[R-br] Loop para criar diferentes bancos de dados usando o mesmo script

[Cesar Rabak]

Olá Bárbara,

Via de regra, no R raramente se necessita usar *loops* pela natureza da
linguagem voltada a vetores.

Por outro lado, sua descrição, no texto, é contrária ao que
vc parece desejar.

Me explico: a descrição do texto dá a impressão que já se dispõe de um
banco com todas as informações (dezenove características e cinco idades).
Não se menciona o formato ou onde reside o banco, mas em geral essas
operações são feitas usando-se uma *query* (que no seu caso pode ser feita
pelo comando *subset* [como se vê no s/script).

Olhando seu código a dúvida é a seguinte:

type13 <- subset(type12, *sdtypetrait [index.typet]* <= 50)

pela definição de sdtypetrait, mais acima, essa var é um vetor de cadeias
de caracteres, o que vc espera ao fazer uma comparação com 50 ?

HTH
--
Cesar


On Thu, Jun 2, 2022 at 2:00 PM Bárbara Mazetti Nascimento por (R-br) <
r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:

> Boa tarde a todos!
>
>
>
> Estou com dificuldade em gerar um loop e espero que alguém possa me ajudar
> aqui.
>
>
>
> Estou trabalhando com dados de sobrevivência de animais até 5 idades
> determinadas e o efeito individual de 19 características dentro de um
> servidor. A partir de um banco inicial, eu preciso rodar o mesmo script
> para combinar todas as idades com todas as características, gerando 95
> bancos de dados diferentes.
>
> Até agora, eu consegui fazer 5 bancos relativos a cada idade através do
> commandArg:
>
>
>
> #Loop
> ----------------------------------------------------------------------------------
>
> ## Level 1: DATE OF BIRTH ==> z
>
> sdrumthreshold = c("2019-01-01", "2018-01-01", "2017-01-01", "2016-01-01",
> "2015-01-01")
>
> ### Level 2: SURVIVAL AGE ==> t
>
> sdactthreshold = c(36, 48, 60, 72, 84)
>
>
>
> ## Connection with the code in Linux.
>
> args = commandArgs(trailingOnly = TRUE)
>
> index.sdrum = as.numeric(args[1])
>
> index.sdact = as.numeric(args[2])
>
>
>
> Quando eu chamo as variáveis dentro do loop no Linux, o script roda
> certinho. Segue como ilustração a forma como eu chamei o loop no Linux.
>
>
>
> #!/bin/bash
>
>
>
> sdrumth_leader=(1 2 3 4 5)
>
> sdactth_leader=(1 2 3 4 5)
>
>
>
> for z in "${sdrumth_leader[@]}"
>
> do
>
>    for t in "${sdactth_leader[@]}"
>
>    do
>
>       if [[ "$z" != "$t" ]]
>
>       then
>
>            continue
>
>          else
>
>             sbatch Survival.Rcode.bash $z $t   #calling indexes.
>
>             sleep 1
>
>          fi
>
>    done
>
> done
>
>
>
> Porém, tentei fazer a mesma coisa, criando um vetor com o nome das colunas
> e não tive sucesso:
>
>
>
> ### Level 3: TYPE TRAITS ==> q
>
> sdtypetrait = c("Stature", "Strength", "FinalScore", "DairyForm",
> "RumpAngle", "RumpWidth", "RearLegs", "ForeUdder", "RearUdderHeight",
> "RearUdderWidth", "FootAngle", "UdderDepth", "UdderCleft", "TeatPlacement",
> "TeatLength", "RearTeatPlacementRv", "RearTeatPlacementSv", “Pasterns",
> "RearTeatLength")
>
>
>
> ## Connection with the code in Linux.
>
> args = commandArgs(trailingOnly = TRUE)
>
> index.sdrum = as.numeric(args[1])
>
> index.sdact = as.numeric(args[2])
>
> index.typet = as.numeric(args[3])
>
>
>
> Quando eu chamo a variável dentro do script, ela vem com as aspas e dá
> erro. As entradas da variável do vetor são:
>
>
>
> type13 <- subset(type12, *sdtypetrait [index.typet]* <= 50)
>
> count(type13*, sdtypetrait [index.typet]*)
>
>
>
> model <- lm(formula = *sdtypetrait [index.typet]* ~ CalvingAge +
> I(CalvingAge^2) + appraisalDIM + I(appraisalDIM^2),  data = type15)
>
>
>
> dados_completo$*sdtypetrait [index.typet]*_adj <- dados_completo$residuals
>
> dados_completo$*sdtypetrait [index.typet]*_adj2 <- (dados_completo$*sdtypetrait
> [index.typet]*_adj)*2
>
> dados_usar <- select(dados_completo, RegId, SireRegId, DamRegId, CG,
> Cross, AFC, AFC2, Inbreeding, Inbreed2, *sdtypetrait [index.typet]*_adj, *sdtypetrait
> [index.typet]*_adj2, Survival)
>
>
>
> write.table(dados_usar,
>
>             file = paste0("/teste/",
>
>             sdactthreshold[index.sdact],"/", *sdtypetrait [index.typet]*
> ,"/Survival.dat"),
>
>             sep = " ",
>
>             row.names = F,
>
>             quote = F,
>
>             col.names = F)
>
>
>
> Será que alguém tem alguma ideia de como eu posso chamar a variável sem
> entrar as aspas, ou se a forma como estou rodando tem algum erro?
>
>
>
> Obrigada!
>
> *____________________________________*
>
> *Barbara Mazetti Nascimento*
>
> Postdoctoral Researcher
>
> Department of Animal and Dairy Sciences
>
> University of Wisconsin-Madison
>
>
> _______________________________________________
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