br clear="none">
Profiles SMT: </span><span style="font-size:10pt;font-family:'Trebuchet MS',sans-serif;color:rgb(127,127,127)"><a rel="nofollow" shape="rect" href="http://www.facebook.com/showmetech" target="_blank"><span lang="EN-US" style="color:rgb(127,127,127)">facebook</span></a></span><span lang="EN-US" style="font-size:10pt;font-family:'Trebuchet MS',sans-serif;color:rgb(127,127,127)"> | </span><span style="font-size:10pt;font-family:'Trebuchet MS',sans-serif;color:rgb(127,127,127)"><a rel="nofollow" shape="rect" href="http://www.twitter.com/showmetech" target="_blank"><span lang="EN-US" style="color:rgb(127,127,127)">twitter</span></a></span><span lang="EN-US" style="font-size:10pt;font-family:'Trebuchet MS',sans-serif;color:rgb(127,127,127)"> | <span style="color:rgb(127,127,127)"><a rel="nofollow" shape="rect" href="https://plus.google.com/115440786884851522659" target="_blank">Google+</a></span></span></div>
<div><br clear="none">
</div></td><td colspan="1" rowspan="1" width="189" style="width:5cm;padding:0cm 5.4pt"><div align="center" style="margin-bottom:0.0001pt;text-align:center"><a rel="nofollow" shape="rect" href="http://www.leandromarino.com.br/" target="_blank"><img src="http://dl.dropbox.com/u/15760623/LeandroMarino%20copy.png"></a><br clear="none">
</div></td></tr></tbody></table><div><br clear="none"></div></div></div><div>
</div></div></div></div></div><br><br></div> </div> </div> </div> </div></div></blockquote></div>