Olá Benilton e Elias<br><br>Instalei o Rclusterpp e gastei menos que 20 segundos para fazer o que antes levava 3 horas (!!!) Estou verificando se está tudo OK.<br><br>Coloquei minha matriz de dados em <a href="http://www.datafilehost.com/download-696672da.html">http://www.datafilehost.com/download-696672da.html</a><br>
<br>A rotina que estava seguindo era<br><br>library(vegan)<br># carrega a matriz<br>mat<-read.csv("Dados.csv",row.names=1,sep=";",header=T,dec=",")<br># verfica dimensões e os dados das primeiras linhas<br>
dim(mat)<br>head(mat)<br># substitui NA por zero<br>mat[<a href="http://is.na">is.na</a>(mat)]<-0<br>head(mat)<br>summary(mat)<br><br># logaritmiza os dados<br>mat.log <- log(mat+1)<br>head(mat.log)<br><br># obtem uma amostra da matriz original - não consegui rodar com todas as linhas<br>
ns<-20000<br>row<-c(1:nrow(mat.log))<br>srow<-sample(row,ns,replace=F)<br>mat.logs<-mat.log[srow,]<br><br># calcula distância e ligação<br>dis<-vegdist(mat.logs,"bray")<br>clu<-hclust(dis,"ward")<br>
<br># dendrograma<br>plot(clu,labels=FALSE)<br>nl<-7 # indica número de grupos<br>grp<-cutree(clu, nl)<br>r <- rect.hclust(clu, nl)<br>text(cumsum(sapply(r,length)),<br>     rep(mean(tail(unique(clu$hei),2)), length(r)),<br>
     paste(unique(grp[clu$ord])))<br><br><br>Com o Rclusterpp fiquei com<br><br>library(Rclusterpp)<br>clu2 <- Rclusterpp.hclust(mat.log, method="ward", distance="euclidean") # não  há distância de Bray-Curtis, aqui consigo rodar toda a matriz.<br>
plot(clu2,labels=FALSE)<br><br>Agora estou procurando ver como determino os grupos (por nível de corte ou número de grupos), e obtenho seus números e objetos componentes. Comandos como rect.hclust e cutree parecem que não funcionam. Agradeço qualquer dica.<br>
<br>Abraços,<br><br>Antônio<br><br><br><div class="gmail_quote">Em 7 de março de 2012 11:17, Benilton Carvalho <span dir="ltr"><<a href="mailto:beniltoncarvalho@gmail.com">beniltoncarvalho@gmail.com</a>></span> escreveu:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Informacoes sobre CMR no rodape de toda msg... e tbm aqui:<br>
<a href="https://gist.github.com/1088208" target="_blank">https://gist.github.com/1088208</a><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">_______________________________________________<br>
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Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Antônio Olinto Ávila da Silva<div>Biólogo / Oceanógrafo</div><div>Instituto de Pesca<br></div><div>São Paulo, Brasil</div><br>