<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt"><div><span>#Boa noite senhores! Após vários dias estudando sobre dados categóricos e pesquisando (vários fóruns com respostas do dono da library - todas incipientes) como interpretar o 'output' da função MCMCglmm venho recorrer a ajuda dos senhores, caso alguém já tenha trabalhado com função MCMCglmm no caso de variáveis dependentes ordinais. Já li e reli todos os pdf's do pacote, coursenotes do Jarrod, enfim, estou esgotado. Para esclarecer a base de dados, os tratamentos (denominado FASES) consistem de 3 níveis (1-pre, 2-própolis, 3-vincris), cujo as variável resposta ordinal tem 3 categorias (1-normal, 2-agudo, 3-cronico). Vide tabela!<br><br>du <- transform(read.table('http://dl.dropbox.com/u/33619290/Dados/Dtest.txt',h=T),FASES=factor(FASES),ALT.RENAIS=ordered(ALT.RENAIS))<br>summary(du)<br>library('MCMCglmm')<br>du
<- subset(du, ALT.RENAIS != 'NA') <br><br>tabela <- table(du[,c(2,4)])<br>tabela<br>colnames(tabela) <- c('Normal','Aguda','Crônica')<br>rownames(tabela) <- c('Pre','Propolis','Vincr')<br>tabela<br><br>#Um modelo misto seria:<br>set.seed(1)<br>mod1 <- MCMCglmm(ALT.RENAIS ~-1+FASES, random= ~ ANIMAIS,<br> family='ordinal',pl=TRUE,data=du)<br>summary(mod1)<br>#Aí começa o sofrimento, pois a documentação é insuficiente neste caso. Segundo o próprio Jarrod (fóruns), as médias a posteriori dos coeficientes das covariáveis estão na escala probit. Segundo o meu estudo, estes coeficientes são os scores da distribuição normal padrão. Mais os escores não deveriam corresponder aos cutpoints? Neste caso, teríamos
j(categorias da variável resposta)-1 cutpoints, ou seja, 2 cutpoints. O output só me apresenta um cutpoint. Como é possível então calcular as probabilidades com apenas um cutpoint? Segundo a documentação(Vignettes, pag 22), se P(y=k)=F(yk|l(vlatente),1) - F(yk-1|l,1), esse 'um' provavelmente seria a categoria 'um' da variável dependente? Enfim senhores, como posso extrair as probabilidades para as fases referentes a cada categoria da variável dependente? Desde já agradeço a atenção de todos.<br><br>#embora um pouco lógico, os resultados são absurdos!<br>latentv <- mean(mod1$Liab)<br>cutpoint <- mean(mod1$CP)<br><br>pnorm(-(latentv), 0, sqrt(2))<br>pnorm(cutpoint - (latentv),0, sqrt(2)) - pnorm((latentv),0, sqrt(2))<br>1- pnorm(cutpoint - (latentv),0, sqrt(2))<br><br>#isso teria algum resultado lógico até certo ponto, mais seria apenas referente a categoria 1 da variável dependente. E as outras?<br>bre <-
c(mean(mod1$Liab),mean(mod1$Sol[,1]),mean(mod1$Sol[,2]),mean(mod1$Sol[,3]))<br>pnorm(bre[2])-pnorm(bre[1])<br>pnorm(bre[3])-pnorm(bre[2])<br>pnorm(bre[4])-pnorm(bre[3])#probabilidade negativa nãooo!<br><br></span></div><div> </div><div style="background-color:transparent;" align="center"><font style="background-color:transparent;" face="comic sans ms" size="2"><font size="1"><b><br></b></font></font></div><div style="text-align:left;background-color:transparent;" align="center"><font style="background-color:transparent;"><font face="courier, monaco, monospace, sans-serif" size="2">\begin{signature}</font></font></div><div style="text-align:left;background-color:transparent;" align="center"><font style="background-color:transparent;"><font face="courier, monaco, monospace, sans-serif" size="2"><<>>=</font></font></div><div style="text-align:left;background-color:transparent;" align="center"><font class="Apple-style-span" face="courier,
monaco, monospace, sans-serif" size="2">Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman</font></div><div style="text-align:left;background-color:transparent;" align="center"><font class="Apple-style-span" face="courier, monaco, monospace, sans-serif" size="2">Universidade Estadual de Santa Cruz</font></div><div style="text-align:left;background-color:transparent;" align="center"><font class="Apple-style-span" face="courier, monaco, monospace, sans-serif" size="2">Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas</font></div><div style="text-align:left;background-color:transparent;" align="center"><font class="Apple-style-span" face="courier, monaco, monospace, sans-serif" size="2">Ilhéus/BA - Brasil</font></div><div style="text-align:left;background-color:transparent;" align="center"><font class="Apple-style-span" face="courier, monaco, monospace, sans-serif" size="2">Fone: +55 73 3680-5076</font></div><div style="text-align:left;background-color:transparent;"
align="center"><font class="Apple-style-span" face="courier, monaco, monospace, sans-serif" size="2">E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com</font></div><div style="text-align:left;background-color:transparent;" align="center"><font style="background-color:transparent;"><font face="courier, monaco, monospace, sans-serif" size="2">@</font></font></div><div style="text-align:left;background-color:transparent;" align="center"><font style="background-color:transparent;"><font face="courier, monaco, monospace, sans-serif" size="2">\end{signature}</font></font></div></div></body></html>