<div>Prezados,</div>Desculpem a falta de informaçao na minha pergunta. Sou novata no uso do R e também nesta lista. <div><div>Abaixo tento esclarecer o design, o CMR e as minhas perguntas:</div><div><br></div><div><b>O experimento:</b> Em 11 capoeiras com diferentes espécies dominantes (6 dominadas por Vismia e 5 dominadas por Cecropia, variavel categórica = Standtype, com dois niveis: Vismia , Cecropia ) e idades diferentes (covariavel = age), foi alocada uma parcela (numero da parcela = num) subdividida em dois tratamentos pareados de abertura de dossel: tratamento (retirada de 35% da área basal) e controle (sem manipulaçao do dossel) (variavel categórica = treat, com dois niveis trat e control). Dentro de cada subparcela (tratamento e controle) foram plantadas 45 mudas de 2 espécies diferentes (variavel categórica = spp, com 2 niveis). Foi medida a altura das plantulas ao longo do tempo,mas aqui eu uso apenas a taxa de crescimento relativo como variável resposta (variável continua = RGR). Foi medida também a quantidade de luz sobre cada plantula (covariavel = light). </div>
<div>Cada plantula recebeu uma numeraçao (variavel=seedlingID). </div><div><br></div><div>As plantulas (seedlingID) foram alocadas aleatoriamente através de sorteio dentro dos tratamentos (treat) que estão pareados dentro de parcela (num). Portanto, acredito que tenho que incluir cada plantula (seedlingID) dentro de tratamento (treat) e este dentro de parcela (num) (random=~ 1|num/treat/seedlingID). </div>
<div><br></div><div>Sobre qual funçao usar, eu vi que posso usar tanto a lme do pacote nlme ou a lmer do pacote lme4, mas não sei qual seria mais indicada neste caso. </div><div><br></div><div><b>A função: </b></div><div>
pacote: nlme</div><div><div>seedlings<-read.table("seedlings.txt", header=TRUE)  # Eu coloquei uma parte um exemplo de conjunto de dados em: (<a href="http://www.datafilehost.com/download-de5a4ab5.html">http://www.datafilehost.com/download-de5a4ab5.html</a>)</div>
</div><div><br></div><div><div>library(nlme)</div><div>ancovaRGR<-lme(RGR~Standtype + treat + spp + age + light + Standtype* treat *spp *age + Standtype* treat *spp *light, data = seedlings, random = ~ 1|num/treat/seedlingID)</div>
<div>summary(ancovaRGR)  </div><div><br></div><div># Coloquei o meu output em: <a href="http://www.datafilehost.com/download-dfed6735.html">http://www.datafilehost.com/download-dfed6735.html</a>. Vejam que no output não tem uma tabela de </div>
<div># ancova, como eu esperaria. E a tabela de resultados mostra por exemplo StandtypeVismia (que é o nome da variável junto ao</div><div># nome de um dos niveis desta vairavel) ao invés do nome da variável Standtype simplesmente. Da mesma forma ele mostra o </div>
<div># resultado para spp como sppmogno e sppandiroba ao invés de dar o resultado para spp. </div></div><div><br></div><div><br></div><div>Como o conjunto de dados e o output sao grandes, coloquei-os como txt no site especificado acima. Não estou enviando um conjunto de dados menor, pois é capaz desse modelo complexo  não rodar por falta de graus de liberdade. </div>
<div><br></div><div><b>Perguntas: </b></div><div>1) A função está escrita corretamente para realizar uma ancova hierarquica com interaçoes ?</div><div>2) Porque no output o nome das variaveis categóricas está sendo apresentado junto com o nome dos respectivos niveis? Imagino que o output desse jeito quer  dizer que tem algum problema com a minha função, pois eu testei a mesma tabela com outra funçao mais simples e rodou direitinho, entao nao é um problema da tabela. </div>
<div><br></div><div><br></div><div>Espero que agora tenha ficado mais claro. </div><div><br></div><div>Agradeço a ajuda,</div><div>Catarina</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br><div class="gmail_quote">
2012/4/13 Walmes Zeviani <span dir="ltr"><<a href="mailto:walmeszeviani@gmail.com">walmeszeviani@gmail.com</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div><font face="trebuchet ms,sans-serif">Catarina,</font></div><div><font face="trebuchet ms,sans-serif"><br></font></div><div><font face="trebuchet ms,sans-serif">Você meciona lme4 mas a função lme() pertende ao pacote nlme. Em uma análise de covariância, geralmente não se declara interações das covariáveis (não controladas) com os fatores controlados, faz se a suposição de efeitos aditivos porque deixa o modelo menor, não se tem interesse de estudar as interações pois o foco é nos fatores controlados e as covariáveis entrarão apenas para filtrar/corrigir marginalmente para o seus efeitos. Claro, nada impede de você declarar. Entretando, como em geral experimentos de campo não têm tantos dados, será que o estudo dessas interações tem relevância? Como explicar uma interação de 3 grau ou maior?</font></div>


<div><font face="trebuchet ms,sans-serif"><br></font></div><div><font face="trebuchet ms,sans-serif">Bem, você não esclareceu, pelo menos para minha segura compreensão, o seu experimento. Os níveis dos fatores (spp, standtye, trat) foram completamente cruzados, ou seja, existem todas as combinações possíveis? Abertura de dossel é categórico ou métrico? Como foi o processo de aleatorização, foi um esquema de sorteio por níveis, típico de parcelas subdivididas? Então quem é parcela, subparcela, etc. O experimento é em bloco? O crescimento foi observado ao longo do tempo medindo as mesmas unidades experimentais? O que é fator "num" e "seedlingID" no argumento random=. Enfim, um CMR evitaria tudo isso.</font></div>


<font face="trebuchet ms,sans-serif"><div><font face="trebuchet ms,sans-serif"><br></font></div><div><font face="trebuchet ms,sans-serif">À disposição.</font></div><div><font face="trebuchet ms,sans-serif">Walmes.</font></div>

<br clear="all"></font><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">==========================================================================</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">
<span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Walmes Marques Zeviani</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">


<span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">fone: <a href="tel:%28%2B55%29%2041%203361%203573" value="+554133613573" target="_blank">(+55) 41 3361 3573</a></span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">


<span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">VoIP: (3361 3600) 1053 1173</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">e-mail: <a href="mailto:walmes@ufpr.br" target="_blank">walmes@ufpr.br</a></span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">


<span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">twitter: @walmeszeviani</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">homepage: <a href="http://www.leg.ufpr.br/%7Ewalmes" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/~walmes</a></span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">


<span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">linux user number: 531218</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">==========================================================================</span><br>


<br>_______________________________________________<br>
R-br mailing list<br>
<a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
<a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>
<div>MSc. Ana Catarina C. Jakovac</div>PhD. Candidate<div>Forest Ecology and Forest Management Group</div><div><br></div><div>Centre for Ecosystem Studies</div><div>Wageningen University and Research Centre</div><div>P.O. Box 47 - Lumen Building room 1.212</div>
<div>6700 AA Wageningen, The Netherlands</div><div><br></div><br>
</div></div>