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<html>
<head>
<meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
http-equiv="Content-Type">
<title></title>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Primeiramente obrigado Allaman pela ajuda.<br>
Segundo, desculpe algumas falhas sobre a conduta de postagem aqui na
lista, como era meu primeiro post eu não me atentei a esses
detalhes, com o aprendizado eu vou melhorando, novamente peço
desculpas à todos.<br>
<br>
Allaman, realmente está faltando o clipboard, adicionei a tabela com
a matriz de mahalanobis no endereço abaixo caso queira reproduzi-lo:<br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.datafilehost.com/download-d830e51c.html">http://www.datafilehost.com/download-d830e51c.html</a><br>
<br>
Esqueci de citar na mensagem anterior que a versão que eu uso do R é
a 2.11.1<br>
<br>
Peço, se cometer muitos erros, que tenham paciência com quem está
aprendendo agora o R, ok?<br>
<br>
<tt><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(51, 51, 51);
font-family: GillSans,Trebuchet,Calibri,Arial,sans-serif;
font-weight: bold; font-size: 18px;">require(graphics)</span><span
class="Apple-style-span" style="color: rgb(51, 51, 51);
font-family: GillSans,Trebuchet,Calibri,Arial,sans-serif;
font-weight: bold; font-size: 16px;"><br>
require(utils)</span><font color="#333333"><br>
</font>clones=c("RB92579","RB768647","Q124","RB75126","RB925211","RB835486",<br>
"RB946022","RB912825","SP80-3280","RB855511","RB867515","SP83-5073",<br>
"RB72454","SP80-1816","RB825336","RB855156","RB855536","SP83-2847",<br>
"RB855453","TUC77-42","SP70-2233","RB931555","RB835054","RB855206",<br>
"RB925345","RB8317","RB947501","RB93509","RB813804","RB855113",<br>
"RB83102","SP77-5181","RB845257","RB855046","RB845197","RB835089",<br>
"RB8495","RB825548","RB855463","RB925453","RB855595","RB945951",<br>
"RB946903","RB855035","RB92606","RB735200","RB945961","SP70-1143",<br>
"RB855036","IAC87-3396","CO62175","RB956911","TUC71-7","RB9350",<br>
"RB966928","RB912850","RB845210","L60-14","SP81-3250","RB928064",<br>
"RB721012","SP79-1011","SP801842","IAC52-326","RB935915","RB806043")<span><span
class="Apple-style-span" style="color: rgb(51, 51, 51);
font-family: GillSans,Trebuchet,Calibri,Arial,sans-serif;
font-size: 10px; font-weight: bold;"><br>
#Abrir agora o arquivo disponibilizado na pagina fornecida
para o uso do comando clipboard #<br>
soca35 <- matrix(scan(file="clipboard",sep="\t"),ncol=66) </span></span><br>
# Aqui eu não consegui Mahalanobis, coloquei distância euclidiana
para dar continuidade somente#<br>
x=dist(soca35,method="euclidean") <br>
hc=hclust(x,method="average")<br>
(dend1=as.dendrogram(hc))<br>
plot(dend1,horiz=TRUE,edge.root=TRUE)<br>
abline(v=96.45,col="brown",lwd=2,lty=2) # esse número 96.45 é
segundo um coeficiente de Mojita que me aconselha onde deve ser
cortar o cluster #</tt><br>
<br>
São 3 problemas nessa linha: 1º eu não consigo colocar o vetor com
os nomes dos clones nos respectivos números no dendrograma;<br>
2º a escala da distância está terminando em 150 e deveria estar um
pouco mais estendida indo até 160 pelo menos;<br>
3º não consegui usar Mahalanobis, tive que usar Euclidiana para dar
prosseguimento na análise<br>
<br>
A outra linha de comando seria:<br>
<br>
<tt>require(cluster)<br>
</tt><tt><span><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(51,
51, 51); font-family:
GillSans,Trebuchet,Calibri,Arial,sans-serif; font-size: 10px;
font-weight: bold;">#Abrir agora o arquivo disponibilizado na
pagina fornecida para o uso do comando clipboard #</span></span><br>
soca35=matrix(scan(file="clipboard",sep="\t"),ncol=66)<br>
is.matrix(soca35)<br>
sc=agnes(soca35,method="average",metric="mahalanobis",stand=FALSE)<br>
#Clones#<br>
clones=c("RB92579","RB768647","Q124","RB75126","RB925211","RB835486","RB946022",<br>
"RB912825","SP80-3280","RB855511","RB867515","SP83-5073","RB72454","SP80-1816",<br>
"RB825336","RB855156","RB855536","SP83-2847","RB855453","TUC77-42","SP70-2233",<br>
"RB931555","RB835054","RB855206","RB925345","RB8317","RB947501","RB93509",<br>
"RB813804","RB855113","RB83102","SP77-5181","RB845257","RB855046","RB845197",<br>
"RB835089","RB8495","RB825548","RB855463","RB925453","RB855595","RB945951",<br>
"RB946903","RB855035","RB92606","RB735200","RB945961","SP70-1143","RB855036",<br>
"IAC87-3396","CO62175","RB956911","TUC71-7","RB9350","RB966928","RB912850",<br>
"RB845210","L60-14","SP81-3250","RB928064","RB721012","SP79-1011","SP801842",<br>
"IAC52-326","RB935915","RB806043")<br>
dendro=as.dendrogram(as.hclust(sc))<br>
pltree(sc,labels=clones,ylab="Distância",main="Dendograma ... ")<br>
abline(h=96.45,col="brown",lwd=2,lty=2)<br>
</tt><br>
Problemas: Aqui é o inverso do primeiro caso:<br>
1º) Quando consigo colocar o nome das indivíduos, no comando
pltree() não consigo deixar na horizontal como no primeiro exemplo;<br>
2º Desconfio que não esteja usando a matriz de Mahalanobis no
comando agnes(), pois como não acusa erro, se retirar o
metric="mahalanobis" também funciona, gerando o mesmo resultado, por
default deve ser Euclidiana.<br>
<br>
Reiterando no email passado, gostaria de encontrar um gráfico como
no trabalho abaixo (Figura 2):<br>
<a
href="http://www.plosntds.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pntd.0000452"
target="_blank">http://www.plosntds.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pntd.0000452</a><span
class="wrc0" style="height: 16px;"></span><br>
No qual ele usa a biblioteca pgirmess, a qual não obtive muito
sucesso, como no comando pvclust() também não.<br>
<br>
Allaman, fazendo o download do arquivo de dados, as linhas de
comando estão todas reproduzíveis, espero que estejam em CMR também,
ok?<br>
<br>
Alguma sugestão para a minha dúvida?<br>
<br>
Abraços<br>
<br>
</body>
</html>