<div dir="ltr"><div>Bom dia!!</div><div> </div><div>Pessoal, ajustei um modelo utilizando a função pedigreemm (incorporando a informação do pedigree) e lmer (do pacote, lme4, sem o pedigree). Notei que os BLUps obtidos (via ranef) com a pedigreemm são maiores do que os obtidos com a lmer.</div>
<div> </div><div>A dúvida é que acredito que quando usamos a informação do pedigree, predizemos o <strong>Valor Genético Aditivo</strong> (<em>Breeding Values</em>). E quando não utilizamos a informação do pedigree, predizemos o <strong>Valor Genético Total</strong> (<em>incluindo os efeitos aditivos, dominância e epistático</em>), por isso esperava maiores valores dos BLUPs.</div>
<div> </div><div> </div><div>Será que alguém pode me esclarecer??</div><div> </div><div>Segue a rotina e dados em anexo:</div><div> </div><div><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt">#-----------------------------------------------------------------------------<br>
# EXEMPLO:<br># Variável analisada: Prod<br># Número de indivíduos no pedigree: 9<br># Número de indivíduos com informação fenotipica: 5<br># Número de bloco: 3<br># Número de corte: 2<br># Número de local: 3<br>#------------------------------------------------------------------------------</span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt">rm(list = ls())</span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal">
<span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt"></span> </p><span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt"><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal">
<span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt"></span> </p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt"><strong>1 - Com o pedigree</strong></span></p>
</span><span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt"><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><br><strong># reading pedigree file</strong></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal">
<br>dadped<-read.table("genealogia2.csv", head=T, sep=";", dec=",")</p></span><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal">
<span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt">head(dadped)<br>require(lme4)<br>require(pedigreemm)</span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt"></span> </p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt"><strong># Constructing pedigree</strong></span></p><span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt"><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal">
<br>pedCana <- pedigree(sire = as.integer(dadped$Dad),<br> dam = as.integer(dadped$Mon),<br> label= as.character(1:9))<br>fac <- relfactor(pedCana)<br>MpedCana <- crossprod(fac)</p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"> </p></span><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><font face="Times New Roman"><strong># reading phenotype file</strong></font></p>
<font face="Times New Roman"><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><br>dat2<-read.table("dados_sem_ascestrais.csv", head=T, sep=";", dec=",", na.strings="NA")<br>
head(dat2)<br>attach(dat2)</p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><br>Bloco1 <- factor(bloco)<br>Corte1 <- factor(corte)<br>Local1 <- factor(local)</p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal">
</p></font><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><font face="Times New Roman"><strong><font># <font face="arial,helvetica,sans-serif">fitting model with pedigree</font></font></strong></font></p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><font face="arial,helvetica,sans-serif"></font> </p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><font face="arial,helvetica,sans-serif">fm2 <- pedigreemm(Prod ~ (1|id) + Local1/Corte1 + (1|Local1/Bloco1), data = dat2, pedigree = list(id = pedCana))</font></p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><font face="Times New Roman"><br><font><font face="arial,helvetica,sans-serif">BLUP.a <- ranef(fm2)$id; BLUP.a <strong> # BLUPs dos efeitos genéticos aditivo</strong></font> </font></font></p>
<font face="Times New Roman"><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"> </p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"> </p><span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt"><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal">
</p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt"><strong>2 - Sem o pedigree</strong></span></p></span><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal">
</p></font><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt"><strong> # fitting model without pedigree</strong></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt"></span> </p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal">
<span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt">fm3 <-lmer(Prod ~ (1|id) + Local1/Corte1 + (1|Local1/Bloco1), data = dat2)</span></p><span style="font-family:"Arial","sans-serif";font-size:10pt"><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal">
<br>BLUP.g <- ranef(fm3)$id; BLUP.g <strong># BLUPs dos efeitos genéticos (aditivo + dominância + epistáticos)<br></strong></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal">data.frame(BLUP.g, BLUP.a) <strong># BLUPs dos efeitos genéticos e genéticos aditivo</strong></p>
</span><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"> </p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><strong>Resultados:</strong></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal">
<strong></strong> </p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><font face="Times New Roman"><strong>> fm2</strong><br>Linear mixed model fit by REML <br>Formula: Prod ~ (1 | id) + Local1/Corte1 + (1 | Local1/Bloco1) <br>
Data: dat2 <br> AIC BIC logLik deviance REMLdev<br> 764.3 789.3 -372.1 777.8 744.3<br> Random effects:<br> Groups Name Variance Std.Dev. <br> Bloco1:Local1 (Intercept) 1.0992e-13 3.3155e-07<br>
id (Intercept) 4.8287e+00 2.1974e+00<br> Local1 (Intercept) 3.0252e+01 5.5002e+00<br> Residual 3.3712e+02 1.8361e+01<br>Number of obs: 90, groups: Bloco1:Local1, 9; id, 5; Local1, 3</font></p>
<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><font face="Times New Roman"><br></font> </p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><font face="Times New Roman"><strong>> fm3</strong><br>
Linear mixed model fit by REML <br>Formula: Prod ~ (1 | id) + Local1/Corte1 + (1 | Local1/Bloco1) <br> Data: dat2 <br> AIC BIC logLik deviance REMLdev<br> 764.4 789.4 -372.2 777.8 744.4<br>Random effects:<br> Groups Name Variance Std.Dev. <br>
Bloco1:Local1 (Intercept) 1.1257e-17 3.3551e-09<br> id (Intercept) 1.3792e+00 1.1744e+00<br> Local1 (Intercept) 2.9551e+01 5.4361e+00<br> Residual 3.3926e+02 1.8419e+01<br>
Number of obs: 90, groups: Bloco1:Local1, 9; id, 5; Local1, 3</font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal"><font face="Times New Roman"></font> </p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0pt;line-height:normal">
<font face="Times New Roman"><strong>> data.frame(BLUP.g, BLUP.a)</strong><br> X.Intercept. X.Intercept..1<br>5 <font style="background-color:rgb(255,0,0)">0.04624036 0.4146977<br></font>6 -0.51780417 -1.1289438<br>
7 <a href="tel:0.30066464" target="_blank" value="+5530066464"><font color="#0066cc">0.30066464</font></a> 1.2858838<br>8 0.06359092 0.1372509<br>9 0.10730825 0.2615716</font><br>-- <br><span style="color:rgb(102,102,102)">=================================================</span><br style="color:rgb(102,102,102)">
<span style="color:rgb(102,102,102)">Edjane Gonçalves de Freitas</span><br style="color:rgb(102,102,102)"><span style="color:rgb(102,102,102)">Engenheira Agrônoma - UFAL</span><br style="color:rgb(102,102,102)"><span style="color:rgb(102,102,102)">Doutoranda - Lab. Genética e Estatística</span><br style="color:rgb(102,102,102)">
<font color="#888888" style="color:rgb(102,102,102)">Departamento de Genética e Melhoramento de Plantas - ESALQ/USP<br>Cel: (19) 8102-7790</font><br style="color:rgb(102,102,102)"><span style="color:rgb(102,102,102)">==================================================</span><br>
</p></div></div>