<div dir="ltr">use apenas:<div><br></div><div>GBS = read.csv('tpg12-06-0006-dataset-s2', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)<br></div><div><br></div><div>a razao deixo como exercicio p vc...</div><div><br></div><div>

b</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">Em 20 de novembro de 2013 11:37, Giselle Davi <span dir="ltr"><<a href="mailto:giselle_davi@yahoo.com.br" target="_blank">giselle_davi@yahoo.com.br</a>></span> escreveu:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="font-size:12pt;font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif"><div>

Prezados,</div><div><br></div><div style="background-color:transparent">estou tendo problemas em rodar a análise conforme manual do R: <span style="background-color:transparent">Genomic prediction with rrBLUP 4</span></div>

<div style="background-color:transparent">Jeffrey Endelman,<span style="background-color:transparent;font-size:12pt">June 15, 2013</span><span style="background-color:transparent;font-size:12pt"> . Ao rodar a análise igual ao solicitado no manual a dim (X) resulta em NULL . Vcs poderiam me ajudar a encontrar a dimensão correta desta matriz ??</span></div>

<div style="font-style:normal;font-size:12pt;background-color:transparent;font-family:HelveticaNeue,'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,'Lucida Grande',sans-serif"><span style="background-color:transparent;font-size:12pt"><br>

</span></div><div style="background-color:transparent">Aqui está o local indicado, conforme manual, de onde está a planilha de dados: <span style="background-color:transparent"><a href="https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s2.gz" target="_blank">https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s2.gz</a></span></div>

<div style="font-style:normal;font-size:16px;background-color:transparent;font-family:HelveticaNeue,'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,'Lucida Grande',sans-serif"><span style="background-color:transparent"><br>

</span></div><div style="background-color:transparent">OBS.: O nome do arquivo está diferente, pois na hora de baixar do mesmo site, o arquivo passa a ter o nome conforme indicado na rotina abaixo, porém é o mesmo arquivo com os mesmos dados.</div>

<div style="background-color:transparent"><br></div><div style="font-style:normal;font-size:16px;background-color:transparent;font-family:HelveticaNeue,'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,'Lucida Grande',sans-serif">

Abaixo segue a rotina:</div><div style="background-color:transparent">GBS <- read.csv("C:/GS_tutorial/DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv", sep=";", dec=",",header=TRUE)</div><div style="background-color:transparent">

parse.GBS <- function(x) {</div><div style="background-color:transparent">   unique.x <- unique(x)</div><div style="background-color:transparent">   alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))</div>

<div style="background-color:transparent">   y <- rep(0,length(x))</div><div style="background-color:transparent">   y[which(x==alleles[1])] <- -1</div><div style="background-color:transparent">   y[which(x==alleles[2])] <- 1</div>

<div style="background-color:transparent">   y[which(x=="N")] <- NA</div><div style="background-color:transparent">   return(y)</div><div style="background-color:transparent">}</div><div style="background-color:transparent">

X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)</div><div style="background-color:transparent">dim(X)</div><div style="background-color:transparent">frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(<a href="http://is.na" target="_blank">is.na</a>(z)))/length(z)})</div>

<div style="background-color:transparent">length(which(frac.missing<0.5))</div><div>hist(frac.missing)<br></div><div><br></div><div><br></div><div>Desde já agradeço. Att,</div><div><br></div><div>Giselle</div><div><br>

</div><div><br></div><div style="font-style:normal;font-size:16px;background-color:transparent;font-family:HelveticaNeue,'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,'Lucida Grande',sans-serif"><br></div></div></div>
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R-br mailing list<br>
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Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br></blockquote></div><br></div>