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<head>
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</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Pessoal, boa noite!<br>
Vou repassar na íntegra a minha dúvida que postei no R_STAT (grupo
do yahoo) aqui no r-br.<br>
<br>
Estou tentando desenvolver um cluster e tenho duas linhas de comando
distintas, vou tentar explicar o cenário:<br>
<br>
- Já tenho a matriz de distância de Mahalanobis (matriz de
similaridade) e que no caso não está padronizada;<br>
- Preciso fazer o método de ligação UPGMA;<br>
<br>
A primeira linha de comando está abaixo:<br>
<br>
require(graphics)<br>
require(utils)<br>
clones=c("RB92579","RB768647","Q124","RB75126","RB925211","RB835486","RB946022",<br>
"RB912825","SP80-3280","RB855511","RB867515","SP83-5073","RB72454","SP80-1816",<br>
"RB825336","RB855156","RB855536","SP83-2847","RB855453","TUC77-42","SP70-2233",<br>
"RB931555","RB835054","RB855206","RB925345","RB8317","RB947501","RB93509",<br>
"RB813804","RB855113","RB83102","SP77-5181","RB845257","RB855046","RB845197",<br>
"RB835089","RB8495","RB825548","RB855463","RB925453","RB855595","RB945951",<br>
"RB946903","RB855035","RB92606","RB735200","RB945961","SP70-1143","RB855036",<br>
"IAC87-3396","CO62175","RB956911","TUC71-7","RB9350","RB966928","RB912850",<br>
"RB845210","L60-14","SP81-3250","RB928064","RB721012","SP79-1011","SP801842",<br>
"IAC52-326","RB935915","RB806043")<br>
soca35=matrix(scan(file="clipboard",sep="\t"),ncol=66) # Esse daqui
pessoal é da onde eu copio e colo minha matriz de Mahalanobis do
Excel #<br>
x=dist(soca35,method="euclidean") #Não conseguir Mahalanobis#<br>
hc=hclust(x,method="average")<br>
(dend1=as.dendrogram(hc))<br>
plot(dend1,horiz=TRUE,edge.root=TRUE)<br>
abline(h=96.45,col="brown",lwd=2,lty=2) # esse número 96.45 é
segundo um coeficiente de Mojita que me aconselha onde deve ser
cortar o cluster #<br>
<br>
São dois problemas nessa linha: 1º eu não consigo colocar o vetor
com os nomes dos clones nos respectivos números no dendrograma;<br>
2º a escala da distância está terminando em 150 e deveria estar um
pouco mais estendida, talvez indo até 170;<br>
3º não consegui usar Mahalanobis, tive que usar Euclidiana para dar
procedimento<br>
<br>
A segunda linha de comando:<br>
<br>
library(cluster)<br>
soca35=matrix(scan(file="clipboard",sep="\t"),ncol=82)<br>
is.matrix(soca35)<br>
sc=agnes(soca35,method="average",metric="mahalanobis",stand=FALSE)<br>
#Cultivares<br>
cultivares=c("RB925211","SP70-1143","RB91537","SP91-1049","RB943339","RB971537",<br>
"RB72454","RB855511","RB855156","RB835486","IAC86-2210","RB912695","RB945065",<br>
"RB945962","RB947532","RB936001","RB965586","RB931604","RB957751","SP85-3877",<br>
"RB961005","RB966920","SP89-1115","Laica98-208","RB855035","SP80-3280",<br>
"RB947501","RB835089","RB872552","CO434","RB946915","IAC87-3396","RB855063",<br>
"RB9620","RB961530","SP70-1284","SP80-1842","RB83102","RB855563","RB855536",<br>
"RB945961","RB945956","IAC93-7009","H83-9998","RB9557","RB896342","RB961527",<br>
"RB961539","SP71-6949","SP83-2847","RB946022","RB957712","RB945954","CB45-155",<br>
"L60-14","RB951015","RB867515","RB9364","RB93522","RB957689","RB92606",<br>
"RB971551","RB71114","RB962002","RB965921","RB855127","RB915124","RB935860",<br>
"RB941531","RB915141","RB735200","RB965911","RB855322","RB855206","RB945964",<br>
"RB92508","RB863129","RB925345","RB957610","RB956911","CO775","RB739735")<br>
dendro=as.dendrogram(as.hclust(sc))<br>
pltree(sc,labels=clones,ylab="Distância",main="Dendograma ... ")<br>
abline(h=96.45,col="brown",lwd=2,lty=2)<br>
<br>
Problemas: 1º Quando consegui colocar o nome das indivíduos, no
comando pltree não consigo deixar na horizontal como no primeiro
exemplo;<br>
2º Desconfio que não esteja usando a matriz de Mahalanobis, pois
como não acusa erro, se retirar o metric="mahalanobis" também
funciona, gerando o mesmo resultado<br>
<br>
Se pudesse exemplificar todo o meu dilema, gostaria de encontrar um
gráfico como no trabalho abaixo (Figura 2):<br>
<a
href="http://www.plosntds.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pntd.0000452"
target="_blank">http://www.plosntds.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pntd.0000452</a><span
class="wrc0" style="height: 16px;"></span><br>
No qual ele usa a biblioteca pgirmess, a qual não obtive muito
sucesso, como no comando pvclust() também não.<br>
<br>
Alguém poderia me ajudar?<br>
<br>
Abraços<br>
<br>
</body>
</html>