<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:12pt"><div>Prezados,</div><div><br></div><div style="background-color: transparent;">estou tendo problemas em rodar a análise conforme manual do R: <span style="background-color: transparent;">Genomic prediction with rrBLUP 4</span></div><div style="background-color: transparent;">Jeffrey Endelman,<span style="background-color: transparent; font-size: 12pt;">June 15, 2013</span><span style="background-color: transparent; font-size: 12pt;"> . Ao rodar a análise igual ao solicitado no manual a dim (X) resulta em NULL . Vcs poderiam me ajudar a encontrar a dimensão correta desta matriz ??</span></div><div style="background-color: transparent; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 12pt; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-style:
normal;"><span style="background-color: transparent; font-size: 12pt;"><br></span></div><div style="background-color: transparent;">Aqui está o local indicado, conforme manual, de onde está a planilha de dados: <span style="background-color: transparent;">https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s2.gz</span></div><div style="background-color: transparent; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-style: normal;"><span style="background-color: transparent;"><br></span></div><div style="background-color: transparent;">OBS.: O nome do arquivo está diferente, pois na hora de baixar do mesmo site, o arquivo passa a ter o nome conforme indicado na rotina abaixo, porém é o mesmo arquivo com os mesmos dados.</div><div style="background-color: transparent;"><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;
font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;">Abaixo segue a rotina:</div><div style="background-color: transparent;">GBS <- read.csv("C:/GS_tutorial/DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv", sep=";", dec=",",header=TRUE)</div><div style="background-color: transparent;">parse.GBS <- function(x) {</div><div style="background-color: transparent;"> unique.x <- unique(x)</div><div style="background-color: transparent;"> alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))</div><div style="background-color: transparent;"> y <- rep(0,length(x))</div><div style="background-color: transparent;"> y[which(x==alleles[1])] <- -1</div><div style="background-color: transparent;"> y[which(x==alleles[2])] <- 1</div><div style="background-color: transparent;"> y[which(x=="N")] <- NA</div><div
style="background-color: transparent;"> return(y)</div><div style="background-color: transparent;">}</div><div style="background-color: transparent;">X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)</div><div style="background-color: transparent;">dim(X)</div><div style="background-color: transparent;">frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(is.na(z)))/length(z)})</div><div style="background-color: transparent;">length(which(frac.missing<0.5))</div><div>hist(frac.missing)<br></div><div><br></div><div><br></div><div>Desde já agradeço. Att,</div><div><br></div><div>Giselle</div><div><br></div><div><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><br></div></div></body></html>