<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
/* Font Definitions */
@font-face
{font-family:"Cambria Math";
panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
{font-family:Calibri;
panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
{margin:0cm;
margin-bottom:.0001pt;
font-size:11.0pt;
font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
{mso-style-priority:99;
color:blue;
text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
{mso-style-priority:99;
color:purple;
text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
{mso-style-type:personal-compose;
font-family:"Calibri","sans-serif";
color:windowtext;}
.MsoChpDefault
{mso-style-type:export-only;}
@page Section1
{size:612.0pt 792.0pt;
margin:70.85pt 3.0cm 70.85pt 3.0cm;}
div.Section1
{page:Section1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang=PT-BR link=blue vlink=purple>
<div class=Section1>
<p class=MsoNormal><b>Boa tarde pessoal,<o:p></o:p></b></p>
<p class=MsoNormal><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class=MsoNormal><b> Tenho uma váriavel resposta binomial chamada Infestação
(1 presença e 0 ausência de insetos) e dois fatores qualitativos que são
vegetação (pastagem e floresta) e altitude (alta e baixa), além de parcelle que
são as repetições no campo. Gostaria de fazer contrastes utilizando glm (family=binomial),
então primeiro eu fiz:<o:p></o:p></b></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal>> m.full<-glm(Infestacao~Altitude*Vegetation*Parcelle,
data=H.termes, family="binomial"<span lang=EN-US>)# Modelo completo</span><o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Mensagens de aviso perdidas:<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>In model.matrix.default(mt, mf, contrasts)
:<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US> variable 'Altitude' converted to a factor<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><b>Já fiquei preocupado com essa mensagem, mais de qualquer
maneira Altitude é um fator mesmo, então fiz:<o:p></o:p></b></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>> summary(m.full)<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Call:<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal>glm(formula = Infestacao ~ Altitude * Vegetation * Parcelle,
<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> <span lang=EN-US>family = "binomial", data =
H.termes)<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Deviance Residuals: <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US> Min 1Q Median 3Q
Max <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>-1.0793 -0.4643 -0.4542 -0.2530
2.6296 <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Coefficients:<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US> </span>Estimate
Std. Error z value Pr(>|z|) <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>(Intercept) -3.2454 0.6030
-5.382 7.36e-08 ***<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Altitudebaixa 3.0243
0.6322 4.784 1.72e-06 ***<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Vegetationpature 0.9997
0.9678 1.033 0.30161 <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Parcelle 0.5115
0.2564 1.995 0.04602 * <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Altitudebaixa:Vegetationpature -3.0214 1.0505
-2.876 0.00403 ** <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Altitudebaixa:Parcelle -0.5256 0.2669
-1.969 0.04893 * <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Vegetationpature:Parcelle -0.9048 0.4561
-1.984 0.04729 * <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Altitudebaixa:Vegetationpature:Parcelle 0.9421
0.5024 1.875 0.06073 . <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>---<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001
‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’
1 <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>(Dispersion parameter for binomial family
taken to be 1)<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US> Null deviance: 1578.6 on 1532 degrees
of freedom<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Residual deviance: 1317.2 on 1525 degrees
of freedom<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>AIC: 1333.2<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Number of Fisher Scoring iterations: 5<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><b>Não tem superdispersão então fiz uma anova:<o:p></o:p></b></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>> anova(m.full,test="Chi")<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Analysis of Deviance Table<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Model: binomial, link: logit<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Response: Infestacao<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Terms added sequentially (first to last)<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US> Df Deviance
Resid. Df Resid. </span>Dev P(>|Chi|) <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>NULL 1532
1578.6 <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Altitude 1 94.613 1531
1484.0 < 2e-16 ***<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Vegetation 1 154.761 1530
1329.2 < 2e-16 ***<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Parcelle 1 0.248 1529
1329.0 0.61866 <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Altitude:Vegetation 1 6.511 1528
1322.5 0.01072 * <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Altitude:Parcelle 1 1.195 1527 1321.3
0.27440 <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Vegetation:Parcelle 1 0.491 1526
1320.8 0.48328 <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Altitude:Vegetation:Parcelle 1 3.577 1525
1317.2 0.05857 . <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>---<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’
0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Mensagens de aviso perdidas:<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>In model.matrix.default(object, data =
list(Infestacao = c(0, 0, :<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US> variable 'Altitude' converted to a factor<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><b>Então fui reduzindo o modelo ate restarem as variáveis
significativas, sendo:<o:p></o:p></b></p>
<p class=MsoNormal><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>> anova(m3,test="Chi")<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Analysis of Deviance Table<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal>Model: binomial, link: logit<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal>Response: Infestacao<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Terms added sequentially (first to last)<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US> Df Deviance Resid. Df
Resid. </span>Dev P(>|Chi|) <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>NULL 1532
1578.6 <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Altitude 1 94.613 1531 1484.0 <
2e-16 ***<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Vegetation 1 154.761 1530 1329.2 <
2e-16 ***<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Parcelle 1 0.248 1529 1329.0
0.61866 <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Altitude:Vegetation 1 6.511 1528 1322.5
0.01072 * <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>---<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’
0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Mensagens de aviso perdidas:<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>In model.matrix.default(object, data =
list(Infestacao = c(0, 0, :<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US> variable 'Altitude' converted to a factor<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal>> summary(m3) <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal>Call:<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>glm(formula = Infestacao ~ Altitude + Vegetation + Parcelle
+ <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal> <span lang=EN-US>Altitude:Vegetation, family =
"binomial", data = H.termes)<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Deviance Residuals: <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US> Min 1Q Median 3Q
Max <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>-1.0824 -0.4636 -0.4554 -0.3072
2.4807 <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Coefficients:<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US> </span>Estimate
Std. Error z value Pr(>|z|) <o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>(Intercept) -2.20627 0.23768 -9.283
< 2e-16 ***<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal>Altitudebaixa 1.91926 0.21846 8.785
< 2e-16 ***<o:p></o:p></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Vegetationpature -0.83836
0.36768 -2.280 0.02260 * <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Parcelle 0.01484
0.06585 0.225 0.82173 <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Altitudebaixa:Vegetationpature -1.10337
0.41007 -2.691 0.00713 ** <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>---<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001
‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’
1 <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>(Dispersion parameter for binomial family
taken to be 1)<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US> Null deviance: 1578.6 on 1532 degrees
of freedom<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Residual deviance: 1322.5 on 1528 degrees
of freedom<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>AIC: 1332.5<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Number of Fisher Scoring iterations: 5<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal> <b>Então posso deduzir, se é que agora fiz tudo certo, que
a variável resposta é diferente entre altitude alta e baixa e entre vegetação de
pastagem e floresta, agora gostaria de comparar altitude alta com as
diferentes vegetações, só que não entendi porque a análise separou Vegetationbaixa
e Vegetationpaturage e também não sei que fator a análise fixou no intercepto,<o:p></o:p></b></p>
<p class=MsoNormal><b>Alguém saberia me explicar o que posso estar fazendo de
errado,<o:p></o:p></b></p>
<p class=MsoNormal><b>Obrigado,<o:p></o:p></b></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoNormal><b>Alexandre dos Santos<o:p></o:p></b></p>
<p class=MsoNormal><b>Ingenieur forestier, Msc.<o:p></o:p></b></p>
<p class=MsoNormal><b>INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP)<o:p></o:p></b></p>
<p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US>Domaine Saint-Paul<br>
Site Agroparc <br>
84914 - Avignon - France<br>
Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29<o:p></o:p></span></b></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
</div>
</body>
</html>