<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:10pt"><div><span>Paulo,<br></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.33px; font-family: "Arial"; background-color: transparent; font-style: normal;"><span><br></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.33px; font-family: "Arial"; background-color: transparent; font-style: normal;"><span>Creio que o problema de performance do seu seu código se deva ao crescimento do objeto</span> <font face="Courier New, courier, monaco, monospace, sans-serif">pctMaiorDepois</font><span>. Substitua a linha<br></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.33px; font-family: "Arial"; background-color: transparent; font-style: normal;"><span><br></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.33px; font-family: "Arial"; background-color: transparent; font-style:
normal;">
<font face="Courier New, courier, monaco, monospace, sans-serif">pctMaiorDepois<-NA
</font><span><br></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.33px; font-family: "Arial"; background-color: transparent; font-style: normal;"><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.33px; font-family: "Arial"; background-color: transparent; font-style: normal;">por</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.33px; font-family: "Arial"; background-color: transparent; font-style: normal;"><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.33px; font-family: "Arial"; background-color: transparent; font-style: normal;"> <font face="Courier New, courier, monaco, monospace, sans-serif">pctMaiorDepois <- vector('numeric', tam) </font></div><div><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.33px; font-family: "Arial"; background-color: transparent; font-style: normal;"><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.33px; font-family:
"Arial"; background-color: transparent; font-style: normal;"><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.33px; font-family: "Arial"; background-color: transparent; font-style: normal;">Att.,</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.33px; font-family: "Arial"; background-color: transparent; font-style: normal;">Rubem</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.33px; font-family: "Arial"; background-color: transparent; font-style: normal;"><br></div> <div style="font-size: 10pt; font-family: "arial", "helvetica", sans-serif;"> <div style="font-size: 12pt; font-family: "times new roman", "new york", "times", serif;"> <div dir="ltr"> <hr size="1"> <font size="2" face="Arial"> <b><span style="font-weight:bold;">De:</span></b> Paulo Nogueira Starzynski <paulons@gmail.com><br> <b><span style="font-weight: bold;">Para:</span></b>
R-BR <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> <br> <b><span style="font-weight: bold;">Enviadas:</span></b> Domingo, 1 de Setembro de 2013 12:22<br> <b><span style="font-weight: bold;">Assunto:</span></b> [R-br] Questão de performance em processamento<br> </font> </div> <div class="y_msg_container"><br><div id="yiv6309803791"><div dir="ltr">Senhores, <br><div>recorro a lista para buscar ajuda referente a uma questão de tempo de processamento no R.</div><div>Escrevi um código para realizar, basicamente, operação de contagem dentro de subvetores de um vetor maior. O problema é que a performance vai caindo conforme a tarefa é executada.</div>
<div><br></div><div>Tenho o vetor principal de dados: <b>vetor</b></div><div>Crio o vetor de diferenças vetor[i] - vetor[(i-1)]: <b>d</b></div><div><br></div><div>A tarefa é simples e consiste em avaliar, a partir da i-ésima posição do vetor principal, o subvetor que vai de (i+1) até (i+k), calculando a proporção de valores que são maiores que o valor anterior dentro desse subvetor. Faço a tarefa avaliando um subvetor de cada vez, reciclando o mesmo objeto chamado subVetorD.</div>
<div>O ponto é que a cada subvetor avaliado o processamento vai ficando mais lento e para vetores muito longos a performance fica muito prejudicada.</div><div>A questão é: porque perde performance e o que posso fazer a respeito?</div>
<div><br></div><div>Abaixo envio um CMR, que não o é de fato, porque o vetor principal contém apenas alguns registros, a caráter ilustrativo.</div><div>##########</div><div>length(vetor)<br></div><div><div>#[1] 1499855</div>
<div>head(vetor)<br>#[1] 39.2738 39.5016 39.5299 39.4839 39.4614 39.6217<br>summary(vetor)<br># Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. <br># 14.25 31.95 50.02 46.21 57.73 89.87 </div><div><span class="yiv6309803791" style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;line-height:16px;white-space:pre-wrap;border-spacing:0px;background-color:rgb(225,226,229);"><pre class="yiv6309803791" style="outline:none;border:none;margin-top:0px;margin-bottom:0px;line-height:1.2;font-size:10.4pt!important;white-space:pre-wrap!important;"><br></pre></span></div><div>#diferenças</div><div>d<-diff(vetor, lag=1)</div><div><br></div><div>k<-140</div><div>pctMaiorDepois<-NA</div><div>marcacoes<-NA</div><div>progress<-seq(2,(length(vetor)-k), by=10000)</div>
<div>tam<-(length(vetor)-k)</div><div>t1<-Sys.time()</div><div>for (i in 2:tam){</div><div> if (d[i-1] > 0) {</div><div> subVetorD<-d[(i+1):(i+k)]</div><div> pctMaiorDepois[i]<-sum(subVetorD>0)/k</div>
<div> }</div><div> if (any(i==progress)) {</div><div> t2<-Sys.time()</div><div> print(paste(round(i/tam,2), round(difftime(t2,t1,units="secs"),2)))</div><div> t1<-t2</div><div> }</div><div>}</div>
</div><div><br></div><div>A seguir está o resultado do print() acima, que parei em 70% do processamento completo, para mostrar como o tempo (em segundos) vai aumentando.<br></div><div>% processamento ; tempos em segundos </div>
<div><div>[1] "0 0.77"</div><div>[1] "0.01 0.24"</div><div>[1] "0.01 0.33"</div><div>[1] "0.02 0.42"</div><div>[1] "0.03 0.53"</div><div>[1] "0.03 0.64"</div><div>
[1] "0.04 0.73"</div><div>[1] "0.05 0.86"</div><div>[1] "0.05 0.94"</div><div>[1] "0.06 1.04"</div><div>[1] "0.07 1.21"</div><div>[1] "0.07 1.27"</div><div>[1] "0.08 1.38"</div>
<div>[1] "0.09 1.49"</div><div>[1] "0.09 1.61"</div><div>[1] "0.1 1.79"</div><div>[1] "0.11 1.92"</div><div>[1] "0.11 2.16"</div><div>[1] "0.12 2.5"</div><div>[1] "0.13 3.1"</div>
<div>[1] "0.13 3.14"</div><div>[1] "0.14 3.42"</div><div>[1] "0.15 3.53"</div><div>[1] "0.15 3.74"</div><div>[1] "0.16 3.88"</div><div>[1] "0.17 3.99"</div><div>
[1] "0.17 4.23"</div><div>[1] "0.18 4.45"</div><div>[1] "0.19 4.66"</div><div>[1] "0.19 4.96"</div><div>[1] "0.2 5.03"</div><div>[1] "0.21 5.06"</div><div>[1] "0.21 5.63"</div>
<div>[1] "0.22 6.23"</div><div>[1] "0.23 6.4"</div><div>[1] "0.23 6.2"</div><div>[1] "0.24 6.71"</div><div>[1] "0.25 6.76"</div><div>[1] "0.25 6.54"</div><div>[1] "0.26 6.5"</div>
<div>[1] "0.27 6.72"</div><div>[1] "0.27 6.67"</div><div>[1] "0.28 6.87"</div><div>[1] "0.29 7.04"</div><div>[1] "0.29 7.51"</div><div>[1] "0.3 7.69"</div><div>[1] "0.31 7.62"</div>
<div>[1] "0.31 7.54"</div><div>[1] "0.32 7.82"</div><div>[1] "0.33 8.16"</div><div>[1] "0.33 8.43"</div><div>[1] "0.34 8.99"</div><div>[1] "0.35 8.55"</div><div>
[1] "0.35 8.98"</div><div>[1] "0.36 8.99"</div><div>[1] "0.37 9.53"</div><div>[1] "0.37 10.09"</div><div>[1] "0.38 9.88"</div><div>[1] "0.39 9.78"</div><div>[1] "0.39 10.01"</div>
<div>[1] "0.4 9.66"</div><div>[1] "0.41 9.8"</div><div>[1] "0.41 10.14"</div><div>[1] "0.42 10.04"</div><div>[1] "0.43 10.81"</div><div>[1] "0.43 10.94"</div><div>
[1] "0.44 11.05"</div><div>[1] "0.45 11.64"</div><div>[1] "0.45 11.73"</div><div>[1] "0.46 11.7"</div><div>[1] "0.47 11.65"</div><div>[1] "0.47 11.63"</div><div>
[1] "0.48 11.68"</div><div>[1] "0.49 12.08"</div><div>[1] "0.49 12.34"</div><div>[1] "0.5 13.35"</div><div>[1] "0.51 13.66"</div><div>[1] "0.51 13.84"</div><div>
[1] "0.52 13.87"</div><div>[1] "0.53 14.94"</div><div>[1] "0.53 14.42"</div><div>[1] "0.54 14.71"</div><div>[1] "0.55 14.51"</div><div>[1] "0.55 13.72"</div><div>
[1] "0.56 14.7"</div><div>[1] "0.57 14.75"</div><div>[1] "0.57 13.83"</div><div>[1] "0.58 14.34"</div><div>[1] "0.59 15.11"</div><div>[1] "0.59 15.09"</div><div>
[1] "0.6 15.12"</div><div>[1] "0.61 16.49"</div><div>[1] "0.61 18.3"</div><div>[1] "0.62 17.77"</div><div>[1] "0.63 16.87"</div><div>[1] "0.63 16.17"</div><div>[1] "0.64 17.09"</div>
<div>[1] "0.65 17.04"</div><div>[1] "0.65 16.38"</div><div>[1] "0.66 15.84"</div><div>[1] "0.67 16.39"</div><div>[1] "0.67 16.6"</div><div>[1] "0.68 17.32"</div>
<div>[1] "0.69 17.05"</div><div>[1] "0.69 17.87"</div><div>[1] "0.7 18.27"</div></div><div><br></div><div><br></div><div>Abraços,</div><div>Paulo Nogueira Starzynski</div><div><br></div><div>
<br></div></div></div><br>_______________________________________________<br>R-br mailing list<br><a ymailto="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br" href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br><a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br><br></div> </div> </div> </div></body></html>