<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; "><span>Éder,</span></div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; "><span><br></span></div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; ">Na verdade, o que ocorre é um modelo de seleção via regressão. Então, cada marcador deve ser inserido como um coeficiente de modelo de regressão.</div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; ">Eu não havia lido a apostila antes...rsrsrsrs.</div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; ">A lmer não realiza esse tipo de análise. Para isso vc deve utilizar a library
rrBLUP.</div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; ">Utilizando os seus dados, deve realizar o procedimento da seguinte maneira.</div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; "># Veja o help da library!</div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; ">cran.r-project.org/web/packages/rrBLUP/rrBLUP.pdf</div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; ">library(rrBLUP)<br></div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; "><span class="yiv441796775Apple-style-span" style="font-size: 16px; "><br></span></div><div><div>dados <- data.frame(ind=c(1:5),</div><div>
diametro=c(9.87,14.48,8.91,14.64,9.55),</div><div> M1=c(2,1,0,1,1),</div><div> M2=c(0,1,2,0,0),</div><div> M3=c(0,0,0,1,0),</div><div> M4=c(0,0,0,0,1),</div><div> M5=c(2,1,0,1,1),</div><div> M6=c(0,1,0,0,1),</div><div> M7=c(0,0,2,0,0))</div><div>dados</div></div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; "><span
class="yiv441796775Apple-style-span" style="font-size: 16px; ">G2 <- dados[,3:ncol(dados)]</span><br></div><div><div><br></div><div># A matriz Z deve ter apenas -1,0 e 1, que corresponde a 1,0 e 2 na sua matriz.</div><div><br></div><div>G3 <- apply(G2,2,function(x) ifelse(x==1,-1, ifelse(x!=0,1,0)))</div><div><br></div><div># G3 é sua nova matriz!</div><div><br></div><div>result <- mixed.solve(y=dados$diametro, Z=G3, K=diag(7))</div><div>result</div></div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div><div>$Vu </div><div>[1] 0.8537734</div><div><br></div><div>$Ve</div><div>[1] 5.45131</div><div><br></div><div>$beta</div><div>[1] 11.2199</div><div><br></div><div>$u</div><div>[1] -0.40714456 -0.54215342 -0.35285351 0.33237757 -0.40714456 0.02959554</div><div>[7] -0.23937139</div><div><br></div><div>$LL</div><div>[1] -9.760329</div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt;
"><br></div></div><div style="font-family: times, serif; font-size: 12pt; ">Valeu!!!</div></span></div><div> </div><div> Fábio Mathias Corrêa<br><br></div><div> Universidade Estadual de Santa Cruz<br>Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET</div><br><br><div>Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna<br>CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia</div><div><br><br></div><div>Tel.: 73-3680-5076<br><div style="font-size: 12pt; font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; "><div style="font-size: 12pt; font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; "><font size="2" face="Arial"><hr size="1"><b><span style="font-weight:bold;">De:</span></b> Eder David Borges da Silva <eder@leg.ufpr.br><br><b><span style="font-weight: bold;">Para:</span></b> r-br@listas.c3sl.ufpr.br; Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla@yahoo.com.br><br><b><span style="font-weight:
bold;">Enviadas:</span></b> Segunda-feira, 22 de Agosto de 2011 14:13<br><b><span style="font-weight: bold;">Assunto:</span></b> Re: [R-br] Declarar matriz Z modelos mistos<br></font><br><div id="yiv458625286">Fabio,<div>Esta forma de declarar não funciona, tinha tentado esta opção, desta forma para cada Mxx é gerado um efeito para 0 ,1 e 2 caso tenha os três, mas pelo exemplo é um efeito para Mxx como se fosse um slope para cada Mxx, e o 0,1,2 seriam os niveis. Desta forma o teriam um componente para cada Mxx, mas no problema só existe um componente único que engloba a variação de todos estes Mxx.</div>
<div>Obrigado pela resposta</div><div>Att<br><br><div class="yiv458625286gmail_quote">Em 22 de agosto de 2011 07:35, Fabio Mathias Corrêa <span dir="ltr"><<a rel="nofollow" ymailto="mailto:fabio.ufla@yahoo.com.br" target="_blank" href="mailto:fabio.ufla@yahoo.com.br">fabio.ufla@yahoo.com.br</a>></span> escreveu:<br>
<blockquote class="yiv458625286gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div><div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255); font-size: 12pt; font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; ">
<div style="font-size:12pt;"><span>Éder,</span></div><div style="font-size:12pt;">
<span><br></span></div><div style="font-size:12pt;">Os efeitos aleatórios devem ser especificados como no exemplo abaixo.</div><div style="font-size:12pt;">
<br></div><div>m1 <- lmer(diametro~1+(1|M1) + (1|M2) + (1|M3) + (1|M4) + (1|M5) + (1|M6) + (1|M7),dados)<br></div><div>summary(m1)</div><div>ranef(m1)</div><div><br></div><div><div>dotplot(ranef(m1, postVar=TRUE))$M1 # Plota os efeitos aleatórios e seus IC's.</div>
<div><br></div><div>Valeu!!!</div><div><br></div></div><div style="font-size:12pt;"> </div><div style="font-size:12pt;">
Fábio Mathias Corrêa<br><br></div><div style="font-size:12pt;"> Universidade Estadual de Santa Cruz<br>Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET</div>
<br><br><div style="font-size:12pt;">Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna<br>CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia</div><div style="font-size:12pt;">
<br><br></div><div style="font-size:12pt;">Tel.: 73-3680-5076<br><div style="font-size:12pt;">
<div style="font-size:12pt;"><font size="2" face="Arial"><hr size="1"><b><span style="font-weight:bold;">De:</span></b> Eder David Borges da Silva <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:eder@leg.ufpr.br" target="_blank" href="mailto:eder@leg.ufpr.br">eder@leg.ufpr.br</a>><br>
<b><span style="font-weight:bold;">Para:</span></b> <a rel="nofollow" ymailto="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank" href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br><b><span style="font-weight:bold;">Enviadas:</span></b> Domingo, 21 de Agosto de 2011 15:52<br>
<b><span style="font-weight:bold;">Assunto:</span></b> [R-br] Declarar matriz Z modelos mistos<br></font><div><div class="yiv458625286h5"><br><div>Pessoal,<div>dado um modelo y = Xb + Zu + e , modelo misto com Xb parte fixa e Zu parte aleatoria, estou tentando entender melhor a analise feita neste documento, <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/bitstream/doc/883425/1/Doc210.pdf">http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/bitstream/doc/883425/1/Doc210.pdf</a> , pagina 54, ao meu entendimento é um modelo misto, onde a mudança é a forma que
é construída a matriz Z, que como o autor faz é produzido um efeito aleatório para cada marcador. desta forma gostaria de saber se alguém ja declarou um matriz Z em uma analise de modelo misto no R em especifico na lmer, essa analise é GWS (Seleção genômica ampla), caso alguém tenha familiaridade ficaria grato de umas dicas.</div>
<div><br></div><div><div>dados <- data.frame(ind=c(1:5),</div><div> diametro=c(9.87,14.48,8.91,14.64,9.55),</div><div> M1=c(2,1,0,1,1),</div><div> M2=c(0,1,2,0,0),</div>
<div> M3=c(0,0,0,1,0),</div><div> M4=c(0,0,0,0,1),</div><div> M5=c(2,1,0,1,1),</div><div> M6=c(0,1,0,0,1),</div><div> M7=c(0,0,2,0,0))</div>
<div>dados</div><div>require(lme4)</div><div><br></div><div>Z <- model.matrix(~-1+M1+M2+M3+M4+M5+M6+M7,dados)</div><div>Z ### Esta é a matriz que querro por no modelo</div><div>m0 <- lmer(diametro~1+(1|?????),dados)</div>
<div>summary(m0)</div><div>ranef(m0)</div><div>fixef(m0)</div></div><div># Meu interesse e ter os componentes de variância e o efeito fixo(Media geral), e os efeitos aleatórios (7, uma para cada marcador)</div><div><br></div>
<div>OBS: Creio que não chegaremos ao valor exato do autor, visto que ele fixou (sigma.erro/(sigma.g/n)) =1.</div><div>Obrigado</div>
</div><br></div></div>_______________________________________________<br>R-br mailing list<br><a rel="nofollow" ymailto="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank" href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br><a rel="nofollow" target="_blank" href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
Leia o guia de postagem (<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br><br></div></div></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
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