Walmes,<div>Obrigado pela explicação, mais creio que possa não ter sido claro em minha descrição, não tenho bloco dentro dos locais, são os locais o meu "Bloco". Se eu não repetir essas cultivar dentro dos locais eu não tenho a possibilidade de estimar a variância dentro do local.</div>
<div>Minha maior duvida e sobre a codificação das repetições que se colocando 2 e 1, como se fosse rep 1 e 2 isso estaria correto.</div><div><br></div><div>dados <- expand.grid(Variedade=factor(c(letters[1:3],letters[1:5])),Local=factor(1:NL))</div>
<div>dados$Rep <-(rep(c(2,2,2,1,1,1,1,1),t=NL))</div><div>dados$Resp <- sort(rnorm(nrow(dados)))+10</div><div><br></div><div>desta forma minha duvida vem mais em saber se o modelo declarado desta forma: <br><div>m1 <- lmer(Resp~1+(Rep|Local)+(1|Variedade),dados)<br>
esta estimando os componentes de forma correta.</div><div>Então a grande questão é como declarar a Rep.</div><div>Obrigado</div><div><br><div class="gmail_quote">Em 20 de outubro de 2012 20:59, Walmes Zeviani <span dir="ltr"><<a href="mailto:walmeszeviani@gmail.com" target="_blank">walmeszeviani@gmail.com</a>></span> escreveu:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><font face="trebuchet ms,sans-serif">Éder,</font></div><div><font face="trebuchet ms,sans-serif"><br></font></div>
<div><font face="trebuchet ms,sans-serif">Na simulação faltou o efeito de bloco. Bem, nas formulas para efeito aleatório da nlme e lme4 nos temos que declarar usando termos que vão antes de depois da barra em pé | (pipe). Antes da barra nos colocamos um fator de efeito fixo e após um de efeito aleatório. Assim, essas expecificações tem a seguinte interpretação</font></div>
<div><font face="trebuchet ms,sans-serif"><br></font></div><div><font face="trebuchet ms,sans-serif">* (1|local) : 1 representa o parâmetro beta_0 ou intercepto e com isso dizemos que os níveis de local são de efeito aleatório e incidem no intercepto, ou seja, esses desvios somam-se ao intercepto e existe um para cada nível de local;</font></div>
<div><font face="trebuchet ms,sans-serif">* (1|local)+(x|local) : considerando x numérico (ex: dose, tempo) estamos dizendo que o efeito aleatório de local incide em b_0 e b_1 que o coeficiente angular, taxa de incremento por unidade de x, e isso é o modelo de intercepto e inclinação aleatório, note que x tem efeito fixo.</font></div>
<div><span style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif">* (1|local)+(trat|local): considerando trat como fator, isso significa que o efeito aleatório de local causa desvios em cada um dos parâmetros associados aos níveis de trat (efeito fixo). Dificilmente você ira declarar uma formular com um fator antes do pipe, aqui será estimado uma variância para bloco dentro de cada nível de trat, pouco usado. Na prática poderia-se ter (ano|local), que significa que para ano o efeito de local tem uma variância diferente (demora bastante para estimar). </span></div>
<div><span style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif">* (1|local:bloco): com isso você declara que existe uma fonte de variação cujos níveis são as combinações (produto cartesiano) dos níveis dos fatores envolvidos e que o efeito deste incide no intercepto.</span></div>
<div><span style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif"><br></span></div><div><span style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif">Bem, com isso o termo que você incluiu </span><span style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;font-family:arial,sans-serif">(0+Rep|Local) não tem sentido olhando para sua descrição do experimento, embora coisas sejam estimadas. Na realidade, se você repete níveis de um fator dentro do bloco você aumenta a precisão na estimativa daqueles repetidos e aumenta a informação para estimação do erro resídual. Você não precisa declarar essa fonte de variação, ela "sai por diferença". Como é o ultimo termo de efeito aleatório (que todo modelo tem) não precisa ser declarado. Então acredito que você não esteja definindo corretamente o modelo que você descreveu. Se você muda a estrutura do efeito aleatório algum impacto terá nas estimativas dos efeitos fixos, por isso que m0 e m1 diferem. No CMR abaixo eu simulo do modelo que entendi da sua descrição e faço ajustes de alguns modelos alternativos.</span></div>
<div><span style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;font-family:arial,sans-serif"><br></span></div><div><span style><div><font color="#222222" face="courier new, monospace">#------------------------------------------------------------------------------------------</font></div>
<div><font color="#222222" face="courier new, monospace"># Experimento com efeito de locais, locais/bloco e variedade</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace"># dados artificiais (usando muitos níveis para estimativas ficarem próximas dos valores</font></div>
<div><font color="#222222" face="courier new, monospace"># usados na simulação, facilita depuração)</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace">nl <- 20; nb <- 5; nc <- 12; nr <- 3; nu <- nc+nr</font></div>
<div><font color="#222222" face="courier new, monospace"># efeito de local ~N(0, 2), 20 locais</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace">l <- rnorm(nl, 0, 2)</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace"># efeito de local/bloco ~N(0, 1), 5 blocos por local</font></div>
<div><font color="#222222" face="courier new, monospace">lb <- rnorm(nl*nb, 0, 1)</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace"># efeito de local/bloco/unidade ~N(0, 0.5), 8 unidades por bloco</font></div>
<div><font color="#222222" face="courier new, monospace">lbu <- rnorm(nl*nb*nu, 0, 0.5)</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace"># efeito de cultivar ~N(0, 1.5), 5 cultivares</font></div><div>
<font color="#222222" face="courier new, monospace">c <- rnorm(nc, 0, 1.5)</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace">da1 <- expand.grid(ano=gl(2,1), local=gl(nl,1), bloco=gl(nb,1), cultivar=gl(nc,1), r=1)</font></div>
<div><font color="#222222" face="courier new, monospace">da2 <- expand.grid(ano=gl(2,1), local=gl(nl,1), bloco=gl(nb,1), cultivar=gl(nr,1), r=2)</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace">da <- rbind(da1, da2)</font></div>
<div><font color="#222222" face="courier new, monospace">Z <- with(da, cbind(model.matrix(~-1+local),</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace"> model.matrix(~-1+local:bloco),</font></div>
<div><font color="#222222" face="courier new, monospace"> model.matrix(~-1+cultivar)))</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace">dim(Z)</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace">ranef <- c(l, lb, c)</font></div>
<div><font color="#222222" face="courier new, monospace">length(ranef)</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace">X <- model.matrix(~ano, da)</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace">y <- X%*%c(1,0)+Z%*%ranef+lbu</font></div>
<div><font color="#222222" face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace">require(lme4)</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace"><br></font></div>
<div><font color="#222222" face="courier new, monospace"># modelo declarado é o mesmo usado para simular</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace">m0 <- lmer(y~ano+(1|local)+(1|local:bloco)+(1|cultivar), data=da)</font></div>
<div><font color="#222222" face="courier new, monospace">summary(m0)</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace"># local fixo, bloco dentro de local e cultivar aleatório</font></div>
<div><font color="#222222" face="courier new, monospace">m1 <- lmer(y~ano+local+(1|local:bloco)+(1|cultivar), data=da)</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace">summary(m1)</font></div><div>
<font color="#222222" face="courier new, monospace"><br>
</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace"># cultivar fixo, bloco dentro de local aleatório</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace">m2 <- lmer(y~ano+cultivar+(1|local/bloco), data=da) # local/bloco = local+local:bloco</font></div>
<div><font color="#222222" face="courier new, monospace">summary(m2) # cultivares mais repetidas, 1:3, tem menor erro padrão</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace"># efeito de local/bloco com variâncias diferentes nos anos (omiti o outros efeitos)</font></div>
<div><font color="#222222" face="courier new, monospace">m3 <- lmer(y~(ano|local/local), data=da)</font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace">summary(m3) # cultivares mais repetidas, 1:3, tem menor erro padrão</font></div>
<div><font color="#222222" face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font color="#222222" face="courier new, monospace">#------------------------------------------------------------------------------------------</font></div>
<div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">À disposição.</div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
Walmes.</div></span></div><div><br></div><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">==========================================================================</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">
<span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Walmes Marques Zeviani</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">
<span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">
<span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">fone: <a href="tel:%28%2B55%29%2041%203361%203573" value="+554133613573" target="_blank">(+55) 41 3361 3573</a></span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">VoIP: (3361 3600) 1053 1173</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">
<span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">e-mail: <a href="mailto:walmes@ufpr.br" target="_blank">walmes@ufpr.br</a><br>skype: walmeszeviani<br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"></span><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">twitter: @walmeszeviani</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">
<span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">homepage: <a href="http://www.leg.ufpr.br/%7Ewalmes" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/~walmes</a></span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">linux user number: 531218</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">
<span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">==========================================================================</span><br>
<br><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">2012/10/20 tiago souza marçal <span dir="ltr"><<a href="mailto:tiagosouzamarcal@hotmail.com" target="_blank">tiagosouzamarcal@hotmail.com</a>></span><br></div></div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5">
<div><div dir="ltr">
Não sei se eu entendi bem mas a sua duvida é saber qual dos modelos abaixo usar?<div><br></div><div>Yijk = m + Gi + B/Ajk + Aj + GAij + Eijk</div><div><br></div><div>Yijk = m + Gi + Bk + Aj + GAij + Eijk</div><div><br></div>
<div>Att.</div><div><br></div><div>Tiago.<br><br><div><div></div><hr>Date: Sat, 20 Oct 2012 15:36:31 -0300<br>From: <a href="mailto:eder@leg.ufpr.br" target="_blank">eder@leg.ufpr.br</a><br>To: <a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
Subject: Re: [R-br] Blocos com algumas repetições do material<div><div><br><br><div><br><blockquote style="border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>Boa tarde Pessoal,</div><div><br></div><div>Tenho experimentos em blocos(Locais) e dentro deles gostaria de por algumas de repetições de alguns tratamentos para estimar a variância dentro do bloco, que desconfio ser grande. Por exemplo, tenho 5 Cultivares gostaria de repetir 3 delas dentro do bloco, tendo ao todo 8 parcelas, o ideal seria ter uma repetição de tudo, porem na pratica isso não é possível. </div>
<div>Minhas duvidas são:</div><div>1) Estou definindo de maneira correta essas repetições dentro do modelo?</div><div>2) Como o método de calculo dos dois modelos abaixo é igual para os efeitos fixos, por que o intercepto esta com valores diferentes?</div>
<div>3) Neste dois casos(m0 e m1, abaixo) o BLUP seria a média mais o efeito da cultivar? </div><div>Obrigado pela ajuda</div><div><br></div><div>require(lme4)</div><div>### Simulando dados</div><div>dados <- expand.grid(Variedade=factor(c(letters[1:3],letters[1:5])),Local=factor(1:5))</div>
<div>dados$Rep <- factor(rep(c(2,2,2,1,1,1,1,1),t=5))</div><div>dados$Resp <- sort(rnorm(nrow(dados)))</div><div>dados</div><div><br></div><div>### Modelos</div><div># Sem efeito dentro do local</div><div>m0 <- lmer(Resp~1+(1|Local)+(1|Variedade),dados)</div>
<div>summary(m0)</div><div>ranef(m0)</div><div># Com efeito dentro do local</div><div>m1 <- lmer(Resp~1+(0+Rep|Local)+(1|Variedade),dados)</div><div>summary(m1)</div><div>ranef(m1)</div></blockquote></div>
<br></div></div>_______________________________________________
R-br mailing list
<a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>
<a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a>
Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.</div></div> </div></div>
<br>_______________________________________________<br>
R-br mailing list<br>
<a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
<a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br></div></div>
Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br></blockquote></div><br>
<br>_______________________________________________<br>
R-br mailing list<br>
<a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
<a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br></blockquote></div><br></div></div>