Mesmo com as correções o erro persiste na criação do PDF. Acho que estou cometendo um erro muito simples que não estou percebendo.<br><br>* checking examples ... OK<br>* checking PDF version of manual ... ERROR<br>Rd conversion errors:<br>
Warning: unknown option '-'<br>Warning in file(con, "r") :<br> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or directory<br>Error in file(con, "r") : cannot open the connection<br>
<br><div class="gmail_extra"><br clear="all">[ ],<br>Pedro Rafael Diniz Marinho.<br>
<br><br><div class="gmail_quote">Em 15 de novembro de 2012 11:30, Pedro Rafael <span dir="ltr"><<a href="mailto:pedro.rafael.marinho@gmail.com" target="_blank">pedro.rafael.marinho@gmail.com</a>></span> escreveu:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">O arquivo 00install.out que é criado após darmos um check apresentou as seguintes informações. O arquivo prdm.Rd mudei um pouco porque estava faltando uma chave fechando o tópico de exemplos e esta anexado. Obrigado pela ajuda.<br>
<br><br>* installing *source* package ‘PRDM’ ...<br>** R<br>** preparing package for lazy loading<br>** help<br>Aviso: /home/pedro/Documentos/MESTRADO - UFPE/Análise de Sobrevivência/Artigo_Gauss_Pedro_Cicero/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM/man/PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section<br>
Aviso: /home/pedro/Documentos/MESTRADO - UFPE/Análise de Sobrevivência/Artigo_Gauss_Pedro_Cicero/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM/man/PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section<br>*** installing help indices<br>
** building package indices<br>** testing if installed package can be loaded<br><br>* DONE (PRDM)<br><div class="gmail_extra"><div class="im"><br clear="all">[ ],<br>Pedro Rafael Diniz Marinho.<br>
<br><br></div><div class="gmail_quote">Em 15 de novembro de 2012 11:24, Pedro Rafael <span dir="ltr"><<a href="mailto:pedro.rafael.marinho@gmail.com" target="_blank">pedro.rafael.marinho@gmail.com</a>></span> escreveu:<div>
<div class="h5"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Olá <span name="Tiago de Souza [via R-br]">Tiago de Souza como vai? Obrigado pela ajuda. No arquivo .Rd que você me enviou está ocorrendo o erro que segue:<br>
<br>* checking examples ... ERROR<br>Running examples in ‘PRDM-Ex.R’ failed<br>
The error most likely occurred in:<br><br>> ### Name: prdm<br>> ### Title: Meu Pacote<br>> ### Aliases: prdm<br>> <br>> ### ** Examples<br>> <br>> fdp<- #defina o quem e esta variavel<br>+ fda<- #defina o quem e esta variavel<br>
+ chuetes<- #defina o quem e esta variavel<br>+ dados<- #defina qual o conjunto de dados<br>+ prdm(fdp, fda, chutes, dados, method = "Nelder-Mead")<br>Error in optim(chutes, fn = vero, x = dados, control = list(maxit = 50000), : <br>
object 'chutes' not found<br>Calls: prdm -> optim<br>Execution halted<br><br>Você acredita que o erro estava no exemplo?<br><br></span><div class="gmail_extra"><div><br clear="all">[ ],<br>Pedro Rafael Diniz Marinho.<br>
<br><br></div><div class="gmail_quote">Em 15 de novembro de 2012 10:02, Tiago de Souza [via R-br] <span dir="ltr"><<a href="mailto:ml-node+s2285057n4657020h97@n4.nabble.com" target="_blank">ml-node+s2285057n4657020h97@n4.nabble.com</a>></span> escreveu:<div>
<div><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
Pedro, fiz algumas alterações no tópico <font face="Courier New">arguments</font> da uma olhada para ver se você concorda. Deixei algumas instruções no tópico <span style="font-family:'Courier New'">examples </span>caso o problema persista me envie este arquivo com as variáveis fdp, fda, chutes e dados definidas no tópico <span style="font-family:'Courier New'">examples</span> e eu posso tentar te ajudar.<div>
<br></div><div>Att.</div><div><br></div><div>Tiago.<br><div><br></div><div> <br><br><div><div></div><hr>Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:42 -0300<div><br>From: <a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=0" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a><br>
To: <a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=1" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a><br>Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.<br><br></div><div>
Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro. <br><br><br><br>Obrigado.<br><br><br><br></div><div><div><br clear="all">[ ],<br>Pedro Rafael Diniz Marinho.<br>
<br><br></div><div>Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael <span dir="ltr"><<a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=2" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a>></span> escreveu:<br>
<blockquote style="border-left:2px solid #cccccc;padding:0 1em"><div>No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal. Será que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada?<br>
<br><br>Obrigado.<br></div><div><div><div><br clear="all">[ ],<br>Pedro Rafael Diniz Marinho.<br>
<br><br></div></div><div>Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] <span dir="ltr"><<a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=3" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a>></span> escreveu:<div>
<div><div>
<div><br>
<blockquote style="border-left:2px solid #cccccc;padding:0 1em">
<div dir="ltr">
Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?<div><br></div><div>Att.</div><div><br></div><div>Tiago.<br><br><div><div></div><hr>Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200<div><div><br>From: <a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=0" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a><br>
To: <a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=1" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a><br>Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.<br><br>
<div>No Windows tem que instalar o rutil
recomendado para a versão do R que estamos usando.<br>
<br>
Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que
encontrei quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não
localizar todos os 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.<br>
<pre>[]s
Leonard de Assis
<a href="http://about.me/ldeassis" rel="nofollow" link="external" target="_blank">http://about.me/ldeassis</a></pre>
Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:<br>
</div>
<blockquote style="border-left:2px solid #cccccc;padding:0 1em">
<div dir="ltr">
Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No
meu caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser
gerado (<font face="Courier New">R CMD Rd2pdf</font>) uma
mensagem de erro e retornada informando uma versão antiga do
MikTex que eu não estou usando.
<div><br>
</div>
<div>Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo
de instalação do pacote (<font face="Courier New">R CMD
INSTALL</font>) ? Caso isso tenha ocorrido este pode ter
sido o problema, em função de algum erro na edição do
arquivo.Rd. Observe que foi retornado pra você um <span style="font-size:10pt"> </span><span style="font-size:10pt">WARNING no check dos arquivos.Rd com </span><span style="font-size:10pt">algumas mensagens de erro.</span></div>
<div><span style="font-size:10pt"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">Espero ter te ajudado.</span></div>
<div><span style="font-size:10pt"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">Att.</span></div>
<div><span style="font-size:10pt"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size:10pt">Tiago. </span></div>
<div><br>
<div>
<hr>Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300<br>
From: <a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=2" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a><br>
To: <a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=3" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a><br>
Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.<br>
<br>
Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o
seguinte erro na hora de dar o check. Consigo gerar o
arquivo tar.gz mas o pdf da documentação não é criado.
Alguém saberia me informar onde estaria o erro?<br>
<br>
OBS: Estou em uma máquina Linux.<br>
<br>
* using log directory
‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’<br>
* using R version 2.15.1 (2012-06-22)<br>
* using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)<br>
* using session charset: UTF-8<br>
* checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK<br>
* checking extension type ... Package<br>
* this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’<br>
* checking package namespace information ... OK<br>
* checking package dependencies ... OK<br>
* checking if this is a source package ... OK<br>
* checking if there is a namespace ... OK<br>
* checking for executable files ... OK<br>
* checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK<br>
* checking installed package size ... OK<br>
* checking package directory ... OK<br>
* checking for portable file names ... OK<br>
* checking for sufficient/correct file permissions ... OK<br>
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK<br>
* checking top-level files ... OK<br>
* checking index information ... OK<br>
* checking package subdirectories ... OK<br>
* checking R files for non-ASCII characters ... OK<br>
* checking R files for syntax errors ... OK<br>
* checking whether the package can be loaded ... OK<br>
* checking whether the package can be loaded with stated
dependencies ... OK<br>
* checking whether the package can be unloaded cleanly ...
OK<br>
* checking whether the namespace can be loaded with stated
dependencies ... OK<br>
* checking whether the namespace can be unloaded cleanly ...
OK<br>
* checking for unstated dependencies in R code ... OK<br>
* checking S3 generic/method consistency ... OK<br>
* checking replacement functions ... OK<br>
* checking foreign function calls ... OK<br>
* checking R code for possible problems ... OK<br>
* checking Rd files ... WARNING<br>
prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a
section<br>
prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a
section<br>
prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value<br>
* checking Rd metadata ... OK<br>
* checking Rd cross-references ... OK<br>
* checking for missing documentation entries ... OK<br>
* checking for code/documentation mismatches ... OK<br>
* checking Rd \usage sections ... OK<br>
* checking Rd contents ... OK<br>
* checking for unstated dependencies in examples ... OK<br>
* checking examples ... OK<br>
* checking PDF version of manual ... ERROR<br>
Rd conversion errors:<br>
Warning: unknown option '-'<br>
Warning in file(con, "r") :<br>
cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No
such file or directory<br>
Error in file(con, "r") : cannot open the connection<br>
<br>
<div>
<br clear="all">
[ ],<br>
Pedro Rafael Diniz Marinho.<br>
<br>
<br>
<div>Em 14 de novembro de 2012
20:43, Pedro Rafael <span dir="ltr"><<a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=4" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a>></span>
escreveu:<br>
<blockquote style="border-left:2px solid #cccccc;padding:0 1em">Grande
Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas
informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca
contribui ou publiquei meus códigos. Estava vendo que
a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não
acho muito interessante porque quem quiser pode vender
o código. Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é
se uma pessoa poderá desmanchar algum código que fiz
ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome
dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no
R que foi feito por uma pessoa e depois de um tempo
parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e
reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores
antigos e depois muita luta o nome dessas pessoas
permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre com
certa frequência? Existe alguma periodicidade de
manutenção do pacote que deve ser respeitada? <br>
<div>
<div><br clear="all">
[ ],<br>
Pedro Rafael Diniz Marinho.<br>
<br>
<br>
</div>
<div>Em 14 de novembro de
2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <span dir="ltr"><<a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=5" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden email]</a>></span>
escreveu:
<div>
<div><br>
<blockquote style="border-left:2px solid #cccccc;padding:0 1em">
<div> <br>
<br>
On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
<br>
<br>
> Pessoal, digamos que faço um pacote
para o R. Como funciona o professo de
submissão?
<br>
<br>
</div>
1. Leia atentamente o manual "Writing R
extensions" que descreve isto em <br>
detalhes.
<br>
<br>
2 certifique-se que voce testou o seu pacote
:
<br>
<br>
R CMD check SEU_PACOTE
<br>
<br>
e corrija todos os eventuais problemas
<br>
<div><br>
> Digamos que eu submeta um pacote
"meu_pacote" e depois queira
<br>
> fazer modificações no mesmo. Para
acrescentar essas modificações eu tenho
que submeter novamente o pacote com o
mesmo nome para que as atualizações
<br>
> fiquem disponíveis?
<br>
<br>
</div>
Sim. Para isto voce alter a numero da versao
no arquivo DESCRIPTION
<br>
<div><br>
> <br>
> Outra dúvida que tenho é sobre a
segurança que tenho que meu pacote não
seja modificado. Qualquer pessoa pode
pegar esse pacote e alterar ele
<br>
> completamente sem nenhuma permissão
minha ou qualquer modificação tem que ser
acompanhada por intermédio da pessoa que
submeteu o pacote pela primeira
<br>
> vez?
<br>
>
<br>
<br>
</div>
Bem vindo ao Universo do Software livre
<br>
<br>
Note que se voce quiser voce pode baixar os
fontes do R e mudar o que <br>
quiser
<br>
<br>
Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce
define a licenca.
<br>
Leia sobre licxancas GPL e análogas
<br>
<br>
Minha sugestao: internalize completamente o
conceito de software livre e <br>
livre-se destas preocupacoes
<br>
<div><br>
> <br>
> São dúvidas bestas mas que nunca
entendi direito.
<br>
<br>
</div>
Nao sao somente suas.
<br>
Não é por acaso que há uma diversidade de
tipos de licensas, não sem <br>
controvérsias!
<br>
<div><br>
> <br>
> Obrigado à todos.
<br>
> [ ],
<br>
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
<br>
> <br>
> <br>
><br>
</div>
_______________________________________________
<br>
R-br mailing list
<br>
<a href="http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0" rel="nofollow" link="external" target="_blank">[hidden
email]</a>
<br>
<a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" rel="nofollow" link="external" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" rel="nofollow" link="external" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>)
e forneça código mínimo reproduzível. <br>
<br>
<hr color="#cccccc" size="1">
<div>
<div style="font-weight:bold">If you reply
to this email, your message will be
added to the discussion below:</div>
<a href="http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657009.html" rel="nofollow" link="external" target="_blank">http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657009.html</a>
</div>
<div>
To unsubscribe from R-br, <a rel="nofollow" link="external">click here</a>.<br>
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</blockquote>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
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Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" rel="nofollow" link="external" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e
forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.</div>
</div>
</div>
<br>
<fieldset></fieldset>
<br>
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Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" rel="nofollow" link="external" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.</pre>
</blockquote>
<br>
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Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" rel="nofollow" link="external" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.</div></div></div></div> </div>
<div><div>
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<br>
<br>
<hr color="#cccccc" noshade size="1">
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</div></div></div></blockquote></div></div></div></div></div><br></div>
</blockquote></div><br></div><div><div>
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<br>
<br>
<hr color="#cccccc" noshade size="1">
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