[R-br] factoextra - Erro na instalação

[Cesar Rabak]

Toni,

Há duas formas de dependências a ser atendidas se você deseja instalar um
pacote no R.

A que vc cita seria aquela a ser respeitada quando uma instalação do R foi
toda atualizada e seus pacotes sempre instalados "por dentro" do R via
install.packages(), a outra é a que o sistema de empacotamento do Debian da
sua distro reconhece como as dependências que os empacotadores decidiram
fazer.

Assim, no caso do r-cran-factoextra, num Ubuntu Focal Fossa tem-se:
$ apt show r-cran-factoextra
Package: r-cran-factoextra
Version: 1.0.7-1cran1.2004.0
Priority: optional
Section: gnu-r
Source: factoextra
Maintainer: cran2deb4ubuntu <cran2deb4ubuntu em gmail.com>
Installed-Size: 470 kB
Depends: r-base-core, r-cran-ggplot2, r-cran-abind, r-cran-cluster,
r-cran-dendextend, r-cran-factominer, r-cran-ggpubr, r-cran-reshape2,
r-cran-ggrepel, r-cran-tidyr
.
.
.
$

O busílis é que essas dez dependências multiplicam-se e no caso da
instalação nesta máquina chegam a 37.

A dica está na continuação, além das dependências há também as
"importações" e por óbvio se a funcionalidade dessas importações
inexistirem, o pacote não carrega a contento...

Da página do link
<https://cran.r-project.org/web/packages/factoextra/index.html> apontado
por vc tem-se:
Imports: abind, cluster, dendextend, FactoMineR, ggpubr(>= 0.1.5), grid,
stats, reshape2, ggrepel, tidyr
e
Suggests: ade4, ca, igraph, MASS, knitr, mclust

A versão do meu R é também a "Bird Hippie" por isso, suspeito que a
reinstalação vai deixar tudo OK.

HTH

--
Cesar Rabak


On Tue, Mar 8, 2022 at 4:50 PM Toni por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
wrote:

> Olá Pessoal!!!
> Obrigado pelas respostas, vou tentar compilar tudo em um e-mail só:
>
> Daniel / César :
> Sim, ele instala mas quando é pacote ".deb" ele não busca no repositório a
> menos que eu force, normalmente, eu faço a dpkg e em caso de dependência,
> faço a instalação de tudo que faltou depois com <apt -f install> que aí ele
> instala sem problemas mas precisa ter um repositório com os pacotes.
>
> Rodolfo:
> Esse erro é resultado da compilação do pacote através do Rstudio, ao
> tentar rodar o <install.packages>, depois que ele terminar de compilar tudo
> é essa a mensagem que aparece no final.
>
> Fernando:
> Essa possibilidade ainda não fiz, acredito que pode ser um problema de
> versão sim, vou tentar e posto aqui o resultado mas queria saber se alguém
> conseguiu rodar esse pacote e, se sim, qual a versão do R utilizada.
> Acredito que essA grande quantidade de dependências tem alguma coisa haver
> com isso, por isso, seria bom ver se alguém tem esse pacote instalado e
> qual a versão do R utilizada porque eu já ia na versão certa.
>
> A questão é que pelo site:
> https://cran.r-project.org/web/packages/factoextra/index.html
> Os requisitos são:
> Depends: R (≥ 3.1.2), ggplot2 (≥ 2.2.0)
>
> E o que eu tenho aqui é:
> > packageVersion("ggplot2")
> [1] ‘3.3.5’
> R version 4.1.2
>
> Mas vou tentar reinstalar tudo aqui novamente para ver.
> Vlw Pessoal!!!
>
> Toni
>
>
> On Tue, Mar 8, 2022 at 4:01 PM Cesar Rabak por (R-br) <
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
>
>> Aditamento:
>>
>> Na minha instalação:
>> GNU/Linux 20.04.1-Ubuntu SMP 5.13.0-30-generic x86_64
>>
>> Uma tentativa de instalar o factoextra via o gerenciador de pacotes
>> synaptic mostra-me 37 dependências.
>>
>>
>>
>>
>> On Tue, Mar 8, 2022 at 3:54 PM Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com> wrote:
>>
>>> Como a questão roda em volta de uma tentativa de instalação numa distro
>>> que usa o gerenciador de pacotes Debian, sugiro que se coloque na linha de
>>> comando da instalação (via o gerenciador de pacotes) as chaves que façam a
>>> instalação automática das dependências.
>>>
>>> Caso alguma entre em *deadlock* (atualmente mais raro, mas ainda não
>>> afastado como impossível) será necessário examinar qual conflito existe com
>>> algo externo ao R em si, pode ser bibliotecas de runtime do gcc, etc.
>>>
>>> HTH
>>>
>>>
>>> On Tue, Mar 8, 2022 at 2:09 PM Daniel Guimarães Tiezzi por (R-br) <
>>> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
>>>
>>>> Problemas com dependências impedem a configuração de r-cran-factoextra:
>>>>  r-cran-factoextra depende de r-cran-ggplot2 (>= 2.2.0); porém:
>>>>   Pacote r-cran-ggplot2 não está instalado.
>>>>  r-cran-factoextra depende de r-cran-abind; porém:
>>>>   Pacote r-cran-abind não está instalado.
>>>>  r-cran-factoextra depende de r-cran-dendextend; porém:
>>>>   Pacote r-cran-dendextend não está instalado.
>>>>  r-cran-factoextra depende de r-cran-factominer; porém:
>>>>   Pacote r-cran-factominer não está instalado.
>>>>  r-cran-factoextra depende de r-cran-ggpubr (>= 0.1.5); porém:
>>>>   Pacote r-cran-ggpubr não está instalado.
>>>>  r-cran-factoextra depende de r-cran-reshape2; porém:
>>>>   Pacote r-cran-reshape2 não está instalado.
>>>>  r-cran-factoextra depende de r-cran-ggrepel; porém:
>>>>   Pacote r-cran-ggrepel não está instalado.
>>>>  r-cran-factoextra depende de r-cran-tidyr; porém:
>>>>   Pacote r-cran-tidyr não está instalado.
>>>>
>>>> Segundo estas informações é necessário a instalação prévia desses
>>>> pacotes. Geralmente ele instala automaticamente. No entanto, pode haver
>>>> alguma biblioteca do GNU/Linux que seja  necessária para instalar um ou
>>>> mais pacotes. Geralmente, este erro aparece no console. Como o colega
>>>> Rodolfo disse, é necessário verificar todo o log de erro da instalação.
>>>>
>>>> daniel
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> On Mar 8, 2022, at 10:42 AM, Toni por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
>>>> wrote:
>>>>
>>>> Problemas com dependências impedem a configuração de r-cran-factoextra:
>>>>  r-cran-factoextra depende de r-cran-ggplot2 (>= 2.2.0); porém:
>>>>   Pacote r-cran-ggplot2 não está instalado.
>>>>  r-cran-factoextra depende de r-cran-abind; porém:
>>>>   Pacote r-cran-abind não está instalado.
>>>>  r-cran-factoextra depende de r-cran-dendextend; porém:
>>>>   Pacote r-cran-dendextend não está instalado.
>>>>  r-cran-factoextra depende de r-cran-factominer; porém:
>>>>   Pacote r-cran-factominer não está instalado.
>>>>  r-cran-factoextra depende de r-cran-ggpubr (>= 0.1.5); porém:
>>>>   Pacote r-cran-ggpubr não está instalado.
>>>>  r-cran-factoextra depende de r-cran-reshape2; porém:
>>>>   Pacote r-cran-reshape2 não está instalado.
>>>>  r-cran-factoextra depende de r-cran-ggrepel; porém:
>>>>   Pacote r-cran-ggrepel não está instalado.
>>>>  r-cran-factoextra depende de r-cran-tidyr; porém:
>>>>   Pacote r-cran-tidyr não está instalado.
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