<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><br><span></span></div><div><span>Não sou expert no assunto, mas acho que há dois tipos de paralelização <br></span></div><div><span> - baixo nível: paralelização em contas matriciais (feitas em fortran) <br></span></div><div><span> - alto nível: paralelização de loops de scripts em R (mclapply do multicore)</span></div><div><span>A sua conta (calculo de distancia) poderia ser paralelizada em baixo nivel (mas eu nao sei como fazer)</span></div><div><br><span></span></div><div><span>Mesmo fazendo paralelização, o uso de memoria e' o problema principal no seu caso. Ai vale a dica do Benilton.<br></span></div><div><br>Att.<br></div><div>Elias T. Krainski<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; margin-top: 5px; padding-left: 5px;"> <div style="font-family: times new
roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1"> <b><span style="font-weight: bold;">De:</span></b> Antonio Silva <aolinto.lst@gmail.com><br> <b><span style="font-weight: bold;">Para:</span></b> r-br@listas.c3sl.ufpr.br <br> <b><span style="font-weight: bold;">Enviadas:</span></b> Quarta-feira, 7 de Março de 2012 11:09<br> <b><span style="font-weight: bold;">Assunto:</span></b> Re: [R-br] sobre a utilização de processamento em vários núcleos<br> </font> </div> <br><meta http-equiv="x-dns-prefetch-control" content="off"><div id="yiv372641459">Benilton, obrigado. Vou ler sobre o pacote Rclusterpp. <br><br>Elias, não sei o que é "CMR", desculpe me. Caso seja algum exemplo que se possa reproduzir, o que estou fazendo é a continuação de outra mensagem que escrevi e que você me deu uma ótima dica.<br>
<br>dis<-vegdist(dados,"bray")<br>clu<-hclust(dis,"ward")<br><br>A matriz de dados que estou utilizando 20 mil linhas e 31 colunas. Para fazer a linha do hclust estou gastando mais que três horas. Tenho matrizes maiores que não rodaram por falta de memória, mas isto já é outro tópico, certo?<br>
<br>Abraços,<br><br>Antônio<br><br><br><br><br><br><br><div class="yiv372641459gmail_quote">Em 7 de março de 2012 09:43, Elias T. Krainski <span dir="ltr"><<a rel="nofollow" ymailto="mailto:eliaskrainski@yahoo.com.br" target="_blank" href="mailto:eliaskrainski@yahoo.com.br">eliaskrainski@yahoo.com.br</a>></span> escreveu:<br>
<blockquote class="yiv372641459gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div style="font-size: 12pt; font-family: times new roman,new york,times,serif;"><div><span>com um CMR seria mais facil postar uma dica :)</span></div>
<div> </div><div>Elias T. Krainski<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; margin-top: 5px; padding-left: 5px;"> <div style="font-size: 12pt;">
<div style="font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial"> <hr size="1"> <b><span style="font-weight: bold;">De:</span></b> Antonio Silva <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:aolinto.lst@gmail.com" target="_blank" href="mailto:aolinto.lst@gmail.com">aolinto.lst@gmail.com</a>><br>
<b><span style="font-weight: bold;">Para:</span></b> R-br <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank" href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>> <br> <b><span style="font-weight: bold;">Enviadas:</span></b> Quarta-feira, 7 de Março de 2012 9:20<br>
<b><span style="font-weight: bold;">Assunto:</span></b> [R-br] sobre a
utilização de processamento em vários núcleos<br> </font> </div><div><div class="yiv372641459h5"> <br><div>Olá,<br><br>Rodo o R 64-bit no Ubuntu 10.04 em uma máquina com processador Core i7 e 8 Gb de RAM.<br><br>Nesta semana começei a fazer uma análise de cluster, utilizando basicamente o pacote vegan, sobre uma matriz grande.<br>
<br>O cálculo das ligações (hclust) levou três hora e meia para ser efetuado (!!!). Vi que apenas um núcleo do processador estava sendo utilizado.<br><br>Começei então a procurar alternativas que permitissem o aceleramento dos cálculos e a utilização dos outros núcleos, que estão sub-utilizados.<br>
<br>Li sobre o pacote multicore e outros, inclusive em mensagens nesta lista. Muitas coisas não ficaram claras para mim e, no final, não compreendi como proceder sua utilização no meu caso (ou mesmo se é possível).<br><br>
É possivel rodar uma análise de cluster fazendo utilização dos diversos núcleos?<br><br>Agradeço qualquer orientação e/ou indicação de documentação.<br><br>Abraços,<br><br>Antônio<br clear="all"><br>-- <br>Antônio Olinto Ávila da Silva<div>
Biólogo / Oceanógrafo</div><div>Instituto de Pesca<br></div><div>São Paulo, Brasil</div><br>
</div><br></div></div><div class="yiv372641459im">_______________________________________________<br>R-br mailing list<br><a rel="nofollow" ymailto="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank" href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br><a rel="nofollow" target="_blank" href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
Leia o guia de postagem (<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br><br> </div></div> </div> </blockquote></div> </div></div>
<br>_______________________________________________<br>
R-br mailing list<br>
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Leia o guia de postagem (<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Antônio Olinto Ávila da Silva<div>
Biólogo / Oceanógrafo</div><div>Instituto de Pesca (Fisheries Institute)</div><div>São Paulo, Brasil</div><br>
</div><meta http-equiv="x-dns-prefetch-control" content="on"><br>_______________________________________________<br>R-br mailing list<br><a ymailto="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br" href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br><a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br><br> </div> </div> </blockquote></div> </div></body></html>