[R-br] Loop para criar diferentes bancos de dados usando o mesmo script

Cesar Rabak cesar.rabak em gmail.com
Sex Jun 3 15:19:05 -03 2022 

OK Bárbara,

De novo, por falta do CMR, a gente tateia o entendimento, *mas* quer me
parecer que o que desejas pode ser obtido com uma chamada assim:

> type13 <- with(dados_completo, subset(type12, Stature <= 50))

*Embora* eu 'não entenda' o item type12, e imagino que a coluna a ser usada
aí deveria ser a de idades, talvez‽

HTH

On Fri, Jun 3, 2022 at 11:55 AM Bárbara Mazetti Nascimento por (R-br) <
r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:

> Oi Cesar!
>
>
>
> Obrigada pela resposta!
>
> Acho que agora entendi porque não dá certo. Eu não consegui escrever no
> script o que eu quero e ele entende como um vetor de caracteres.
>
>
>
> Meu banco de dados é um arquivo csv com uma coluna com a identificação de
> animal e depois 19 colunas com notas para avaliação visual de 19
> características.
>
> Sdtypetrait é um vetor com o nome da coluna dessas características que eu
> quero chamar no código. Então minha ideia era que o código type13 <-
> subset(type12, *sdtypetrait [index.typet]* <= 50)
>
> se transformasse em : type13 <- subset(type12, *Stature* <= 50)
>
> Então no meu exemplo Stature é uma das notas que eu estou avaliando e eu
> usei o subset para ficar somente com animais com nota menor ou igual a 50.
> Provavelmente o que está acontecendo é que meu código indica que Stature é
> um valor e não uma coluna, como eu gostaria.
>
> Como eu vou avaliar as características separadamente, eu preciso editar um
> banco individual para cada uma delas para não perder muitas informações sem
> necessidade.
>
>
>
> Aproveitando a resposta, será que isso seria possível, chamar as colunas a
> partir de um vetor? Minha ideia era otimizar a criação dos bancos ao invés
> de editar ele várias vezes.
>
>
>
> De qualquer forma, eu agradeço a ajuda! Pelo menos consegui enxergar onde
> está o problema =)
>
>
>
> *From:* R-br <r-br-bounces em listas.c3sl.ufpr.br> *On Behalf Of *Cesar
> Rabak por (R-br)
> *Sent:* quinta-feira, 2 de junho de 2022 18:54
> *To:* a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> *Cc:* Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
> *Subject:* Re: [R-br] Loop para criar diferentes bancos de dados usando o
> mesmo script
>
>
>
> Olá Bárbara,
>
>
>
> Via de regra, no R raramente se necessita usar *loops* pela natureza da
> linguagem voltada a vetores.
>
>
>
> Por outro lado, sua descrição, no texto, é contrária ao que
> vc parece desejar.
>
>
>
> Me explico: a descrição do texto dá a impressão que já se dispõe de um
> banco com todas as informações (dezenove características e cinco idades).
> Não se menciona o formato ou onde reside o banco, mas em geral essas
> operações são feitas usando-se uma *query* (que no seu caso pode ser
> feita pelo comando *subset* [como se vê no s/script).
>
>
>
> Olhando seu código a dúvida é a seguinte:
>
> type13 <- subset(type12, *sdtypetrait [index.typet]* <= 50)
>
>
>
> pela definição de sdtypetrait, mais acima, essa var é um vetor de cadeias
> de caracteres, o que vc espera ao fazer uma comparação com 50 ?
>
>
>
> HTH
>
> --
>
> Cesar
>
>
>
>
>
> On Thu, Jun 2, 2022 at 2:00 PM Bárbara Mazetti Nascimento por (R-br) <
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
>
> Boa tarde a todos!
>
>
>
> Estou com dificuldade em gerar um loop e espero que alguém possa me ajudar
> aqui.
>
>
>
> Estou trabalhando com dados de sobrevivência de animais até 5 idades
> determinadas e o efeito individual de 19 características dentro de um
> servidor. A partir de um banco inicial, eu preciso rodar o mesmo script
> para combinar todas as idades com todas as características, gerando 95
> bancos de dados diferentes.
>
> Até agora, eu consegui fazer 5 bancos relativos a cada idade através do
> commandArg:
>
>
>
> #Loop
> ----------------------------------------------------------------------------------
>
> ## Level 1: DATE OF BIRTH ==> z
>
> sdrumthreshold = c("2019-01-01", "2018-01-01", "2017-01-01", "2016-01-01",
> "2015-01-01")
>
> ### Level 2: SURVIVAL AGE ==> t
>
> sdactthreshold = c(36, 48, 60, 72, 84)
>
>
>
> ## Connection with the code in Linux.
>
> args = commandArgs(trailingOnly = TRUE)
>
> index.sdrum = as.numeric(args[1])
>
> index.sdact = as.numeric(args[2])
>
>
>
> Quando eu chamo as variáveis dentro do loop no Linux, o script roda
> certinho. Segue como ilustração a forma como eu chamei o loop no Linux.
>
>
>
> #!/bin/bash
>
>
>
> sdrumth_leader=(1 2 3 4 5)
>
> sdactth_leader=(1 2 3 4 5)
>
>
>
> for z in "${sdrumth_leader[@]}"
>
> do
>
>    for t in "${sdactth_leader[@]}"
>
>    do
>
>       if [[ "$z" != "$t" ]]
>
>       then
>
>            continue
>
>          else
>
>             sbatch Survival.Rcode.bash $z $t   #calling indexes.
>
>             sleep 1
>
>          fi
>
>    done
>
> done
>
>
>
> Porém, tentei fazer a mesma coisa, criando um vetor com o nome das colunas
> e não tive sucesso:
>
>
>
> ### Level 3: TYPE TRAITS ==> q
>
> sdtypetrait = c("Stature", "Strength", "FinalScore", "DairyForm",
> "RumpAngle", "RumpWidth", "RearLegs", "ForeUdder", "RearUdderHeight",
> "RearUdderWidth", "FootAngle", "UdderDepth", "UdderCleft", "TeatPlacement",
> "TeatLength", "RearTeatPlacementRv", "RearTeatPlacementSv", “Pasterns",
> "RearTeatLength")
>
>
>
> ## Connection with the code in Linux.
>
> args = commandArgs(trailingOnly = TRUE)
>
> index.sdrum = as.numeric(args[1])
>
> index.sdact = as.numeric(args[2])
>
> index.typet = as.numeric(args[3])
>
>
>
> Quando eu chamo a variável dentro do script, ela vem com as aspas e dá
> erro. As entradas da variável do vetor são:
>
>
>
> type13 <- subset(type12, *sdtypetrait [index.typet]* <= 50)
>
> count(type13*, sdtypetrait [index.typet]*)
>
>
>
> model <- lm(formula = *sdtypetrait [index.typet]* ~ CalvingAge +
> I(CalvingAge^2) + appraisalDIM + I(appraisalDIM^2),  data = type15)
>
>
>
> dados_completo$*sdtypetrait [index.typet]*_adj <- dados_completo$residuals
>
> dados_completo$*sdtypetrait [index.typet]*_adj2 <- (dados_completo$*sdtypetrait
> [index.typet]*_adj)*2
>
> dados_usar <- select(dados_completo, RegId, SireRegId, DamRegId, CG,
> Cross, AFC, AFC2, Inbreeding, Inbreed2, *sdtypetrait [index.typet]*_adj, *sdtypetrait
> [index.typet]*_adj2, Survival)
>
>
>
> write.table(dados_usar,
>
>             file = paste0("/teste/",
>
>             sdactthreshold[index.sdact],"/", *sdtypetrait [index.typet]*
> ,"/Survival.dat"),
>
>             sep = " ",
>
>             row.names = F,
>
>             quote = F,
>
>             col.names = F)
>
>
>
> Será que alguém tem alguma ideia de como eu posso chamar a variável sem
> entrar as aspas, ou se a forma como estou rodando tem algum erro?
>
>
>
> Obrigada!
>
> *____________________________________*
>
> *Barbara Mazetti Nascimento*
>
> Postdoctoral Researcher
>
> Department of Animal and Dairy Sciences
>
> University of Wisconsin-Madison
>
>
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> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
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