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<div class=Section1>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Boa Tarde Hugo,<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'> Certa vez precisei fazer o mesmo (calclular a matriz de
distâncias de Mahalanobis e após fazer o dendrograma) e o Walmes me passou o
seguinte post que me ajudou muito,<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";
color:#00007F'>D2Mah <- function(y, x){<br>
stopifnot(is.data.frame(y), !missing(x))<br>
stopifnot(dim(y)[1] != dim(x)[1])<br>
y <- as.matrix(y)<br>
x <- as.factor(x)<br>
man <- manova(y ~ x)<br>
E <- summary(man)$SS[2]<br>
#Matrix E<br>
S <- as.matrix(E$Residuals)/man$df.residual<br>
InvS <- solve(S)<br>
mds <- matrix(unlist(by(y, x, mean)), byrow=T, ncol=ncol(y))<br>
f <- function(a,b) mapply(function(a,b) mahalanobis(mds[a,], mds[b,],
InvS, TRUE), a, b)<br>
seq. <- seq(length = nrow(mds))<br>
names(seq.) <- levels(x)<br>
D2 <- outer(seq., seq., f)<br>
}<br>
<br>
# # test # #<br>
D2M <- D2Mah(iris[,1:4], iris[,5])<br>
print(D2M)<br>
dend <- hclust(as.dist(sqrt(D2M)), method='complete')<br>
plot(dend) <br>
</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><br>
Veja se é isso mesmo que você procura. As fontes de consulta estão abaixo:<br>
<span style='color:#347D7E'><a
href="http://r-project.markmail.org/message/ybhsyzshjzhuktsn?q=hclust+mahalanobis"
target="_blank">http://r-project.markmail.org/message/ybhsyzshjzhuktsn?q=hclust+mahalanobis</a><br>
<a
href="http://r-project.markmail.org/message/tml5eqm4v4grzp25?q=hclust+mahalanobis"
target="_blank">http://r-project.markmail.org/message/tml5eqm4v4grzp25?q=hclust+mahalanobis</a><br>
<br>
</span><o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Abraço,<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'>Alexandre dos Santos</span></b><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Calibri","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'>Ingenieur forestier, Msc.</span></b><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Calibri","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'>INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP)</span></b><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:
"Arial","sans-serif";color:black'>Domaine Saint-Paul<br>
Site Agroparc <br>
84914 - Avignon - France<br>
Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29</span></b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;
font-family:"Calibri","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'>
<p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:
"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;
font-family:"Tahoma","sans-serif"'> r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br
[mailto:r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br] <b>On Behalf Of </b>Ivan Bezerra
Allaman<br>
<b>Sent:</b> sexta-feira, 24 de junho de 2011 21:14<br>
<b>To:</b> R Brasil<br>
<b>Subject:</b> Re: [R-br] Dendrograma com UPGMA e Mahalanobis<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class=MsoNormal style='background:white'><span style='font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'>Boa tarde Hugo!<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class=MsoNormal style='background:white'><span style='font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class=MsoNormal style='background:white'><span style='font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'>Ainda não estou conseguindo ler o seu arquivo. O que pode ser
trivial para vc, para nós que estamos querendo ajudar as vezes não é. Por
exemplo, salvei o seu arquivo com o nome de "clipboard", e mesmo
assim a leitura do arquivo não sai. É preciso que vc passe detalhadamente o
CMR, desde a leitura dos dados até a execução dos comandos. Não seria
necessário primeiro um read.csv, read.table, ...., etc para ler o arquivo?
Percebe-se que o seu CMR ainda está incompleto, pois "clone" em
nenhum momento é requisitado pelas funções. Eu tenho um pouco de experiência
com a "graphics", por isso é provável que eu possa ajudá-lo. Se vc
quer utilizar a distância de Mahalanobis, procure por pacotes que tenham
esta metodologia, pois ser digitar ?dist verás que não tem a metodologia de
Mahalanobis. Instale a library "sos" para procurar por pacotes que
tenha tal metodologia.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class=MsoNormal style='background:white'><span style='font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class=MsoNormal style='background:white'><span style='font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'>install.packages("sos")<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class=MsoNormal style='background:white'><span style='font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'>library(sos)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class=MsoNormal style='background:white'><span style='font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'>???"Mahalanobis distance"<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class=MsoNormal style='background:white'><span style='font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class=MsoNormal style='background:white'><span style='font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'>Abraço.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class=MsoNormal style='background:white'><span style='font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class=MsoNormal style='background:white'><span style='font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'>Allaman<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class=MsoNormal style='background:white'><span style='font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'>(S,f,P)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class=MsoNormal style='background:white'><span style='font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><b><span
style='font-family:"Arial","sans-serif";color:#737373'>M.Sc Ivan Bezerra
Allaman</span></b><span style='font-family:"Arial","sans-serif";color:#737373'>
<br>
Zootecnista<br>
</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Comic Sans MS";color:#737373'>Doutorando
em Produção Animal/Aquicultura - UFLA <br>
email e msn - ivanalaman@yahoo.com.br <br>
</span><span style='font-size:7.5pt;font-family:"Comic Sans MS";color:#737373'>Tel:
(35)3826-6608/9900-2924</span><span style='font-family:"Arial","sans-serif";
color:#737373'><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
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